genome.fa.s6093.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006093.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014444_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3172561

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  11  of  13  ( 1555 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2223773--2223826	21	2.8	18	81	15	56	62	3	3	29	1.29
2223777--2223827	18	2.6	19	79	11	59	62	3	3	29	1.31
2224034--2224071	19	2.0	19	85	10	51	63	0	2	34	1.09
2224584--2224676	37	2.5	37	87	0	132	31	12	12	43	1.81
2225419--2226694	106	12.0	106	91	0	1973	22	17	25	34	1.96
2227482--2227558	22	3.5	22	90	0	127	20	14	25	38	1.91
2227955--2228299	170	2.0	171	92	2	566	25	16	20	36	1.94
2231827--2231861	18	1.9	18	88	11	54	65	0	25	8	1.21
2233003--2233032	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2233051--2233100	18	2.6	19	73	17	50	62	4	4	30	1.32
2233798--2233902	37	2.8	37	88	0	156	30	15	14	40	1.87
2234444--2234488	15	3.0	15	86	0	72	13	62	13	11	1.55
2234886--2234924	19	2.1	19	95	0	69	38	0	20	41	1.53
2240115--2240169	29	1.9	28	88	3	83	29	27	12	30	1.93
2240214--2240254	19	2.1	20	90	4	66	14	24	43	17	1.86
2240395--2240425	10	3.1	10	95	0	53	32	32	0	35	1.58
2240466--2240507	18	2.4	18	92	4	68	28	4	2	64	1.26
2241836--2241958	65	1.9	65	86	0	174	22	26	37	13	1.92
2243592--2243640	23	2.1	24	88	3	73	34	28	20	16	1.94
2243592--2243653	24	2.7	23	84	2	79	33	27	20	17	1.96
2243673--2243746	23	3.2	23	77	11	80	35	22	24	17	1.95
2246178--2246219	21	2.0	21	100	0	84	23	23	23	28	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2246796--2246912	61	1.9	61	87	0	171	30	28	17	23	1.97
2250764--2250848	28	3.2	26	80	11	91	3	15	2	78	0.98
2250793--2250839	12	3.7	14	78	21	59	0	21	0	78	0.75
2250792--2250838	20	2.3	20	89	7	69	0	21	0	78	0.75
2250758--2250841	7	12.8	6	82	14	80	2	16	2	78	0.96
2250758--2250849	15	6.4	14	69	24	66	3	15	2	79	0.96
2250807--2250849	20	2.2	20	91	0	68	2	13	0	83	0.74
2253542--2253656	61	1.9	61	85	0	158	32	24	19	24	1.98
2260625--2260699	23	3.2	23	80	1	78	37	21	24	17	1.94
2262363--2262401	20	1.9	21	89	5	62	33	23	10	33	1.88
2264346--2264393	24	2.0	24	100	0	96	16	12	20	50	1.78
2270485--2270648	76	2.2	75	84	4	213	30	1	11	56	1.42
2270540--2270601	32	1.9	32	84	12	83	25	0	11	62	1.28
2270521--2270631	24	4.5	24	68	20	84	28	0	12	58	1.35
2270530--2270640	19	5.8	19	71	16	61	29	0	13	56	1.37
2270582--2270702	63	1.9	62	86	6	172	29	0	14	54	1.46
2271187--2271239	20	2.8	20	83	13	67	32	1	1	64	1.15
2271284--2271330	14	3.3	15	81	3	53	27	2	0	70	0.99
2271628--2271685	5	10.6	5	87	9	62	0	22	1	75	0.89
2271629--2271682	11	4.7	11	82	15	65	0	20	1	77	0.86
2271628--2271674	18	2.7	18	87	12	71	0	25	0	74	0.82
2280105--2280143	21	2.0	20	85	14	55	25	28	17	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2283197--2283268	33	2.2	33	97	0	135	40	18	13	27	1.88
2286455--2286508	21	2.6	21	80	11	65	20	18	31	29	1.96
2286826--2286893	25	2.8	25	75	2	66	30	7	11	50	1.66
2290042--2290093	27	1.9	26	81	14	61	46	3	0	50	1.20
2290860--2291095	40	5.8	40	74	11	160	30	19	15	34	1.93
2290941--2291040	42	2.4	42	86	0	128	30	22	16	32	1.95
2293465--2293503	21	1.9	21	89	5	62	33	23	12	30	1.92
2295028--2295068	21	2.0	21	90	9	66	29	17	19	34	1.94
2295058--2295112	21	2.5	21	76	5	56	30	7	18	43	1.77
2295122--2295209	45	1.9	46	82	15	112	19	14	23	42	1.88
2295126--2295218	23	4.1	23	78	6	93	17	15	23	44	1.86
2308569--2308594	11	2.4	11	100	0	52	0	0	7	92	0.39
2309260--2309357	42	2.3	43	87	5	137	55	15	1	28	1.47
2326328--2326460	40	3.3	40	90	0	194	33	26	17	22	1.96
