genome.fa.s6093.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006093.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014444_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3172561

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802469--802534	23	2.9	22	86	10	73	45	27	0	27	1.54
802485--802534	23	2.2	23	96	0	91	48	28	0	24	1.52
808099--808149	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
815887--816039	45	3.4	45	89	2	209	31	24	6	37	1.81
820141--820198	5	11.8	5	75	14	50	1	18	1	77	0.94
820138--820200	19	3.3	18	79	18	74	1	17	1	79	0.89
822973--823080	46	2.4	46	90	4	168	30	25	6	37	1.81
823162--823276	61	1.9	61	83	3	151	30	27	18	23	1.97
825798--825857	9	6.4	9	83	14	77	85	0	13	1	0.69
826746--827364	136	4.5	136	85	2	803	36	16	20	26	1.94
826746--827364	273	2.3	272	86	2	866	36	16	20	26	1.94
827292--827448	81	1.9	81	88	5	237	43	11	21	24	1.85
827389--827451	20	3.2	20	68	8	65	41	7	22	28	1.82
827158--827584	217	2.0	217	87	0	620	38	15	20	25	1.92
827373--827651	136	2.1	136	84	0	360	34	18	20	26	1.96
827020--827674	353	1.9	353	84	2	904	37	17	20	25	1.94
831979--832020	21	2.0	21	95	0	75	38	16	23	21	1.93
837530--837562	14	2.3	15	89	5	50	57	15	0	27	1.38
838197--838242	22	2.1	22	100	0	92	39	8	8	43	1.66
838337--838384	20	2.6	18	81	18	55	39	14	16	29	1.88
840179--840218	20	2.0	20	90	4	64	55	2	2	40	1.27
844735--844765	6	5.2	6	92	0	53	80	0	3	16	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
850222--850275	22	2.5	22	84	6	56	25	20	11	42	1.85
858615--858654	13	3.0	13	78	7	53	47	0	25	27	1.52
858615--858667	27	2.0	27	81	7	63	52	1	22	22	1.56
865655--865689	17	2.2	15	90	10	52	62	2	20	14	1.43
876083--876138	28	2.0	28	82	6	69	37	3	44	14	1.62
878334--878432	47	2.1	47	81	3	110	31	14	22	32	1.93
879453--879489	18	2.1	18	89	0	56	62	10	16	10	1.55
881177--881210	16	2.0	18	88	11	54	41	11	29	17	1.85
881756--881838	38	2.2	38	100	0	166	36	13	13	37	1.83
885261--885285	13	1.9	13	100	0	50	32	24	20	24	1.98
885180--885409	93	2.5	93	95	0	406	30	19	21	28	1.98
885354--885378	13	1.9	13	100	0	50	32	24	20	24	1.98
885366--885635	42	6.5	42	85	3	312	26	18	21	32	1.97
885439--885552	20	5.5	20	66	22	74	25	19	23	31	1.98
886056--886358	53	5.8	53	83	3	328	31	20	25	23	1.98
886056--886366	106	3.0	105	84	4	369	30	20	26	22	1.98
887495--887550	28	2.0	28	82	6	69	37	3	44	14	1.62
893513--893557	22	2.0	24	86	8	67	28	0	37	33	1.58
894047--894214	20	8.4	20	78	8	137	39	23	13	24	1.90
893962--894213	40	6.3	40	76	11	178	38	24	13	24	1.91
893962--894214	20	12.6	20	72	13	119	38	24	13	24	1.91
894370--894408	16	2.5	15	88	8	60	28	2	0	69	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895003--895036	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
895367--895399	3	11.0	3	93	0	57	63	0	36	0	0.95
897354--897389	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
897710--897880	65	2.6	63	79	15	188	52	17	1	28	1.54
899226--899320	21	4.5	21	78	4	93	27	17	34	20	1.95
899199--899320	42	2.9	41	80	6	129	25	18	36	19	1.95
899602--899651	21	2.4	21	79	0	64	36	24	14	26	1.93
901381--901651	60	4.5	60	78	10	277	20	14	22	42	1.88
901381--901651	100	2.7	100	79	8	282	20	14	22	42	1.88
901420--901646	120	1.9	120	91	0	373	20	15	22	40	1.91
901381--901622	20	12.1	19	83	8	195	19	14	22	42	1.88
901405--901651	40	6.2	40	72	14	143	20	14	22	41	1.89
901636--901772	21	6.7	21	77	4	82	29	16	25	27	1.97
904354--904394	19	2.2	19	90	0	64	17	31	31	19	1.95
904419--904569	29	5.3	28	77	9	128	35	6	20	37	1.79
