genome.fa.s6564.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006564.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016065_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1886890

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1341910--1341974	29	2.2	29	86	0	85	41	10	3	44	1.55
1341706--1342005	94	3.3	94	80	9	261	43	7	3	46	1.47
1341995--1342030	2	19.5	2	83	16	51	47	0	0	52	1.00
1342535--1342919	202	1.9	203	91	2	630	38	11	11	37	1.79
1342939--1343052	60	1.9	60	83	3	149	55	6	6	32	1.49
1343237--1343265	11	2.5	12	88	11	51	0	17	0	82	0.66
1347525--1347597	32	2.4	31	86	9	96	24	4	9	61	1.44
1347924--1347957	17	1.9	18	88	5	52	50	5	2	41	1.42
1349982--1350057	33	2.3	33	81	0	98	39	26	15	18	1.91
1350106--1350275	43	3.9	42	78	7	180	27	19	24	29	1.98
1350347--1350510	44	3.8	44	79	4	170	31	16	22	29	1.96
1350852--1350927	21	3.6	21	87	0	98	3	32	18	44	1.68
1359267--1359412	78	1.9	78	92	0	247	46	19	11	21	1.82
1359755--1360087	42	8.1	41	72	7	160	31	18	18	30	1.95
1360009--1360108	40	2.4	41	82	8	114	34	17	22	27	1.95
1359926--1360108	82	2.2	83	79	7	185	31	17	21	28	1.96
1359913--1360136	42	5.4	41	73	10	134	32	16	21	29	1.95
1363324--1363702	39	9.8	39	74	11	314	42	13	7	35	1.74
1363324--1363584	79	3.4	78	80	8	275	43	14	7	34	1.74
1363324--1363591	118	2.3	115	83	7	317	43	14	7	33	1.74
1363666--1363969	58	5.4	55	78	13	266	41	9	8	39	1.70
1363699--1363892	107	1.8	107	89	4	311	40	9	11	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1368129--1368206	29	2.7	29	93	2	129	33	15	7	43	1.75
1368551--1368642	45	2.0	46	97	2	177	29	36	27	6	1.82
1369571--1369600	15	2.0	15	93	0	51	56	23	0	20	1.42
1372914--1372991	26	2.8	29	83	13	101	32	14	10	43	1.78
1374016--1374146	45	2.9	45	76	6	122	36	19	12	32	1.88
1374538--1374640	51	2.0	51	100	0	206	41	7	11	38	1.70
1375252--1375350	52	1.9	52	87	4	146	49	8	13	29	1.70
1375694--1375814	52	2.3	52	79	9	158	47	9	9	33	1.68
1374927--1376279	454	3.0	452	87	3	1902	39	13	15	31	1.86
1378127--1378165	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
1379322--1379363	18	2.3	18	83	0	57	45	0	2	52	1.13
1380979--1381134	58	2.7	57	82	9	167	30	10	17	40	1.84
1381493--1381579	41	2.1	42	91	2	140	28	19	19	32	1.96
1383141--1383276	30	4.6	29	74	7	94	60	7	13	19	1.56
1383143--1383280	60	2.3	61	87	2	190	60	7	13	18	1.55
1383191--1383281	30	3.0	31	82	4	123	61	6	13	18	1.53
1384342--1384382	21	2.0	21	90	0	64	31	17	21	29	1.96
1384585--1384729	3	48.7	3	97	1	265	66	1	0	32	1.01
1384940--1385187	66	3.8	66	84	1	311	38	13	22	25	1.90
1385072--1385287	101	2.2	100	89	2	335	38	13	20	27	1.90
1385135--1385352	36	6.5	35	67	22	146	38	13	20	27	1.90
1385007--1385352	165	2.1	167	90	4	540	38	13	21	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1385171--1385542	65	5.7	65	88	3	514	37	11	19	31	1.88
1385233--1385542	36	9.3	35	63	22	121	37	11	19	32	1.87
1385173--1385542	133	2.8	130	87	4	526	37	11	19	31	1.88
1385171--1385542	66	5.7	66	87	3	518	37	11	19	31	1.88
1386032--1386144	30	3.8	29	78	10	104	61	10	8	18	1.53
1386051--1386132	30	2.8	29	83	3	110	62	10	9	17	1.54
1386121--1386177	30	1.9	30	88	0	87	64	7	10	17	1.46
1386051--1386189	60	2.3	61	81	8	151	61	9	10	18	1.53
1387518--1387582	3	22.0	3	96	3	123	67	0	0	32	0.91
1397452--1397503	21	2.6	20	80	17	63	3	15	5	75	1.14
1397828--1397863	18	2.0	18	88	0	54	55	0	22	22	1.44
1400013--1400069	24	2.4	24	90	0	87	49	17	24	8	1.75
1400917--1401300	191	2.0	191	100	0	768	29	15	14	40	1.87
1405203--1405241	19	2.1	19	90	0	60	64	10	7	17	1.48
1407098--1407263	91	1.8	91	86	2	244	25	24	12	37	1.90
