genome.fa.s402.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000402.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000738_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1701760

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
676906--676980	31	2.4	30	82	8	80	41	13	16	29	1.86
677032--677160	66	2.0	66	86	4	183	42	10	13	34	1.77
677244--677312	30	2.3	30	85	5	86	42	7	10	40	1.66
677557--677664	29	3.8	27	75	14	101	45	12	11	31	1.76
677833--678131	105	2.9	105	91	1	467	40	11	15	33	1.83
678080--678178	37	2.6	38	84	6	112	43	13	15	28	1.83
678116--678189	37	2.0	37	84	5	96	47	12	12	28	1.77
678560--678601	12	3.7	11	78	15	50	19	0	30	50	1.48
679776--679817	12	3.6	11	87	9	57	4	14	11	69	1.34
681865--681925	32	2.0	32	93	6	108	60	9	14	14	1.58
684981--685028	20	2.5	19	82	3	60	2	10	4	83	0.87
685521--685620	25	4.0	25	100	0	200	28	16	20	36	1.93
685686--685725	3	13.3	3	89	10	64	70	0	0	30	0.88
685678--685721	22	2.0	22	91	8	72	68	2	0	29	1.02
686224--686718	247	2.0	250	95	2	899	39	19	13	27	1.89
687706--687768	21	3.0	21	90	0	90	39	7	14	38	1.75
698974--699025	11	4.6	11	79	13	61	0	19	3	76	0.93
698973--699038	21	3.0	22	74	17	66	1	19	4	74	1.07
698977--699024	24	2.0	25	87	4	71	0	20	4	75	0.97
699391--699589	25	8.0	25	97	1	355	29	16	20	33	1.94
699391--699589	74	2.7	75	96	0	364	29	16	20	33	1.94
699706--699745	3	13.0	3	85	15	55	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
699943--700227	40	6.4	43	65	19	145	25	18	29	25	1.98
699968--700169	91	2.2	91	98	0	386	28	17	28	25	1.97
714285--714334	12	4.5	11	73	16	50	0	20	4	76	0.95
714287--714333	24	2.0	24	87	8	69	0	21	4	74	0.99
714284--714342	21	2.8	21	74	23	61	0	20	5	74	1.00
714699--714873	25	7.0	25	98	0	314	29	16	20	33	1.94
715002--715044	3	14.7	3	81	13	54	65	0	0	34	0.93
715002--715044	13	3.4	13	84	9	54	65	0	0	34	0.93
714998--715049	18	3.1	16	76	15	52	65	0	0	34	0.93
717917--717999	29	2.9	28	79	15	82	53	6	15	25	1.65
717931--717978	15	3.3	15	91	2	80	47	6	18	27	1.72
717960--718017	30	2.0	29	86	10	82	55	6	13	24	1.63
726950--727015	26	2.4	27	76	14	73	42	21	3	33	1.68
727128--727203	38	2.0	38	87	5	109	28	19	22	28	1.98
729992--730033	13	3.2	13	77	16	50	66	2	0	30	1.04
730459--730491	2	16.5	2	93	0	57	0	51	0	48	1.00
732957--733321	60	6.1	60	85	5	452	41	13	28	16	1.86
735266--735350	25	3.4	25	90	3	118	41	10	17	30	1.83
735885--735942	29	2.0	29	100	0	116	34	10	27	27	1.89
736590--736691	51	2.0	51	92	3	170	47	5	19	27	1.73
737666--737706	16	2.6	16	88	3	57	34	17	7	41	1.77
739458--739499	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
742175--742220	2	24.0	2	82	8	60	50	0	0	50	1.00
745083--745153	35	2.0	35	94	0	124	53	11	7	28	1.62
745073--745298	115	1.9	118	90	4	368	43	13	7	35	1.72
754782--754811	7	4.3	7	100	0	60	46	0	40	13	1.43
757335--757363	13	2.2	13	100	0	58	34	10	13	41	1.79
760524--760571	20	2.4	21	83	13	57	41	22	31	4	1.73
760537--760610	30	2.5	29	82	6	85	35	25	29	9	1.88
760833--760888	24	2.3	24	100	0	112	37	16	17	28	1.91
767127--767167	14	2.9	14	85	7	57	17	0	14	68	1.22
768820--768864	16	2.9	16	93	3	74	48	0	11	40	1.39
769422--769474	22	2.4	22	96	0	97	20	18	15	45	1.85
769840--769879	21	2.0	20	85	14	55	40	5	5	50	1.46
778162--778202	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
778550--778626	37	2.1	38	95	2	138	50	12	0	36	1.41
780047--780080	13	2.7	13	90	4	52	35	0	14	50	1.44
