genome.fa.s6564.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006564.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016065_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1886890

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
753--869	11	9.8	11	72	22	78	28	4	36	30	1.76
755--869	23	4.8	24	71	24	82	27	4	37	30	1.76
730--872	36	4.0	36	96	0	261	27	4	35	31	1.78
1207--1257	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
4418--4574	11	13.2	11	71	23	106	28	3	36	31	1.73
4401--4574	23	7.3	24	71	22	102	28	3	36	31	1.74
4401--4576	36	4.9	36	96	0	318	28	3	36	31	1.74
8416--8467	22	2.3	23	93	3	88	28	3	34	32	1.76
8436--8579	36	4.0	36	97	0	270	28	4	36	31	1.76
8433--8576	11	12.2	11	72	23	107	28	3	36	31	1.74
8435--8576	23	5.9	24	73	23	113	28	3	35	31	1.74
13467--13546	35	2.2	37	86	4	110	31	37	3	27	1.74
13984--14031	14	3.1	15	76	11	53	72	6	18	2	1.15
14373--14436	29	2.2	29	94	0	110	42	17	31	9	1.81
18140--18192	22	2.4	22	93	6	90	39	30	20	9	1.84
19103--19155	23	2.2	24	90	3	81	60	13	16	9	1.58
19112--19162	24	2.2	23	89	3	75	58	13	19	7	1.59
20402--20456	24	2.3	25	81	6	60	32	16	21	29	1.95
22968--23020	23	2.2	24	90	3	81	60	13	16	9	1.58
22977--23027	24	2.2	23	89	3	75	58	13	19	7	1.59
24268--24322	24	2.3	25	81	6	60	32	16	21	29	1.95
26833--26885	23	2.2	24	90	3	81	60	13	16	9	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26842--26892	24	2.2	23	89	3	75	58	13	19	7	1.59
28133--28187	24	2.3	25	81	6	60	32	16	21	29	1.95
35730--35766	15	2.4	16	90	4	58	13	10	5	70	1.32
36120--36187	8	8.0	8	78	12	73	80	11	5	1	0.94
36120--36186	19	3.9	17	83	9	82	80	11	5	1	0.95
36137--36198	19	3.2	19	93	4	97	77	12	9	0	0.99
36144--36205	20	3.3	18	74	14	54	74	14	11	0	1.08
45028--45107	35	2.2	37	88	4	119	32	37	2	27	1.70
45061--45107	11	4.1	11	80	20	60	36	36	2	25	1.68
45061--45107	24	2.0	24	84	15	64	36	36	2	25	1.68
47820--47887	31	2.2	31	84	10	86	58	4	19	17	1.55
62507--62586	35	2.2	37	84	4	110	32	36	3	27	1.75
62540--62586	11	4.1	11	77	20	51	36	34	4	25	1.76
68192--68271	35	2.2	37	86	4	110	32	36	2	28	1.71
78051--78097	25	2.0	24	84	16	62	74	8	17	0	1.05
78121--78171	10	4.9	10	79	15	50	82	3	13	0	0.81
78123--78154	12	2.5	13	90	10	57	87	0	12	0	0.54
78121--78154	15	2.3	15	89	0	50	88	0	11	0	0.52
78121--78172	17	3.3	15	82	15	61	80	3	15	0	0.85
83229--83288	30	2.0	31	83	3	77	26	8	10	55	1.61
84198--84248	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
93541--93591	25	2.0	25	85	14	70	70	3	15	9	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97648--97713	28	2.5	27	83	11	75	71	4	15	9	1.28
97907--97942	17	2.0	18	89	10	56	11	27	0	61	1.30
103392--103476	42	2.0	41	88	2	125	24	24	16	34	1.95
106612--106737	65	1.9	65	96	0	234	25	19	19	35	1.95
108189--108235	11	4.1	11	80	20	60	25	2	36	36	1.68
108189--108235	24	2.0	24	84	15	64	25	2	36	36	1.68
108189--108268	35	2.2	37	88	4	119	27	2	37	32	1.70
108607--108657	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
112339--112387	11	4.2	12	76	23	59	28	2	36	32	1.69
112338--112417	35	2.2	37	86	4	110	28	2	36	32	1.71
119448--119552	55	1.9	53	86	3	147	23	22	17	36	1.95
132155--132193	17	2.4	16	82	4	51	0	10	15	74	1.07
134384--134434	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
139231--139255	13	1.9	13	100	0	50	84	8	0	8	0.79
154800--154851	24	2.2	24	82	6	61	28	17	19	34	1.94
