genome.fa.s3132.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003132.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006570_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1555756

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1248--1329	14	5.7	14	68	21	62	42	24	23	9	1.84
1240--1344	33	3.4	33	71	20	118	45	21	21	10	1.82
1347--1415	19	3.9	18	73	19	65	10	20	26	43	1.83
1544--1614	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
1990--2181	20	9.6	20	78	6	192	19	19	25	35	1.96
2148--2245	20	4.8	20	77	3	79	21	18	23	36	1.95
2148--2245	41	2.4	41	77	6	110	21	18	23	36	1.95
3546--3587	2	22.5	2	86	13	63	52	0	0	47	1.00
3549--3593	17	2.6	18	89	3	56	51	0	4	44	1.21
5483--5614	34	3.7	33	76	17	95	44	6	9	39	1.62
5481--5800	37	8.6	38	74	15	188	44	6	8	40	1.61
5844--5884	10	4.0	10	82	17	57	19	2	0	78	0.87
5842--5880	17	2.3	16	91	8	60	20	2	0	76	0.90
7185--7210	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7298--7345	20	2.5	19	77	9	53	62	4	2	31	1.26
14482--14533	19	2.7	19	79	5	61	50	3	0	46	1.20
15244--15281	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
15920--15953	18	1.9	18	88	5	52	70	0	0	29	0.87
15914--15945	13	2.4	14	85	15	50	65	0	0	34	0.93
19840--19890	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
19840--20137	20	14.6	20	77	7	161	38	19	23	17	1.93
19944--20135	40	4.7	40	84	5	240	36	18	26	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19944--20127	83	2.2	83	92	0	296	35	17	26	19	1.94
20155--20226	6	12.0	6	100	0	144	33	50	16	0	1.46
20915--21004	6	15.0	6	100	0	180	0	16	50	33	1.46
21114--21284	20	8.4	20	87	3	189	19	26	18	35	1.95
21125--21282	63	2.6	63	84	3	196	19	27	18	34	1.96
21112--21264	83	1.8	83	84	0	207	18	26	19	35	1.95
21112--21305	103	1.9	103	89	0	298	19	26	19	35	1.95
21112--21389	20	13.6	20	77	8	148	18	24	20	37	1.94
21339--21389	19	2.6	20	90	3	77	15	17	23	43	1.88
21834--21880	12	3.9	12	83	5	51	46	0	0	53	1.00
21813--21867	23	2.3	23	84	6	65	49	1	0	49	1.11
21831--21880	13	4.3	12	78	14	52	48	0	0	52	1.00
21864--21913	20	2.3	21	80	13	57	48	6	2	44	1.39
22053--22107	23	2.4	21	77	16	56	52	3	1	41	1.29
22069--22115	21	2.1	23	84	7	62	48	0	2	48	1.13
22255--22308	22	2.5	20	80	16	63	46	0	1	51	1.11
25366--25399	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
25989--26105	60	2.0	60	81	6	139	42	9	8	39	1.68
29983--30014	6	5.3	6	96	0	55	46	21	15	15	1.83
46966--47005	19	2.1	19	100	0	80	30	30	20	20	1.97
51210--51254	22	2.0	22	95	0	81	15	22	20	42	1.89
54134--54173	16	2.6	16	88	4	55	35	22	7	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56910--56968	3	19.7	3	100	0	118	0	32	0	67	0.91
59146--59196	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
62217--62331	60	1.9	61	89	1	178	26	34	7	31	1.85
63902--63984	31	2.7	31	84	3	105	40	7	9	42	1.65
65314--65383	35	2.0	35	89	10	108	47	18	4	30	1.68
69788--69856	36	2.0	35	91	5	113	46	18	4	30	1.69
72319--72359	18	2.3	18	86	0	55	26	2	2	68	1.15
72320--72359	19	2.2	18	86	4	53	25	2	2	70	1.13
74512--74574	29	2.2	29	88	2	92	52	7	6	33	1.56
77319--77400	15	5.5	15	88	2	121	37	7	19	35	1.80
77319--77400	30	2.8	30	94	1	139	37	7	19	35	1.80
77314--77400	45	2.0	44	93	2	147	40	6	19	33	1.78
77383--77452	20	3.5	20	96	0	131	40	10	14	35	1.79
77630--77712	32	2.6	33	77	12	84	53	2	0	44	1.13
77732--77775	22	2.0	23	86	4	63	54	0	0	45	0.99
