genome.fa.s295.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000295.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000541_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2017499

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178747--178827	40	2.0	40	85	4	110	27	22	22	28	1.99
185456--185632	45	3.9	45	95	0	309	29	22	7	39	1.82
185513--185587	25	3.2	25	62	30	65	29	22	8	40	1.82
187372--187970	67	8.9	67	87	1	849	30	15	25	29	1.95
187368--187970	135	4.5	134	88	1	857	30	14	25	29	1.95
187372--187970	202	3.0	202	89	1	891	30	15	25	29	1.95
187991--188453	46	10.2	46	88	2	641	48	9	19	22	1.77
187991--188447	91	5.0	91	88	2	668	48	9	19	22	1.77
193635--193665	13	2.4	13	94	0	53	16	19	48	16	1.81
193678--193732	10	5.6	10	81	10	69	34	27	21	16	1.95
193678--193733	19	2.9	19	82	10	69	33	26	21	17	1.96
201469--201509	18	2.3	18	100	0	82	9	21	51	17	1.74
201463--201492	13	2.3	13	100	0	60	13	23	46	16	1.82
201487--201517	13	2.4	13	94	0	53	16	19	48	16	1.81
201530--201578	9	5.1	9	83	9	53	38	28	18	14	1.90
201530--201584	19	2.8	20	81	10	60	36	27	20	16	1.93
201537--201566	11	2.8	11	95	5	53	36	26	20	16	1.93
204800--204876	21	3.7	21	70	14	61	33	19	18	28	1.95
209551--209601	25	2.0	26	88	3	77	0	13	43	43	1.44
209740--209799	32	1.9	32	90	6	97	53	5	0	41	1.23
209762--209838	39	1.9	39	86	2	109	48	5	0	46	1.24
209797--209899	28	3.5	28	77	12	107	46	5	0	46	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209799--209855	26	2.2	24	80	17	69	43	5	0	50	1.24
209813--209894	33	2.6	31	75	17	98	42	3	1	52	1.26
209813--210039	37	6.2	36	80	13	189	43	5	2	48	1.41
209841--210082	39	6.3	39	83	8	300	44	6	2	46	1.43
209888--209945	11	5.1	11	72	15	55	44	8	1	44	1.44
209830--210076	74	3.3	73	87	7	347	44	6	2	46	1.42
216366--216858	54	9.1	54	86	3	634	35	19	17	27	1.94
218282--218371	43	2.2	43	78	6	96	26	10	27	35	1.88
218257--218829	140	4.1	140	84	0	664	28	13	26	31	1.94
218276--218829	280	2.0	280	85	0	757	27	13	26	31	1.94
218827--219158	103	3.2	102	80	2	387	41	14	15	27	1.87
219033--219157	66	1.9	66	91	0	205	42	15	16	25	1.87
219284--219501	37	6.0	36	85	1	247	40	11	14	33	1.82
219284--219508	73	3.1	73	81	4	256	40	11	14	33	1.82
221414--221464	21	2.4	21	86	0	75	21	15	19	43	1.88
224130--224188	21	2.8	21	89	0	91	20	3	25	50	1.63
226764--226804	16	2.5	16	88	4	55	48	2	0	48	1.14
227358--227402	20	2.3	20	80	3	56	48	4	2	44	1.35
228210--228266	25	2.3	24	80	11	62	70	1	5	22	1.17
228375--228413	20	2.0	20	89	0	60	69	0	2	28	1.02
229203--229247	20	2.2	20	84	0	54	44	2	2	51	1.26
233424--233520	21	4.6	21	82	0	104	37	14	15	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243936--244009	23	3.2	23	86	0	94	39	9	16	35	1.81
243872--244085	110	1.9	110	89	1	331	42	10	13	34	1.78
247464--247503	21	1.9	21	89	0	62	10	27	40	22	1.86
247485--247546	20	2.9	21	80	9	63	16	25	35	22	1.94
254051--254534	111	4.3	111	90	2	702	44	11	11	32	1.77
254996--255204	108	1.9	108	90	0	328	42	12	11	33	1.79
255194--255252	22	2.7	22	94	0	100	38	8	10	42	1.69
258302--258343	13	3.3	13	83	6	59	16	21	42	19	1.89
258322--258375	18	3.0	18	94	0	99	16	16	48	18	1.82
259173--259513	111	3.1	111	89	1	504	44	10	11	33	1.75
259879--259939	3	20.3	3	100	0	122	32	0	0	67	0.91
261584--261636	18	2.9	18	88	0	79	30	28	20	20	1.98
262865--262937	30	2.4	30	100	0	146	31	17	8	42	1.79
268396--268445	20	2.6	19	83	3	55	36	8	20	36	1.82
276093--276131	20	2.0	20	90	10	62	30	12	20	35	1.90
