genome.fa.s3132.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003132.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006570_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1555756

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755038--755116	39	2.0	39	100	0	158	27	18	20	32	1.96
756345--756538	97	2.0	97	92	0	325	25	25	15	33	1.95
757156--757186	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
765256--765362	51	2.1	51	82	6	128	14	33	30	20	1.93
765618--765658	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
767943--768027	35	2.5	33	78	14	91	25	8	10	55	1.62
771656--771781	51	2.5	51	81	2	128	24	26	31	17	1.97
781483--782097	108	5.6	110	96	1	1001	27	28	14	29	1.95
781483--782145	55	12.2	55	91	2	975	27	27	15	29	1.96
782073--782502	51	8.3	50	83	10	431	23	25	19	32	1.98
782073--782502	104	4.1	103	84	7	496	23	25	19	32	1.98
782699--782897	36	5.5	36	89	1	240	20	18	24	37	1.94
784075--784453	125	3.0	125	86	1	492	25	24	17	33	1.96
784120--784453	126	2.7	124	84	4	359	24	24	17	32	1.97
785393--785468	40	1.9	39	89	2	116	27	17	17	38	1.91
798652--798689	11	3.2	12	88	11	60	73	0	0	26	0.83
802717--802863	4	35.2	4	74	4	60	60	6	7	25	1.47
802697--802863	42	3.9	42	90	6	271	59	6	8	25	1.51
804706--804903	106	1.9	107	92	1	335	36	8	10	44	1.70
807738--807779	19	2.3	19	87	4	59	69	2	2	26	1.13
807732--807801	21	3.4	21	75	11	56	65	4	1	28	1.20
809499--809533	18	1.9	18	88	0	52	60	2	2	34	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
816996--817149	22	6.8	23	69	16	83	45	5	4	44	1.46
817062--817149	37	2.5	33	73	14	79	42	6	3	47	1.47
817183--817240	11	5.5	11	78	17	61	53	1	1	43	1.21
817444--817573	18	6.8	18	70	20	77	41	7	8	42	1.64
817511--817570	20	3.1	19	72	18	61	43	8	6	41	1.61
817498--817570	38	1.9	38	91	5	121	42	8	6	42	1.61
817549--817620	24	3.0	24	80	15	78	40	6	9	43	1.65
817668--817946	2	142.5	2	63	20	56	49	3	3	43	1.36
817692--817898	13	14.1	15	70	19	111	50	4	3	42	1.39
817829--817929	25	4.2	25	69	21	79	49	1	2	45	1.28
817663--817946	85	3.4	85	67	16	123	50	3	3	42	1.35
818070--818130	7	8.7	7	85	0	77	44	27	0	27	1.55
818070--818136	21	3.2	21	82	0	89	44	29	0	25	1.54
818060--818150	14	6.5	14	79	0	74	45	30	1	23	1.60
818083--818150	7	9.7	7	78	0	55	47	30	0	22	1.52
818173--818233	16	3.5	16	71	26	52	39	8	11	40	1.71
818172--818245	37	2.1	36	87	5	105	40	8	10	40	1.70
818236--818298	20	3.2	19	88	4	72	47	6	4	41	1.50
818263--818322	24	2.5	23	81	5	57	43	8	3	45	1.50
818208--818329	61	2.0	61	83	6	156	43	7	6	42	1.58
818375--818427	21	2.5	21	81	0	70	37	7	5	49	1.55
818374--818615	88	2.8	88	82	8	246	42	5	3	48	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
818448--818508	21	2.8	20	80	11	68	45	4	1	47	1.34
818448--818515	21	3.2	20	76	14	50	44	4	2	48	1.38
818585--818647	16	3.8	16	76	17	65	49	0	1	49	1.10
818423--818647	31	7.8	28	68	22	101	44	4	2	48	1.33
818585--818647	12	5.1	12	74	22	51	49	0	1	49	1.10
819752--820007	128	2.0	128	91	0	413	23	13	16	46	1.83
821326--821387	23	2.7	23	94	0	115	24	14	27	33	1.94
822457--822490	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
823012--823259	130	1.9	130	92	0	415	36	12	14	36	1.84
823659--823727	35	2.0	35	91	0	111	36	1	24	37	1.65
825331--825355	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
827506--827535	12	2.5	12	94	0	51	23	6	13	56	1.60
831230--831254	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
