genome.fa.s572.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000572.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001120_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2399138

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2096859--2096979	43	2.8	43	80	1	152	36	10	23	28	1.89
2103333--2103382	25	2.0	25	88	0	73	32	6	6	56	1.48
2107955--2107987	17	2.1	17	88	11	52	24	27	15	33	1.95
2117771--2117832	27	2.3	27	83	8	72	35	8	0	56	1.29
2122483--2122512	2	15.0	2	92	0	51	53	0	46	0	1.00
2130940--2130978	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
2137011--2137045	16	2.2	16	100	0	70	20	20	31	28	1.97
2137986--2138107	43	2.8	43	80	4	165	27	13	24	33	1.94
2138615--2138663	21	2.2	23	78	17	66	6	34	18	40	1.75
2138620--2138668	21	2.3	21	92	0	80	6	36	16	40	1.73
2139800--2139870	36	2.0	36	94	0	124	33	9	15	40	1.80
2140961--2140996	16	2.2	16	90	0	54	52	13	16	16	1.74
2143874--2144070	82	2.4	82	83	3	245	31	21	15	30	1.95
2143951--2144070	41	2.9	40	73	9	116	33	21	15	29	1.95
2143872--2144078	41	5.0	41	67	12	111	30	21	14	32	1.94
2143872--2144137	82	3.3	81	79	5	207	30	21	14	33	1.93
2144214--2144249	12	3.0	12	87	0	54	44	30	13	11	1.79
2171209--2171257	20	2.4	20	89	3	71	55	16	14	14	1.70
2172882--2172994	54	2.1	54	89	0	172	26	15	26	31	1.95
2175834--2175882	20	2.4	20	89	3	71	55	16	14	14	1.70
2183290--2183683	139	2.8	138	91	2	619	24	21	18	35	1.96
2186193--2186252	28	2.1	28	87	0	84	30	1	25	43	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2186904--2186938	15	2.4	14	86	9	52	0	11	2	85	0.69
2189160--2189221	30	2.1	30	100	0	124	56	19	11	12	1.66
2195938--2196119	92	2.0	92	85	0	247	41	9	4	44	1.56
2197430--2197510	38	2.1	40	81	9	96	33	3	4	58	1.37
2201008--2201056	21	2.3	22	78	3	55	10	4	18	67	1.36
2204445--2204483	17	2.3	18	82	13	55	41	0	0	58	0.98
2204979--2205008	11	2.6	12	89	10	53	56	0	16	26	1.40
2211430--2211489	24	2.6	23	80	12	70	23	3	0	73	0.98
2211465--2211504	14	2.7	14	84	7	53	32	2	0	65	1.06
2211422--2211500	40	2.0	40	82	5	97	25	3	0	70	1.03
2211489--2211535	2	24.0	2	85	12	62	44	4	0	51	1.21
2211673--2211697	13	1.9	13	100	0	50	12	8	0	80	0.92
2211808--2211842	18	1.9	18	88	0	52	14	11	0	74	1.08
2211895--2211950	27	2.2	25	83	6	67	8	5	8	76	1.14
2214982--2215012	10	3.0	10	95	4	53	77	3	19	0	0.90
2214989--2215037	13	3.8	13	84	10	66	75	4	20	0	0.96
2214989--2215048	13	4.8	13	78	11	63	75	3	20	1	1.04
2216793--2216882	36	2.5	36	94	0	153	26	21	12	40	1.88
2216717--2216961	101	2.4	102	81	2	260	28	18	12	40	1.86
2216834--2217057	123	1.8	123	83	0	295	28	18	11	41	1.85
2216961--2217106	65	2.2	67	87	6	208	34	19	8	37	1.82
2217843--2218049	110	1.9	110	85	4	292	36	23	17	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2219417--2219447	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
2219425--2219490	22	2.9	22	70	20	64	25	4	0	69	1.07
2219466--2219505	14	2.7	14	84	7	53	32	2	0	65	1.06
2219555--2219605	15	3.2	17	73	21	65	29	3	1	64	1.22
2219556--2219606	13	3.6	14	73	21	52	27	3	1	66	1.20
2219554--2219614	30	2.0	30	93	0	104	26	4	1	67	1.20
2219640--2219677	18	2.1	18	85	9	51	18	5	0	76	0.97
2219658--2219682	13	1.9	13	100	0	50	12	8	0	80	0.92
2219783--2219827	18	2.6	17	83	13	56	15	13	0	71	1.15
2219781--2219827	17	2.7	17	81	12	60	14	12	0	72	1.13
2219870--2219911	19	2.2	19	87	8	59	16	2	2	78	0.96
2219870--2219911	10	4.4	9	80	19	50	16	2	2	78	0.96
2221549--2221573	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94