276102--276139	20	1.9	20	88	0	58	31	13	23	31	1.93
277241--277283	19	2.3	19	91	0	77	25	18	11	44	1.84
278789--278842	21	2.6	21	100	0	108	33	16	9	40	1.80
282478--282605	64	2.0	64	100	0	256	25	20	18	35	1.95
283134--283205	20	3.7	19	82	12	83	37	11	18	33	1.86
292074--292112	3	13.3	3	83	5	53	38	2	0	58	1.12
292070--292115	15	3.1	15	87	3	67	39	4	0	56	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
292466--292505	19	2.0	21	85	9	57	37	0	10	52	1.35
292432--292562	64	2.1	63	88	7	194	32	0	10	57	1.33
293145--293177	4	8.0	4	93	6	57	24	0	0	75	0.80
296446--296481	3	12.3	3	88	5	56	38	0	0	61	0.96
296446--296479	17	2.0	17	94	0	59	38	0	0	61	0.96
296441--296484	9	4.6	9	81	13	52	43	0	0	56	0.99
297917--298002	20	4.3	20	96	0	163	45	25	13	15	1.83
298584--298626	21	2.0	22	86	4	61	16	13	16	53	1.73
302177--302378	40	5.1	40	98	0	386	22	17	27	32	1.97
304095--304170	21	3.6	21	89	0	107	25	32	19	22	1.97
304099--304190	42	2.2	42	86	0	121	21	35	21	20	1.96
305604--305641	14	2.7	14	95	0	67	31	0	23	44	1.54
305759--305800	20	2.1	20	95	0	75	38	16	19	26	1.92
305767--305869	54	1.9	54	90	4	163	31	17	20	31	1.96
305880--305929	20	2.5	20	90	0	73	14	16	20	50	1.78
308416--308471	24	2.3	24	93	0	94	42	19	12	25	1.86
309401--309533	20	6.7	20	79	5	128	23	10	24	41	1.86
309441--309548	20	5.3	20	89	1	153	18	13	25	42	1.87
309542--309585	20	2.2	20	95	0	79	20	18	22	38	1.93
309426--309568	60	2.4	61	78	5	148	22	13	23	39	1.90
310703--310738	17	2.1	18	89	5	56	36	0	2	61	1.11
311766--311806	11	3.8	11	83	6	57	14	4	2	78	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
311760--311856	5	19.2	5	69	14	65	19	4	4	72	1.18
311766--311805	21	1.9	21	94	0	71	15	5	2	77	1.04
311757--311808	11	4.8	11	81	9	54	17	3	1	76	1.02
311794--311855	29	2.1	30	84	3	81	22	3	4	69	1.22
311896--312077	64	3.3	52	75	18	177	43	15	22	18	1.88
311951--312058	29	3.5	29	71	14	99	43	14	22	19	1.87
315673--315707	16	2.2	16	89	0	52	85	0	8	5	0.73
317417--317650	129	1.8	129	87	0	351	34	10	12	42	1.77
319182--319301	60	2.0	60	83	6	154	36	16	17	29	1.92
319546--319627	27	3.0	28	70	10	78	25	13	12	48	1.77
323123--323165	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
323125--323173	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
323182--323383	26	7.6	26	67	24	109	52	17	0	28	1.51
323128--323437	80	3.9	80	96	0	584	52	16	0	30	1.48
323179--323253	22	3.2	23	75	17	82	54	17	0	28	1.43
323340--323414	22	3.2	22	77	7	78	56	17	0	26	1.42
323208--323588	54	7.1	54	76	13	344	52	13	0	34	1.44
323419--323467	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
323471--323573	22	4.5	22	72	7	98	51	9	0	38	1.35
323516--323633	15	7.5	15	81	13	130	51	3	0	44	1.24
323462--323618	69	2.3	67	88	5	219	52	6	0	41	1.27
327252--327997	135	5.5	136	85	3	970	22	17	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
327252--327997	272	2.8	271	88	3	1060	22	17	25	33	1.96
327993--328025	13	2.5	13	95	0	57	27	3	15	54	1.55
328012--328058	20	2.4	20	82	13	62	31	0	23	44	1.54
329079--329165	42	2.1	41	82	6	104	22	21	31	24	1.99
329722--329757	17	2.1	17	90	10	56	52	5	0	41	1.24
337189--337237	3	16.3	3	95	0	89	65	0	2	32	1.04
337975--338532	124	4.5	124	87	1	739	23	17	25	33	1.96
338438--339015	240	2.4	239	90	0	904	25	18	21	33	1.96
346476--346527	25	2.1	25	100	0	104	32	26	7	32	1.85
352553--352829	139	2.0	139	92	0	466	30	9	17	42	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9