1407182--1407463	105	2.6	106	86	6	372	23	23	15	36	1.93
1407398--1407728	136	2.5	135	86	2	445	27	21	16	34	1.95
1407675--1407762	39	2.3	39	93	0	149	21	22	7	47	1.76
1407539--1407903	174	2.1	176	83	3	468	27	20	15	36	1.92
1408330--1408508	36	4.8	36	86	3	205	36	13	21	27	1.92
1408446--1408882	40	10.9	40	91	0	633	42	11	16	29	1.84
1408671--1408733	19	3.2	19	68	14	56	49	6	17	26	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1409826--1409935	54	2.0	55	94	1	195	23	24	12	39	1.90
1414199--1414241	6	7.2	6	94	0	77	48	16	18	16	1.81
1419726--1419947	45	5.2	45	76	15	150	29	22	11	35	1.90
1419793--1420034	79	3.1	79	84	2	299	28	24	10	36	1.89
1420518--1420553	15	2.4	15	95	0	63	36	13	0	50	1.43
1425145--1425341	79	2.5	78	85	1	250	27	21	10	39	1.87
1431593--1431659	21	3.0	21	79	10	80	20	20	22	35	1.96
1431584--1431652	23	3.1	22	77	8	77	18	24	20	36	1.95
1435298--1435359	31	2.2	28	78	16	65	30	27	22	19	1.98
1437857--1438285	214	2.0	215	96	3	794	32	10	12	44	1.75
1440268--1440322	27	2.2	24	81	15	67	74	3	10	10	1.19
1456620--1456667	17	2.8	17	83	3	60	10	22	41	25	1.85
1456619--1456675	18	3.2	18	80	5	71	8	19	42	29	1.81
1456734--1456758	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
1456993--1457622	47	12.3	55	70	16	228	33	17	20	28	1.96
1457091--1458069	47	19.7	47	68	17	448	32	18	20	28	1.96
1457048--1457669	100	6.2	102	87	3	875	33	17	20	28	1.96
1457036--1457666	201	3.1	201	89	1	978	32	18	20	28	1.96
1457492--1457802	148	2.1	148	91	1	498	33	19	18	28	1.96
1457291--1458082	349	2.3	349	87	2	1131	32	18	21	28	1.96
1457640--1458027	201	1.9	203	86	1	546	31	19	21	27	1.97
1457640--1458027	102	3.8	101	85	3	512	31	19	21	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1458531--1458922	195	2.0	194	97	1	750	38	12	12	36	1.81
1459323--1459352	6	4.8	6	95	4	51	0	13	0	86	0.57
1471880--1471938	23	2.4	25	80	8	68	8	1	37	52	1.42
1474085--1474118	17	1.9	18	88	5	52	70	0	8	20	1.13
1475467--1475495	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
1475473--1475529	17	3.3	18	78	14	66	68	1	0	29	1.00
1475530--1475932	38	10.7	38	84	8	490	42	8	3	45	1.51
1476524--1477798	85	15.0	85	88	1	1793	25	18	21	34	1.96
1478285--1478352	28	2.4	28	87	0	100	44	25	11	19	1.84
1478341--1478433	21	4.4	21	70	8	64	39	21	15	23	1.91
1478331--1478433	42	2.5	42	73	12	111	37	21	15	25	1.92
1482465--1482505	19	2.2	19	90	0	64	41	34	9	14	1.79
1482514--1482603	42	2.1	42	81	4	110	41	20	14	24	1.89
1488834--1488867	15	2.4	14	85	9	50	67	0	8	23	1.18
1490119--1490151	4	8.2	4	100	0	66	75	0	0	24	0.80
1490164--1490490	37	8.8	37	79	11	305	43	8	3	44	1.49
1490431--1490457	14	1.9	14	100	0	54	44	18	7	29	1.77
1490259--1490485	80	2.9	77	82	14	229	44	7	2	45	1.44
1491429--1491698	86	3.2	84	77	10	260	54	6	14	24	1.64
1491431--1491698	44	6.3	43	78	11	214	54	5	14	25	1.62
1491430--1491768	44	7.9	42	75	13	185	56	5	11	25	1.56
1491695--1491730	7	5.0	7	93	6	63	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1491695--1491730	15	2.5	15	95	4	65	72	0	0	27	0.85
1495998--1496042	21	2.1	21	91	0	72	33	15	26	24	1.95
1500964--1501057	46	2.0	46	97	0	179	37	17	30	14	1.90
1504557--1504928	202	1.8	203	90	4	597	33	12	20	32	1.90
1513093--1513138	24	1.9	24	100	0	92	30	13	15	41	1.85
1518783--1518834	18	2.9	18	94	0	77	17	21	32	28	1.96
1520576--1521221	321	2.0	321	98	0	1256	35	17	23	23	1.95
1521997--1522122	47	2.8	45	85	5	164	29	23	7	39	1.83
1522227--1522308	40	2.0	40	100	0	164	32	26	17	23	1.96
1529025--1529150	47	2.8	45	85	5	164	29	23	7	39	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8