genome.fa.s7718.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007718.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109949_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1062497

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
795088--795154	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
795187--795293	21	5.1	21	66	8	65	23	14	39	22	1.91
795118--795293	84	2.1	84	98	0	343	23	15	38	22	1.92
795512--795696	91	2.0	90	91	6	300	47	18	12	21	1.82
797382--797530	19	8.1	19	81	10	175	46	18	22	12	1.83
797407--797508	33	3.0	33	81	11	116	44	20	23	11	1.84
797382--797530	37	4.1	38	80	11	175	46	18	22	12	1.83
797526--797570	19	2.4	19	92	0	72	8	15	26	48	1.74
798101--798214	20	5.7	20	82	6	113	24	19	24	31	1.98
798101--798217	61	1.9	61	85	0	162	23	18	23	33	1.97
798101--798235	61	2.2	61	81	2	155	22	20	23	32	1.98
801753--801840	24	3.7	24	89	3	124	22	19	22	35	1.96
801753--801850	24	4.1	24	83	10	110	22	17	22	37	1.94
805217--805268	20	2.6	19	84	6	68	36	15	28	19	1.92
805294--805346	19	2.6	21	85	8	65	33	16	20	28	1.95
805806--806208	59	6.8	59	92	1	630	32	12	19	35	1.89
808646--808719	37	2.0	38	91	2	123	60	8	4	27	1.43
814677--815078	41	9.7	41	78	9	329	28	19	18	33	1.96
814677--815078	83	4.8	84	83	6	412	28	19	18	33	1.96
814696--815078	124	3.1	125	87	3	522	28	20	18	32	1.96
819059--819381	43	7.6	43	81	6	318	23	21	21	33	1.97
819059--819381	85	3.8	86	83	6	338	23	21	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
819059--819412	128	2.8	125	78	10	342	23	20	21	34	1.97
820332--820373	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
820430--820465	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
827824--827864	15	2.6	16	88	3	57	34	4	2	58	1.32
833647--833686	17	2.4	17	86	0	53	40	12	15	32	1.84
834763--834825	21	3.2	19	77	20	67	15	26	3	53	1.57
836473--836550	20	3.8	19	74	14	66	24	19	23	33	1.97
837176--837224	3	16.0	3	82	4	62	32	2	0	65	1.04
843907--843950	21	2.1	21	86	0	61	61	0	4	34	1.16
846789--847154	132	2.8	132	79	5	381	33	9	15	41	1.79
868996--869032	10	3.7	10	100	0	74	43	8	29	18	1.79
870044--870133	6	15.2	6	78	19	100	81	0	18	0	0.70
870044--870136	13	7.1	14	75	18	94	80	0	19	0	0.71
870822--871186	131	2.8	131	78	3	351	33	9	15	41	1.80
880140--880180	22	1.9	22	85	5	57	68	7	2	21	1.26
883458--883498	22	1.9	22	85	5	57	68	7	2	21	1.26
886782--886822	22	1.9	22	85	5	57	68	7	2	21	1.26
888463--888659	74	2.7	75	87	3	269	37	8	20	33	1.83
888503--888623	35	3.3	35	76	10	134	40	7	18	33	1.78
888537--888669	37	3.6	36	73	11	117	35	10	18	35	1.86
892759--892823	3	22.0	3	84	3	87	70	0	1	27	0.96
893336--893386	17	3.1	17	72	16	61	23	21	9	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
893626--893709	36	2.3	36	87	0	114	38	13	19	29	1.89
893921--894000	20	3.9	20	66	18	56	40	16	15	28	1.88
896969--897154	93	2.0	92	84	7	243	37	16	15	30	1.90
901397--901439	20	2.2	20	86	0	59	32	11	20	34	1.89
904981--905016	3	11.3	3	88	11	54	33	0	0	66	0.92
904982--905015	7	5.1	7	92	7	54	29	0	0	70	0.87
910258--910287	13	2.3	13	100	0	60	63	36	0	0	0.95
914020--914185	90	1.8	90	92	2	280	39	10	5	44	1.61
918137--918172	18	2.0	18	100	0	72	11	44	5	38	1.63
920880--921057	90	2.0	90	92	2	295	39	11	5	43	1.64
926798--926835	21	2.0	20	85	15	53	26	5	2	65	1.27
927569--927811	107	2.2	108	80	7	262	23	13	15	47	1.81
928369--928648	140	2.0	140	100	0	560	30	7	12	50	1.68
928369--928724	140	2.5	139	87	7	357	31	8	11	48	1.68
