genome.fa.s422.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000422.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000773_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2457469

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
649287--650240	249	3.8	246	86	4	1132	30	24	19	25	1.98
650769--650976	37	5.4	38	74	9	147	42	4	8	44	1.55
650769--651100	39	8.7	38	74	11	196	42	5	6	45	1.52
650939--650964	12	2.2	12	100	0	52	38	7	7	46	1.61
650779--650986	113	1.8	114	88	3	321	43	3	8	44	1.53
650798--650986	76	2.5	74	79	10	195	43	3	7	44	1.49
650798--651107	37	8.1	37	73	13	184	42	4	5	46	1.49
651103--651165	7	9.1	7	79	10	58	20	1	0	77	0.85
651101--651165	11	6.4	11	85	8	77	21	1	0	76	0.86
652446--652472	5	5.4	5	100	0	54	22	0	0	77	0.76
652478--652550	2	37.0	2	88	2	103	46	2	0	50	1.15
652599--652660	18	3.6	17	75	16	56	25	3	1	69	1.13
652594--652678	22	4.5	19	72	25	65	23	3	2	70	1.14
652636--652667	16	2.0	16	93	0	55	25	0	3	71	1.00
653132--653188	2	29.0	2	96	3	107	0	49	0	50	1.00
658787--658891	32	3.4	31	71	18	85	31	18	17	33	1.94
658805--658911	31	3.5	30	77	11	94	30	16	20	31	1.95
659718--659751	16	2.1	16	88	5	50	38	17	2	41	1.65
665260--665291	2	17.0	2	87	12	50	53	0	0	46	1.00
671639--671670	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
672851--673214	179	2.0	180	98	0	712	47	8	8	35	1.65
673442--673548	53	2.0	54	98	1	207	24	14	16	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
674109--674193	44	1.9	44	90	0	134	37	12	17	31	1.88
675774--675920	60	2.5	60	80	10	158	32	13	18	35	1.90
681165--681209	21	2.0	21	84	16	56	37	4	2	55	1.32
694333--694405	23	3.3	22	72	16	53	24	28	19	27	1.98
703587--703624	18	2.1	18	100	0	76	47	5	23	23	1.72
708809--709172	123	2.9	124	90	2	534	30	18	23	27	1.97
708808--709248	42	10.6	42	77	4	365	28	18	24	28	1.98
714428--714473	21	2.2	21	84	0	56	19	45	19	15	1.85
717524--717586	10	6.0	10	74	17	56	46	11	38	4	1.61
717525--717583	21	2.8	21	89	2	82	45	10	38	5	1.60
717886--718002	42	2.8	42	72	5	110	34	23	17	23	1.96
718941--718969	12	2.5	12	94	5	51	62	6	0	31	1.22
723043--723377	167	2.0	168	98	1	647	25	20	23	29	1.99
724061--724143	40	2.1	40	100	0	166	42	26	9	21	1.84
725435--725551	56	2.1	55	96	3	218	24	33	19	22	1.97
725590--725635	24	1.9	24	82	8	58	36	15	26	21	1.93
725768--725796	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
733399--733449	24	2.1	24	100	0	102	29	7	19	43	1.79
734770--734829	15	3.9	15	74	8	66	20	25	31	23	1.98
734758--734826	32	2.2	32	89	0	102	18	26	31	23	1.97
746723--746797	31	2.5	31	91	6	118	34	1	1	62	1.12
746742--746795	18	3.3	18	67	32	57	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746741--746813	31	2.4	31	90	4	103	43	1	0	54	1.08
754736--754766	3	10.7	3	93	6	55	64	0	0	35	0.94
754736--754763	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
755002--755655	54	12.0	55	89	3	720	23	24	18	33	1.97
755506--755590	27	3.1	27	61	29	63	18	27	20	34	1.96
755658--756136	36	12.9	36	71	14	242	25	19	21	34	1.96
755658--756136	72	6.5	70	70	12	275	25	19	21	34	1.96
755821--755883	31	2.0	31	93	6	110	25	15	22	36	1.94
755852--756222	116	3.2	116	92	0	618	25	18	21	33	1.96
755658--756134	37	12.9	37	71	13	270	25	19	20	34	1.96
757048--757082	17	2.1	18	89	10	56	22	28	0	48	1.51
760617--760660	6	7.2	6	92	7	63	47	20	15	15	1.82
760621--760657	13	2.8	13	88	11	58	45	21	16	16	1.84
760912--760977	21	3.1	21	91	0	105	10	22	22	43	1.84