158905--158955	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
162241--162293	18	2.8	18	74	17	54	1	18	1	77	0.96
162247--162286	21	1.9	21	85	10	55	2	17	2	77	0.99
163015--163065	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
165353--165395	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
167948--167982	17	2.1	16	89	5	52	88	0	11	0	0.51
177073--177117	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185791--185858	35	1.9	36	93	3	120	30	36	2	29	1.72
186307--186353	14	3.1	15	75	12	51	72	6	19	2	1.17
189721--189788	35	1.9	36	93	3	120	30	36	2	29	1.72
192117--192189	32	2.2	33	90	2	112	34	13	24	27	1.93
194484--194534	25	2.0	25	84	7	66	39	7	19	33	1.81
206619--206809	97	2.0	97	100	0	382	30	14	12	42	1.82
207827--207871	11	3.5	13	82	14	58	0	11	4	84	0.76
207829--207873	17	2.5	17	86	13	56	0	8	6	84	0.78
208165--208206	22	2.0	21	90	4	66	23	2	35	38	1.68
212125--212159	15	2.3	16	85	14	56	74	14	0	11	1.08
214811--214858	20	2.3	21	89	3	71	14	29	0	56	1.39
218477--218551	34	2.3	32	82	11	98	72	8	6	13	1.28
223690--223796	56	2.0	55	85	8	150	33	20	3	42	1.70
227424--227461	16	2.4	16	100	0	76	31	18	5	44	1.72
230037--230073	15	2.4	15	90	4	56	16	27	2	54	1.56
242667--242714	16	2.9	16	84	6	60	70	0	14	14	1.16
242902--242948	22	2.2	20	85	11	58	0	12	6	80	0.88
245123--245159	15	2.4	16	90	4	58	16	29	0	54	1.43
247797--247824	12	2.3	12	100	0	56	14	7	35	42	1.73
254399--254437	18	2.2	18	85	0	51	15	2	10	71	1.23
254804--254924	59	2.1	59	84	3	154	35	23	18	23	1.95
256099--256890	93	8.5	93	76	5	661	36	17	10	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256312--256853	276	2.0	277	81	4	653	36	16	10	35	1.84
264204--264549	93	3.7	93	73	6	241	37	17	9	35	1.82
264204--264546	186	1.8	186	79	1	400	37	17	9	35	1.82
264395--264573	93	1.9	93	82	2	225	39	17	7	35	1.78
270335--270387	19	2.8	19	79	0	61	35	11	7	45	1.69
270728--270844	36	3.3	35	89	1	180	25	38	4	31	1.75
273635--273755	44	2.7	44	88	5	181	38	8	21	31	1.83
273674--273745	24	3.2	24	67	28	75	36	8	22	33	1.84
280683--280851	44	3.8	45	90	3	243	39	6	21	32	1.79
280722--280838	24	5.2	23	62	27	63	35	6	23	33	1.82
280660--280851	89	2.2	90	85	8	270	38	6	22	32	1.79
290943--290981	19	2.1	19	85	0	51	23	51	20	5	1.67
290949--291004	17	3.2	17	79	5	58	19	48	21	10	1.79
298170--298220	5	9.8	5	91	8	84	19	56	21	1	1.51
298170--298227	22	2.7	22	92	5	93	18	53	22	5	1.64
302349--302391	23	1.9	21	81	13	50	37	11	18	32	1.87
304999--305075	9	8.8	9	79	17	83	85	1	12	0	0.65
304998--305085	33	2.8	32	87	6	117	84	2	13	0	0.73
304998--305095	18	5.4	18	76	11	83	82	2	13	2	0.84
304998--305095	8	11.9	8	76	13	92	82	2	13	2	0.84
304998--305073	24	3.2	23	92	5	125	85	1	13	0	0.66
305016--305075	1	60.0	1	76	0	57	88	0	11	0	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
310430--310472	8	5.4	8	83	10	61	86	2	11	0	0.67
310431--310472	13	3.4	12	78	15	50	85	2	11	0	0.68
310430--310476	19	2.5	19	86	13	62	85	2	12	0	0.70
321134--321208	26	3.0	26	75	16	77	17	18	0	64	1.30
321616--321669	23	2.3	23	83	3	72	12	12	11	62	1.54
323145--323199	19	2.9	19	83	0	65	38	9	7	45	1.64
334433--334462	12	2.6	11	90	10	51	0	10	6	83	0.81
338179--338212	10	3.5	10	88	8	52	85	0	14	0	0.60
345890--345922	17	1.9	17	88	11	50	27	0	3	69	1.03
362311--362355	19	2.3	20	84	3	56	37	15	8	37	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8