genome.fa.s7712.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007712.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109936_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  920388

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143117--143199	39	2.2	36	81	8	103	26	15	8	49	1.73
143153--143445	144	2.0	144	88	1	426	37	11	14	36	1.83
145436--145479	21	2.1	21	86	0	61	38	9	0	52	1.33
151447--151479	15	2.2	15	89	10	50	81	15	0	3	0.80
151871--151966	30	3.2	30	86	2	131	19	9	11	59	1.59
151871--151979	30	3.6	30	82	6	123	19	9	11	60	1.56
153274--153628	38	9.3	36	74	16	204	30	7	25	37	1.82
153274--153626	192	1.8	191	87	4	523	30	7	24	37	1.82
153274--153625	96	3.7	93	78	13	360	30	6	25	37	1.82
153756--153845	38	2.4	38	88	5	139	33	18	14	33	1.91
155914--156035	38	3.2	38	80	2	163	32	4	25	37	1.75
155860--156066	77	2.7	76	80	7	247	32	5	24	37	1.79
155929--156045	39	3.1	39	77	3	139	35	4	24	35	1.75
155838--156091	19	13.2	19	70	16	89	32	6	24	36	1.82
156095--156278	69	2.7	69	83	5	221	32	21	22	23	1.98
159996--160026	14	2.2	14	100	0	62	38	0	0	61	0.96
160275--160335	31	2.0	31	90	6	97	52	4	11	31	1.58
161887--162129	83	2.9	83	87	3	328	41	4	11	42	1.60
162919--162945	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
170980--171266	83	3.5	82	88	2	380	40	4	10	43	1.61
170980--171304	166	2.0	161	83	5	411	40	5	10	43	1.62
172696--172729	14	2.5	13	86	9	50	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183005--183030	3	8.7	3	100	0	52	34	30	0	34	1.58
183453--183525	29	2.5	29	88	0	110	38	23	21	16	1.93
183993--184023	14	2.1	15	94	5	55	64	0	0	35	0.94
186190--186241	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
186297--186490	20	9.6	20	76	8	76	35	25	19	19	1.95
186293--186490	40	5.0	39	81	4	200	35	26	19	19	1.95
186297--186489	60	3.2	60	83	0	251	35	25	19	19	1.95
186871--186941	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
187062--187116	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
187062--187132	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
187128--187225	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
187150--187239	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
187133--187247	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
188944--189414	93	5.1	93	97	1	903	22	12	18	46	1.83
188944--189414	185	2.6	185	98	0	917	22	12	18	46	1.83
189458--189586	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
189494--189586	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
189458--189586	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
189582--189716	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
189604--189660	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
189587--189679	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
191621--191656	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191763--191864	19	5.6	19	82	13	142	45	17	22	14	1.85
191893--192185	19	16.4	19	83	14	392	14	20	18	47	1.83
191871--192185	52	5.9	52	87	9	330	14	20	18	46	1.83
191893--192157	128	2.1	122	84	12	194	14	21	16	47	1.83
194029--194053	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
194228--194274	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
194957--195325	20	18.5	20	85	5	442	20	18	25	34	1.96
201206--201288	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
205976--206058	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
209380--209415	3	12.3	3	94	5	65	30	0	0	69	0.89
210721--210795	23	3.2	24	79	7	93	21	18	20	40	1.92
211438--211742	87	3.5	85	79	9	273	19	22	17	40	1.92
