genome.fa.s7711.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007711.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109926_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1768490

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--21536	7	3104.1	7	97	2	40592	42	43	0	14	1.45
21541--21593	21	2.6	19	83	16	63	24	13	26	35	1.92
21539--21656	20	5.8	20	72	16	82	27	11	28	31	1.92
24142--24184	20	2.2	20	86	0	59	30	11	20	37	1.89
24516--24570	23	2.4	23	80	17	69	18	43	27	10	1.83
24796--24846	18	2.8	18	82	5	68	25	19	43	11	1.85
34648--34801	31	5.0	31	95	1	265	20	19	22	37	1.94
38810--38963	31	5.0	31	94	1	256	20	18	22	38	1.94
44840--44903	2	34.0	2	77	12	64	42	1	1	54	1.19
44839--44905	26	2.6	26	85	2	91	41	2	1	53	1.25
50628--50781	31	5.0	31	94	1	256	38	22	18	20	1.94
54790--54943	31	5.0	31	95	1	265	37	22	19	20	1.94
64750--64791	18	2.3	18	91	0	66	11	42	19	26	1.85
65017--65071	23	2.4	23	80	17	69	10	27	43	18	1.83
65405--65447	20	2.2	20	86	0	59	37	20	11	30	1.89
67940--68055	20	5.7	20	72	16	78	31	28	12	27	1.92
68003--68084	41	2.0	40	81	6	94	32	23	14	29	1.94
68071--68183	20	5.7	20	69	12	79	28	23	13	35	1.92
68089--68183	40	2.4	40	83	3	111	29	23	12	34	1.92
68131--68196	20	3.3	20	70	19	57	30	21	13	34	1.92
68107--68196	40	2.3	39	82	5	117	31	20	12	36	1.89
68358--68388	16	1.9	16	93	0	53	29	3	0	67	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68984--69017	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
69137--69196	24	2.5	24	91	0	93	25	16	18	40	1.91
72368--72402	6	5.8	6	86	0	52	60	20	2	17	1.49
72369--72409	18	2.3	18	95	0	73	56	24	2	17	1.53
72608--72652	20	2.2	20	92	0	72	42	22	15	20	1.89
72714--72761	20	2.4	20	89	0	78	22	25	6	45	1.75
74204--74341	21	6.6	21	89	3	190	23	18	36	21	1.95
74616--74669	21	2.6	21	81	0	72	33	29	18	18	1.95
74629--74725	21	4.7	20	67	10	61	32	31	13	21	1.92
74742--74791	21	2.4	21	79	0	55	38	32	12	18	1.87
74906--75003	42	2.3	42	87	0	133	18	17	34	29	1.94
76470--76524	20	2.8	20	88	2	85	49	20	18	12	1.79
76904--76946	22	2.0	22	90	0	68	18	11	44	25	1.84
78716--78794	21	3.5	22	75	16	72	30	1	5	63	1.24
78735--78794	21	2.7	21	84	7	75	30	0	6	63	1.20
78817--78862	24	2.0	24	83	12	60	45	0	0	54	0.99
79394--79603	116	1.8	114	93	2	366	38	5	18	38	1.73
82352--82386	16	2.2	16	100	0	70	51	17	0	31	1.45
86115--86144	15	1.9	15	93	6	51	6	30	20	43	1.77
92014--92054	21	2.0	21	85	0	55	2	9	9	78	1.06
92111--92149	17	2.4	16	91	4	60	2	23	0	74	0.94
92844--93145	134	2.2	133	80	6	358	28	16	20	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95318--95357	18	2.3	17	87	8	62	75	2	2	20	1.04
108498--108577	39	2.1	39	97	0	151	35	21	2	41	1.66
109689--109742	20	2.5	23	79	8	69	51	9	3	35	1.52
112480--112508	15	1.9	15	100	0	58	13	27	44	13	1.82
118570--118697	23	5.5	24	79	10	86	34	22	21	21	1.97
118617--118718	23	4.4	23	89	0	141	35	23	21	19	1.96
118592--118718	46	2.7	46	83	10	143	36	22	22	18	1.95
119787--119825	20	2.0	20	84	0	51	38	5	23	33	1.77
120840--120909	34	2.1	34	84	5	90	22	27	15	34	1.95
121275--121329	20	2.7	20	91	2	83	29	18	32	20	1.96
121348--121435	8	12.0	8	69	20	50	25	17	35	22	1.95
121380--121437	21	2.8	21	100	0	116	24	18	36	20	1.95
121517--121574	30	2.0	29	90	10	91	44	17	5	32	1.70
121517--121577	29	2.0	30	93	6	106	42	16	6	34	1.74
126460--126486	6	4.5	6	100	0	54	18	48	0	33	1.49
