genome.fa.s7749.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007749.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110015_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1787532

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187325--187358	17	2.0	17	88	0	50	23	0	2	73	0.97
187326--187367	21	1.9	21	85	9	57	21	4	2	71	1.16
187423--187461	15	2.6	15	84	12	53	25	0	0	74	0.82
187411--187451	14	2.9	14	85	7	55	24	2	0	73	0.96
187424--187477	22	2.5	21	82	8	63	25	0	0	74	0.83
190693--190920	41	5.5	41	88	4	316	28	19	18	32	1.96
192855--192936	24	3.6	23	88	9	116	31	20	21	25	1.98
195184--195225	19	2.3	19	95	4	77	4	14	59	21	1.53
197367--197392	5	5.2	5	100	0	52	23	57	19	0	1.40
197803--198004	32	6.4	32	91	1	318	29	16	22	31	1.96
198662--198721	22	2.7	22	72	10	68	20	23	15	41	1.89
199864--199988	43	2.9	43	81	6	139	28	20	16	35	1.94
199991--200088	43	2.3	43	81	0	124	25	21	20	32	1.97
200914--201101	45	4.2	45	94	1	315	32	22	6	37	1.81
201106--201133	13	2.2	13	100	0	56	57	21	7	14	1.61
201094--201139	20	2.2	21	84	3	58	56	21	4	17	1.58
201203--201331	59	2.2	58	83	8	154	29	24	17	28	1.97
207551--207608	30	2.0	29	82	3	71	34	8	22	34	1.85
207829--207903	23	3.3	23	84	0	87	17	24	26	32	1.97
208114--208158	2	22.0	2	95	4	81	48	0	2	48	1.13
209714--209753	20	2.0	20	95	0	71	27	30	17	25	1.97
209790--209858	20	3.5	20	97	0	129	28	23	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210085--210141	18	3.0	18	80	12	69	50	10	10	28	1.69
213274--213319	20	2.3	20	88	0	65	30	19	15	34	1.93
216998--217039	22	1.9	22	85	0	57	45	0	9	45	1.36
217351--217387	18	2.1	18	100	0	74	54	16	18	10	1.71
220405--220489	31	2.7	31	74	0	80	44	12	9	32	1.75
222319--222363	21	2.1	21	83	0	54	24	22	17	35	1.95
222355--222405	20	2.5	20	93	0	84	37	21	23	17	1.94
222392--222434	20	2.2	20	86	0	59	30	25	18	25	1.98
223436--223495	24	2.5	24	77	0	66	28	16	16	38	1.91
225726--225819	20	4.7	20	85	2	118	37	23	20	19	1.94
225811--225864	14	3.5	14	73	22	54	44	20	24	11	1.83
225799--225886	33	2.6	34	90	3	142	45	19	22	12	1.84
227508--227598	42	2.2	42	80	4	103	27	16	34	21	1.95
227551--227590	21	2.0	20	86	13	57	27	15	32	25	1.95
228081--228265	20	9.4	20	80	9	175	38	22	20	18	1.93
228113--228281	56	2.9	56	80	6	180	37	21	21	18	1.94
228313--228447	20	6.3	20	73	13	90	18	17	21	42	1.90
228368--228404	14	2.6	14	86	0	56	8	16	27	48	1.74
228829--228858	6	5.0	6	100	0	60	16	0	66	16	1.25
228874--228914	18	2.3	18	91	0	64	7	31	31	29	1.85
230356--230536	20	9.4	20	77	7	169	42	23	17	16	1.88
230436--230552	34	3.3	34	74	15	128	38	25	19	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230407--230569	73	2.2	73	93	0	281	41	23	18	15	1.89
230356--230570	20	11.5	19	78	13	144	43	23	17	15	1.87
230901--230962	22	2.8	22	92	0	106	22	14	37	25	1.92
231165--231297	20	6.7	20	93	0	212	20	21	20	38	1.94
231295--231334	21	1.9	21	89	0	62	45	20	20	15	1.86
233054--233087	14	2.4	14	90	0	59	26	5	0	67	1.13
234012--234076	27	2.4	27	100	0	130	50	0	7	41	1.31
234012--234089	27	2.9	27	90	3	86	52	1	6	39	1.35
235586--235784	82	2.4	82	87	1	281	36	15	15	32	1.89
239824--239872	20	2.5	20	86	0	71	46	24	12	16	1.81
240021--240074	22	2.5	22	84	0	63	25	38	12	22	1.90
240036--240084	22	2.3	22	82	6	57	22	36	12	28	1.90
242599--242664	21	3.1	21	91	0	105	21	34	18	25	1.96
244016--244183	64	2.6	64	93	0	273	26	2	16	54	1.56
244536--244571	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
