genome.fa.s7712.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007712.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109936_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  920388

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2165--2219	3	18.3	3	83	7	67	41	0	0	58	0.98
2162--2219	12	4.8	12	85	8	82	43	0	0	56	0.99
2630--2668	20	2.0	20	84	0	51	58	15	20	5	1.55
4296--4337	19	2.3	18	91	4	66	33	7	0	59	1.25
7621--7652	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
14922--14984	11	5.3	11	83	16	81	84	0	15	0	0.63
14916--14977	20	3.0	20	84	11	81	85	0	14	0	0.60
14916--14960	1	45.0	1	81	0	54	91	0	8	0	0.43
16420--16643	92	2.4	93	93	1	378	31	14	20	33	1.92
17467--18697	124	10.3	122	79	9	1187	39	14	20	25	1.91
17467--18697	237	5.2	236	85	8	1583	39	14	20	25	1.91
17467--18611	354	3.2	350	80	9	1273	38	14	20	26	1.91
17582--18697	478	2.3	478	95	1	1999	39	14	20	25	1.91
18832--18880	3	16.3	3	83	8	64	40	0	0	59	0.98
18828--18892	6	11.3	6	78	6	55	46	0	0	53	1.00
18828--18878	12	4.2	12	87	9	77	41	0	0	58	0.98
18844--18892	21	2.3	21	85	0	62	46	0	0	53	1.00
22944--23002	16	3.7	16	97	0	109	10	11	20	57	1.63
23905--23970	2	34.5	2	86	8	93	48	0	0	51	1.00
23984--24312	37	9.1	37	75	12	263	44	4	4	45	1.45
24037--24105	28	2.4	29	79	11	79	49	4	1	44	1.31
24123--24172	25	2.0	25	84	7	66	50	4	4	42	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24080--24314	75	3.2	74	81	5	251	44	4	5	45	1.45
24324--24354	3	10.0	3	93	6	53	32	0	0	67	0.91
25510--25578	11	5.8	11	75	21	52	24	0	4	71	1.05
25553--25707	5	29.8	5	67	23	56	16	7	3	73	1.18
25554--25578	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
25538--25597	12	5.3	11	76	13	50	20	1	5	73	1.11
25620--25689	20	3.4	21	73	11	65	17	5	1	75	1.06
25624--25687	25	2.6	25	78	11	69	18	6	1	73	1.12
25682--25733	22	2.4	22	75	15	54	13	9	1	75	1.14
26045--26075	12	2.6	12	94	0	53	32	41	12	12	1.81
29592--29650	31	1.9	31	89	0	91	42	3	8	45	1.51
29674--30147	22	21.6	22	82	10	553	48	9	0	42	1.36
29725--29767	21	2.3	18	84	15	52	51	9	0	39	1.34
29690--30150	66	7.0	66	84	4	610	47	9	0	43	1.37
33168--33205	20	1.9	20	84	10	51	42	2	0	55	1.14
40171--40218	24	2.0	26	88	12	66	50	2	0	47	1.12
40177--40223	24	2.0	25	83	8	62	51	4	0	44	1.21
40593--40799	103	2.0	102	97	0	387	42	15	23	18	1.89
42755--42998	122	2.0	122	100	0	488	36	19	13	29	1.91
46111--46214	29	3.5	30	79	11	97	43	7	1	47	1.43
46118--46214	31	3.2	30	75	15	92	42	8	2	47	1.45
46118--46225	31	3.6	29	72	13	83	41	8	2	47	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47367--47434	30	2.3	30	92	0	109	47	11	10	30	1.74
47588--47634	2	24.0	2	78	4	51	46	2	4	46	1.34
49603--49655	22	2.4	22	80	0	61	41	13	18	26	1.87
50618--50694	31	2.5	30	75	6	82	36	18	18	27	1.94
52489--52547	30	2.0	30	90	6	93	30	15	8	45	1.75
59247--59288	19	2.1	19	86	8	57	50	2	2	45	1.27
65795--65840	23	2.0	23	87	8	67	41	10	17	30	1.84
68895--68953	19	3.5	19	66	33	62	32	16	30	20	1.95
68894--68953	30	2.0	30	100	0	120	33	16	30	20	1.94
69383--69778	55	7.2	55	87	1	472	34	18	18	29	1.95
70897--70945	24	2.0	25	84	4	64	40	10	0	48	1.37
70894--71037	76	1.9	75	95	1	261	38	11	3	46	1.58
70974--71021	24	2.0	25	83	4	62	41	6	0	52	1.27
71693--71747	28	2.0	28	85	0	74	32	9	16	41	1.80
72324--72358	18	1.9	18	100	0	70	34	2	5	57	1.37
74148--74199	21	2.5	21	84	3	70	36	19	25	19	1.95
74188--74281	20	4.7	20	77	7	91	35	24	17	23	1.95