130577--130602	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
136934--136980	19	2.3	20	85	7	60	40	10	8	40	1.70
137317--137356	14	2.9	14	92	3	64	22	45	0	32	1.53
137513--137548	15	2.4	15	90	0	54	8	27	2	61	1.39
137714--137889	54	3.3	52	82	6	226	27	21	27	24	1.99
138903--138986	42	2.0	42	100	0	168	35	16	26	21	1.94
139936--139968	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140201--140225	6	4.2	6	100	0	50	20	16	64	0	1.30
140283--140326	13	3.5	13	90	6	72	18	52	15	13	1.75
142454--142506	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
142515--142629	20	5.7	20	81	6	133	31	27	19	21	1.97
142513--142649	41	3.4	41	81	2	168	33	26	18	21	1.96
142815--142873	22	2.7	22	78	0	73	20	40	16	22	1.91
143209--143265	19	2.9	19	82	5	69	47	21	19	12	1.81
143213--143299	20	4.4	20	81	7	97	43	24	17	14	1.86
143347--143421	32	2.3	33	90	4	116	14	22	20	42	1.88
143413--143481	20	3.5	20	87	0	93	14	18	26	40	1.89
145392--145445	19	2.8	19	88	5	74	9	18	25	46	1.79
145450--145538	20	4.4	20	83	8	101	17	20	24	37	1.94
145450--145538	40	2.2	40	86	4	117	17	20	24	37	1.94
145505--145568	20	3.2	20	88	0	83	14	15	23	46	1.82
145450--145558	40	2.7	40	81	2	112	17	18	24	39	1.92
147366--147401	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
147541--147579	19	2.0	20	90	5	62	51	20	15	12	1.76
147632--147702	20	3.5	20	90	3	108	18	18	25	38	1.93
150175--150221	24	2.0	24	95	0	85	36	21	21	21	1.96
150175--150235	24	2.5	24	83	0	59	34	21	19	24	1.96
150957--151002	20	2.3	20	96	0	83	26	19	32	21	1.97
154830--154887	29	2.0	29	100	0	116	37	24	6	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156731--156756	6	4.3	6	100	0	52	0	30	0	69	0.89
163280--163327	24	2.0	25	91	4	80	8	22	14	54	1.67
168359--168433	10	7.7	10	68	21	52	58	21	10	9	1.59
168363--168427	16	4.1	16	91	0	112	58	23	10	7	1.57
169161--169211	14	3.9	14	75	19	56	58	17	11	11	1.62
169161--169235	24	3.1	24	81	11	82	56	17	13	13	1.68
177224--177293	10	6.7	10	75	15	61	18	4	4	72	1.17
177179--177293	43	2.7	44	79	14	107	17	4	5	73	1.19
181455--181917	124	3.8	124	87	2	639	33	24	15	26	1.95
181868--181949	32	2.6	32	92	3	130	32	28	18	20	1.96
182682--182719	18	2.2	19	86	13	55	23	2	0	73	0.95
182739--182779	19	2.2	19	95	0	73	46	41	0	12	1.41
184335--184426	42	2.2	42	84	11	118	15	5	5	73	1.19
184312--184487	91	2.0	88	79	9	187	15	7	4	72	1.25
191603--191638	12	2.9	12	88	8	54	33	2	2	61	1.25
205850--205924	40	1.9	40	84	10	102	69	2	12	16	1.30
206011--206065	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
206017--206088	18	4.1	18	89	7	53	54	0	1	44	1.08
206552--206592	11	3.6	11	87	6	55	65	4	4	24	1.32
206612--206709	24	4.1	24	68	21	62	68	1	5	25	1.16
206677--206721	12	3.7	12	81	3	54	66	0	4	28	1.11
206614--206662	15	3.3	15	75	18	50	69	2	0	28	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207296--207399	37	2.8	37	89	0	154	29	15	14	40	1.87
208118--208568	106	4.3	105	83	7	560	24	19	23	33	1.97
209362--209416	22	2.5	22	93	0	92	23	10	25	40	1.87
210026--210076	20	2.4	21	87	6	68	1	11	7	78	1.04
210037--210061	13	1.9	13	100	0	50	0	12	8	80	0.92
210046--210099	23	2.4	22	82	11	65	1	14	5	77	1.03
213522--213556	18	1.9	18	88	11	54	71	0	20	8	1.11
214645--214719	40	1.9	38	84	10	98	69	1	13	16	1.26
214715--214773	23	2.8	21	72	20	59	76	3	3	16	1.06
215088--215114	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8