genome.fa.s422.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000422.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000773_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2457469

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2099609--2099698	28	3.3	28	72	7	78	50	1	1	47	1.15
2099638--2099703	30	2.2	31	83	8	82	48	0	1	50	1.10
2100317--2100361	14	3.1	14	81	15	56	40	0	2	57	1.11
2100339--2100429	28	3.3	28	72	7	80	49	1	1	48	1.15
2100369--2100437	30	2.3	31	82	9	81	49	0	1	49	1.09
2100538--2101205	198	3.4	196	87	4	860	39	14	15	30	1.87
2101209--2101265	23	2.4	23	76	2	69	36	17	10	35	1.84
2101293--2101343	23	2.2	23	85	0	66	37	21	5	35	1.78
2101220--2101457	87	2.7	87	91	0	386	31	15	10	42	1.80
2101380--2101430	23	2.2	23	89	0	75	33	19	7	39	1.81
2101380--2101439	23	2.6	23	76	10	68	31	16	8	43	1.78
2103911--2104120	100	2.0	103	92	5	354	44	5	18	31	1.73
2110027--2110064	20	1.9	20	100	0	76	31	10	18	39	1.85
2118315--2118428	32	3.6	32	80	0	120	34	14	17	34	1.90
2123116--2123147	16	2.1	16	94	5	57	75	0	12	12	1.06
2133619--2133644	5	5.2	5	100	0	52	23	57	19	0	1.40
2134177--2134217	18	2.2	18	87	12	57	34	7	17	41	1.77
2146630--2146667	19	2.0	19	100	0	76	15	15	5	63	1.48
2154380--2154584	103	2.0	103	84	5	274	28	19	24	27	1.98
2162684--2162764	29	2.8	29	96	0	144	30	22	11	35	1.89
2168286--2168375	45	2.0	46	82	10	114	17	23	24	34	1.96
2168285--2168378	23	4.1	23	80	5	111	17	22	23	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2172500--2172548	25	1.9	26	87	4	73	61	0	0	38	0.96
2173672--2173713	19	2.2	20	87	8	61	26	0	0	73	0.83
2175497--2175533	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2180094--2180208	38	3.0	38	98	0	221	23	19	24	33	1.97
2183671--2183721	11	4.5	11	74	13	50	62	3	9	23	1.42
2184058--2184139	30	2.7	30	83	7	103	45	3	8	42	1.52
2184117--2184147	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2184023--2184157	69	2.0	67	85	11	186	43	2	8	44	1.50
2185342--2185396	24	2.3	24	96	0	101	23	23	18	34	1.96
2186092--2186128	12	3.1	12	100	0	74	48	0	8	43	1.32
2187459--2188060	81	7.6	80	83	6	638	30	21	13	34	1.92
2187474--2188060	160	3.7	161	84	5	691	31	21	13	33	1.92
2187569--2188060	241	2.0	239	85	4	668	31	21	13	34	1.92
2196055--2196092	19	2.0	20	85	15	53	28	7	21	42	1.81
2196736--2196880	45	3.2	45	81	1	164	45	17	16	20	1.86
2197726--2197903	90	2.0	89	97	2	340	21	11	28	38	1.89
2197938--2198028	44	2.0	45	97	2	175	32	6	21	38	1.80
2198888--2198998	26	4.3	26	82	8	129	29	11	11	46	1.76
2198927--2198998	13	5.5	13	76	12	58	29	9	12	48	1.73
2199670--2199712	16	2.6	17	78	10	54	16	6	16	60	1.56
2201328--2201387	21	2.9	21	84	0	66	3	41	15	40	1.63
2201362--2201447	21	4.1	21	86	0	91	9	38	15	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2201381--2201437	21	2.7	21	100	0	114	10	35	19	35	1.86
2208466--2208555	41	2.2	41	80	9	94	35	21	13	30	1.91
2208888--2209008	41	3.0	42	89	3	185	33	18	15	33	1.92
2208889--2209061	83	2.1	80	80	8	179	31	19	16	32	1.94
2218144--2218184	15	2.8	15	79	17	50	2	26	4	65	1.25
2220076--2220124	20	2.5	20	96	0	89	65	0	26	8	1.20
2220076--2220123	10	4.9	10	92	2	80	64	0	27	8	1.22
2221674--2221724	19	2.7	19	96	3	95	47	21	0	31	1.51
2233355--2233411	28	2.0	28	83	6	71	47	19	0	33	1.50
2234520--2234877	181	2.0	180	97	1	684	29	31	15	23	1.95
2236083--2236245	37	4.4	38	78	11	158	46	2	4	46	1.35
2240731--2240764	17	2.1	17	94	5	61	44	5	14	35	1.70
2242819--2242864	21	2.2	21	92	0	74	32	6	39	21	1.79
2244604--2244692	32	2.8	31	75	11	83	25	28	25	20	1.99
