genome.fa.s6400.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006400.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00015426_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1412076

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  5  of  8  ( 869 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721610--721730	59	2.1	59	91	0	197	25	17	20	36	1.94
722283--722598	54	5.9	54	85	0	380	34	18	15	30	1.93
722283--722621	108	3.1	108	84	0	428	33	18	16	31	1.93
722283--722621	162	2.1	162	83	2	430	33	18	16	31	1.93
723094--723373	139	2.0	139	96	0	515	36	10	20	33	1.86
729396--729765	54	6.9	54	84	1	474	32	18	17	31	1.94
742317--742351	18	2.0	18	88	5	54	77	8	2	11	1.10
745531--745686	65	2.4	65	86	3	208	32	17	21	28	1.96
748283--748365	24	3.7	22	78	15	98	28	19	22	28	1.98
748283--748380	45	2.2	44	84	12	121	27	19	23	29	1.98
748283--748380	21	4.4	22	77	16	96	27	19	23	29	1.98
752067--752105	20	1.9	21	89	5	62	30	5	7	56	1.49
761622--761777	65	2.4	64	88	3	224	29	17	23	29	1.97
764517--764554	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
771425--771523	51	2.0	50	90	6	155	44	11	8	36	1.70
773789--773837	26	2.0	24	84	8	62	61	10	0	28	1.29
775417--775443	5	5.4	5	100	0	54	0	18	37	44	1.50
775761--775785	5	5.0	5	100	0	50	40	40	20	0	1.52
775725--775775	25	2.0	25	88	11	77	43	27	13	15	1.85
785829--785882	22	2.4	23	79	17	60	68	3	16	11	1.33
786094--786229	60	2.3	58	80	9	159	33	14	16	36	1.89
786448--786563	60	2.0	58	82	3	142	34	16	17	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
788695--788756	25	2.4	25	97	2	115	41	11	12	33	1.79
789014--789134	45	2.7	45	84	6	156	34	17	9	38	1.83
792193--792279	32	2.8	31	84	6	122	18	14	10	56	1.66
793377--793457	2	42.0	2	79	11	80	51	1	0	46	1.08
796673--796735	21	3.1	21	77	9	67	34	4	15	44	1.68
796664--796742	23	3.3	23	68	23	65	35	5	15	44	1.68
796884--796961	7	11.3	7	76	2	59	50	32	0	17	1.47
796884--796961	21	3.8	21	77	6	88	50	32	0	17	1.47
796884--796961	41	1.9	41	86	5	113	50	32	0	17	1.47
797070--797096	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
797230--797301	21	3.5	20	75	7	72	54	26	0	19	1.45
797230--797281	14	3.7	14	78	0	50	55	25	0	19	1.43
797648--797713	19	3.4	20	79	6	64	48	7	7	36	1.60
797675--797710	9	3.9	9	85	7	54	55	8	0	36	1.30
796977--798470	552	2.8	541	91	4	2397	43	12	8	35	1.73
798161--798187	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
798185--798235	20	2.4	21	74	9	59	45	5	7	41	1.57
798211--798247	15	2.4	15	90	4	56	54	5	2	37	1.38
798322--798392	14	5.1	14	77	3	63	49	28	0	22	1.50
798554--798600	14	3.7	14	71	26	50	51	4	0	44	1.21
798551--798601	23	2.2	24	96	3	95	49	3	0	47	1.20
801432--801485	27	2.0	27	92	0	90	29	18	33	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802289--802504	83	2.6	83	82	2	256	33	18	21	25	1.97
802372--802510	42	3.3	42	73	9	140	35	20	22	22	1.96
804501--804526	12	2.2	12	100	0	52	26	42	0	30	1.56
811439--811524	21	4.1	21	84	3	102	37	19	41	1	1.59
811447--811539	21	4.4	21	83	4	98	38	19	40	1	1.59
811921--812098	43	4.2	42	75	13	130	30	21	21	26	1.98
814475--814552	7	11.3	7	76	2	59	50	32	0	17	1.47
814475--814552	21	3.8	21	77	6	88	50	32	0	17	1.47
814475--814552	41	1.9	41	86	5	113	50	32	0	17	1.47
814667--814693	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
814717--814785	2	35.0	2	83	13	90	50	1	1	46	1.19
814859--814930	21	3.5	22	76	14	64	54	27	0	18	1.44
814570--816082	540	2.8	553	87	7	1905	43	11	8	36	1.73