2338610--2339006	198	2.0	198	100	0	794	32	14	12	41	1.83
2349604--2349651	21	2.3	21	81	0	60	39	22	10	27	1.87
2352099--2352151	27	2.0	27	96	0	97	35	18	16	28	1.93
2354066--2354107	13	3.2	13	82	0	57	40	16	21	21	1.91
2358639--2358684	20	2.3	20	88	3	67	36	0	26	36	1.57
2370770--2370845	34	2.2	35	88	4	109	44	14	11	28	1.80
2371738--2371770	6	5.7	6	92	3	50	87	0	9	3	0.63
2371738--2371772	11	3.1	11	88	8	52	85	0	11	2	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2374293--2374348	23	2.4	23	87	0	85	32	23	8	35	1.86
2380527--2380599	28	2.5	29	80	8	76	31	23	12	32	1.91
2380550--2380607	28	2.0	28	86	6	80	32	22	12	32	1.91
2386840--2387037	30	6.5	30	79	6	184	28	22	15	33	1.94
2386838--2387010	90	1.9	90	86	0	247	27	21	16	34	1.95
2386840--2386974	60	2.2	60	97	2	254	25	22	17	34	1.96
2394855--2394885	7	4.6	7	92	8	55	45	0	25	29	1.54
2394855--2394885	13	2.3	14	94	5	55	45	0	25	29	1.54
2395421--2395493	22	3.2	22	63	32	55	36	23	4	35	1.74
2395387--2395531	46	3.2	46	94	1	247	32	22	6	38	1.80
2395537--2395579	20	2.2	20	91	0	68	55	20	4	18	1.60
2395637--2395785	40	3.8	40	88	0	219	34	26	14	23	1.94
2395637--2395797	80	2.0	79	92	3	270	36	24	14	24	1.93
2402894--2403000	45	2.4	45	87	6	155	32	24	6	36	1.81
2402997--2403039	20	2.2	20	91	0	68	55	20	4	18	1.60
2403097--2403258	40	4.1	40	95	0	288	34	25	15	24	1.95
2409664--2409720	24	2.4	24	100	0	114	36	15	0	47	1.46
2413435--2413481	18	2.3	21	72	27	55	27	10	8	53	1.64
2413442--2413493	18	3.0	18	91	5	72	25	7	5	61	1.45
2413442--2413486	18	2.6	18	96	3	83	26	6	6	60	1.47
2417919--2418136	46	4.7	46	88	4	307	24	23	10	41	1.86
2417906--2418136	92	2.5	91	90	4	349	25	22	10	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2417919--2418202	68	4.2	66	75	16	249	24	23	10	41	1.86
2417962--2418372	158	2.6	159	92	4	668	25	20	10	43	1.83
2418123--2418321	46	4.3	46	90	2	319	23	21	11	43	1.84
2418120--2418321	93	2.2	92	92	0	341	24	21	10	43	1.84
2417939--2418349	26	17.6	25	68	25	135	24	20	10	44	1.83
2418841--2418893	22	2.4	23	81	9	65	26	33	9	30	1.88
2423966--2424086	17	7.1	17	70	3	64	45	6	14	33	1.70
2427889--2427941	17	3.1	17	77	0	61	45	5	13	35	1.67
2427892--2427956	17	3.8	17	79	6	51	44	7	10	36	1.68
2434123--2434164	14	3.0	14	96	0	75	23	14	26	35	1.93
2434293--2434628	153	2.2	160	84	5	429	26	17	7	48	1.73
2434794--2434846	21	2.5	21	87	0	79	20	24	18	35	1.95
2434836--2434989	20	7.7	20	88	1	227	37	20	20	21	1.94
2434836--2435007	60	2.8	60	85	2	238	36	20	20	21	1.95
2434836--2435007	40	4.3	40	86	6	199	36	20	20	21	1.95
2435187--2435252	22	3.0	22	88	0	96	24	37	15	22	1.92
2435589--2435679	20	4.6	20	84	1	103	14	16	23	46	1.83
2437512--2437690	20	9.6	20	71	14	78	43	21	16	18	1.88
2437535--2437619	33	2.5	34	82	3	100	48	22	17	11	1.80
2437602--2437726	40	3.3	39	75	16	120	43	20	16	20	1.88
2437733--2437821	20	4.4	20	91	2	135	19	19	23	38	1.93
2439884--2439979	33	2.8	33	82	3	111	40	21	21	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2439989--2440116	20	6.7	20	78	10	133	14	21	23	39	1.91
2440028--2440116	40	2.2	40	94	4	153	16	21	25	35	1.94
2442541--2442600	24	2.5	24	83	0	84	38	18	18	25	1.93
2443435--2443482	20	2.4	20	85	0	69	25	18	25	31	1.98
2443469--2443580	20	5.6	20	82	2	134	19	20	19	40	1.92
2443454--2443580	40	3.2	38	76	9	119	19	20	21	38	1.94
2443572--2443624	21	2.5	21	84	0	70	37	18	22	20	1.94
2444197--2444238	12	3.1	14	76	16	52	42	0	7	50	1.30
2444290--2444330	21	2.0	21	85	0	55	56	4	0	39	1.21
2445502--2445542	17	2.4	17	84	11	57	53	2	0	43	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13