2245617--2245801	29	6.6	29	82	6	211	40	21	5	33	1.76
2245798--2245838	18	2.4	17	87	4	55	12	21	43	21	1.85
2252969--2253098	29	4.6	29	82	11	162	39	21	6	32	1.80
2258042--2258083	15	3.1	14	77	16	52	64	7	0	28	1.20
2258042--2258089	14	3.5	13	80	11	51	66	6	0	27	1.15
2259322--2259441	3	39.3	3	85	8	154	62	2	0	34	1.14
2269325--2269411	45	1.9	45	97	0	165	59	6	13	19	1.56
2269478--2269559	38	2.0	41	88	11	125	32	15	10	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2269928--2270360	54	8.3	55	86	5	293	28	26	16	28	1.97
2270035--2270360	100	3.2	101	88	6	406	28	27	15	28	1.96
2270035--2270359	51	6.3	51	86	8	442	28	28	15	28	1.96
2271665--2271809	18	8.1	17	70	19	73	10	17	1	70	1.23
2271740--2271781	20	2.0	21	90	4	68	11	16	0	71	1.14
2271710--2271781	7	9.7	7	75	21	67	12	16	0	70	1.16
2281445--2281544	45	2.1	48	85	7	143	41	20	11	28	1.86
2284353--2284443	45	2.0	45	95	0	164	60	8	13	17	1.57
2288048--2288098	21	2.4	21	78	15	52	27	17	15	39	1.90
2288776--2288811	11	3.3	11	88	0	54	30	2	13	52	1.55
2288742--2288783	13	3.3	13	73	6	50	57	2	2	38	1.25
2288826--2288881	30	1.9	28	85	7	76	48	0	3	48	1.19
2288824--2288881	13	4.2	13	79	12	62	48	0	3	48	1.18
2289010--2289139	2	66.0	2	69	19	78	48	3	2	46	1.30
2289019--2289092	34	2.3	34	88	9	111	51	4	1	43	1.29
2289009--2289148	60	2.3	63	80	13	166	48	3	2	45	1.34
2289040--2289174	34	3.9	33	79	10	110	48	4	2	43	1.38
2289365--2289443	37	2.2	35	81	4	86	39	10	12	37	1.77
2289444--2289516	2	36.5	2	94	5	130	50	1	0	47	1.09
2289611--2289658	21	2.3	21	88	0	69	41	6	6	45	1.54
2289669--2289719	15	3.3	15	71	15	50	41	3	3	50	1.39
2290767--2290820	23	2.3	24	96	3	101	48	9	0	42	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2290859--2290916	22	2.4	25	83	11	77	39	1	0	58	1.08
2293708--2293759	20	2.6	20	78	9	61	36	21	17	25	1.94
2298649--2298723	32	2.4	31	84	4	96	37	29	20	13	1.90
2300119--2300164	20	2.3	20	100	0	92	23	15	34	26	1.94
2300063--2300219	75	2.1	75	92	0	260	26	18	27	28	1.98
2301014--2301102	21	4.1	21	77	16	101	23	16	28	31	1.96
2301031--2301116	44	2.0	44	90	0	136	25	17	25	31	1.97
2306882--2306940	31	1.9	31	85	0	82	8	30	38	22	1.83
2308378--2308428	20	2.5	20	93	0	84	33	23	19	23	1.97
2319426--2319487	31	2.0	31	93	0	106	41	16	14	27	1.87
2326551--2326669	38	3.3	36	72	11	100	36	21	18	23	1.95
2345681--2345733	26	2.0	26	82	13	65	39	16	16	26	1.91
2355941--2356093	79	1.9	79	86	0	216	49	13	13	24	1.77
2357844--2357922	32	2.4	32	89	2	113	31	11	13	43	1.80
2357914--2357969	27	2.1	27	89	0	85	30	10	14	44	1.79
2359765--2359808	18	2.5	17	81	3	52	38	4	29	27	1.76
2360198--2360754	255	2.2	256	86	7	806	40	18	12	28	1.87
2361910--2361971	31	2.0	31	87	0	88	41	17	14	25	1.88
2362194--2362253	20	3.0	20	97	0	111	35	40	3	21	1.70
2368054--2368103	12	4.1	12	74	23	50	14	10	10	66	1.46
2391063--2391115	27	2.0	27	92	0	88	33	11	22	32	1.90
2391380--2391420	20	2.0	20	100	0	82	31	19	4	43	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2396770--2396807	20	1.9	20	94	0	67	26	23	5	44	1.74
2400202--2400249	20	2.5	20	86	3	62	35	0	22	41	1.54
2402006--2402043	20	1.9	20	100	0	76	26	21	5	47	1.71
2403470--2403539	20	3.3	20	83	11	95	45	5	4	44	1.47
2406582--2406619	20	1.9	20	94	0	67	15	18	47	18	1.83
2412067--2412097	15	2.1	15	100	0	62	22	19	19	38	1.93
2412764--2412839	31	2.5	31	80	0	89	31	30	26	11	1.92
2415674--2415713	20	2.0	21	90	5	64	32	0	27	40	1.57
2415679--2415724	20	2.3	20	85	3	58	39	0	23	36	1.55
2422379--2422418	20	2.0	20	100	0	80	30	20	5	45	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12