genome.fa.s6093.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006093.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014444_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3172561

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  10  of  13  ( 1555 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1967858--1968037	61	2.9	61	89	0	261	37	23	20	18	1.94
1967922--1968012	41	2.2	41	96	0	164	37	24	21	16	1.94
1970427--1970470	20	2.2	20	84	8	54	31	15	27	25	1.96
1971158--1971215	22	2.8	20	78	7	62	25	18	22	32	1.97
1976185--1976223	21	1.9	20	84	5	51	46	7	17	28	1.76
1978712--1978756	14	3.2	14	93	0	72	6	11	26	55	1.59
1978702--1978776	24	3.1	24	80	3	80	12	10	21	56	1.66
1978701--1978776	38	2.0	38	86	0	107	11	11	21	55	1.68
1979848--1979898	16	3.2	16	85	0	75	11	5	21	60	1.52
1981046--1981114	31	2.3	31	85	7	88	47	10	5	36	1.61
1981339--1981390	24	2.1	24	92	7	86	46	0	9	44	1.36
1981352--1981612	35	7.4	35	80	12	243	44	3	10	42	1.54
1981357--1981599	71	3.5	71	80	13	224	44	2	10	42	1.53
1981625--1981685	13	4.1	15	73	23	56	32	3	1	62	1.21
1981634--1981687	20	2.5	20	79	8	54	29	3	1	64	1.21
1982229--1982258	15	1.9	16	93	6	53	56	20	16	6	1.62
1983167--1983195	12	2.4	12	100	0	58	17	6	0	75	1.01
1984304--1984343	14	2.9	14	80	0	53	20	2	0	77	0.88
1995357--1995406	23	2.0	25	88	11	77	50	0	6	44	1.26
1995355--1995406	25	2.0	26	88	3	79	50	0	5	44	1.26
1995373--1995804	36	11.8	36	80	8	340	42	3	10	43	1.57
1995373--1995656	143	2.0	146	86	3	398	42	3	10	42	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1995649--1995735	39	2.2	38	83	4	102	42	3	10	43	1.55
1995804--1995857	25	2.2	25	90	6	85	35	3	0	61	1.14
1995800--1995887	20	4.2	20	72	16	70	27	3	1	68	1.13
1996446--1996475	15	1.9	16	93	6	53	53	20	20	6	1.67
1997305--1997338	14	2.3	15	90	5	52	14	8	0	76	1.01
1997356--1997394	9	4.3	9	90	0	51	17	2	0	79	0.84
1997362--1997430	9	7.2	9	74	18	59	20	4	1	73	1.07
1997480--1997521	16	2.5	17	84	3	50	16	11	2	69	1.29
2001693--2001720	14	2.0	14	100	0	56	21	14	7	57	1.61
2008760--2008822	28	2.3	28	94	2	110	25	28	20	25	1.99
2012243--2012331	2	46.0	2	75	10	78	48	2	3	46	1.31
2012237--2012337	8	13.3	7	75	15	53	48	2	3	44	1.36
2012367--2012408	16	2.6	16	81	7	50	40	11	2	45	1.54
2012778--2013389	305	2.0	305	96	0	1134	30	14	16	37	1.89
2020844--2020925	40	2.0	40	95	0	146	23	17	25	34	1.96
2021030--2021139	47	2.4	46	81	4	125	40	9	20	30	1.84
2023336--2023412	2	38.5	2	71	19	54	46	0	9	44	1.35
2023343--2023389	20	2.3	20	82	7	60	48	0	8	42	1.33
2023696--2023774	42	1.9	41	92	2	131	37	24	0	37	1.56
2023921--2023962	21	2.0	21	90	9	68	52	4	2	40	1.35
2037366--2037390	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2039606--2039630	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2041842--2041868	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2046321--2046357	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2055765--2055828	29	2.2	29	88	5	94	20	25	9	45	1.80
2059016--2059099	24	3.5	24	86	0	105	15	8	19	57	1.63
2061136--2061182	21	2.3	20	82	7	58	44	0	4	51	1.21
2062822--2062884	3	21.0	3	86	0	72	60	0	0	39	0.97
2063416--2063481	33	2.0	33	91	5	107	40	10	6	42	1.64
2075895--2076206	154	2.0	154	99	0	615	36	11	13	38	1.82
2077052--2077389	99	3.3	98	77	7	291	36	15	11	36	1.84
2077341--2077500	36	4.6	36	79	12	199	25	17	16	41	1.89
2077421--2077531	30	3.5	30	73	17	116	27	17	15	40	1.89
2077385--2077535	66	2.3	66	96	0	275	26	17	15	41	1.89
2078752--2078785	12	2.7	13	86	9	52	41	5	8	44	1.60
2087068--2087606	139	3.9	138	81	1	576	29	26	17	25	1.97
