genome.fa.s572.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000572.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001120_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2399138

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1022--1129	54	2.0	54	100	0	216	29	11	14	44	1.80
5116--5197	2	41.0	2	95	0	146	48	0	1	50	1.08
9032--9072	21	1.9	22	85	5	57	9	7	12	70	1.33
9544--9683	9	15.2	10	83	11	128	60	0	2	36	1.11
9560--9683	3	41.3	3	89	3	187	62	0	3	34	1.12
9832--10356	119	4.5	119	92	4	840	28	20	14	36	1.92
10981--12086	100	11.0	101	95	2	1804	36	23	14	24	1.93
10968--12086	51	22.1	51	93	4	1916	36	23	14	25	1.93
13014--13081	5	13.8	5	75	14	61	0	16	0	83	0.64
13014--13085	15	4.9	15	78	14	71	0	16	0	83	0.65
13014--13081	13	5.3	13	81	16	63	0	16	0	83	0.64
13012--13087	30	2.6	30	87	8	111	0	15	0	84	0.63
13012--13089	11	6.7	12	72	21	60	0	16	0	83	0.65
13010--13090	20	4.2	18	76	19	67	0	17	0	82	0.66
23589--23631	17	2.5	17	81	11	52	69	2	0	27	1.00
25739--25854	3	38.7	3	92	0	196	62	0	2	34	1.09
28257--28291	17	2.1	17	88	0	52	22	11	22	42	1.85
31125--31184	25	2.4	25	97	2	111	48	6	8	36	1.60
36750--36798	21	2.5	20	76	6	55	44	4	2	48	1.33
37203--37246	19	2.3	19	100	0	88	40	34	4	20	1.73
47280--47547	136	2.0	136	93	1	457	30	19	16	32	1.94
56455--56490	17	2.0	19	89	10	58	33	2	2	61	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59313--59354	22	2.0	22	85	4	59	40	0	9	50	1.35
75168--75630	180	2.6	182	89	1	680	42	13	15	27	1.85
76061--76109	19	2.6	19	96	0	89	32	0	10	57	1.32
76061--76121	19	3.3	19	90	2	79	34	0	11	54	1.37
76645--77230	183	3.2	183	92	1	971	34	13	16	34	1.89
77107--77350	120	2.0	121	92	0	409	32	13	15	38	1.86
79060--79104	23	2.0	23	86	0	63	37	15	8	37	1.79
80255--80310	29	2.0	28	82	3	67	51	1	1	44	1.22
80983--81055	32	2.2	33	90	4	121	12	8	36	42	1.72
85549--85704	78	2.0	78	97	0	294	13	30	21	34	1.92
87524--87556	15	2.2	16	89	10	52	63	0	0	36	0.95
89696--89744	17	2.9	16	79	8	62	36	4	0	59	1.17
90166--90208	15	2.8	15	85	3	50	55	4	2	37	1.33
91149--91200	27	1.9	27	84	7	70	53	5	0	40	1.25
92590--92640	20	2.8	19	81	18	56	37	3	0	58	1.16
93463--93501	20	2.1	19	90	9	62	38	5	10	46	1.60
95804--95844	15	2.6	15	88	7	55	29	9	24	36	1.87
97655--98053	41	9.8	40	80	10	409	28	21	18	31	1.97
97636--98053	81	5.1	83	84	6	482	29	21	18	30	1.97
100189--100244	20	2.8	20	83	2	67	19	5	21	53	1.65
100372--100509	43	3.3	40	76	14	134	30	22	23	23	1.99
100395--100617	43	5.3	42	83	7	272	28	24	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100411--100613	83	2.4	86	85	4	261	31	26	18	23	1.98
101408--101447	18	2.2	18	90	0	62	45	12	35	7	1.70
106299--106409	58	1.9	59	88	1	170	57	4	8	29	1.47
120005--120191	83	2.3	83	94	0	329	36	8	21	33	1.83
120244--120338	36	2.9	32	84	15	124	53	0	6	40	1.26
120244--120334	29	2.8	32	88	11	125	53	0	5	40	1.24
120247--120326	35	2.3	36	89	4	119	56	0	6	37	1.25
120506--120588	29	2.8	29	82	10	98	60	3	3	32	1.31
121300--121337	19	2.0	19	85	10	51	52	13	5	28	1.61
124882--124922	19	2.2	19	86	4	57	17	4	12	65	1.42
127774--128145	189	2.0	189	94	0	654	25	21	18	34	1.96
140098--140143	24	1.9	24	82	8	58	50	6	13	30	1.66
147725--147781	26	2.2	26	90	0	96	35	19	21	24	1.96
147726--147794	26	2.4	29	79	18	90	37	21	17	23	1.94
151111--151178	25	2.6	25	82	13	68	32	2	2	61	1.26
151348--151398	20	2.5	20	78	15	59	35	3	0	60	1.15
