genome.fa.s402.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000402.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000738_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1701760

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8138--8269	55	2.4	55	91	5	221	32	18	6	43	1.74
13518--14148	55	12.0	53	79	12	510	30	25	15	28	1.96
13740--13828	43	2.0	44	93	2	153	30	28	16	24	1.97
14169--14245	37	2.1	37	95	0	136	20	23	16	38	1.92
15499--15558	24	2.4	26	81	10	81	5	16	0	78	0.92
15500--15544	15	2.9	15	87	6	54	6	17	0	75	1.01
15498--15544	8	6.0	8	76	14	53	8	17	0	74	1.05
15500--15558	16	3.7	15	78	14	64	5	16	0	77	0.93
15509--15639	22	5.8	23	71	19	91	8	17	0	73	1.12
21024--21057	16	2.1	16	100	0	68	23	29	14	32	1.94
25197--25287	45	2.0	45	86	4	128	38	23	9	28	1.86
31167--31209	16	2.7	16	100	0	86	37	11	18	32	1.87
34223--34332	40	2.8	40	91	0	175	28	11	10	50	1.71
34557--34620	24	2.6	25	85	7	94	28	0	4	67	1.11
34905--34956	19	2.8	18	72	11	52	48	3	11	36	1.58
35760--36170	123	3.4	122	82	5	456	29	16	8	44	1.78
43969--44057	44	2.0	44	97	0	169	43	14	10	31	1.79
44083--44204	30	4.0	30	86	3	172	40	12	12	34	1.80
45005--45033	4	7.2	4	100	0	58	24	0	75	0	0.80
52177--52208	12	2.6	13	85	14	50	31	9	0	59	1.29
52153--52208	29	1.9	29	82	7	69	32	5	0	62	1.18
54236--54304	23	3.0	23	91	2	102	17	21	24	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54260--54430	23	7.4	23	83	2	146	19	20	22	37	1.94
57476--57554	40	2.0	40	97	0	149	25	6	22	45	1.76
63423--63467	20	2.2	20	100	0	90	22	0	28	48	1.50
63431--63478	20	2.4	20	85	0	60	20	2	27	50	1.60
70007--70054	23	2.1	23	100	0	96	4	29	37	29	1.76
72018--72049	11	2.8	11	95	4	55	43	0	0	56	0.99
72045--72166	3	40.7	3	96	0	226	65	0	0	32	1.04
72487--73269	113	7.0	113	96	1	1369	28	18	14	38	1.90
72487--73269	337	2.3	339	94	1	1369	28	18	14	38	1.90
73979--74790	84	9.7	84	97	0	1513	35	22	14	28	1.93
75938--76003	12	5.8	12	80	10	84	3	13	0	83	0.76
75937--76004	25	2.7	25	77	16	70	2	14	0	82	0.79
75937--76003	35	2.0	33	88	5	98	2	13	0	83	0.76
86648--86672	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
88774--88840	3	22.3	3	93	0	116	62	0	2	34	1.10
88875--89502	84	7.5	84	98	0	1188	27	14	23	35	1.93
90204--90875	113	6.0	113	96	0	1152	38	14	18	28	1.90
91197--91303	3	35.7	3	91	0	169	33	2	0	62	1.16
91299--91323	11	2.3	11	100	0	50	52	0	0	48	1.00
91810--91839	15	1.9	15	93	6	51	76	6	16	0	0.99
101199--101236	7	5.4	7	90	0	58	44	34	0	21	1.52
101187--101236	21	2.4	21	80	3	57	48	34	0	18	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103959--104007	18	2.7	18	87	0	71	32	34	12	20	1.90
105266--105373	45	2.5	43	84	6	137	53	8	2	35	1.45
105356--105380	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
106988--107184	95	2.1	96	96	0	360	31	16	23	28	1.96
107244--107293	18	2.6	19	84	6	66	28	16	28	28	1.97
107361--107417	20	2.8	20	76	10	62	31	14	28	26	1.94
109311--109353	14	3.1	14	89	0	59	13	11	16	58	1.64
109709--109740	16	2.0	16	93	0	55	9	12	21	56	1.64
109855--109925	31	2.2	32	95	2	126	30	25	8	35	1.86
111893--111992	49	2.0	49	98	0	191	36	8	27	29	1.85
119023--119059	19	1.9	19	88	0	56	35	29	13	21	1.92
120008--120067	24	2.5	24	83	0	84	25	18	18	38	1.93
122401--122505	41	2.6	40	72	4	102	26	18	35	20	1.95
122973--123016	20	2.2	20	91	0	70	52	22	9	15	1.71
123003--123051	20	2.5	20	89	0	80	40	24	18	16	1.90
