genome.fa.s7711.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007711.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109926_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1768490

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1486686--1487072	38	10.1	38	86	7	482	49	6	2	42	1.39
1486686--1487073	149	2.6	148	85	6	494	49	6	2	42	1.39
1487127--1487164	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
1488068--1488124	10	5.7	10	78	15	64	24	38	24	12	1.90
1488067--1488124	20	2.9	20	92	0	98	24	37	25	12	1.90
1488112--1488175	23	2.8	23	85	4	76	28	26	37	7	1.84
1488179--1488263	29	2.9	28	91	3	125	22	30	34	12	1.92
1488292--1488316	12	2.1	12	100	0	50	16	36	8	40	1.77
1494227--1494269	22	2.0	21	90	4	68	30	4	0	65	1.13
1494624--1494725	41	2.5	40	87	9	134	47	0	11	40	1.47
1495515--1495894	187	2.0	184	91	2	609	43	2	6	47	1.44
1497559--1497626	15	4.7	15	76	7	77	33	0	0	66	0.92
1497559--1497626	28	2.3	29	87	5	93	33	0	0	66	0.92
1497592--1497617	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
1499271--1499361	42	2.2	42	80	2	94	24	35	16	24	1.95
1499342--1499411	21	3.3	21	84	7	88	20	32	20	27	1.97
1499918--1499990	34	2.1	34	89	0	110	50	6	6	35	1.56
1500182--1500232	23	2.2	23	82	3	57	31	27	0	41	1.56
1500182--1500306	63	2.0	64	90	1	198	35	23	1	40	1.64
1500348--1500712	140	2.6	138	89	2	543	35	21	20	23	1.96
1505155--1505230	32	2.4	32	81	0	80	46	18	18	17	1.85
1505186--1505237	16	3.2	16	69	0	50	42	15	19	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1505176--1505237	32	1.9	32	90	0	97	46	16	17	19	1.84
1513444--1513832	185	2.1	184	91	0	627	45	8	2	43	1.48
1514667--1514725	19	3.2	19	76	9	59	44	0	3	52	1.17
1514667--1514743	38	2.0	38	82	9	95	49	1	2	46	1.23
1514678--1514732	19	2.9	19	78	10	60	50	1	1	45	1.22
1514713--1514785	33	2.2	33	82	4	85	52	2	1	43	1.24
1514733--1514818	30	2.7	31	80	5	93	47	1	1	50	1.16
1516403--1516484	29	2.8	29	92	1	128	32	14	10	41	1.81
1518051--1518101	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
1517945--1518152	65	3.2	64	81	13	230	26	17	25	30	1.97
1524522--1524561	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
1526433--1526614	64	2.8	63	84	3	229	26	17	25	30	1.97
1526561--1526611	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
1526454--1526614	65	2.5	65	87	3	227	27	16	25	31	1.96
1527451--1527480	15	2.0	15	93	0	51	56	30	0	13	1.37
1530846--1530928	29	2.8	29	88	1	121	32	15	10	40	1.82
1536623--1536651	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
1560695--1560765	30	2.4	30	81	9	90	28	9	8	53	1.63
1560843--1560975	70	1.9	70	81	4	160	29	9	10	51	1.67
1565842--1565894	17	3.1	17	86	0	70	45	7	13	33	1.71
1567063--1567117	27	2.0	27	96	0	101	16	7	23	52	1.68
1585641--1585677	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1586275--1586314	21	2.0	20	85	5	53	35	0	0	65	0.93
1590593--1590618	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
1594582--1594612	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
1595105--1595191	42	2.1	42	95	0	156	22	20	9	47	1.79
1596483--1596568	31	2.8	31	92	0	136	19	20	25	33	1.97
1598846--1598994	20	7.4	20	86	2	156	46	14	18	20	1.84
1598896--1599003	39	2.7	39	86	1	135	42	15	21	20	1.89
1599339--1599510	20	8.6	20	79	10	147	18	14	25	41	1.88
1599374--1599510	60	2.3	60	87	5	197	17	14	24	43	1.87
1599479--1599546	20	3.3	20	69	4	55	26	14	23	35	1.94
1602993--1603021	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1607889--1607938	18	2.9	17	82	11	57	56	0	2	42	1.11
1607895--1607938	16	2.6	16	82	7	52	61	0	0	38	0.96
1608689--1608756	31	2.2	31	86	0	91	23	27	14	33	1.94
