genome.fa.s7718.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007718.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109949_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1062497

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198984--199073	14	5.9	14	66	19	54	11	16	22	50	1.77
198990--199085	32	3.0	32	92	1	165	12	16	20	50	1.78
199049--199132	20	4.3	19	77	6	69	14	17	21	46	1.84
201000--201035	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
201140--201177	20	1.9	20	88	0	58	39	23	18	18	1.92
201172--201220	19	2.6	19	100	0	98	48	16	20	14	1.80
201258--201349	20	4.6	20	77	5	96	16	19	21	42	1.89
201246--201333	40	2.4	36	80	12	90	17	19	20	43	1.88
201258--201344	40	2.2	41	81	6	106	17	19	20	42	1.89
201567--201658	20	4.6	20	73	2	76	20	18	21	39	1.93
201643--201690	20	2.3	21	85	3	62	20	22	14	41	1.89
202478--202531	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
202706--202730	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
205017--205147	19	7.7	19	62	23	67	43	18	22	16	1.88
205017--205143	33	3.8	33	83	4	175	43	18	22	16	1.88
205022--205151	66	2.0	66	95	0	233	43	17	21	17	1.88
205158--205214	14	3.7	14	72	20	51	8	22	22	45	1.80
205147--205232	33	2.6	33	94	1	147	11	20	19	47	1.81
205172--205232	19	3.5	19	68	21	60	11	21	21	45	1.82
205339--205375	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
206730--206923	42	4.6	41	74	9	158	22	19	35	23	1.96
206730--206796	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206764--206935	84	2.0	84	98	0	335	23	18	36	21	1.95
206823--206931	21	5.2	21	62	12	53	23	15	37	22	1.93
207152--207336	91	2.0	90	90	6	291	47	18	12	21	1.82
208913--209077	19	9.1	19	78	15	161	43	20	23	12	1.85
208938--209077	52	2.7	52	93	1	226	42	22	24	11	1.86
209073--209120	20	2.5	19	77	12	53	10	16	27	45	1.80
209638--209690	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
209803--209843	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
212383--212540	30	5.3	30	82	6	194	58	10	12	18	1.61
212387--212540	60	2.6	60	88	4	229	59	10	11	18	1.59
212351--212547	90	2.2	90	81	8	240	57	9	12	20	1.63
212447--212496	14	3.3	15	71	18	50	66	10	8	16	1.44
214088--214136	25	2.0	25	87	0	71	46	16	14	22	1.82
214304--214400	33	3.1	31	74	17	92	78	6	13	2	1.03
214353--214403	13	4.0	13	82	2	59	80	7	11	0	0.90
214353--214403	26	2.0	26	84	7	68	80	7	11	0	0.90
214308--214393	45	1.9	44	84	11	113	77	5	13	2	1.04
214309--214403	32	3.1	31	72	15	81	76	6	14	2	1.07
215381--215420	20	2.0	20	95	0	71	17	25	27	30	1.97
215811--215897	37	2.4	36	78	1	102	29	16	10	43	1.81
215949--215998	21	2.4	21	89	0	73	28	26	8	38	1.84
215925--216035	57	1.9	58	85	1	152	26	20	11	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215970--216189	34	6.4	35	79	13	217	26	19	15	39	1.91
216106--216168	21	3.4	21	66	30	61	22	19	15	42	1.88
215970--216150	99	1.8	100	90	4	294	26	19	14	39	1.91
216467--216917	91	5.0	90	89	5	671	36	16	22	24	1.94
216849--216912	17	3.3	19	67	20	51	40	12	23	23	1.88
216830--217047	116	1.9	114	89	3	339	35	17	20	26	1.95
219420--219456	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
219686--220186	109	4.3	123	83	10	442	25	19	15	39	1.91
219767--220216	109	4.0	110	86	8	529	26	19	15	38	1.92
220575--220629	22	2.5	22	87	0	83	32	14	16	36	1.89
221951--222109	75	2.1	74	88	1	228	33	21	15	30	1.94
229577--229610	17	2.0	17	94	0	59	82	2	0	14	0.79
230080--230167	29	3.0	30	71	14	76	62	0	5	31	1.18
230059--230122	24	2.7	24	79	11	69	64	1	4	29	1.23
