genome.fa.s422.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000422.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000773_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2457469

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  1  of  12  ( 1325 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
902--1728	178	4.6	184	93	5	1370	33	15	16	34	1.90
4673--4736	23	2.8	23	88	2	85	35	7	18	37	1.80
4936--4972	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
4928--4974	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
6353--6381	13	2.3	13	94	5	51	55	0	6	37	1.27
9933--10012	40	2.0	40	97	0	151	23	15	41	20	1.89
10761--10830	32	2.2	32	94	0	122	32	22	24	20	1.97
16178--16207	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
16440--16534	34	3.0	32	82	11	133	22	14	2	61	1.44
18217--18241	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
22097--22134	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
25931--25967	3	12.3	3	88	11	58	70	0	0	29	0.88
26124--26581	43	10.5	42	71	15	265	24	18	29	26	1.98
26166--26581	46	9.5	41	70	10	185	24	19	29	26	1.98
26166--26545	129	2.9	129	94	1	663	23	18	30	26	1.98
26166--26597	89	4.9	89	78	10	408	24	19	30	26	1.98
26780--26900	60	2.0	62	84	9	160	42	16	13	27	1.85
26780--26950	65	2.7	59	80	12	173	43	14	14	28	1.84
27223--27565	28	11.6	30	73	13	173	46	13	10	28	1.77
27299--27565	57	4.6	56	71	14	204	47	14	10	26	1.77
27299--27565	28	9.3	28	75	12	202	47	14	10	26	1.77
27229--27584	148	2.4	148	89	2	545	47	14	10	27	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27802--27905	36	3.0	36	80	4	115	35	12	20	31	1.90
27803--27921	36	3.4	36	78	6	111	36	13	21	29	1.91
27916--28110	105	1.9	104	88	3	293	39	11	17	30	1.86
28511--28585	4	19.2	4	94	5	136	25	0	25	49	1.51
34329--34372	22	2.0	22	81	0	52	52	15	4	27	1.63
36328--36364	3	12.3	3	88	11	58	70	0	0	29	0.88
38048--38072	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
38024--38170	39	3.9	38	81	11	169	45	3	6	44	1.47
38032--38260	76	3.0	74	82	10	270	43	2	6	47	1.43
38024--38351	37	8.9	37	78	13	266	42	3	7	46	1.47
38024--38351	36	8.9	36	77	14	235	42	3	7	46	1.47
38362--38438	4	18.8	4	77	15	77	23	3	1	71	1.10
38368--38435	25	2.7	25	84	6	84	22	2	1	73	1.05
38362--38446	20	4.2	20	80	15	86	24	3	1	70	1.10
38376--38451	20	3.7	19	83	11	89	22	2	1	73	1.03
39943--39990	5	9.8	5	82	13	55	18	6	0	75	1.01
39932--39985	25	2.2	24	83	3	63	16	9	1	72	1.19
40692--40791	30	3.3	30	81	14	116	39	6	13	42	1.68
40887--40941	28	1.9	29	88	3	85	40	14	7	38	1.74
42838--42878	16	2.4	18	80	8	50	58	0	0	41	0.98
53097--53137	20	2.0	20	100	0	82	39	26	9	24	1.86
55417--55603	55	3.4	54	83	3	225	30	20	13	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55417--55659	110	2.2	110	81	6	287	28	21	15	34	1.94
55571--56799	51	23.6	52	83	8	1157	24	24	18	32	1.97
55612--56803	156	7.6	156	80	8	1220	24	25	18	32	1.97
58090--58123	15	2.3	15	89	0	50	0	11	2	85	0.71
58090--58148	8	7.5	8	78	14	52	1	8	5	84	0.82
58110--58139	9	3.3	9	100	0	60	0	0	10	90	0.47
58090--58148	16	3.8	15	82	6	64	1	8	5	84	0.82
63226--63320	46	2.0	45	82	6	109	38	21	9	30	1.85
75281--75373	37	2.5	37	100	0	186	36	7	24	31	1.83
81779--81837	18	3.3	18	85	0	82	20	47	20	11	1.81
84354--84423	12	5.8	12	76	6	70	15	14	18	51	1.77
84333--84425	24	4.0	24	81	2	109	19	12	18	49	1.79
84336--84425	48	1.9	46	88	4	135	18	13	17	50	1.78
86418--86486	31	2.3	31	89	2	113	13	14	31	40	1.84
