genome.fa.s6093.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006093.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014444_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3172561

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2448732--2448792	2	31.0	2	96	3	115	49	0	0	50	1.00
2452616--2452657	21	2.0	21	100	0	84	52	14	0	33	1.42
2458281--2458335	21	2.6	21	91	0	92	32	12	27	27	1.93
2458955--2459466	59	8.7	59	86	3	676	37	18	11	32	1.87
2459797--2460019	94	2.4	95	86	2	306	26	24	16	33	1.96
2465878--2466222	59	5.8	59	88	2	503	34	20	12	33	1.90
2465878--2466222	119	2.9	118	89	1	503	34	20	12	33	1.90
2465884--2466222	178	1.9	177	90	0	534	33	20	12	33	1.90
2466552--2466603	22	2.5	21	90	6	79	26	26	15	30	1.96
2466551--2466774	95	2.4	95	83	5	276	28	25	15	31	1.95
2468208--2468437	115	2.0	116	85	2	311	31	10	25	32	1.89
2468208--2468439	116	2.0	116	84	3	306	31	9	25	32	1.89
2469396--2469561	26	7.1	25	66	22	110	22	19	11	46	1.82
2469359--2469561	46	4.4	45	84	2	262	23	19	11	46	1.82
2477016--2477065	25	2.0	25	96	3	93	36	24	4	36	1.74
2477746--2477810	24	3.0	21	77	20	71	66	12	15	6	1.43
2480956--2480985	15	2.0	15	93	0	51	20	3	6	70	1.25
2481506--2481593	31	2.9	30	93	5	149	40	18	5	35	1.74
2482403--2482456	20	2.7	19	75	8	63	33	31	18	16	1.93
2482506--2482558	20	2.7	19	86	13	72	47	24	15	13	1.81
2482525--2482803	81	3.5	81	77	6	282	37	24	17	20	1.93
2482577--2482799	20	11.1	20	76	6	200	37	24	18	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2482582--2482778	40	4.9	41	89	2	299	38	23	18	19	1.93
2482850--2482896	21	2.2	21	84	0	67	19	27	17	36	1.93
2482886--2482937	20	2.6	20	87	0	59	36	25	17	21	1.94
2482892--2482959	20	3.4	20	83	4	84	35	22	20	22	1.96
2483819--2483872	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2486317--2486391	20	3.8	20	90	0	123	34	24	22	18	1.96
2486306--2486389	40	2.1	40	93	4	143	35	22	22	19	1.96
2486396--2486623	19	12.8	19	73	19	170	45	18	20	15	1.86
2486415--2486617	33	5.9	34	82	8	234	44	18	21	15	1.87
2486634--2486727	33	2.8	34	85	3	118	13	23	19	43	1.86
2486829--2486865	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2487486--2487564	39	2.0	39	92	4	133	31	18	22	26	1.97
2488049--2488159	42	2.6	42	83	5	136	25	18	35	20	1.96
2488077--2488155	21	3.8	20	77	8	86	24	17	36	21	1.94
2488624--2488747	20	6.6	19	79	11	114	40	20	20	17	1.92
2488624--2488709	20	4.3	20	88	2	120	39	20	18	20	1.93
2488744--2488820	19	4.3	19	76	15	83	9	16	25	48	1.76
2488744--2488874	52	2.5	50	80	4	127	10	19	23	46	1.81
2488787--2488850	14	3.8	17	80	16	71	9	23	21	45	1.81
2488938--2489302	94	4.1	93	90	5	515	46	17	12	23	1.82
2489146--2489302	82	1.9	82	93	0	269	44	15	13	26	1.83
2490988--2491043	20	2.8	20	81	10	78	39	17	25	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2490979--2491135	33	4.5	37	84	10	149	44	18	23	13	1.85
2491028--2491116	14	5.6	14	68	23	52	44	21	23	10	1.82
2491008--2491133	33	3.8	33	92	1	198	44	20	23	11	1.84
2491041--2491138	19	5.7	19	67	22	81	45	20	22	11	1.82
2490979--2491135	66	2.3	70	87	7	223	44	18	23	13	1.85
2491165--2491236	21	3.5	21	84	3	92	12	15	19	52	1.74
2491798--2491990	20	9.6	20	77	6	201	18	18	25	37	1.94
2491800--2491990	40	4.7	41	92	1	305	18	18	25	37	1.93
2491999--2492051	20	2.7	20	91	5	81	13	18	24	43	1.86
2491797--2492051	121	2.1	121	86	5	356	18	18	25	38	1.93
2492101--2492154	20	2.7	19	77	8	63	20	16	29	33	1.95
2497325--2497488	26	7.0	26	67	23	121	21	19	14	44	1.86
2497286--2497488	46	4.4	46	89	0	289	21	18	14	45	1.85
2497305--2497476	20	7.7	20	69	22	76	21	20	13	44	1.86