246802--246869	24	2.8	24	81	0	64	36	17	17	27	1.93
246981--247014	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
247610--247647	15	2.4	16	86	4	51	65	0	5	28	1.14
247784--247891	20	5.5	20	76	15	84	35	15	23	25	1.94
247804--247971	40	4.2	39	76	8	158	30	13	26	29	1.93
247804--247975	81	2.2	80	81	4	195	30	12	26	30	1.93
249483--249599	9	13.6	8	74	18	69	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249476--249602	23	5.4	25	74	18	105	55	0	0	44	0.99
249491--249580	34	2.7	33	96	3	162	60	0	0	40	0.97
249533--249602	2	39.0	2	76	21	66	54	0	0	45	0.99
251360--251413	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
251671--251722	16	3.2	16	74	15	54	42	7	0	50	1.31
252866--252955	43	2.0	47	87	8	134	1	20	17	61	1.41
253362--253424	3	21.0	3	78	12	67	60	1	0	38	1.07
253351--253420	14	5.6	13	79	17	78	57	1	0	41	1.08
253351--253424	24	3.0	25	81	18	93	58	1	0	40	1.07
253368--253430	18	3.2	19	85	14	83	58	1	0	39	1.07
253351--253406	27	2.0	27	89	6	85	57	1	0	41	1.09
253555--254421	76	11.5	76	97	1	1627	34	22	22	21	1.97
256705--256794	45	2.0	45	97	0	171	37	21	11	30	1.88
257786--258014	114	2.0	114	92	0	377	30	20	15	32	1.94
260155--260185	15	2.1	14	94	5	53	0	16	0	83	0.64
262606--262647	22	1.9	22	85	9	59	61	4	16	16	1.50
264720--264763	17	2.7	15	86	10	52	72	0	0	27	0.85
266423--266520	46	2.3	45	81	11	116	1	20	17	61	1.41
266425--266522	42	2.2	46	82	7	114	1	19	17	62	1.39
266961--267026	3	22.0	3	79	11	73	60	1	0	37	1.06
266950--267026	24	3.0	25	92	7	120	58	1	0	40	1.06
268598--268655	29	2.0	29	89	0	89	13	36	27	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
268695--268758	24	2.7	23	85	2	74	23	34	29	12	1.92
268713--268793	33	2.5	33	89	0	117	24	28	37	9	1.87
268732--268806	33	2.3	33	88	4	107	28	25	38	8	1.84
268899--268984	29	3.0	29	96	0	163	20	30	34	13	1.92
270989--271029	21	1.9	22	90	5	66	43	17	14	24	1.86
274637--274704	29	2.3	29	89	0	100	33	11	23	30	1.91
275767--275849	41	2.0	41	97	0	157	14	18	9	57	1.63
275779--275847	20	3.4	20	70	18	70	13	18	10	57	1.63
278000--278036	15	2.3	17	86	9	51	72	0	5	21	1.04
284347--284395	12	4.3	11	79	7	53	12	10	2	75	1.13
284347--284395	23	2.1	23	84	0	62	12	10	2	75	1.13
300376--300671	84	3.6	82	83	3	308	23	20	19	35	1.96
300310--300671	81	4.4	83	80	5	353	24	21	19	33	1.97
303002--303407	154	2.6	154	96	1	733	40	9	11	38	1.74
310109--310187	32	2.5	32	81	4	88	17	27	27	26	1.98
310294--310726	216	2.0	206	85	5	571	29	20	12	37	1.90
314470--314508	15	2.6	15	95	0	69	41	10	30	17	1.83
315359--315396	3	12.3	3	94	5	67	31	0	0	68	0.90
316274--316352	37	2.1	37	90	0	131	37	7	25	29	1.83
321046--321172	46	2.8	46	90	0	164	35	7	26	30	1.83
322394--322451	28	2.0	28	86	10	80	36	13	17	32	1.89
323550--323665	34	3.5	34	86	2	146	42	1	2	53	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
323577--323646	19	3.9	19	70	14	58	40	1	2	55	1.23
323561--323621	15	3.8	15	72	16	59	40	3	3	52	1.34
326158--326342	88	2.1	88	100	0	370	49	12	10	27	1.73
327011--327059	21	2.3	21	100	0	98	32	30	18	18	1.95
328039--328179	3	47.0	3	98	0	273	32	0	0	66	0.97
332102--332169	36	1.9	35	85	8	93	41	16	19	23	1.90
338027--338385	194	1.9	194	81	1	450	37	11	12	38	1.80
339334--339371	16	2.5	15	84	12	51	65	0	2	31	1.06
339509--339720	20	10.6	20	68	14	68	34	10	24	30	1.90
339540--339697	40	3.9	40	74	2	120	34	11	24	29	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8