genome.fa.s7749.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007749.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110015_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1787532

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2185--2230	14	3.3	13	85	11	56	36	0	4	58	1.18
2203--2289	16	5.6	16	80	9	99	41	2	2	54	1.26
2182--2289	15	7.1	15	77	15	96	39	1	2	55	1.25
2214--2298	32	2.7	31	85	7	100	41	2	4	51	1.35
27046--27262	103	2.1	102	93	0	371	26	14	23	35	1.93
27278--27345	23	3.0	23	86	0	91	20	25	26	27	1.99
32816--33033	103	2.1	103	93	0	373	25	12	23	37	1.91
33051--33117	23	2.9	23	84	0	80	22	25	23	28	1.99
36314--36382	21	3.3	21	80	6	70	24	21	30	23	1.99
36330--36388	21	2.8	21	74	7	57	27	20	30	22	1.98
37463--37490	14	2.0	14	100	0	56	0	21	14	64	1.29
43731--43793	11	5.9	11	69	14	51	55	3	1	39	1.25
44115--44151	15	2.4	16	86	8	51	40	2	2	54	1.29
44303--44359	21	2.7	21	76	10	62	47	24	0	28	1.52
45854--45896	11	3.8	11	78	6	50	30	23	20	25	1.99
46178--46264	18	4.9	18	77	8	81	29	10	16	43	1.81
46196--46264	35	2.0	35	85	5	95	31	8	15	43	1.78
46195--46265	18	4.0	18	80	9	83	30	8	15	45	1.76
53506--53553	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
54234--54263	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
55175--55302	36	3.6	36	79	2	105	24	9	29	36	1.87
55307--55340	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59686--59907	94	2.3	95	85	2	286	24	19	29	26	1.98
59763--59905	51	3.1	44	72	17	128	22	18	32	26	1.97
60240--60507	29	9.0	29	72	17	160	44	13	12	29	1.81
60165--60390	91	2.5	89	80	7	251	45	14	11	28	1.80
60336--60507	29	5.8	29	83	8	170	45	14	11	28	1.80
60445--60507	33	1.9	33	90	0	99	41	11	17	30	1.84
60478--60631	66	2.3	66	78	11	154	40	10	13	35	1.79
60713--60771	31	1.9	31	93	3	102	42	15	13	28	1.85
60806--60913	36	2.9	37	83	2	146	40	11	15	32	1.83
63513--63779	137	1.9	137	100	0	534	23	26	19	30	1.98
66940--67020	30	2.7	30	79	11	85	55	8	13	22	1.65
68388--68545	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
68512--68781	20	13.5	20	79	6	251	37	24	17	20	1.94
68551--68781	40	5.8	40	93	1	286	35	24	17	22	1.95
69463--69509	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
71965--72174	33	6.2	33	76	15	205	45	18	21	14	1.84
71979--72180	19	11.7	19	73	20	185	45	17	21	15	1.86
72006--72180	52	3.3	52	96	0	314	45	16	22	15	1.85
72170--72285	52	2.2	52	93	4	207	13	25	18	43	1.86
72189--72285	19	5.4	19	82	15	134	14	22	17	45	1.85
72392--72428	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
74326--74391	19	3.4	20	87	6	91	43	28	16	10	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74326--74424	19	5.4	19	76	15	84	44	27	18	10	1.81
74382--74438	14	3.7	14	77	20	60	45	24	21	8	1.80
74363--74456	33	2.8	33	95	1	161	46	23	20	9	1.79
74457--74584	19	7.3	18	71	19	85	10	16	28	45	1.80
74457--74547	32	2.8	34	88	6	134	8	17	28	45	1.78
74632--74999	93	4.1	93	95	4	664	46	18	13	21	1.83
76530--76852	161	2.0	163	96	3	600	43	16	13	26	1.84
76824--77008	33	5.5	33	83	11	239	45	21	23	9	1.81
76846--77008	19	9.4	19	66	23	90	45	22	22	9	1.81
76888--76951	21	3.1	21	77	8	87	46	15	26	10	1.79
76936--76992	14	3.7	14	72	20	51	45	22	22	8	1.80
77033--77110	41	1.9	41	97	0	147	12	25	16	44	1.83
77034--77109	21	3.7	21	83	3	109	11	25	17	46	1.82
77189--77259	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
77441--77495	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