1610765--1610832	31	2.2	31	84	5	84	35	7	4	52	1.49
1611979--1612022	20	2.1	21	87	4	63	20	25	25	29	1.99
1623698--1623746	2	25.0	2	84	12	66	51	0	2	46	1.12
1624963--1625041	39	2.0	39	100	0	158	25	20	7	46	1.76
1628809--1628842	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
1636695--1636724	15	1.9	16	93	6	53	36	0	10	53	1.35
1643875--1643905	14	2.2	14	94	0	53	29	16	22	32	1.95
1647290--1647383	23	4.3	23	69	19	67	61	2	2	34	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1648230--1649301	539	2.0	535	83	4	1339	32	12	13	41	1.82
1656033--1656109	23	3.3	23	81	0	82	40	23	18	18	1.91
1656036--1656132	46	2.1	46	84	0	122	36	22	20	20	1.96
1656047--1656132	23	3.7	23	75	6	75	34	23	22	19	1.96
1661467--1661508	22	2.0	22	85	4	59	28	35	28	7	1.84
1662211--1662428	103	2.1	103	96	0	400	25	13	24	36	1.92
1662438--1662559	23	5.3	23	80	3	131	23	21	23	31	1.98
1662435--1662559	47	2.7	47	91	1	198	24	20	23	32	1.98
1665130--1665161	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1667946--1668012	31	2.2	31	86	5	91	23	8	11	55	1.64
1667953--1668022	31	2.3	31	77	5	79	20	12	14	52	1.73
1668900--1668972	31	2.4	31	84	11	105	49	19	12	19	1.79
1674600--1674686	3	29.3	3	84	2	113	62	2	32	3	1.25
1676001--1676043	15	3.0	14	90	6	61	41	0	2	55	1.12
1676001--1676043	7	6.0	7	86	13	61	41	0	2	55	1.12
1676001--1676044	21	2.0	23	91	8	74	43	0	2	54	1.12
1677572--1677601	16	1.9	15	93	6	51	56	6	0	36	1.26
1678322--1678352	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
1680046--1680088	17	2.4	18	80	7	52	44	2	0	53	1.13
1680046--1680112	29	2.4	27	83	11	82	44	2	0	52	1.16
1680125--1680215	25	3.7	24	71	18	71	51	3	0	45	1.17
1680166--1680217	17	2.8	19	80	14	63	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1680117--1680217	19	5.3	19	71	20	68	54	2	0	42	1.15
1680163--1680231	28	2.4	30	80	9	72	52	0	0	47	1.00
1680162--1680254	48	1.9	47	81	12	109	51	0	2	46	1.13
1680390--1680478	42	2.1	42	85	0	115	44	15	6	32	1.73
1680662--1680710	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
1684178--1684289	55	2.0	55	92	0	188	42	19	10	26	1.84
1685792--1685844	27	2.0	27	88	0	79	20	7	16	54	1.66
1696956--1697030	7	10.7	7	81	14	66	77	0	13	9	0.99
1696956--1697078	28	4.1	29	74	14	92	77	0	14	8	0.99
1696956--1697030	35	2.1	35	82	4	89	77	0	13	9	0.99
1696979--1697057	7	11.6	7	81	8	56	81	0	11	7	0.89
1700414--1700458	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
1700484--1700528	22	2.0	22	82	4	54	31	31	26	11	1.91
1701124--1701246	62	2.0	62	91	3	203	20	19	21	38	1.94
1701124--1701231	31	3.5	31	98	0	207	18	20	21	39	1.92
1703400--1703490	8	11.3	9	77	22	55	79	0	8	12	0.94
1703432--1703499	12	6.1	11	78	14	77	85	0	2	11	0.71
1703421--1703498	19	4.1	19	82	14	90	82	0	6	11	0.85
1703406--1703489	7	10.9	7	77	18	62	79	0	8	11	0.92
1703432--1703499	19	3.7	18	86	9	93	85	0	2	11	0.71
1703430--1703541	22	4.7	23	71	15	77	80	0	9	9	0.91
1703406--1703541	44	3.1	45	74	17	126	78	0	11	10	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1704820--1704961	37	3.8	37	90	1	196	40	18	20	21	1.92
1704988--1705346	55	6.6	55	84	5	390	27	17	24	29	1.97
1711743--1711861	35	3.3	36	89	5	179	44	20	5	30	1.72
1711793--1711853	21	3.2	21	63	29	55	44	21	4	29	1.73
1716312--1716430	35	3.3	36	90	5	179	43	19	5	31	1.72
1716359--1716422	20	3.4	20	66	29	59	45	18	4	31	1.70
1718138--1718171	17	2.0	17	94	0	59	44	0	0	55	0.99
1719293--1719318	13	2.0	13	100	0	52	23	23	30	23	1.99
1728496--1728526	14	2.2	14	100	0	62	58	0	6	35	1.24
1728916--1728941	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8