151383--151443	22	2.8	21	80	11	61	27	3	0	68	1.05
151410--151461	26	2.0	27	85	11	72	23	3	1	71	1.13
152078--152123	16	2.8	16	81	18	58	56	0	0	43	0.99
161421--161471	21	2.5	21	80	3	59	47	11	7	33	1.69
171870--171906	19	1.9	19	100	0	74	27	29	5	37	1.79
171871--171956	19	4.2	19	73	16	64	30	26	5	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172122--172166	18	2.4	19	82	14	58	35	0	2	62	1.08
174086--174126	14	3.0	14	80	16	50	43	0	0	56	0.99
175005--175051	22	2.1	22	84	7	60	55	4	17	23	1.59
175706--175763	28	2.0	29	83	3	73	50	0	3	46	1.18
176299--176344	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
184506--184531	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
187295--187361	33	2.0	33	94	0	116	50	10	14	23	1.74
191196--191279	45	1.9	43	82	4	105	32	4	1	61	1.24
192037--192065	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
201324--201356	14	2.4	14	90	5	50	15	9	6	69	1.34
201667--201697	16	1.9	16	100	0	62	41	32	0	25	1.56
203532--203703	60	2.9	60	77	8	190	30	8	19	41	1.81
208516--208567	16	3.5	16	75	20	67	63	3	0	32	1.12
208504--208576	28	2.6	28	97	0	137	60	2	1	35	1.20
212450--212563	55	2.1	56	96	1	212	34	0	3	61	1.19
219011--219041	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
226014--226051	13	2.9	13	96	0	67	13	44	26	15	1.83
226062--226117	29	1.9	29	92	0	94	32	7	21	39	1.80
226061--226127	29	2.3	28	85	7	89	28	5	23	41	1.78
226124--226175	26	2.0	26	92	3	88	40	5	0	53	1.25
226135--226224	29	3.2	29	80	6	89	35	2	7	54	1.42
226171--226241	30	2.5	28	82	8	83	35	1	14	49	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230432--230484	16	3.2	16	72	5	52	41	26	1	30	1.66
230814--230882	23	3.0	23	84	0	93	28	26	24	20	1.99
230898--231108	103	2.0	103	93	0	359	36	23	13	26	1.91
236422--236605	29	6.5	29	75	10	112	33	3	14	49	1.59
238534--238620	40	2.2	40	85	2	122	36	18	1	43	1.58
238762--238803	21	2.0	21	85	4	57	50	2	0	47	1.14
239426--239488	32	2.0	31	84	9	83	33	1	4	60	1.27
254604--254628	9	2.8	9	100	0	50	88	0	0	12	0.53
256974--257143	84	2.0	84	100	0	340	27	11	21	40	1.88
265624--265774	18	8.6	17	79	6	142	44	9	12	33	1.76
265650--265749	17	5.8	17	82	5	94	47	9	10	34	1.69
265650--265774	35	3.6	35	82	7	123	44	9	12	32	1.75
266281--266320	18	2.2	18	95	0	71	42	17	12	27	1.85
274158--274183	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
274549--274600	21	2.5	21	87	0	77	50	1	9	38	1.46
275668--275863	36	5.4	36	89	0	293	15	23	22	37	1.93
278239--278281	20	2.2	20	86	0	59	37	20	11	30	1.89
281311--281384	29	2.5	29	82	4	76	63	2	1	32	1.17
282314--282345	16	1.9	17	93	6	57	12	3	15	68	1.32
290992--291094	47	2.2	47	89	6	158	39	7	9	42	1.67
308912--309000	39	2.2	42	82	8	103	51	2	2	43	1.26
309022--309068	21	2.3	21	82	10	53	48	8	2	40	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
313948--314015	15	4.5	15	90	0	100	42	7	11	38	1.69
314017--314057	14	2.9	14	88	0	55	29	14	19	36	1.92
314244--314306	33	2.0	31	87	9	92	44	0	3	52	1.17
314341--314385	23	2.0	23	90	0	72	44	0	2	53	1.13
314342--314404	23	2.7	23	78	4	65	50	0	1	47	1.10
314380--314545	29	6.0	27	70	21	80	48	1	0	49	1.13
314451--314518	23	2.9	24	75	12	61	47	1	1	50	1.19
314366--314541	60	3.0	59	75	17	159	48	1	0	49	1.12
314718--314867	42	3.6	42	88	1	212	47	15	16	20	1.83
314945--314982	20	1.9	20	100	0	76	36	10	28	23	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9