77641--77794	20	7.7	20	81	7	168	18	18	26	37	1.93
77640--77794	40	3.8	40	82	4	186	18	18	26	37	1.93
77781--77863	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
77761--77859	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
79257--79284	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
82350--82407	3	19.0	3	80	16	57	68	3	0	27	1.05
82354--82404	18	2.8	18	96	3	93	70	3	0	25	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87662--87727	32	2.0	34	94	5	118	36	0	15	48	1.45
99242--99279	19	2.0	20	89	5	60	65	7	7	18	1.43
99793--99832	16	2.4	17	83	8	55	12	12	37	37	1.81
99840--99952	32	3.5	31	72	17	97	23	10	23	42	1.85
100203--100265	32	2.0	31	84	3	81	12	14	19	53	1.72
105611--105653	18	2.4	18	100	0	86	25	20	23	30	1.99
110439--110463	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
114304--114366	20	3.2	21	80	10	62	30	26	22	20	1.98
114304--114366	9	6.4	10	75	12	51	30	26	22	20	1.98
121105--121155	17	3.2	17	81	8	63	9	17	52	19	1.72
122794--122821	11	2.5	11	100	0	56	39	7	0	53	1.28
125440--125598	32	5.0	32	82	9	177	35	20	16	27	1.95
125439--125598	31	5.1	32	84	8	204	35	20	16	27	1.95
129644--129685	20	2.1	20	100	0	84	28	14	23	33	1.94
131723--131751	15	1.9	15	100	0	58	62	17	0	20	1.33
132800--132870	29	2.4	29	85	0	88	22	36	22	18	1.95
133027--133101	12	6.5	12	77	7	75	20	21	17	41	1.90
133021--133101	23	3.5	23	96	0	144	19	22	18	39	1.92
133491--133554	26	2.3	29	82	12	82	37	1	15	45	1.56
133684--133738	18	3.4	18	65	31	52	38	0	9	52	1.33
133766--133805	21	1.9	21	94	0	71	30	0	12	57	1.36
133982--134077	30	3.2	30	83	7	115	40	1	11	46	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134030--134078	15	3.2	16	71	11	57	44	0	12	42	1.41
134054--134091	11	3.5	11	79	13	51	50	0	10	39	1.37
134051--134098	22	2.2	22	96	3	89	47	0	12	39	1.41
136195--136229	10	3.4	10	96	4	61	22	0	0	77	0.78
136195--136223	14	2.0	15	93	6	51	24	0	0	75	0.80
140764--140799	18	2.0	18	88	0	54	16	5	33	44	1.71
141275--141350	36	2.1	37	95	2	136	25	22	14	38	1.92
141522--141593	37	1.9	37	83	5	92	26	20	13	38	1.90
142160--142588	106	4.0	106	91	0	662	35	24	18	22	1.96
146959--147000	17	2.5	17	80	0	57	57	2	0	40	1.12
146941--147049	59	1.9	58	87	9	161	51	5	3	39	1.43
147112--147258	11	11.9	11	72	16	51	44	6	1	46	1.38
147112--147165	14	3.9	14	87	2	56	50	1	1	46	1.23
147128--147358	14	17.3	14	73	20	156	45	8	0	45	1.40
147131--147415	25	11.6	23	69	19	107	47	9	0	42	1.41
147142--147448	11	25.9	11	69	22	128	47	9	0	42	1.41
147218--147426	97	2.2	96	89	5	314	47	10	0	41	1.42
147128--147391	14	20.1	14	70	22	92	46	9	0	43	1.41
147368--147442	8	8.4	9	74	24	70	52	12	0	36	1.39
147391--147448	27	2.1	27	96	0	107	53	8	0	37	1.32
147595--147737	49	2.9	49	93	3	232	46	11	0	41	1.41
151098--151146	17	2.8	18	81	12	66	42	8	0	48	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151618--151680	28	2.2	30	88	5	94	58	9	0	31	1.30
151622--151687	28	2.4	28	82	10	89	57	9	0	33	1.30
151657--151705	21	2.3	21	82	3	62	53	14	0	32	1.41
152226--152269	21	2.1	21	86	0	61	18	38	20	22	1.93
155708--156435	242	3.0	242	99	0	1440	35	13	14	37	1.85
155714--156435	241	3.0	241	99	0	1435	34	13	14	37	1.85
170438--170485	21	2.3	21	96	0	87	41	12	18	27	1.86
175089--175136	21	2.3	21	96	0	87	41	12	18	27	1.86
180724--180774	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
183912--183955	19	2.4	19	88	3	63	65	11	0	22	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8