genome.fa.s572.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000572.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001120_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2399138

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1333628--1333942	149	2.1	149	95	2	571	26	18	21	33	1.96
1333910--1333954	23	2.0	23	86	0	63	22	24	26	26	2.00
1336673--1336798	5	25.2	5	100	0	252	59	0	0	40	0.97
1336857--1336947	23	3.8	23	75	11	76	57	3	1	38	1.23
1337067--1337127	27	2.3	27	82	0	68	22	31	13	32	1.92
1337355--1337403	22	2.2	23	85	10	66	40	8	0	51	1.32
1354113--1354160	21	2.3	21	96	0	87	27	18	12	41	1.86
1358733--1358780	21	2.3	21	92	0	78	27	16	12	43	1.84
1359169--1359221	21	2.5	21	81	6	63	33	30	16	18	1.94
1359234--1359482	21	11.8	21	76	13	244	20	20	23	34	1.96
1359217--1359433	42	5.1	42	90	2	346	20	20	22	36	1.95
1359217--1359475	42	6.1	41	86	6	308	20	20	22	36	1.95
1359217--1359475	84	3.1	85	86	6	359	20	20	22	36	1.95
1360338--1360809	42	11.4	40	81	9	331	35	23	19	21	1.96
1360345--1360809	84	5.6	81	80	11	400	36	23	18	21	1.95
1360338--1360809	61	7.6	60	81	9	370	35	23	19	21	1.96
1360338--1360685	105	3.3	103	88	5	488	35	23	19	21	1.95
1360345--1360809	105	4.5	104	82	8	440	36	23	18	21	1.95
1360770--1360809	21	2.0	19	85	9	53	32	27	17	22	1.96
1362445--1362474	3	9.7	3	92	7	51	30	0	3	66	1.07
1367148--1367382	22	10.5	22	84	6	321	40	0	11	47	1.40
1367143--1367382	66	3.6	66	86	5	365	41	0	11	47	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1374935--1375364	213	2.0	213	93	0	734	37	21	20	20	1.94
1376263--1376335	3	24.3	3	100	0	146	32	0	0	67	0.91
1377533--1377579	20	2.4	19	80	16	51	25	2	14	57	1.49
1379992--1380053	32	2.0	32	96	3	117	14	14	9	61	1.57
1383691--1383722	15	2.2	15	94	5	57	37	6	31	25	1.81
1384364--1384559	106	1.9	103	87	7	288	34	14	11	40	1.81
1384726--1384801	30	2.6	30	87	8	104	30	13	14	42	1.84
1384740--1384801	30	2.1	30	96	0	115	32	12	14	40	1.84
1384822--1384939	26	4.6	25	65	23	59	29	13	11	44	1.79
1385752--1385860	35	3.3	35	71	23	126	21	22	13	43	1.87
1385690--1385914	64	3.6	64	95	3	404	20	21	15	42	1.89
1385928--1385988	28	2.2	27	85	8	79	22	11	13	52	1.72
1386034--1386397	40	8.6	40	69	17	143	25	32	18	23	1.97
1386013--1386386	129	2.9	129	79	11	426	25	33	18	22	1.97
1386609--1386669	3	20.3	3	100	0	122	32	0	0	67	0.91
1387846--1387892	20	2.4	19	80	16	51	25	2	14	57	1.49
1390120--1390191	37	1.9	37	97	0	135	11	23	13	51	1.73
1391518--1391548	8	3.8	8	95	4	53	51	0	0	48	1.00
1394598--1394660	27	2.3	28	78	8	67	46	11	0	42	1.39
1403625--1403728	29	3.6	29	89	0	145	47	18	0	33	1.55
1404494--1404520	10	2.7	10	100	0	54	40	33	0	25	1.56
1411044--1411146	29	3.5	30	82	6	122	47	14	1	35	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1417754--1417863	54	2.0	54	91	3	177	32	16	12	38	1.86
1420001--1420072	30	2.4	30	90	2	110	30	13	0	55	1.39
1420307--1420395	33	2.7	33	85	3	117	14	43	10	31	1.79
1422889--1422994	29	3.7	28	80	8	106	20	33	29	16	1.95
1423480--1423544	27	2.3	29	76	10	73	35	1	16	46	1.57
1423603--1423660	29	2.1	28	84	12	75	46	0	8	44	1.34
1426033--1426151	59	2.1	58	84	9	165	52	5	2	39	1.39
1426228--1426500	14	20.1	14	72	16	164	44	8	2	45	1.46
1426300--1426339	9	4.2	9	81	12	53	37	7	0	55	1.29
1426204--1426490	26	11.3	26	76	12	172	43	7	2	45	1.45
1426309--1426347	20	2.0	20	89	0	60	41	5	2	51	1.38
1426239--1426500	87	3.2	81	83	8	309	44	8	2	45	1.46
1426419--1426490	12	5.7	12	81	12	90	41	5	4	48	1.45
1426228--1426513	113	2.5	112	86	8	380	44	8	2	44	1.46
1426414--1426500	26	3.3	26	96	3	158	43	8	3	44	1.50