230777--230819	23	1.9	22	81	13	52	53	0	2	44	1.13
230628--231029	137	2.9	136	79	10	381	45	6	6	41	1.55
231002--231088	27	3.1	27	78	6	86	59	2	0	37	1.10
231038--231110	15	4.6	15	77	16	60	65	2	0	31	1.06
236073--236178	24	4.4	24	71	0	86	48	16	12	23	1.79
239278--239704	212	2.0	215	98	1	824	47	4	2	45	1.36
241995--242035	20	2.0	20	95	0	73	36	24	19	19	1.95
246164--246197	14	2.4	14	95	0	59	35	0	17	47	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246111--246263	80	2.0	77	86	7	213	32	0	16	50	1.51
246433--246497	20	3.2	20	95	0	121	13	18	26	41	1.88
246673--246759	39	2.2	39	97	0	165	17	14	20	47	1.83
247070--247106	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
247532--247627	20	5.1	20	65	19	53	39	20	19	19	1.93
247662--247712	20	2.5	20	83	0	66	15	19	25	39	1.91
252665--252715	3	16.7	3	83	4	66	62	0	1	35	1.06
252916--253304	111	3.5	111	87	2	512	30	17	21	31	1.96
253206--253654	66	6.8	66	94	0	776	31	17	20	29	1.96
254851--254879	12	2.4	12	100	0	58	13	20	0	65	1.26
258045--258298	128	2.0	129	99	0	501	44	14	14	25	1.83
258280--258337	29	2.0	29	83	12	75	72	0	10	17	1.11
261746--261775	11	2.7	11	89	0	51	46	10	20	23	1.80
267867--267917	3	16.7	3	83	4	66	62	0	1	35	1.06
268335--268395	27	2.3	27	100	0	122	26	39	0	34	1.57
268483--268536	24	2.2	24	83	0	63	38	22	16	22	1.93
268662--268695	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
269247--269284	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
269441--269612	20	8.6	20	73	14	140	24	15	25	34	1.95
269875--269913	20	2.0	20	85	10	53	7	12	10	69	1.37
270100--270137	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
272215--272856	226	2.8	224	87	2	953	37	10	13	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278897--278970	31	2.5	28	74	10	69	33	18	4	43	1.69
289062--289094	17	2.0	17	88	5	50	33	3	12	51	1.54
289855--289897	17	2.6	16	79	13	52	65	2	9	23	1.34
290997--291033	20	1.9	20	88	5	58	75	0	2	21	0.92
291057--291271	38	5.8	37	76	11	187	45	6	2	46	1.40
291074--291271	77	2.6	75	85	8	276	44	6	2	46	1.41
292758--292842	44	1.9	44	87	0	125	18	22	14	44	1.85
303081--303117	10	3.5	11	85	14	51	75	0	2	21	0.92
303152--303194	17	2.6	16	79	13	52	65	2	9	23	1.34
304303--304332	7	4.1	7	95	4	51	70	0	0	30	0.88
304373--304655	41	7.1	38	77	11	232	43	6	3	45	1.47
304410--304655	38	6.3	38	80	9	221	43	6	3	46	1.45
304379--304655	78	3.5	77	82	6	297	44	6	3	45	1.46
304373--304655	40	7.1	38	78	12	250	43	6	3	45	1.47
304920--304959	20	2.0	20	85	0	53	35	12	20	32	1.90
307716--307910	31	6.3	31	74	3	160	34	27	23	14	1.94
312576--312657	42	2.0	42	100	0	164	37	12	14	35	1.84
312641--312692	26	2.0	26	96	0	95	36	17	11	34	1.86
315474--315861	59	6.6	59	73	7	322	36	11	23	28	1.89
315486--315764	117	2.4	117	79	3	285	38	10	22	28	1.87
315483--315861	176	2.2	176	94	0	670	37	10	23	28	1.88
316096--316412	45	7.0	45	96	0	580	39	6	22	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
321874--322254	59	6.5	59	73	7	308	37	11	23	27	1.90
321877--322254	176	2.1	176	91	0	603	37	11	23	27	1.90
322493--322815	45	7.2	45	95	1	567	40	6	21	32	1.78
323170--323198	14	2.1	14	100	0	58	24	27	6	41	1.80
328906--329274	54	6.8	54	84	1	416	34	18	17	29	1.93
328906--329274	162	2.3	162	88	2	517	34	18	17	29	1.93
335633--335967	54	6.2	54	80	4	356	32	19	17	30	1.95
335629--335997	108	3.4	108	83	4	419	33	18	16	31	1.93
335633--335977	162	2.1	161	84	7	461	33	20	17	29	1.95
345782--345942	81	2.0	80	98	1	313	26	34	16	22	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6