791612--791670	25	2.4	25	88	5	86	45	5	0	49	1.24
792432--792528	36	2.5	41	83	9	123	44	3	1	51	1.24
792467--792555	36	2.6	36	86	11	118	43	0	1	55	1.07
795679--795817	20	6.9	20	77	8	111	40	25	18	15	1.90
795681--795827	62	2.4	61	80	6	165	40	25	17	16	1.90
797808--797857	7	7.0	7	86	11	57	52	30	2	16	1.55
797976--798015	16	2.5	16	95	0	71	40	30	0	30	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
799423--799461	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
803301--803325	11	2.3	11	100	0	50	0	16	12	72	1.13
803308--803358	24	2.0	24	85	7	66	5	15	21	56	1.60
804362--804543	55	3.3	54	86	6	231	30	18	17	33	1.94
804542--805568	54	19.4	54	83	3	1074	23	24	17	34	1.96
804554--805552	212	4.7	212	86	3	1146	23	24	17	34	1.96
804615--805512	320	2.8	316	89	4	1322	23	24	18	34	1.96
805890--806083	36	5.4	36	83	4	205	22	18	23	36	1.95
811326--811485	21	7.7	21	85	8	184	16	21	21	40	1.91
814690--814736	24	1.9	25	86	4	69	6	14	23	55	1.63
815961--815997	15	2.5	15	95	0	65	5	16	70	8	1.30
816250--816311	32	2.0	31	84	6	81	22	17	8	51	1.71
820163--820306	60	2.4	61	78	1	155	47	6	13	31	1.69
820664--820690	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
823936--823961	12	2.2	12	100	0	52	61	0	23	15	1.33
824480--824726	63	4.0	61	74	16	182	21	19	23	35	1.96
824515--824734	42	5.3	42	93	1	372	20	19	25	35	1.96
825183--825248	24	2.8	24	86	2	80	31	1	3	63	1.19
825430--825458	14	2.0	15	93	6	51	34	0	6	58	1.25
848409--848487	10	8.7	9	73	21	51	75	0	15	8	1.02
848442--848525	25	3.3	25	80	6	105	72	0	20	7	1.07
848391--848555	52	3.1	50	81	11	156	72	0	18	9	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
848456--848563	42	2.4	43	82	13	121	72	0	20	7	1.08
848442--848560	26	4.6	25	77	13	109	72	0	20	7	1.09
848458--848564	44	2.5	42	80	13	119	72	0	19	7	1.07
848422--848569	16	9.7	15	68	21	53	72	0	17	9	1.09
849917--850401	55	8.9	55	82	8	509	28	15	24	31	1.95
849932--850401	110	4.3	109	83	9	573	28	15	24	31	1.95
863537--863583	22	2.2	22	88	3	69	36	2	8	53	1.44
870404--870465	29	2.1	29	87	0	88	19	11	22	46	1.81
870506--870651	72	2.0	72	92	2	240	28	13	20	36	1.91
872470--872537	35	1.9	35	87	0	100	50	20	1	27	1.57
875738--876313	156	3.6	156	84	3	706	28	21	6	43	1.77
876553--876581	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
876769--876810	19	2.3	18	84	11	59	16	11	26	45	1.82
878787--879314	156	3.4	157	84	3	686	27	21	6	45	1.75
879604--879639	2	17.5	2	94	5	63	50	0	2	47	1.15
881246--881275	15	2.0	15	100	0	60	46	13	13	26	1.80
891845--891908	28	2.3	26	77	15	74	62	6	4	26	1.39
891944--891978	10	3.5	10	100	0	70	8	11	22	57	1.61
895620--896154	156	3.4	155	84	3	676	28	20	6	44	1.75
895620--896195	158	3.7	155	84	3	706	28	21	6	44	1.76
896654--896698	19	2.4	19	96	0	81	15	13	26	44	1.83
900013--900077	28	2.3	26	75	14	67	64	6	4	24	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
900113--900137	10	2.5	10	100	0	50	8	12	24	56	1.62
900104--900156	24	2.2	24	89	0	79	9	11	20	58	1.60
903797--904372	156	3.6	156	83	3	688	27	21	6	44	1.77
907704--907756	26	2.0	26	82	13	65	37	15	1	45	1.57
908681--908745	28	2.3	26	75	14	67	64	6	4	24	1.36
912455--913029	156	3.7	157	84	4	696	28	21	6	43	1.76
913269--913361	2	46.0	2	97	2	177	49	0	1	49	1.07
913550--913591	19	2.3	18	80	11	50	19	11	23	45	1.83
916371--916423	26	2.0	26	82	13	65	37	15	1	45	1.57
917254--917292	14	2.8	14	84	0	51	7	12	23	56	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7