1426782--1426840	12	5.1	12	82	13	79	42	5	0	52	1.23
1426782--1426844	23	2.7	23	90	9	94	41	4	0	53	1.22
1426983--1427212	93	2.4	94	92	4	374	46	11	0	42	1.40
1426984--1427212	49	4.8	49	89	6	364	46	11	0	42	1.40
1429697--1429723	5	5.4	5	100	0	54	0	40	0	59	0.98
1429996--1430096	45	2.3	42	83	5	130	48	10	0	39	1.45
1430836--1430913	29	2.7	29	86	4	95	15	29	35	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1432245--1432283	15	2.5	16	88	12	55	28	30	28	12	1.93
1437659--1437719	24	2.5	24	83	2	68	42	16	4	36	1.70
1440123--1440221	39	2.5	39	77	3	110	20	34	4	41	1.71
1444942--1445102	64	2.5	65	85	7	195	33	18	21	27	1.96
1446523--1446837	149	2.1	149	92	2	517	26	17	20	34	1.95
1446805--1446849	23	2.0	23	86	0	63	24	26	24	24	2.00
1448658--1448756	39	2.5	39	81	3	128	18	39	3	39	1.66
1449702--1449728	13	2.1	13	100	0	54	14	44	14	25	1.84
1449593--1449849	131	2.0	131	100	0	514	21	31	15	31	1.95
1452377--1452438	23	2.7	22	73	11	54	59	3	0	37	1.13
1452410--1452447	19	2.0	19	85	10	51	55	0	0	44	0.99
1460341--1460383	3	14.3	3	80	9	52	30	37	0	32	1.58
1460341--1460425	12	6.8	12	72	17	57	25	37	3	32	1.73
1461084--1461225	60	2.4	60	85	7	182	20	26	26	26	1.99
1461437--1461512	33	2.5	32	79	12	88	43	0	0	56	0.99
1461422--1461532	33	3.6	30	75	15	86	40	0	0	58	1.04
1461672--1461727	26	2.2	25	80	3	67	35	1	3	58	1.26
1463312--1463363	21	2.5	21	84	12	79	17	34	26	21	1.95
1463875--1463981	34	3.1	34	84	0	142	54	4	2	38	1.36
1464404--1464911	127	4.0	127	93	2	867	34	20	23	21	1.97
1468938--1468969	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1476317--1476372	23	2.4	23	84	0	76	39	3	26	30	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1476920--1477019	3	33.3	3	100	0	200	67	0	0	33	0.91
1478030--1478073	2	22.0	2	85	0	61	47	0	52	0	1.00
1479895--1479973	24	3.7	22	75	19	71	30	18	26	24	1.98
1480602--1480650	23	2.1	24	85	11	66	22	16	26	34	1.95
1483945--1484001	21	2.7	21	94	0	96	28	22	21	28	1.99
1484107--1484171	24	3.0	22	76	17	64	30	18	26	24	1.98
1484783--1484839	23	2.6	22	86	8	73	19	19	29	31	1.96
1484800--1484848	23	2.1	24	92	3	82	22	16	26	34	1.95
1488958--1489001	22	2.0	22	95	0	79	31	13	6	47	1.69
1500533--1500585	27	2.1	24	82	10	61	67	5	7	18	1.35
1505697--1505772	38	2.0	38	100	0	152	42	0	23	34	1.55
1506895--1506926	15	2.0	17	88	11	50	43	6	12	37	1.68
1507341--1507398	22	2.5	22	86	5	71	27	20	25	25	1.99
1507380--1507414	18	1.9	18	88	0	52	22	22	31	22	1.98
1510679--1510721	20	2.2	20	91	0	68	27	18	25	27	1.98
1511709--1511748	18	2.2	18	90	0	62	20	42	20	17	1.89
1511751--1511785	15	2.3	15	90	0	52	14	22	28	34	1.93
1514266--1514416	72	2.1	72	84	7	191	25	13	18	41	1.88
1514267--1514416	24	6.2	24	83	6	169	26	14	18	41	1.88
1514528--1514622	43	2.2	43	96	0	172	15	11	36	35	1.84
1516042--1516102	22	2.8	22	92	0	104	24	21	27	26	1.99
1517246--1517364	59	2.0	59	100	0	238	36	5	16	42	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1519499--1519569	35	2.0	35	88	0	106	33	0	22	43	1.54
1521768--1521827	31	1.9	31	89	0	93	31	15	1	51	1.53
1525031--1525073	20	2.2	20	100	0	86	27	4	18	48	1.68
1526744--1526787	18	2.4	18	85	7	54	20	13	9	56	1.64
1533918--1533984	33	2.0	33	91	0	107	20	29	16	32	1.95
1536895--1536923	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1545555--1545609	25	2.2	24	78	12	58	50	0	0	49	1.00
1547187--1547237	19	2.7	19	75	16	52	52	3	0	43	1.19
1547218--1547284	25	2.4	29	76	23	90	56	5	2	34	1.39
1547225--1547284	25	2.4	25	100	0	120	55	6	3	35	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9