835087--835155	23	3.0	23	80	0	84	33	26	21	18	1.97
835606--835647	22	2.0	22	86	13	63	33	19	0	47	1.49
836731--836892	64	2.5	63	82	5	200	24	24	18	32	1.97
840349--840412	23	2.8	23	82	0	92	32	26	25	15	1.95
841986--842145	64	2.5	63	79	6	169	22	25	19	33	1.97
842187--842214	14	2.0	14	100	0	56	28	21	21	28	1.99
843131--843167	19	1.9	19	88	0	56	21	32	10	35	1.88
847011--847064	2	27.0	2	88	0	81	50	5	0	44	1.25
848562--848634	2	36.0	2	94	2	128	50	0	1	47	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
852538--852587	25	2.0	25	84	7	66	34	4	8	54	1.49
853415--853514	23	4.5	22	77	3	92	44	26	7	23	1.78
853436--853524	23	3.9	23	82	2	126	44	26	6	21	1.77
853415--853514	45	2.2	45	96	0	182	44	26	7	23	1.78
855884--855975	37	2.5	37	92	0	148	21	17	22	38	1.93
856814--856854	21	2.0	21	90	0	64	24	26	26	21	2.00
860187--860250	22	2.8	22	83	4	74	31	21	26	20	1.98
861489--861530	20	2.1	20	90	0	66	19	19	35	26	1.95
864479--864528	21	2.4	21	96	0	91	40	18	14	28	1.89
864479--864536	21	2.8	21	91	0	71	43	17	12	27	1.84
876634--876724	40	2.2	40	83	9	105	47	13	7	31	1.71
879592--879734	63	2.2	64	81	8	159	34	21	17	26	1.96
880377--880436	23	2.6	23	89	0	66	18	28	28	25	1.98
880384--880444	23	2.7	23	89	0	77	18	24	26	31	1.97
883012--883066	21	2.6	21	94	0	101	47	9	18	25	1.78
886563--886682	64	1.9	63	84	1	159	36	20	16	25	1.94
886563--886722	63	2.5	62	76	12	155	35	20	18	26	1.95
887375--887447	23	3.2	23	82	0	92	19	26	21	32	1.97
888127--888252	42	3.0	42	81	4	139	21	39	9	29	1.85
890989--891069	35	2.3	37	89	6	123	32	0	23	44	1.54
900051--900107	3	19.0	3	85	7	53	57	0	42	0	0.98
902420--902452	17	1.9	17	88	11	50	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
902864--902979	58	2.0	58	100	0	232	31	24	25	18	1.98
907512--907549	20	1.9	20	100	0	76	36	10	28	23	1.88
908300--908371	25	2.9	25	97	0	135	27	8	9	54	1.62
908426--908471	20	2.3	21	81	11	60	45	6	2	45	1.41
917656--917761	55	1.9	55	92	0	176	32	11	15	41	1.82
926380--926404	12	2.1	12	100	0	50	48	28	0	24	1.52
928447--928481	16	2.1	16	89	10	52	42	0	11	45	1.40
932666--933264	128	4.7	128	94	0	1074	20	24	21	33	1.97
932666--933264	255	2.3	256	95	0	1101	20	24	21	33	1.97
933675--933775	34	3.0	34	86	0	148	38	3	3	53	1.38
934342--934389	21	2.3	21	88	0	69	20	12	41	25	1.87
935921--935974	17	3.2	17	78	2	56	59	3	0	37	1.15
936118--936197	32	2.4	32	81	10	90	58	0	0	41	0.98
936121--936195	31	2.4	33	77	11	84	57	0	0	42	0.98
938051--938097	15	3.1	15	96	0	85	27	34	23	14	1.94
938279--938352	29	2.6	29	97	2	141	18	21	16	43	1.88
938368--938403	12	3.0	12	91	0	63	36	25	5	33	1.79
938711--938887	64	2.8	64	85	0	219	26	19	21	32	1.97
938774--938934	64	2.5	64	87	4	218	27	21	18	31	1.97
941794--941892	45	2.2	45	98	0	189	46	24	5	24	1.72
941979--942017	11	3.5	11	89	0	60	48	0	43	7	1.31
948379--948409	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
949718--949748	15	2.1	15	93	0	53	25	38	0	35	1.56
959446--959480	17	2.1	17	100	0	70	31	5	5	57	1.46
964856--964899	15	2.9	15	93	0	70	36	13	9	40	1.76
965208--965293	23	3.7	23	73	14	86	19	25	25	29	1.99
966833--966876	23	1.9	23	85	0	61	20	22	22	34	1.97
969430--969484	28	1.9	29	85	10	78	69	0	5	25	1.10
973431--973469	20	2.0	20	85	5	53	41	2	0	56	1.13
984254--984382	23	5.7	23	91	2	181	28	27	25	18	1.98
984254--984386	46	2.9	46	91	2	207	27	27	26	18	1.98
986020--986061	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7