904420--904575	85	1.8	85	86	1	224	35	6	20	37	1.78
911875--911920	18	2.6	18	89	3	67	17	43	26	13	1.85
911916--912040	58	2.2	58	92	0	205	34	6	22	36	1.80
911916--912042	29	4.4	28	84	10	166	33	6	23	36	1.80
914316--914612	46	6.4	46	88	3	375	22	21	10	44	1.83
914395--914526	26	5.5	26	72	20	135	21	24	12	42	1.86
914316--914605	93	3.1	92	88	2	402	22	21	11	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
914374--914545	20	7.7	20	72	21	119	21	23	11	43	1.85
914334--914612	139	2.0	139	89	2	427	23	21	10	44	1.83
915264--915334	34	2.1	33	84	2	88	33	15	26	23	1.95
916193--916239	19	2.4	19	83	13	60	51	4	12	31	1.59
916488--916540	25	2.1	25	96	0	97	43	18	18	18	1.88
921546--921622	36	2.1	36	100	0	154	35	15	19	29	1.93
922585--922761	90	2.0	89	93	1	300	44	6	11	37	1.67
923222--923260	20	1.9	21	89	5	62	38	38	10	12	1.78
923714--923884	20	7.7	20	66	23	65	22	21	10	45	1.82
923718--923895	46	3.9	45	87	3	250	23	19	10	46	1.81
929941--930213	139	2.0	139	98	0	528	38	14	17	29	1.90
937752--937793	18	2.3	18	100	0	84	23	7	30	38	1.82
939503--939887	55	7.1	55	72	6	200	36	24	9	29	1.87
939490--939835	109	3.2	108	77	9	262	36	24	9	29	1.87
939538--939835	55	5.5	55	74	9	236	36	25	9	28	1.88
939693--939886	54	3.7	52	77	8	135	39	25	9	26	1.86
939678--939872	107	1.8	104	80	11	227	37	28	8	25	1.86
941070--941447	51	7.4	51	82	0	416	29	8	19	42	1.81
941270--941347	23	3.2	23	63	16	57	34	11	14	39	1.82
941070--941438	153	2.4	153	85	0	486	29	8	19	42	1.81
941289--941421	25	5.2	25	64	16	67	29	9	19	41	1.83
941340--941422	25	3.3	25	68	9	69	26	9	22	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
941356--941435	25	3.2	25	72	10	81	26	6	25	42	1.78
941365--941468	25	4.2	25	72	12	72	25	9	21	44	1.82
941430--941512	23	3.4	24	68	9	69	27	10	19	42	1.84
942937--942971	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
943533--943609	38	2.0	38	97	0	145	44	15	22	18	1.87
944506--944580	36	2.1	36	84	0	96	30	12	16	41	1.84
947317--947392	31	2.4	30	80	6	80	31	30	21	17	1.96
948665--948769	37	2.8	37	82	0	129	40	13	14	31	1.84
949127--949169	18	2.5	17	81	7	52	25	6	2	65	1.30
949426--949470	18	2.6	18	80	19	60	20	4	0	75	0.97
949662--949697	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
953773--954309	183	2.9	183	94	0	959	27	20	21	31	1.98
955449--955562	36	3.2	34	71	9	86	25	16	14	43	1.85
955433--955608	72	2.4	75	85	7	227	26	17	13	42	1.86
955601--955892	90	3.0	98	77	14	268	29	20	12	37	1.89
955702--955776	39	1.9	39	86	5	107	26	21	13	38	1.90
955792--955867	36	2.1	36	90	0	116	23	21	14	40	1.90
956067--956697	105	6.0	105	90	2	921	33	26	17	22	1.96
957240--957344	37	2.8	37	82	0	129	40	13	14	31	1.84
957701--957743	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
957749--957863	51	2.2	53	80	13	132	36	5	1	56	1.32
958256--958289	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
959597--959648	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
959704--959897	20	9.6	20	76	8	76	35	25	19	19	1.95
959700--959897	40	5.0	39	81	4	200	35	26	19	19	1.95
959704--959896	60	3.2	60	83	0	251	35	25	19	19	1.95
960278--960348	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
960469--960523	14	3.6	14	73	21	56	43	23	23	9	1.82
960469--960539	33	2.2	33	92	0	115	45	25	21	8	1.80
960535--960599	19	3.7	19	74	19	77	10	23	21	44	1.83
960557--960611	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
960540--960655	33	3.5	33	85	4	162	11	23	19	45	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13