genome.fa.s7711.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007711.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109926_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1768490

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786675--786717	18	2.3	19	84	11	54	51	9	0	39	1.34
787375--787402	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
787760--787802	13	3.2	13	77	6	50	53	0	0	46	1.00
787768--787822	13	4.2	13	79	11	58	52	0	0	47	1.00
787794--787834	20	2.0	20	85	4	55	51	2	0	46	1.14
787763--787822	27	2.3	27	82	8	70	51	0	0	48	1.00
794430--794575	63	2.3	64	83	4	170	36	9	14	39	1.79
795326--795472	70	2.1	70	87	6	208	35	14	17	32	1.90
796578--796644	33	2.0	33	88	0	98	37	10	23	28	1.88
796883--798677	895	2.0	896	98	0	3470	34	16	18	31	1.93
801383--801416	17	2.0	17	94	0	59	26	11	20	41	1.87
814841--814877	17	2.2	18	90	9	60	37	0	13	48	1.43
814929--815015	34	2.6	34	86	0	111	52	17	17	12	1.74
814980--815039	24	2.5	24	88	0	84	53	16	13	16	1.73
815011--815063	14	3.8	14	82	0	70	58	15	9	16	1.62
814941--815023	34	2.4	34	85	0	112	53	18	15	13	1.74
821769--821822	23	2.3	24	80	3	65	44	1	1	51	1.22
822468--822522	22	2.5	23	77	13	62	25	5	21	47	1.72
822519--822564	2	23.5	2	78	12	51	45	2	4	47	1.34
824703--824839	42	3.3	42	87	0	220	34	20	23	21	1.97
824945--824978	16	2.1	16	100	0	68	23	5	11	58	1.55
829764--829818	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
848245--848327	40	2.1	39	84	6	105	32	18	15	33	1.92
855910--855997	38	2.4	37	81	7	115	47	0	0	52	1.00
857759--857815	21	2.7	21	73	10	62	17	19	31	31	1.95
859854--859916	21	3.0	21	71	0	54	17	17	33	31	1.93
860418--861038	316	2.0	315	93	0	1064	31	8	14	46	1.73
865465--865514	20	2.5	20	100	0	100	30	12	28	30	1.92
866002--866101	46	2.2	46	81	13	109	37	6	18	39	1.75
873954--874004	25	2.0	25	81	7	59	64	1	7	25	1.31
874558--874611	20	2.7	20	76	0	54	33	24	18	24	1.97
874598--874907	20	15.5	20	87	1	352	37	24	17	20	1.94
875579--875625	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
877012--877140	64	2.0	63	95	4	233	32	15	28	23	1.95
878089--878299	32	6.2	33	78	18	211	45	18	21	14	1.85
878103--878305	19	11.7	18	76	19	193	44	17	21	15	1.86
878089--878250	51	3.2	51	84	7	220	45	18	21	14	1.84
878312--878408	19	5.4	19	84	12	141	14	22	17	45	1.85
878295--878408	52	2.2	50	95	3	201	14	24	18	42	1.87
878494--878530	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
880483--880539	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
880464--880556	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
880427--880561	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
880557--880669	19	6.5	19	74	19	120	7	17	28	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
880557--880648	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
880731--881382	93	7.1	93	98	1	1267	46	19	12	21	1.83
880731--881382	185	3.5	186	98	1	1267	46	19	12	21	1.83
883087--883176	14	5.7	14	69	23	63	44	22	23	10	1.82
883079--883193	33	3.5	33	97	0	221	46	20	22	10	1.80
883101--883198	19	5.7	19	69	22	90	44	21	22	11	1.83
883210--883265	14	3.7	14	78	17	67	8	25	23	42	1.82
883194--883273	32	2.5	33	91	4	135	8	22	22	46	1.79
883205--883251	18	2.9	17	75	18	55	8	23	23	44	1.80
883249--883326	41	1.9	41	97	0	147	12	25	16	44	1.83
883250--883325	21	3.7	21	83	3	109	11	25	17	46	1.82
883405--883475	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
883657--883711	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
883859--884011	20	7.6	20	81	7	166	18	17	26	37	1.93