2500441--2500485	22	2.0	23	86	4	65	24	22	22	31	1.99
2507481--2507527	19	2.4	19	92	3	76	36	12	6	44	1.68
2510071--2510113	18	2.4	18	100	0	86	53	4	18	23	1.63
2519554--2519768	45	4.7	45	81	6	245	40	11	18	29	1.85
2519554--2519768	93	2.4	90	87	3	297	40	11	18	29	1.85
2519832--2519862	13	2.3	14	94	5	55	48	6	16	29	1.70
2525322--2525516	48	4.1	48	89	0	293	23	10	20	45	1.82
2525527--2525642	53	2.2	53	81	9	146	27	18	18	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2539426--2539454	11	2.6	11	100	0	58	10	6	34	48	1.64
2539186--2539747	283	2.0	283	99	0	1106	22	24	20	33	1.97
2539709--2539737	11	2.6	11	100	0	58	10	6	34	48	1.64
2541240--2541269	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
2545261--2545289	11	2.6	11	100	0	58	10	6	34	48	1.64
2562503--2562536	18	1.9	18	88	5	52	41	2	29	26	1.70
2562503--2562544	17	2.4	18	84	4	50	40	2	28	28	1.69
2573222--2573273	27	1.9	28	88	7	81	61	13	15	9	1.56
2573263--2573293	9	3.3	9	91	8	53	77	0	22	0	0.77
2601944--2602028	34	2.4	34	81	16	102	3	15	4	76	1.09
2601963--2602021	21	2.9	19	78	9	64	1	16	3	77	0.98
2612696--2612745	24	2.1	24	88	0	73	26	26	12	36	1.91
2615584--2615628	19	2.4	19	100	0	90	35	15	6	42	1.73
2625995--2626133	69	2.0	69	100	0	278	20	21	10	48	1.78
2632261--2632325	27	2.4	28	80	12	80	10	16	10	61	1.56
2642852--2642908	27	2.1	27	83	6	71	12	15	12	59	1.61
2653888--2653930	23	1.9	21	81	13	50	34	13	18	32	1.90
2663215--2663260	12	3.9	12	97	2	85	8	8	50	32	1.64
2663379--2663420	13	3.3	13	90	3	68	14	16	54	14	1.71
2663431--2663459	6	4.8	6	100	0	58	0	65	17	17	1.27
2664819--2664861	23	1.9	21	81	13	50	34	13	18	32	1.90
2668271--2668305	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2677233--2677289	24	2.3	26	75	12	73	5	14	10	70	1.32
2691004--2691065	8	6.9	8	77	22	61	83	12	3	0	0.75
2691032--2691075	11	4.3	11	80	13	58	86	13	0	0	0.57
2691003--2691075	20	3.8	20	85	5	105	83	13	2	0	0.75
2696526--2696569	13	3.5	13	79	14	56	0	20	2	77	0.88
2698276--2698321	23	2.0	23	83	8	58	36	6	8	47	1.60
2699471--2699518	25	2.0	24	84	15	64	35	14	4	45	1.64
2699747--2699816	13	5.5	12	73	13	52	72	2	22	1	1.05
2699749--2699805	30	1.9	29	86	10	80	71	3	22	1	1.10
2699742--2699803	8	7.9	8	75	15	58	72	3	22	1	1.08
2699741--2699813	16	4.4	16	67	23	53	73	2	21	1	1.03
2702105--2702150	23	2.0	23	83	8	58	36	6	8	47	1.60
2705917--2705996	35	2.2	37	88	4	119	27	3	36	32	1.75
2706838--2707149	154	2.0	154	98	0	606	23	22	23	29	1.99
2707603--2707632	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
2710643--2710696	28	1.9	28	92	7	92	42	11	16	29	1.83
2710603--2710777	81	2.2	80	87	1	251	40	10	20	29	1.86
2710722--2710777	28	2.0	28	89	0	85	44	10	16	28	1.80
2711907--2711960	23	2.2	24	83	6	65	16	3	7	72	1.22
2711899--2711960	25	2.5	26	78	7	74	14	6	6	72	1.25
2714679--2714703	3	8.3	3	100	0	50	0	0	32	68	0.90
2716200--2716228	15	2.0	15	93	6	51	0	20	3	75	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2719488--2719549	30	2.1	30	84	0	79	33	11	25	29	1.91
2721399--2721439	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2726815--2726852	12	3.2	12	77	7	51	73	5	7	13	1.22
2729491--2729543	21	2.5	21	93	0	88	32	11	30	26	1.91
2731182--2731216	18	1.9	18	88	0	52	0	5	14	80	0.89
2743302--2743330	9	3.2	9	100	0	58	31	31	0	37	1.58
2743746--2743775	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2745057--2745175	61	2.0	61	81	3	141	39	18	15	26	1.90
2747934--2747979	18	2.6	18	92	0	74	30	10	13	45	1.77
2754280--2754342	2	32.0	2	96	3	119	50	0	0	49	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13