211435--211742	29	10.7	28	76	8	219	19	23	17	39	1.92
215703--215733	2	15.5	2	93	0	53	0	51	0	48	1.00
217143--217182	18	2.2	18	95	0	71	27	2	20	50	1.61
217436--217475	20	1.9	22	90	10	66	42	0	0	57	0.98
220492--220548	19	2.7	22	78	15	75	31	5	28	35	1.79
220858--220895	19	2.0	19	89	0	58	34	18	21	26	1.96
220951--220996	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
220962--220998	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
221069--221114	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
221080--221116	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220902--221116	118	1.8	118	98	0	421	31	18	23	26	1.97
224355--224816	239	2.0	234	88	2	690	36	16	17	29	1.92
230017--230079	3	21.0	3	90	6	74	58	0	0	41	0.98
230012--230078	21	3.0	23	83	14	95	55	0	0	44	0.99
230223--230515	124	2.4	121	84	7	346	23	17	16	43	1.88
230436--231059	116	5.5	116	94	2	1009	31	18	13	36	1.90
231828--232055	114	2.0	114	89	3	352	30	18	15	35	1.92
240725--240756	15	2.1	15	94	0	55	46	6	18	28	1.73
247279--247918	99	6.4	99	79	3	615	38	10	13	37	1.80
247237--248009	200	3.9	199	81	3	759	37	10	13	37	1.80
247262--248052	299	2.6	300	80	4	737	38	10	13	37	1.79
248304--248667	187	2.0	186	85	2	498	33	16	11	38	1.85
248654--248822	77	2.2	78	88	2	243	34	13	8	43	1.74
250604--250670	29	2.3	29	86	0	89	46	19	7	26	1.76
250649--250729	29	2.8	29	96	0	144	44	20	9	24	1.82
250737--250789	18	3.0	18	91	2	81	15	22	45	16	1.85
258092--258197	29	3.7	29	85	0	122	45	22	8	23	1.80
258216--258256	18	2.3	18	95	0	73	9	19	51	19	1.74
265432--265498	29	2.3	29	84	0	80	44	20	7	26	1.78
265478--265557	29	2.8	29	96	0	133	48	22	7	21	1.74
265567--265613	18	2.7	18	83	3	60	21	23	38	17	1.93
289159--289200	15	2.7	15	88	7	57	54	0	2	42	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289762--289786	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
293319--293361	19	2.3	19	100	0	86	18	18	30	32	1.95
299954--300098	66	2.2	66	85	3	184	28	13	27	29	1.94
300877--300940	20	3.3	19	71	16	67	46	3	17	32	1.63
300888--300949	20	3.1	20	69	17	65	45	3	17	33	1.65
300872--300949	40	2.0	40	97	0	147	46	2	16	34	1.61
301752--301776	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
304430--304516	34	2.6	34	96	1	158	40	25	8	26	1.83
312743--312800	30	1.9	30	86	6	82	44	3	15	36	1.63
313736--313882	22	6.5	22	76	9	120	47	3	5	43	1.43
313892--313943	21	2.5	21	80	17	56	46	1	5	46	1.38
313914--313971	27	2.1	28	84	6	75	43	0	5	51	1.24
315824--315876	18	2.9	18	86	5	72	24	32	20	22	1.98
321144--321177	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
322186--322238	28	1.9	28	88	3	81	24	15	22	37	1.92
324127--324194	34	2.0	34	94	0	118	29	20	14	35	1.93
325655--326063	140	2.9	139	90	1	638	37	15	15	31	1.89
326542--326617	35	2.2	35	92	0	125	39	23	1	35	1.63
327014--327261	130	1.9	130	93	0	424	36	15	12	35	1.86
327028--327292	130	2.0	129	81	4	309	39	13	13	33	1.83
327707--327740	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
330963--331042	18	4.9	17	72	22	66	63	0	3	32	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
335261--335322	22	2.9	22	73	20	60	61	1	4	32	1.27
336038--336218	91	2.0	91	94	0	317	39	8	4	46	1.55
344353--344394	20	2.1	20	86	0	57	38	19	14	28	1.90
347922--347955	17	1.9	18	94	5	61	44	5	0	50	1.26
349813--349868	29	1.9	29	96	0	103	12	37	30	19	1.89
349872--349996	33	3.8	33	82	1	124	11	36	28	24	1.90
349918--349996	34	2.4	33	84	2	104	12	34	30	22	1.92
350033--350090	29	2.0	29	86	0	80	24	27	34	13	1.93
355609--355724	37	3.1	37	81	6	119	31	16	12	40	1.85
355872--356197	66	5.0	65	87	2	402	23	20	15	40	1.90

Tables:   1   2   3   4   5