929239--929894	81	8.1	81	87	1	933	30	22	11	35	1.89
929239--929894	322	2.0	322	89	2	994	30	22	11	35	1.89
930311--930606	95	3.1	95	87	2	407	26	20	13	39	1.90
934482--935137	81	8.1	81	86	3	860	30	21	11	36	1.89
934482--935137	160	4.1	161	85	3	844	30	21	11	36	1.89
934482--935137	323	2.0	321	85	4	885	30	21	11	36	1.89
938722--938787	18	3.6	18	71	8	62	28	33	27	10	1.90
941337--941470	31	4.3	31	73	3	108	12	23	32	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
941360--941487	62	2.1	62	82	5	152	14	24	31	29	1.95
946195--946364	31	5.5	31	78	1	160	12	24	30	32	1.92
946213--946364	62	2.4	62	83	1	187	13	26	29	30	1.94
948360--948408	18	2.7	18	72	12	55	22	34	32	10	1.88
953316--953465	29	5.2	29	73	10	128	30	6	19	44	1.75
960544--960685	29	4.9	29	72	6	101	31	5	21	41	1.76
960630--960698	29	2.3	29	87	2	93	30	5	24	39	1.79
961456--961489	15	2.3	15	85	5	52	26	11	11	50	1.73
962340--962386	19	2.5	19	82	0	58	29	8	27	34	1.87
964760--964841	41	2.0	41	97	0	155	21	13	24	40	1.89
965700--965826	43	3.0	43	85	0	164	19	3	23	53	1.59
966363--966509	69	2.1	68	82	7	172	29	19	21	29	1.97
967728--967780	20	2.7	20	75	0	61	30	24	16	28	1.97
969669--969716	21	2.3	20	89	6	78	29	2	6	62	1.31
970649--970825	29	6.2	29	81	8	150	33	2	14	49	1.58
970710--970789	27	3.0	27	89	5	117	35	2	8	53	1.45
970649--970819	84	2.0	85	84	3	220	33	2	14	49	1.55
971539--971607	24	2.9	24	97	0	129	27	11	17	43	1.83
977759--977962	29	7.2	29	81	9	188	35	1	14	49	1.52
977761--977924	83	2.0	84	83	6	208	36	1	11	50	1.50
978663--978814	24	6.3	24	87	3	207	23	15	19	42	1.89
982634--982671	15	2.4	16	82	8	51	28	2	7	60	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
982559--983014	177	2.6	178	78	8	464	39	11	6	42	1.67
987233--987276	21	2.1	21	86	0	61	29	2	13	54	1.51
987246--987311	28	2.4	28	80	10	89	31	1	10	56	1.43
987795--987837	23	1.9	23	86	13	63	39	0	9	51	1.34
987805--987848	23	2.0	23	81	4	54	43	0	6	50	1.29
991064--991251	49	3.8	49	97	0	358	42	0	11	46	1.39
991065--991203	31	4.3	32	67	16	90	42	0	11	46	1.40
991238--991285	20	2.4	20	80	16	55	47	0	10	41	1.37
991249--991283	17	2.0	18	88	5	54	54	0	8	37	1.31
991463--991625	12	13.5	11	72	12	83	43	2	9	44	1.49
991526--991699	26	6.9	25	78	13	155	43	2	9	44	1.50
991465--991699	124	1.9	124	90	5	377	42	2	9	45	1.49
1000797--1000832	11	3.4	11	96	3	65	58	8	25	8	1.55
1001293--1001408	14	9.0	14	71	17	90	48	0	7	43	1.31
1001307--1001352	9	5.2	9	84	5	67	54	0	8	36	1.32
1001293--1001391	26	4.0	26	85	5	125	49	0	8	42	1.32
1001311--1001343	17	1.9	17	93	0	57	51	0	9	39	1.34
1001289--1001337	11	4.3	11	76	7	53	53	0	6	40	1.26
1001530--1001574	24	1.9	24	86	4	65	40	2	4	53	1.33
1001541--1001582	17	2.5	17	80	0	57	40	0	2	57	1.12
1003833--1003879	16	3.0	16	81	9	53	57	8	0	34	1.29
1003856--1003887	8	4.0	8	95	0	55	62	15	0	21	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1003937--1003985	22	2.2	22	96	0	89	38	14	2	44	1.56
1003929--1004054	30	4.4	30	74	21	103	45	10	1	42	1.47
1003935--1004015	22	3.3	22	68	23	63	41	12	1	44	1.50
1004299--1004392	29	3.0	29	79	11	98	50	8	0	41	1.33
1004298--1004352	18	3.4	18	65	31	52	52	9	0	38	1.33
1004341--1004404	31	1.9	31	84	12	83	43	7	0	48	1.32
1004974--1005031	11	5.1	11	79	8	71	39	17	24	18	1.92
1004967--1005031	23	2.8	23	95	0	112	40	16	24	18	1.91
1004972--1005026	12	4.8	12	80	6	69	40	18	21	20	1.92
1012300--1012356	3	19.0	3	92	0	96	35	1	0	63	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6