123056--123094	19	2.0	20	85	5	53	51	17	15	15	1.77
123112--123144	14	2.4	14	94	0	57	12	18	21	48	1.80
123095--123174	33	2.4	34	89	2	117	13	21	20	45	1.85
123521--123603	38	2.1	40	91	8	134	27	28	18	25	1.98
125142--125241	20	5.1	20	83	2	94	44	21	18	17	1.87
125148--125267	59	2.0	60	88	1	179	40	22	18	19	1.92
125735--125838	20	5.2	20	81	4	86	25	19	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125853--125898	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
125864--125900	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
140351--140390	11	3.5	11	86	10	53	45	0	2	52	1.14
140367--140399	7	4.9	7	88	3	50	42	0	0	57	0.98
140357--140399	14	3.4	13	87	9	54	41	0	0	58	0.98
146687--146789	43	2.4	43	79	9	111	31	25	14	29	1.95
147331--148754	552	2.6	549	91	4	2250	37	15	13	34	1.86
150425--150830	30	13.5	29	69	16	170	52	2	7	38	1.41
150542--150821	58	4.7	58	75	9	224	52	1	8	37	1.40
150532--150817	151	1.9	150	79	7	319	53	1	8	36	1.40
151794--151841	24	2.0	24	84	8	62	45	6	33	14	1.70
157888--157931	18	2.5	18	82	10	56	45	0	4	50	1.22
158058--158083	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
160861--160932	31	2.3	30	74	6	81	30	15	1	52	1.51
162176--162237	31	2.0	31	100	0	124	38	9	6	45	1.63
164194--164269	40	1.9	40	83	0	98	35	23	9	31	1.86
164928--164956	13	2.3	13	94	5	51	41	0	10	48	1.37
164980--165022	21	2.0	21	86	0	59	34	0	0	65	0.93
171661--171717	24	2.4	24	96	0	105	38	31	3	26	1.73
173742--173775	16	2.1	17	88	5	52	29	8	2	58	1.43
175954--176025	26	3.0	24	68	27	62	27	6	2	62	1.35
179424--179451	12	2.3	12	100	0	56	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183854--183879	10	2.6	10	100	0	52	11	19	19	50	1.77
184106--184156	14	3.6	14	89	0	84	56	9	15	17	1.65
190229--190273	23	2.0	23	95	0	81	33	17	20	28	1.95
195160--195219	22	2.8	22	80	14	72	21	31	13	33	1.92
197565--197594	14	2.2	13	94	5	51	66	0	0	33	0.92
202030--202086	29	2.0	29	86	3	80	42	7	15	35	1.75
203851--203901	22	2.3	22	93	0	84	31	25	25	17	1.97
203859--203903	22	2.0	22	100	0	90	26	26	26	20	1.99
204195--204266	29	2.5	29	90	0	108	38	12	11	37	1.79
204570--204720	68	2.3	67	87	4	207	18	27	27	26	1.98
204700--204742	21	2.0	21	86	0	59	16	25	27	30	1.97
210759--210809	22	2.3	22	93	0	84	31	25	25	17	1.97
210767--210811	22	2.0	22	100	0	90	26	26	26	20	1.99
211103--211174	29	2.5	29	90	0	108	38	12	11	37	1.79
211479--211626	67	2.2	65	86	4	199	18	27	27	27	1.98
211606--211648	21	2.0	21	86	0	59	16	25	27	30	1.97
211479--211648	67	2.6	66	84	7	186	18	27	26	27	1.98
220539--220571	16	2.1	16	100	0	66	18	24	18	39	1.92
225584--225630	22	2.1	22	92	7	78	34	6	4	55	1.45
231696--231723	3	9.3	3	100	0	56	0	0	32	67	0.91
232031--232143	60	1.9	60	80	14	135	43	4	16	35	1.68
250270--250328	12	4.9	12	76	15	68	52	18	13	15	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250270--250364	24	4.0	24	75	8	86	47	17	14	20	1.83
267371--267401	16	1.9	16	93	0	53	16	6	16	61	1.54
270845--270894	23	2.3	23	86	6	68	56	18	12	14	1.68
273739--273776	19	1.9	19	89	5	58	23	15	39	21	1.92
274342--274391	20	2.5	20	83	0	64	28	36	12	24	1.91
274383--274431	20	2.5	20	89	0	71	38	26	14	20	1.91
274423--274561	20	7.0	19	74	14	120	40	23	16	19	1.91
274403--274532	40	3.3	39	78	11	156	40	23	16	20	1.91
274411--274561	79	1.9	80	94	1	268	40	22	16	20	1.91
277976--278013	20	1.9	20	94	0	67	39	23	18	18	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7