766291--766326	8	4.5	8	100	0	72	11	50	0	38	1.38
766534--766722	63	3.0	63	94	2	326	19	24	18	37	1.94
767067--767135	24	2.9	24	93	0	111	28	23	26	21	1.99
769878--769919	21	2.0	22	95	4	77	38	4	0	57	1.20
769972--770150	92	1.9	92	88	0	268	39	21	14	24	1.91
771170--771409	130	1.9	129	82	6	306	30	12	12	44	1.79
774305--774544	81	3.0	80	90	1	356	25	22	14	38	1.91
774486--774882	68	5.9	68	90	0	598	30	22	13	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
774486--774882	135	2.9	134	90	1	596	30	22	13	32	1.93
775782--775837	22	2.7	20	82	15	69	25	30	19	25	1.98
775802--775855	22	2.6	21	80	16	60	25	31	16	25	1.97
777555--777757	54	3.8	54	89	0	307	35	15	14	33	1.89
780910--781088	64	2.8	64	79	6	177	34	20	18	26	1.96
781436--781471	12	3.0	12	95	0	63	33	2	25	38	1.70
781487--781589	29	3.6	29	97	1	190	44	16	20	18	1.87
787537--787690	64	2.4	64	78	6	152	37	20	16	25	1.94
787565--787689	64	2.0	64	85	3	171	36	21	18	24	1.95
788049--788084	12	3.0	12	91	0	63	33	5	25	36	1.79
788100--788173	29	2.6	29	95	2	132	44	16	20	18	1.87
788100--788186	29	3.0	29	89	1	95	47	14	18	19	1.83
795191--795240	17	2.9	17	84	0	64	44	4	14	38	1.63
798154--798495	132	2.6	132	87	0	477	35	14	13	36	1.86
798154--798552	132	3.0	132	84	2	383	35	14	13	36	1.85
802589--802620	12	2.7	12	90	0	55	28	37	0	34	1.57
804711--804782	36	2.0	36	97	0	135	45	0	19	34	1.51
810926--811035	12	8.7	12	74	19	66	78	5	14	1	1.02
810926--811052	22	5.3	24	71	20	81	77	5	14	1	1.01
810931--811050	32	3.7	33	75	10	104	78	5	15	1	1.00
810942--811052	26	4.2	26	77	16	113	78	5	14	1	1.01
810931--811041	8	13.5	8	72	15	68	79	4	14	1	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812035--812194	33	4.8	33	84	5	216	35	14	20	30	1.92
812034--812194	66	2.4	66	92	2	270	34	14	20	30	1.92
812040--812217	32	5.4	32	85	8	218	34	14	19	32	1.92
812328--812456	34	3.8	34	93	1	206	36	20	10	32	1.87
812549--813041	40	12.4	40	91	2	760	31	15	11	41	1.82
812807--812875	23	3.3	23	64	29	62	33	11	14	40	1.82
812551--813041	159	3.1	158	91	2	761	31	15	10	41	1.82
812551--813041	199	2.5	198	92	2	797	31	15	10	41	1.82
813108--813160	15	3.7	14	75	12	54	33	15	15	35	1.88
813109--813166	28	2.0	29	90	9	93	32	12	15	39	1.84
813137--813404	76	3.6	72	77	9	250	29	18	14	37	1.90
813680--813930	91	2.7	91	96	0	448	38	15	23	23	1.92
813993--814048	16	3.4	16	68	18	51	48	8	23	19	1.77
814000--814052	17	3.1	17	70	20	56	45	11	18	24	1.82
813852--814457	240	2.5	239	94	1	1043	34	17	21	26	1.95
814451--814755	43	6.8	43	82	12	341	28	12	27	31	1.93
814451--814762	86	3.5	87	87	5	376	29	12	27	30	1.93
814612--814716	54	1.9	55	90	5	169	31	13	24	30	1.93
814772--815083	90	3.5	90	92	1	495	23	20	22	33	1.97
815064--815125	20	3.0	21	72	13	65	20	30	24	24	1.99
816409--816480	36	2.0	36	97	0	135	45	0	19	34	1.51
821589--821631	12	3.7	12	90	3	70	27	39	0	32	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
822973--823006	9	3.9	9	84	7	52	35	0	2	61	1.11
822972--823023	17	3.1	17	88	5	79	34	0	5	59	1.21
822972--823029	17	3.5	17	88	4	73	32	0	5	62	1.18
823883--823935	26	2.0	26	100	0	106	22	22	15	39	1.91
825216--825285	25	2.8	25	82	4	70	20	2	11	65	1.37
825239--825286	25	1.9	25	91	0	78	18	4	12	64	1.43
832448--832486	20	2.0	20	100	0	78	35	7	30	25	1.84
840434--840485	3	17.3	3	83	0	68	67	0	1	30	1.02
840860--841058	96	2.1	96	88	0	290	28	21	15	35	1.94
840956--841449	113	4.4	113	95	0	871	26	21	14	37	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12