815954--816004	14	3.7	14	78	5	59	49	27	0	23	1.51
815948--816004	20	2.8	21	78	10	64	49	29	0	21	1.50
815960--816010	27	1.9	26	92	4	84	49	25	0	25	1.51
816166--816212	14	3.7	14	71	26	50	51	4	0	44	1.21
816163--816213	23	2.2	24	96	3	95	49	3	0	47	1.20
816480--816510	16	1.9	16	93	0	53	41	12	22	22	1.88
819035--819088	27	2.0	27	92	0	90	29	18	33	18	1.95
822978--823028	26	1.9	27	92	4	86	45	17	23	13	1.84
824891--824935	13	3.4	13	77	17	56	46	8	0	44	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825032--825079	23	2.1	22	85	11	62	52	4	0	43	1.20
825534--825580	2	23.5	2	100	0	94	51	48	0	0	1.00
825580--825744	2	83.0	2	66	10	79	41	4	9	44	1.55
825656--825732	29	2.6	28	80	11	75	38	6	9	45	1.62
825683--825744	17	3.6	17	86	2	70	43	6	6	43	1.55
825686--825735	21	2.5	20	81	9	57	44	8	4	44	1.52
825835--825868	16	2.1	16	89	10	52	50	5	0	44	1.26
825912--825952	15	2.5	17	73	15	50	46	17	4	31	1.69
826040--826090	2	25.5	2	76	7	50	45	5	1	47	1.38
826036--826086	20	2.7	20	84	6	70	43	7	3	45	1.51
826552--826963	86	4.9	86	76	15	287	47	7	18	26	1.75
826552--826941	44	9.3	43	76	13	257	46	7	19	26	1.77
826755--826821	31	2.2	29	82	12	82	49	10	11	28	1.73
826711--826855	73	2.0	73	91	5	240	45	8	17	27	1.79
826784--826969	41	4.4	42	77	13	150	48	5	17	27	1.70
826784--826981	42	4.7	42	75	14	149	48	7	16	27	1.72
835956--836004	20	2.5	19	83	3	62	67	10	4	18	1.36
837133--837194	23	2.7	23	97	0	115	6	20	19	53	1.67
837957--838727	3	262.7	3	80	12	881	0	36	0	62	0.98
839727--839788	31	2.0	32	81	9	74	35	3	12	48	1.58
840229--840273	21	2.1	21	87	0	63	26	0	15	57	1.38
840229--840273	7	6.4	7	86	0	54	26	0	15	57	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
846212--846276	31	2.1	31	82	2	78	26	12	26	35	1.91
854155--854209	26	2.1	26	100	0	110	29	16	23	30	1.96
859812--859889	30	2.5	31	79	8	88	30	16	20	32	1.95
873412--874044	312	2.0	312	87	1	901	27	15	21	35	1.94
879964--880009	18	2.6	18	92	0	74	32	32	15	19	1.93
888463--888510	24	2.0	24	100	0	96	20	12	25	41	1.87
895609--895658	12	4.2	12	78	17	59	72	0	2	26	0.96
897263--897306	22	1.9	23	86	9	63	54	2	0	43	1.12
897358--897386	13	2.2	13	100	0	58	58	0	0	41	0.98
897385--897449	15	4.2	16	73	13	64	56	7	1	33	1.37
897386--897465	31	2.6	31	82	9	94	57	6	1	35	1.32
897348--897449	46	2.2	46	81	15	113	55	5	0	37	1.31
902059--902148	22	4.0	22	70	20	71	44	3	4	47	1.39
903373--903497	37	3.2	37	66	16	99	40	12	8	39	1.73
903212--903532	80	4.2	80	68	19	225	39	13	8	38	1.75
909225--909300	31	2.5	30	79	8	91	46	11	2	39	1.55
909276--909365	28	3.1	28	72	12	83	43	4	2	50	1.34
909634--909682	21	2.4	20	83	6	62	42	0	0	57	0.99
909720--909751	15	2.2	15	94	5	57	50	0	0	50	1.00
913686--913742	30	1.9	30	92	0	96	35	21	21	22	1.96
922459--922527	35	2.0	35	94	0	120	53	4	10	31	1.54
926614--926691	38	2.1	37	97	2	147	30	21	37	10	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
929354--929440	29	3.0	29	84	0	111	36	6	16	40	1.75
930195--930340	60	2.5	60	84	3	179	36	15	15	33	1.88
931018--931066	7	6.9	7	95	4	89	26	0	0	73	0.83
932270--932309	15	2.7	15	96	0	71	35	5	37	22	1.76
945221--945313	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
945221--945313	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
945240--945374	41	3.3	41	84	4	148	37	21	20	20	1.94
945302--945395	20	4.7	20	80	7	91	32	25	17	24	1.96
945910--945976	19	3.5	19	85	2	89	47	25	16	10	1.78
945972--946141	19	9.1	19	84	8	206	11	20	21	45	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8