77736--77792	21	2.6	22	81	10	64	52	0	0	47	1.00
77672--77792	54	2.3	51	77	19	133	50	0	0	47	1.12
77981--78100	42	2.9	42	96	0	222	44	18	20	16	1.87
79306--79437	67	2.0	67	93	0	228	26	27	11	34	1.91
81279--81303	5	5.0	5	100	0	50	0	20	40	40	1.52
82815--82851	16	2.3	16	100	0	74	29	21	0	48	1.50
95442--95485	22	1.9	23	90	9	72	45	9	9	36	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97913--97943	4	7.8	4	100	0	62	51	22	0	25	1.48
100294--100331	16	2.4	16	95	0	67	42	0	0	57	0.98
105094--105335	121	2.0	121	98	0	466	40	18	23	16	1.90
110104--110141	20	2.0	19	85	10	51	50	10	21	18	1.76
110289--110319	15	2.1	15	93	0	53	54	0	0	45	0.99
110402--110426	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
121658--121801	22	6.5	22	92	0	234	15	25	29	29	1.96
122845--123006	87	1.9	87	97	0	306	18	25	7	48	1.74
127785--127818	16	2.1	16	88	0	50	58	2	0	38	1.13
129006--129056	2	25.0	2	96	4	93	49	1	0	49	1.12
130168--130301	42	3.1	42	94	2	232	32	2	7	56	1.42
132666--132735	23	3.1	21	69	15	68	38	7	20	34	1.80
132641--132745	46	2.3	46	91	1	167	41	6	17	34	1.75
132899--132989	38	2.4	38	86	0	128	26	21	28	23	1.99
139529--139621	46	2.0	45	95	2	168	41	7	18	32	1.78
139535--139609	23	3.3	22	70	15	71	40	8	20	32	1.81
139770--139865	38	2.5	38	91	0	156	25	22	28	23	2.00
139778--139846	21	3.5	21	70	22	67	24	27	26	21	1.99
147345--147414	23	3.1	23	79	4	72	55	2	2	38	1.29
149760--149806	22	2.1	22	100	0	94	29	17	14	38	1.89
151937--151970	17	1.9	18	88	5	52	41	0	0	58	0.98
151914--151987	30	2.4	30	84	13	89	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153211--153378	43	3.9	43	83	3	207	27	21	22	29	1.99
153211--153397	43	4.4	42	82	4	189	29	21	21	26	1.99
153211--153395	86	2.2	86	85	7	243	29	22	21	27	1.99
153548--153607	21	2.8	22	82	5	77	55	20	5	20	1.62
156523--156956	41	10.6	41	76	9	348	32	20	17	30	1.95
156565--156787	42	5.4	42	71	15	167	31	18	18	30	1.95
156523--156898	84	4.5	83	81	4	422	32	19	17	30	1.95
156534--156898	166	2.2	164	84	3	464	33	19	16	29	1.95
157876--157930	26	2.1	27	83	10	69	63	0	5	30	1.17
162822--162895	31	2.4	31	81	4	87	50	6	1	41	1.37
166849--166887	16	2.4	16	95	0	69	51	17	7	23	1.71
170860--170887	3	9.3	3	100	0	56	67	32	0	0	0.91
175074--175170	46	2.1	46	94	0	167	30	12	27	28	1.93
177274--177322	21	2.3	21	85	0	62	6	6	10	77	1.11
177287--177331	19	2.2	21	88	7	67	0	6	13	80	0.91
178937--179197	42	6.3	42	95	0	463	20	19	23	35	1.96
179946--180104	21	8.4	19	67	20	84	35	22	20	21	1.96
179983--180040	29	2.0	29	96	0	107	36	18	20	24	1.95
179941--180080	69	2.0	71	94	2	248	35	21	20	22	1.96
180017--180104	40	2.2	40	100	0	176	35	22	21	20	1.96
180037--180110	21	3.6	21	80	7	98	33	24	22	18	1.97
185111--185160	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187946--188265	160	2.0	160	100	0	640	39	13	8	38	1.75
190306--190369	32	2.0	32	90	0	101	29	26	28	15	1.96
190343--190393	25	2.0	24	85	14	68	35	27	19	17	1.94
190365--190448	32	2.6	32	88	5	116	26	30	26	16	1.97
191577--191620	23	1.9	23	86	9	63	34	18	0	47	1.49
193142--193237	29	3.3	29	98	0	183	20	27	28	23	1.99
197911--198050	32	4.4	32	83	2	158	29	28	24	17	1.97
200088--200125	20	1.9	20	88	0	58	18	23	26	31	1.97
208956--209013	29	2.0	29	89	0	89	39	10	17	32	1.83
210561--210590	15	2.0	15	93	0	51	30	26	26	16	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7