2222595--2222624	14	2.1	14	100	0	60	36	36	6	20	1.79
2223257--2223393	33	4.0	33	80	6	130	36	22	15	25	1.93
2227917--2228053	33	4.0	33	81	6	139	36	24	15	24	1.93
2227917--2228007	33	2.7	33	93	1	146	38	23	15	23	1.92
2227891--2228044	33	4.4	34	81	8	123	38	23	14	22	1.92
2229318--2229365	17	2.8	17	96	0	87	18	31	25	25	1.98
2230340--2230364	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2230517--2230553	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2235171--2235209	20	2.0	20	89	0	60	38	23	20	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2235889--2235924	13	2.5	15	82	17	58	38	5	27	27	1.79
2236016--2236059	21	2.1	21	91	0	70	20	22	22	34	1.97
2240134--2240176	21	2.0	21	95	0	77	18	20	27	32	1.96
2242304--2242372	16	4.4	16	83	3	88	10	13	21	55	1.67
2244131--2244284	81	1.9	80	92	6	258	33	11	11	43	1.76
2246869--2246912	3	14.7	3	90	0	70	31	2	2	63	1.19
2249628--2249665	19	2.0	19	100	0	76	26	15	21	36	1.93
2253197--2253236	19	2.2	19	90	4	64	60	0	0	40	0.97
2254815--2254911	2	52.0	2	68	13	55	47	0	0	52	1.00
2254974--2255041	35	1.9	36	87	3	102	19	38	11	30	1.87
2285548--2285591	21	2.2	20	84	12	54	36	4	0	59	1.18
2286182--2286210	7	4.1	7	100	0	58	13	13	41	31	1.84
2291827--2292111	141	2.0	141	95	0	507	34	14	28	22	1.93
2304938--2305324	192	2.0	194	98	1	760	28	14	31	24	1.95
2306022--2306095	30	2.5	30	90	0	121	28	27	20	24	1.99
2306080--2306144	31	2.1	31	85	0	85	33	23	18	24	1.96
2306275--2306310	17	2.0	19	89	10	58	38	11	5	44	1.63
2310062--2310135	30	2.5	30	90	0	121	28	27	20	24	1.99
2310120--2310184	31	2.1	31	85	0	85	33	23	18	24	1.96
2310314--2310362	18	2.6	19	81	15	66	40	14	4	40	1.64
2314212--2314264	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
2314254--2314306	20	2.7	20	93	0	88	37	20	20	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2314505--2314568	22	2.9	22	88	0	92	26	39	14	20	1.90
2314904--2314994	20	4.6	20	84	1	94	15	17	21	45	1.86
2314958--2315001	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69
2316890--2316941	20	2.6	20	87	0	77	42	25	15	17	1.88
2316980--2317028	20	2.5	20	80	6	55	36	22	16	24	1.94
2316893--2317058	87	1.9	87	87	2	244	44	21	17	16	1.87
2317073--2317139	20	3.3	20	87	0	89	22	17	22	37	1.94
2317623--2317721	21	4.7	21	75	0	90	22	33	20	24	1.97
2317648--2317730	42	2.0	42	83	4	105	21	37	19	21	1.94
2319227--2319322	33	2.8	33	92	3	147	43	19	22	13	1.86
2319260--2319327	20	3.8	19	72	21	74	47	19	22	11	1.81
2319337--2319412	33	2.3	34	95	2	136	13	23	18	44	1.85
2319404--2319462	20	2.9	21	90	7	95	18	22	23	35	1.96
2320081--2320147	20	3.3	20	91	0	107	22	17	28	31	1.97
2320163--2320208	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
2320546--2320592	23	2.0	25	83	8	62	31	4	10	53	1.55
2324860--2324885	13	2.0	13	100	0	52	7	38	15	38	1.76
2357674--2357708	18	1.9	18	88	0	52	31	37	11	20	1.88
2363414--2363475	27	2.3	27	100	0	124	41	20	8	29	1.81
2367930--2368017	45	1.9	46	90	2	142	27	18	26	28	1.98
2371932--2371967	13	2.6	13	87	12	54	19	2	5	72	1.17
2377576--2377738	83	2.0	84	91	3	267	22	17	14	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2381539--2381571	15	2.2	15	94	0	57	45	0	0	54	0.99
2387354--2387549	101	2.0	100	93	3	342	36	19	12	30	1.90
2387530--2387726	100	2.0	97	97	3	367	34	25	19	20	1.97
2392559--2392779	112	2.0	111	96	2	410	42	13	19	23	1.87
2396003--2396058	24	2.3	24	93	0	94	39	14	16	30	1.88
2397833--2397878	21	2.2	21	88	7	67	45	10	10	32	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9

The End!