86495--86529	18	1.9	18	94	0	61	17	40	22	20	1.92
89007--89062	24	2.3	23	77	14	60	19	14	14	51	1.75
89021--89100	24	3.3	24	80	0	88	20	13	16	50	1.78
96780--96811	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
97561--97598	19	2.0	20	90	10	62	52	5	5	36	1.47
98849--98890	21	2.0	22	90	4	68	52	19	4	23	1.65
99198--99236	2	19.0	2	94	5	69	48	2	0	48	1.15
101054--101100	20	2.3	20	100	0	94	19	12	34	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101221--101260	20	2.0	21	95	5	73	25	20	22	32	1.98
101420--101470	20	2.5	20	93	0	84	25	19	13	41	1.88
105019--105085	3	22.7	3	93	3	118	64	0	0	35	0.94
105253--105402	37	4.1	37	89	1	230	24	19	21	34	1.96
105261--105400	73	1.9	73	92	0	235	23	20	20	35	1.96
105418--105529	42	2.7	42	83	8	131	33	22	14	30	1.93
105962--106062	42	2.4	41	77	6	105	33	20	20	24	1.97
105557--106491	215	4.3	215	80	8	1016	31	19	15	33	1.93
107660--108046	125	3.1	125	90	0	569	24	26	16	33	1.96
109174--109231	2	29.5	2	92	3	100	48	1	0	50	1.11
117203--117270	3	22.3	3	90	3	109	67	0	0	32	0.91
124939--125048	29	3.8	28	82	8	139	42	10	20	25	1.85
127033--127175	61	2.4	59	81	4	144	17	23	37	22	1.94
127387--127438	27	1.9	27	84	7	70	42	0	0	57	0.98
127388--127483	30	3.2	30	75	10	88	40	0	0	59	0.97
127369--127444	27	2.9	26	71	11	66	38	0	2	59	1.12
127415--127482	31	2.2	30	79	7	75	41	0	0	58	0.98
127596--127661	17	3.9	16	72	9	51	37	1	1	59	1.16
130318--130564	120	2.1	121	86	4	340	30	25	19	24	1.98
135218--135272	27	2.1	27	83	10	69	32	12	0	54	1.38
136827--136916	30	3.0	30	80	9	103	13	10	14	62	1.55
141670--142252	289	2.0	293	97	2	1122	32	19	15	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150196--150243	20	2.3	21	82	3	62	31	0	35	33	1.58
159625--159765	36	4.0	36	77	4	126	33	21	19	25	1.97
162625--162684	25	2.4	25	75	5	59	45	1	3	50	1.28
162887--163031	61	2.4	60	83	2	166	35	17	3	42	1.67
165735--165805	36	2.0	36	91	0	115	43	12	11	32	1.78
168938--168986	12	4.3	12	77	15	59	53	0	42	4	1.20
168939--168978	21	1.9	21	94	0	71	52	0	42	5	1.23
171322--171367	20	2.3	20	96	0	83	30	2	26	41	1.68
171575--171985	146	2.8	146	86	1	538	35	14	14	36	1.86
171868--171914	20	2.3	21	81	3	60	23	17	19	40	1.91
171865--172624	198	3.8	197	86	5	1003	38	14	13	33	1.84
171866--172658	397	2.0	398	86	2	1119	38	13	13	33	1.85
172536--173014	131	3.7	129	88	4	703	41	14	12	31	1.83
182505--182543	13	2.9	13	88	3	51	43	7	10	38	1.67
189305--189353	22	2.2	22	96	0	89	44	14	10	30	1.78
190219--190253	17	2.0	17	88	5	52	42	0	0	57	0.99
192275--192318	15	2.9	15	82	0	61	9	13	65	11	1.46
197659--197730	32	2.2	32	82	0	90	15	27	30	26	1.96
197939--198011	29	2.4	32	84	9	98	13	27	34	24	1.93
205976--206026	24	2.2	23	89	10	77	58	0	3	37	1.16
206398--206724	43	7.7	43	67	17	157	26	17	23	32	1.97
206388--206722	128	2.6	129	76	9	328	26	16	23	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207122--207221	21	4.8	21	80	2	67	5	36	18	41	1.72
216741--216917	41	4.4	40	79	10	182	32	18	14	35	1.91
216742--216917	81	2.2	80	84	6	221	31	18	14	35	1.91
216928--217026	42	2.4	42	82	3	119	23	17	20	39	1.92
217829--217955	43	3.0	43	78	5	141	28	18	21	31	1.97
221860--221978	42	2.9	41	85	1	157	31	21	19	28	1.97
222558--222611	24	2.3	24	87	9	76	33	3	5	57	1.40
225403--225593	92	2.1	88	91	3	301	21	16	17	44	1.87
226075--226152	34	2.3	35	88	4	122	28	23	19	29	1.98
230977--231030	21	2.6	20	75	13	56	37	16	24	22	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12