genome.fa.s7428.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007428.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00020138_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  917797

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
661966--662025	24	2.5	23	84	7	75	50	3	3	43	1.35
668313--668393	2	40.5	2	100	0	162	50	0	49	0	1.00
669095--669139	22	2.0	22	86	0	63	40	8	11	40	1.72
669157--669229	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
669585--669628	22	2.0	21	83	12	54	38	9	9	43	1.68
668734--672060	489	6.8	489	95	1	5791	40	7	10	40	1.68
669646--669718	23	3.2	23	86	0	101	34	6	19	39	1.78
670135--670206	23	3.2	23	88	2	101	34	5	20	38	1.76
670560--670604	22	2.0	22	83	8	56	42	11	8	37	1.72
670622--670694	23	3.2	23	90	0	119	34	4	21	39	1.73
671112--671184	23	3.2	23	84	11	96	35	5	19	39	1.75
671603--671675	23	3.2	23	90	0	110	35	5	20	38	1.76
673654--673706	5	10.6	5	89	0	52	24	37	35	1	1.67
678802--678860	21	2.8	21	84	0	91	6	28	42	22	1.79
685161--685475	57	5.5	57	83	3	384	33	17	11	37	1.86
685807--685844	20	2.1	18	85	14	51	18	26	15	39	1.91
685813--685870	22	2.8	20	78	16	64	24	24	17	34	1.96
685933--685980	19	2.4	19	86	10	60	22	33	16	27	1.96
685925--685980	22	2.7	22	83	8	73	23	28	17	30	1.97
687065--687093	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
687594--687860	59	4.6	58	82	1	254	32	18	12	36	1.88
687652--687854	57	3.5	57	85	2	262	32	18	13	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
688213--688259	22	2.3	21	79	13	53	25	25	12	36	1.92
688214--688419	98	2.1	95	83	9	249	27	25	14	32	1.95
688587--688840	110	2.3	112	86	7	354	33	18	11	37	1.86
688529--688840	57	5.5	57	83	9	363	33	18	11	36	1.86
688529--688836	167	1.8	170	86	4	455	33	18	11	36	1.87
693186--693234	20	2.5	20	76	6	55	53	2	2	42	1.24
697897--697929	16	2.1	16	88	11	50	39	24	6	30	1.79
701249--701288	20	2.0	20	100	0	80	35	10	15	40	1.80
701290--701331	21	2.0	20	86	4	57	40	7	14	38	1.73
704050--704174	31	4.0	31	94	2	207	37	23	19	20	1.94
708217--708255	20	2.0	20	100	0	78	33	10	15	41	1.81
708313--708356	23	1.9	23	86	9	63	43	6	22	27	1.78
718660--718741	34	2.4	35	78	10	98	31	24	15	28	1.96
719113--719391	59	4.7	59	90	0	396	32	10	20	35	1.87
719610--719963	68	5.2	68	94	0	602	27	16	24	31	1.96
719610--720005	204	1.9	204	88	3	591	29	14	24	31	1.95
719956--720273	81	3.9	80	82	3	350	37	11	21	29	1.89
724684--724959	59	4.7	59	90	0	381	34	10	19	35	1.86
725140--725496	68	5.2	68	87	0	498	30	15	23	30	1.95
725140--725553	68	6.1	67	83	1	443	31	14	23	30	1.95
725140--725553	136	3.0	135	82	2	490	31	14	23	30	1.95
725486--725884	81	4.9	81	86	0	557	36	12	23	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731521--731570	25	2.0	25	88	0	73	28	34	0	38	1.57
732276--732658	160	2.4	160	87	1	534	26	19	5	48	1.71
732940--732993	2	27.5	2	96	3	101	50	0	0	50	1.00
733169--733240	28	2.6	28	90	0	117	36	2	27	33	1.72
742276--742312	18	2.0	19	94	5	67	32	8	10	48	1.67
742454--742508	26	2.2	26	83	3	67	70	5	9	14	1.30
744677--744715	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
745287--745345	2	29.5	2	92	0	100	50	0	1	47	1.11
747768--747821	20	2.7	20	82	0	72	16	14	12	55	1.69
749190--749224	18	1.9	18	88	0	52	68	0	14	17	1.21
749277--749321	17	2.7	17	80	19	51	68	0	24	6	1.13
757899--757948	23	2.1	24	85	7	66	36	22	16	26	1.94
758455--758480	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
758848--758911	20	2.9	23	80	17	82	28	21	17	32	1.96
758889--759035	64	2.3	62	77	10	154	23	23	17	35	1.95