883998--884080	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
883978--884076	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
885476--885522	18	2.7	18	86	3	69	34	8	29	27	1.87
885934--886279	166	2.0	170	92	4	574	40	14	12	32	1.83
895834--895864	15	2.0	16	93	6	55	16	32	38	12	1.86
899494--899557	30	2.1	30	100	0	128	35	12	25	26	1.91
907183--907244	31	2.0	31	87	0	88	24	17	17	40	1.91
912724--912759	17	2.1	18	89	5	56	41	0	11	47	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
914992--915207	31	7.0	31	97	1	398	38	22	19	19	1.93
919408--919623	31	7.0	31	97	1	398	38	22	19	19	1.93
922987--923089	42	2.6	39	81	9	118	50	2	0	46	1.16
923362--923395	17	2.0	17	88	11	52	38	2	0	58	1.13
924526--924676	68	2.2	67	85	3	196	25	19	14	40	1.89
932922--933005	2	42.0	2	95	0	150	47	0	2	50	1.14
944567--944603	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
944749--944825	36	2.1	37	85	7	104	48	3	1	46	1.28
947027--947100	38	1.9	38	89	5	114	47	12	13	27	1.78
953351--953405	28	2.0	28	100	0	110	43	20	14	21	1.87
955806--955835	14	2.1	14	93	0	51	26	26	3	43	1.70
956955--957033	34	2.3	34	95	0	140	25	13	8	51	1.70
957833--957964	36	3.7	36	94	1	239	37	12	16	33	1.86
957972--958009	13	2.9	13	96	0	67	63	0	13	23	1.30
968710--968747	3	12.7	3	88	0	58	5	34	0	60	1.19
975229--975276	22	2.2	22	100	0	96	43	18	8	29	1.79
979486--979535	19	2.7	18	90	6	73	42	24	18	16	1.89
979525--979575	20	2.5	20	93	0	84	50	19	17	11	1.76
979610--979816	20	10.4	20	84	6	242	35	17	26	20	1.95
979589--979805	83	2.7	82	87	3	298	34	17	26	21	1.96
979808--979846	19	2.1	19	90	0	60	51	17	17	12	1.76
979922--979975	6	9.5	6	90	9	87	31	51	16	0	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
979922--979975	17	3.2	17	86	7	83	31	51	16	0	1.45
980651--980725	6	12.5	6	100	0	150	0	16	50	33	1.45
980835--980985	20	7.4	20	84	4	176	21	24	17	36	1.94
980833--981006	83	2.1	83	90	0	267	21	24	17	36	1.95
980835--980985	63	2.5	60	79	10	187	21	24	17	36	1.94
980833--981129	20	14.6	20	77	7	143	18	21	19	39	1.93
981060--981129	19	3.6	19	94	1	113	15	17	24	42	1.88
982777--982819	19	2.3	19	83	0	50	41	6	13	37	1.72
983155--983261	40	2.7	40	97	0	196	22	13	9	55	1.66
984242--984344	21	4.9	20	70	12	55	33	24	18	23	1.96
984312--984524	20	10.6	20	86	5	286	34	27	19	18	1.95
984901--984969	33	2.2	32	92	5	113	11	23	15	49	1.77
985049--985140	41	2.3	40	85	7	123	46	19	20	13	1.83
985049--985140	21	4.6	20	79	6	114	46	19	20	13	1.83
985163--985257	19	5.1	19	77	19	101	10	23	20	46	1.81
985185--985230	14	3.7	14	68	31	50	8	23	23	43	1.82
985192--985296	20	5.2	20	80	6	122	10	25	18	45	1.81
985192--985298	41	2.6	41	82	7	128	10	26	17	45	1.80
986957--987269	93	3.4	93	96	3	580	22	13	18	45	1.85
987367--987454	33	2.7	33	85	3	115	45	26	19	9	1.80
987455--987586	33	3.8	33	82	10	156	9	20	21	47	1.79
987450--987604	19	8.6	19	69	15	96	10	20	22	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
989487--989522	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
989628--989722	19	5.2	19	81	13	119	46	16	22	14	1.84
989628--989744	54	2.2	53	93	3	200	45	17	23	13	1.84
989735--990011	19	15.6	19	79	16	328	14	22	17	45	1.85
989741--989981	53	4.5	52	94	4	394	14	22	17	46	1.83
989741--989981	105	2.2	108	94	4	418	14	22	17	46	1.83
989812--990025	32	6.3	31	79	14	119	14	21	18	45	1.84
993223--993445	20	11.2	20	83	4	209	19	17	25	36	1.94
993219--993445	79	2.9	78	78	10	228	19	17	25	37	1.93
1001523--1001589	27	2.5	27	85	4	82	32	40	8	17	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8