2087033--2087606	278	2.1	278	80	1	639	29	26	17	26	1.97
2087847--2087886	6	6.7	6	88	0	53	45	2	0	52	1.14
2087886--2087951	29	2.3	29	97	2	125	36	6	0	57	1.23
2090068--2090127	23	2.7	23	78	14	63	43	5	1	50	1.34
2090235--2090272	2	19.5	2	94	5	69	47	0	0	52	1.00
2090447--2090479	17	1.9	17	88	11	50	63	0	3	33	1.10
2091322--2091394	29	2.5	28	78	6	83	45	2	8	43	1.48
2091564--2091636	24	3.0	24	88	4	67	10	15	24	49	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2091574--2091629	14	4.3	14	80	17	75	8	14	25	51	1.70
2091575--2091649	24	3.1	23	88	3	96	12	12	21	54	1.69
2091752--2091799	7	7.0	7	85	4	71	45	39	0	14	1.45
2091752--2091799	20	2.3	21	85	7	71	45	39	0	14	1.45
2093334--2093390	16	3.7	16	90	4	91	12	10	17	59	1.60
2093622--2093692	29	2.5	28	81	4	79	29	11	35	23	1.90
2093634--2093691	29	2.0	29	86	0	80	31	10	36	22	1.88
2097565--2097605	20	2.0	20	95	0	73	39	12	9	39	1.76
2099793--2100194	55	7.3	55	90	2	621	27	18	18	35	1.94
2107276--2107340	28	2.4	28	84	7	89	27	15	4	52	1.62
2113005--2113044	22	1.9	22	90	10	66	45	10	20	25	1.81
2121309--2121654	124	2.8	124	77	5	344	23	18	22	35	1.95
2122665--2122718	19	2.8	18	81	10	63	7	14	0	77	0.97
2130244--2130275	15	2.1	15	100	0	64	65	0	6	28	1.16
2131015--2131065	27	1.9	27	84	11	70	45	19	9	25	1.81
2135277--2135469	92	2.1	92	97	0	359	60	8	3	27	1.42
2135888--2135959	18	3.9	17	78	19	65	59	5	2	31	1.35
2135891--2135944	22	2.5	22	96	0	99	62	3	1	31	1.23
2140162--2140191	3	10.0	3	92	0	51	3	30	0	66	1.07
2141170--2141394	122	1.8	123	95	0	407	37	12	15	34	1.85
2143554--2143663	44	2.5	42	75	5	112	54	4	10	30	1.55
2144197--2144260	31	2.1	31	96	0	119	34	9	4	51	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2145193--2145267	31	2.4	31	88	0	105	48	13	8	30	1.71
2146425--2146483	13	4.2	14	70	14	50	64	11	3	20	1.41
2146469--2146570	27	3.9	26	70	6	80	63	7	1	26	1.32
2152901--2153153	79	3.2	79	89	0	371	30	24	12	32	1.92
2153112--2153187	34	2.2	34	95	0	134	28	21	9	40	1.84
2153033--2153266	113	2.1	113	95	0	423	28	24	11	35	1.90
2153174--2153316	45	3.4	44	69	24	146	29	26	11	32	1.92
2153146--2153326	79	2.3	79	98	0	344	28	25	11	35	1.90
2152954--2153326	192	1.9	192	95	0	665	29	24	11	34	1.91
2153950--2154008	31	1.9	31	85	0	82	30	3	33	32	1.74
2154804--2154934	29	4.6	29	91	0	174	32	2	16	48	1.59
2159870--2159896	14	1.9	14	100	0	54	22	3	22	51	1.63
2162316--2162503	29	6.5	29	92	0	252	33	2	17	46	1.62
2170851--2171821	482	2.0	482	100	0	1942	34	5	20	40	1.75
2178645--2178734	45	2.0	45	93	0	153	34	13	6	45	1.69
2178640--2178717	22	3.5	23	65	23	58	39	12	5	42	1.65
2179216--2179277	29	2.1	31	81	6	74	35	16	8	40	1.78
2181407--2181598	4	44.8	4	73	13	109	69	6	2	21	1.21
2181407--2181601	21	9.1	20	69	20	119	69	6	2	22	1.21
2181457--2181540	30	3.1	26	75	20	91	69	8	0	22	1.15
2181407--2181601	42	4.5	41	76	15	171	69	6	2	22	1.21
2181458--2181541	25	3.2	25	69	19	71	67	8	0	23	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2181415--2181555	25	5.7	25	69	13	60	68	7	2	21	1.25
2181534--2181590	25	2.3	25	87	6	80	70	3	3	22	1.18
2184963--2184990	14	2.0	14	100	0	56	42	28	7	21	1.79
2194271--2194592	160	2.0	161	95	3	587	31	14	30	23	1.95
2195152--2195218	34	2.0	34	87	0	98	50	19	17	11	1.77
2197182--2197423	55	4.4	54	88	4	335	26	21	17	33	1.96
2201889--2201921	14	2.4	14	100	0	66	54	39	0	6	1.25
2219196--2219245	18	2.6	19	81	6	57	36	16	18	30	1.92
2220556--2220580	13	1.9	13	100	0	50	48	8	8	36	1.62
2223679--2223720	16	2.6	16	81	7	50	78	0	7	14	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13