769501--769775	54	5.1	54	85	3	374	28	9	22	40	1.84
771183--771535	165	2.1	165	84	2	449	33	19	18	28	1.95
771313--771413	44	2.3	44	86	3	132	33	17	18	29	1.95
771351--771745	123	3.2	123	81	4	363	34	17	18	29	1.94
771404--771710	123	2.5	120	83	4	364	35	17	18	28	1.93
771980--772009	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
772241--772295	21	2.7	21	80	5	60	61	16	1	20	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773628--773685	21	2.9	18	74	18	53	36	1	3	58	1.25
774723--774760	18	2.1	18	95	0	67	34	7	5	52	1.53
780947--781055	42	2.6	42	98	0	209	30	16	15	37	1.90
781575--781607	12	2.6	13	90	4	50	36	12	6	45	1.66
783490--783523	18	1.9	18	88	5	52	41	2	5	50	1.42
786785--786853	17	4.0	16	72	12	57	40	17	7	34	1.77
798076--798107	16	2.0	16	100	0	64	37	12	12	37	1.81
803909--803994	34	2.5	35	78	10	97	44	12	3	39	1.60
814682--814739	27	2.2	26	81	9	64	10	29	0	60	1.30
818068--818105	19	2.0	20	89	5	60	23	10	21	44	1.83
824207--824331	31	4.0	32	74	16	109	33	18	17	30	1.94
827482--827517	19	1.9	18	94	5	63	11	19	0	69	1.18
829523--829812	139	2.1	140	78	8	306	51	12	11	25	1.73
832921--832958	3	12.7	3	83	10	51	68	2	26	2	1.16
837218--837259	13	3.2	13	89	0	66	16	35	21	26	1.94
837290--837335	23	2.0	23	95	0	83	19	26	21	32	1.97
841958--842015	21	2.7	20	77	15	62	48	0	0	51	1.00
841968--842015	21	2.2	23	88	7	73	52	0	0	47	1.00
842983--843035	21	2.5	21	78	6	63	20	24	18	35	1.95
843025--843076	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
843010--843241	41	5.7	41	69	10	125	34	19	18	27	1.96
843086--843158	21	3.5	21	79	3	76	23	21	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843142--843259	20	5.8	20	80	13	109	39	20	17	22	1.92
843469--843521	27	1.9	27	84	3	70	39	32	7	20	1.81
843867--843954	33	2.6	33	96	1	158	12	26	21	39	1.89
843834--843979	19	8.1	19	72	17	114	13	23	19	43	1.86
845666--845945	95	3.0	93	93	3	451	22	11	18	47	1.80
846167--846285	42	2.8	42	81	5	107	23	35	17	23	1.95
846225--846285	21	2.9	21	72	0	68	24	36	18	21	1.95
847637--847672	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
847811--847896	19	4.8	19	73	16	85	44	20	19	15	1.87
847779--847877	33	3.0	32	86	4	135	45	19	20	15	1.85
847902--847986	19	4.7	19	71	15	72	14	22	21	42	1.88
850258--850282	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
850457--850510	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
851331--851422	20	4.6	20	73	2	76	39	21	18	20	1.93
851636--851743	20	5.4	20	83	4	137	37	22	23	16	1.93
853404--853495	42	2.2	42	86	1	132	21	15	41	21	1.90
853833--853871	20	2.0	20	94	0	69	33	28	12	25	1.93
853839--853945	20	5.4	20	81	1	99	36	23	21	18	1.95
853859--853945	20	4.4	20	82	1	104	36	21	24	17	1.94
853934--853992	14	3.9	14	76	20	64	49	23	16	10	1.77
853918--853976	19	3.4	19	73	22	74	47	20	18	13	1.82
853918--853997	33	2.4	33	97	0	151	47	22	18	11	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
854021--854073	20	2.7	20	87	0	70	15	18	24	41	1.89
854614--854661	18	2.7	18	90	0	78	16	12	45	25	1.82
855978--856017	20	2.0	20	90	9	64	50	17	15	17	1.79
856294--856342	22	2.3	21	80	10	55	24	14	40	20	1.89
856301--856344	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
856537--856612	20	3.8	20	83	0	98	30	13	27	28	1.94
856577--856624	20	2.4	20	89	0	69	22	20	29	27	1.99
856621--856665	21	2.1	21	100	0	90	24	24	15	35	1.94
856656--856707	21	2.5	20	81	9	68	34	17	28	19	1.94
857181--857407	116	2.0	115	85	4	314	55	3	12	28	1.55

Tables:   1   2   3   4   5