genome.fa.s7428.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007428.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00020138_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  917797

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--135	65	2.1	66	90	1	209	27	21	13	37	1.91
153--278	36	3.4	37	67	5	92	30	20	13	35	1.91
140--278	73	1.9	76	87	4	212	31	21	12	34	1.90
765--1140	132	2.9	132	87	2	533	32	19	17	31	1.94
768--999	44	5.3	44	72	2	178	31	19	17	31	1.95
2257--2560	121	2.6	117	85	6	402	23	17	15	43	1.88
2551--2606	24	2.3	24	90	6	87	25	14	1	58	1.45
6781--6829	23	2.1	22	85	14	64	53	2	0	44	1.12
6962--7018	12	4.4	14	76	8	50	42	7	5	45	1.53
7007--7112	2	55.0	2	75	17	82	42	4	1	50	1.34
6960--7059	22	4.3	24	76	19	74	43	6	3	48	1.43
6986--7060	14	5.1	15	82	9	57	44	6	1	48	1.37
6985--7058	22	3.5	21	82	10	80	43	5	1	50	1.33
7602--7640	20	2.0	19	85	5	51	51	7	5	35	1.53
7952--7990	15	2.8	14	88	7	53	30	12	2	53	1.52
7954--7990	13	2.6	15	87	8	51	32	13	2	51	1.55
8044--8079	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
8488--8524	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
8610--8636	6	4.5	6	100	0	54	14	0	70	14	1.17
9253--9291	14	2.9	14	88	7	55	51	2	5	41	1.38
12107--12144	19	2.1	18	90	5	58	36	15	10	36	1.82
20413--20457	23	1.9	24	86	4	65	48	4	2	44	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20767--20835	14	4.9	14	76	15	70	62	2	1	33	1.19
20767--20836	13	5.0	13	74	20	61	62	2	1	32	1.18
20792--20844	27	1.9	28	88	3	81	69	1	0	28	0.99
20767--20848	14	5.6	14	72	17	69	63	2	1	32	1.15
20813--20868	22	2.5	23	77	8	62	64	3	0	32	1.11
20950--20995	16	2.9	16	83	3	58	47	8	4	39	1.54
21422--21475	21	2.5	22	77	20	60	35	0	1	62	1.06
30617--30684	20	3.3	20	76	10	59	32	13	26	27	1.93
31509--31543	17	2.1	17	89	5	54	40	5	22	31	1.78
35715--35749	17	2.1	17	89	5	54	40	5	22	31	1.78
39904--39938	17	2.1	17	89	5	54	40	5	22	31	1.78
40806--40870	20	3.5	19	72	20	57	23	20	20	36	1.95
40805--40872	35	1.9	36	87	3	102	22	22	19	36	1.95
41974--42044	15	4.7	15	82	0	88	28	2	23	45	1.67
41971--42044	30	2.5	30	86	0	103	28	4	22	44	1.71
46369--46474	52	2.0	52	98	0	203	12	27	3	56	1.53
47074--47233	72	2.2	71	83	5	189	35	22	15	26	1.94
47198--47254	21	2.8	21	83	2	71	31	26	15	26	1.96
47217--47271	21	2.6	21	82	5	67	40	21	20	18	1.92
47629--47666	16	2.4	16	90	0	67	28	18	15	36	1.92
51133--51290	65	2.4	65	79	7	160	31	20	17	31	1.95
56997--57097	44	2.3	43	86	5	141	28	20	19	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57525--57565	18	2.2	20	86	8	59	17	0	12	70	1.16
57590--57627	13	3.0	13	80	7	51	34	10	5	50	1.59
61889--61972	21	3.9	21	72	14	64	14	25	36	23	1.92
65780--65819	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
68600--68684	29	3.1	28	82	12	90	20	2	18	58	1.50
68960--68993	12	2.7	13	86	9	52	44	8	5	41	1.60
69333--69489	65	2.4	64	82	3	181	31	19	17	31	1.95
70696--71143	54	8.3	53	85	2	536	37	16	12	33	1.86
71490--71667	94	1.9	95	88	1	268	27	23	11	37	1.89
75523--75560	19	2.1	19	90	5	60	47	7	13	31	1.71
78974--79111	71	1.9	71	91	0	222	32	25	17	24	1.97
79097--79155	21	2.8	22	77	15	70	32	25	20	22	1.98
78974--79152	71	2.5	71	84	4	209	32	25	18	23	1.97
93692--93778	35	2.4	36	84	5	106	43	14	8	33	1.75
98111--98137	14	1.9	14	100	0	54	44	22	22	11	1.84
99260--99307	24	2.0	24	84	8	62	16	22	43	16	1.87
99264--99302	19	2.1	19	85	0	51	17	23	43	15	1.87