74803--74850	19	2.5	19	77	12	53	45	27	16	10	1.80
74846--74991	19	8.1	19	69	17	96	12	23	20	43	1.85
74879--74966	33	2.6	33	94	1	149	11	26	22	39	1.88
74934--74991	20	2.9	20	75	10	55	13	22	18	44	1.85
77075--77240	42	4.0	42	82	0	206	21	38	17	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77072--77238	84	2.0	84	98	0	325	20	37	17	23	1.94
78596--78631	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
78738--78784	19	2.5	19	96	0	85	44	21	21	12	1.85
78809--78930	19	7.2	19	65	23	76	13	22	19	43	1.87
78813--78930	33	3.6	32	86	8	175	14	22	19	43	1.87
78806--78930	66	1.9	66	96	0	232	16	22	19	42	1.89
82262--82313	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
82298--82389	20	4.6	20	71	2	67	39	20	18	21	1.93
82603--82670	20	3.4	20	72	8	75	39	23	20	16	1.91
82587--82690	40	2.9	34	77	15	109	40	22	22	15	1.91
82702--82755	14	3.5	14	77	22	63	11	20	20	48	1.80
82684--82754	33	2.2	33	84	0	88	19	19	21	39	1.93
82882--82918	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
84338--84419	42	2.0	42	87	2	121	20	14	42	21	1.88
84788--84855	20	3.5	19	82	6	82	38	23	23	14	1.92
84844--84901	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
84828--84906	32	2.4	33	95	2	142	46	22	18	11	1.81
84913--84994	18	4.6	19	79	14	86	12	19	21	46	1.82
84988--85033	20	2.3	20	88	0	65	15	21	26	36	1.93
85515--85559	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
86879--86937	20	3.0	20	84	0	73	44	22	16	16	1.87
87432--87481	20	2.5	20	93	0	82	24	22	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87492--87545	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
87411--87548	61	2.3	61	83	0	186	24	17	23	34	1.96
87431--87566	61	2.2	61	80	2	148	23	19	23	33	1.97
87616--87656	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
90616--90707	27	3.4	27	98	0	175	50	19	10	19	1.77
92897--93145	87	2.9	87	95	1	437	43	10	13	32	1.78
93020--93068	23	2.1	23	88	0	71	44	8	14	32	1.74
96344--96774	200	2.2	200	95	0	774	30	18	15	36	1.91
96982--97042	19	3.3	18	88	2	59	52	11	1	34	1.47
96994--97042	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
98839--98904	33	2.0	33	87	0	96	24	46	0	28	1.52
98938--99002	21	3.1	21	93	0	103	16	30	10	41	1.83
105032--105110	40	2.0	40	100	0	158	48	26	7	17	1.74
109179--109209	12	2.6	12	100	0	62	41	16	25	16	1.88
113473--113538	27	2.4	27	87	0	96	36	10	7	45	1.67
119684--119708	12	2.1	12	100	0	50	24	24	24	28	2.00
122849--122889	18	2.3	18	80	12	50	63	0	0	36	0.95
123849--123891	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
123946--124082	30	4.6	30	87	0	211	19	33	12	34	1.89
123946--124082	60	2.3	60	98	0	265	19	33	12	34	1.89
125828--125893	27	2.4	27	87	0	96	36	7	7	48	1.60
125862--125905	22	2.1	21	87	8	63	34	6	6	52	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127959--127983	12	2.1	12	100	0	50	24	24	24	28	2.00
131126--131166	18	2.3	18	80	12	50	63	0	0	36	0.95
132043--132097	15	3.4	16	85	7	76	16	30	27	25	1.96
132043--132107	32	2.1	31	82	8	78	16	30	26	26	1.97
132123--132177	17	3.4	17	80	10	69	18	27	32	21	1.96
132135--132183	15	3.1	15	75	11	53	18	26	34	20	1.95
132123--132183	32	1.9	32	93	0	104	19	26	32	21	1.97
132123--132191	32	2.2	32	89	0	102	21	27	30	20	1.98
132767--132833	30	2.2	31	81	7	84	17	32	11	37	1.87
133988--134047	27	2.2	27	100	0	120	45	6	8	40	1.61

Tables:   1   2   3   4   5