100189--100219	12	2.6	12	94	0	53	12	35	29	22	1.91
100273--100384	29	3.9	29	86	0	143	16	40	27	15	1.89
100274--100384	58	1.9	58	88	0	168	17	40	27	14	1.88
100780--100815	17	2.1	17	100	0	72	16	0	41	41	1.48
100953--101058	30	3.5	30	87	5	142	38	0	14	47	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101000--101054	15	3.6	16	70	20	55	41	0	14	43	1.45
101111--101144	15	2.2	16	94	5	61	38	0	5	55	1.24
103282--103329	14	3.6	14	83	16	75	45	18	0	35	1.50
103281--103329	25	2.0	25	100	0	98	44	18	0	36	1.50
103297--103607	60	5.2	60	95	0	559	46	12	0	41	1.41
103370--104229	120	7.5	120	85	10	1237	46	12	0	40	1.42
103411--103558	21	7.3	21	64	19	73	45	13	0	40	1.43
103539--103664	49	2.7	48	90	6	179	45	12	0	42	1.42
103591--104229	60	10.2	60	74	15	370	46	12	0	40	1.42
103301--104229	339	2.7	338	89	5	1331	46	12	0	41	1.42
103878--104105	49	4.4	49	85	13	325	46	12	0	41	1.41
104089--104229	21	7.0	21	64	20	68	46	13	0	40	1.43
103358--104225	170	5.1	163	82	13	867	46	12	0	41	1.42
107080--107140	26	2.4	24	76	15	59	42	1	6	49	1.38
107376--107435	17	3.3	17	73	15	57	50	11	0	38	1.39
107935--107983	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
108767--108816	20	2.5	20	90	0	82	52	16	30	2	1.55
108821--108934	29	3.9	29	95	2	194	19	27	37	15	1.92
113848--113894	19	2.5	19	83	16	62	42	0	2	55	1.12
114766--114822	3	19.0	3	85	10	73	33	0	0	66	0.92
114760--114814	26	2.2	25	83	9	67	29	1	1	67	1.11
122231--122282	4	14.0	4	84	15	76	50	26	0	23	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122227--122282	18	3.1	18	94	0	94	50	26	0	23	1.50
122231--122290	22	2.8	22	94	2	104	50	25	1	23	1.59
122727--122969	105	2.3	103	84	4	303	30	18	11	39	1.87
122915--123034	36	3.4	36	80	6	122	30	21	12	35	1.91
123330--123409	40	2.0	40	85	4	108	31	20	12	36	1.89
123699--123724	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
123809--123888	35	2.2	36	82	8	92	42	20	8	28	1.81
124167--124452	43	6.6	44	71	11	171	26	30	19	22	1.98
124153--124442	130	2.2	129	90	1	463	27	30	20	22	1.98
124153--124491	130	2.6	129	86	3	457	26	29	19	23	1.98
124690--124739	3	17.0	3	84	12	68	36	0	0	64	0.94
128983--129050	21	3.1	21	78	4	73	39	25	11	23	1.88
128985--129129	21	6.8	21	66	12	71	40	25	12	22	1.89
133060--133088	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
135661--135699	15	2.6	15	100	0	78	20	10	0	69	1.17
140570--140674	36	2.9	36	80	7	122	31	17	12	39	1.86
140718--140799	36	2.2	36	80	4	83	39	24	7	29	1.82
140918--141269	65	5.4	65	89	2	499	25	19	14	40	1.89
140918--141269	129	2.7	129	88	3	490	25	19	14	40	1.89
141282--141531	134	1.9	134	80	6	292	27	26	18	27	1.98
141431--141702	83	3.3	81	81	8	309	27	30	17	24	1.97
141432--141702	40	6.6	40	67	12	127	27	30	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143253--143510	131	2.0	131	94	0	453	22	10	15	51	1.74
147186--147239	23	2.3	23	83	3	63	44	22	24	9	1.81
147264--147297	13	2.6	13	90	0	50	73	14	2	8	1.19
148513--148565	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
148555--148726	61	2.8	61	81	7	199	36	19	20	24	1.95
148512--148852	41	8.4	41	86	3	289	29	20	17	32	1.96
148512--148863	20	17.3	20	79	8	275	29	20	17	31	1.96
149721--149767	24	2.0	24	91	0	76	27	19	17	36	1.93
152290--152366	20	4.3	19	77	14	74	40	18	23	18	1.91
152317--152410	33	2.8	33	95	0	161	45	19	23	11	1.83

Tables:   1   2   3   4   5