genome.fa.s7749.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007749.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110015_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1787532

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
622412--622536	35	3.6	35	78	8	148	35	12	18	33	1.89
622376--622536	68	2.4	68	91	0	259	36	12	17	33	1.87
623219--623290	32	2.2	32	85	0	90	34	19	11	34	1.87
630291--630367	30	2.5	30	89	2	109	61	9	9	20	1.53
645604--645635	14	2.3	14	94	0	55	46	28	18	6	1.73
650551--650649	51	1.9	51	100	0	198	28	4	20	47	1.68
657248--657684	217	2.0	219	97	1	835	43	16	14	26	1.85
658648--658697	15	3.4	15	83	5	57	8	14	66	12	1.45
659211--659272	29	2.1	29	96	0	115	24	32	9	33	1.88
667516--667569	21	2.6	21	87	0	81	22	35	16	25	1.95
674244--674269	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
675990--676431	226	1.9	231	89	2	687	29	24	22	24	1.99
699867--700006	72	2.0	69	90	6	219	48	5	13	32	1.66
706694--706752	30	1.9	31	86	3	84	49	10	13	27	1.74
717842--718271	188	2.3	185	83	4	524	32	16	8	42	1.78
719656--720084	187	2.3	188	88	2	639	32	17	10	40	1.82
722239--722289	22	2.3	22	86	0	66	31	23	19	25	1.98
722971--723004	16	2.1	17	88	5	52	38	2	17	41	1.65
723330--723465	57	2.4	56	83	9	152	28	1	11	58	1.41
723362--723526	74	2.2	76	87	6	230	30	0	12	56	1.40
723636--724070	215	2.0	216	99	0	863	25	18	15	40	1.90
734143--734185	13	3.4	13	90	3	70	16	44	20	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
735609--735661	26	2.0	26	85	0	70	35	16	20	26	1.94
736635--736750	48	2.4	48	85	2	153	26	14	19	38	1.91
736635--736750	24	4.8	24	83	6	137	26	14	19	38	1.91
738027--738074	15	3.5	14	78	21	57	41	0	6	52	1.27
738018--738081	26	2.5	26	97	0	119	39	0	4	56	1.20
741597--741637	21	2.0	21	85	0	55	31	29	21	17	1.96
742184--742503	103	3.1	103	94	1	563	26	12	24	36	1.91
742520--742582	23	2.7	23	85	4	83	22	26	25	25	2.00
748636--748678	21	2.0	21	81	0	50	30	25	25	18	1.98
749219--749539	103	3.1	103	95	0	588	25	12	24	37	1.91
749556--749618	23	2.7	23	82	4	74	22	25	25	26	2.00
754672--754705	13	2.5	13	95	4	59	32	14	14	38	1.87
755282--755330	20	2.5	21	83	9	59	59	4	8	28	1.45
755282--755329	19	2.5	20	83	12	57	58	4	8	29	1.46
758151--758204	22	2.5	22	100	0	108	37	11	25	25	1.89
761103--761140	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
767210--767439	64	3.6	63	80	6	212	27	17	26	28	1.98
767338--767388	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
767231--767390	65	2.5	65	85	3	207	27	16	26	29	1.97
767232--767439	65	3.2	66	80	13	202	27	17	25	29	1.97
775966--776016	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
775860--776067	65	3.2	65	80	12	223	27	16	25	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
777579--777657	39	2.0	39	97	0	149	39	2	11	46	1.53
777687--777761	36	2.1	36	85	5	98	46	1	4	48	1.29
778472--778504	16	1.9	17	88	11	50	36	0	3	60	1.12
778467--778506	17	2.3	19	79	16	50	32	0	2	65	1.06
780648--780722	33	2.2	34	81	11	84	25	2	10	61	1.42
780730--780811	34	2.4	34	76	15	80	26	7	7	58	1.51
786931--787571	322	2.0	318	98	1	1246	27	23	21	27	1.99
792119--792617	198	2.5	197	79	7	530	31	15	14	38	1.87
794492--794516	11	2.3	11	100	0	50	32	20	24	24	1.98
794673--796011	182	7.4	182	90	2	2006	43	12	15	28	1.83
797882--797941	24	2.7	22	76	16	61	40	0	8	51	1.32
798178--798210	9	3.7	9	91	0	57	39	9	51	0	1.34
798623--798661	18	2.2	18	100	0	78	56	0	38	5	1.22
798963--799015	17	3.1	17	100	0	106	50	7	11	30	1.65
800106--800155	19	2.6	19	90	0	73	28	2	10	60	1.40
800297--801205	198	4.6	198	91	2	1430	36	17	14	31	1.90
801595--801646	15	3.5	15	91	0	86	17	46	0	36	1.48
804115--804167	24	2.2	24	89	0	79	37	1	13	47	1.54
804537--805564	201	5.1	201	84	5	1206	38	16	13	30	1.88
805322--805367	21	2.1	21	84	4	56	30	15	10	43	1.81
804575--805564	198	4.9	198	84	6	1175	39	16	13	30	1.87
809206--809368	87	1.9	87	93	0	281	30	14	12	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809290--809334	23	2.0	23	90	0	72	37	17	8	35	1.81
813687--813745	21	2.7	22	76	5	75	22	25	20	32	1.98
813754--813860	20	5.3	20	87	0	151	28	28	20	23	1.99
814044--814085	22	1.9	22	95	0	75	23	42	14	19	1.87
814471--814577	20	5.4	20	83	3	101	15	14	22	46	1.83
816307--816357	18	2.8	18	96	0	93	33	17	5	43	1.73
816504--816571	20	3.4	20	85	0	91	36	23	19	20	1.95
816576--816626	19	2.7	19	93	0	75	45	17	17	19	1.86
816635--816699	20	3.3	20	82	4	80	18	16	26	38	1.92
817193--817234	21	2.2	20	87	12	61	21	35	16	26	1.94
817216--817293	21	3.6	22	74	10	72	21	35	19	23	1.96
817188--817293	42	2.5	41	76	4	104	20	35	18	24	1.95
818699--818737	14	2.8	14	88	0	60	41	0	12	46	1.42
818701--818755	29	1.9	29	85	3	76	38	0	14	47	1.45
818859--818904	20	2.3	20	81	7	58	43	23	15	17	1.87
818921--819057	34	3.9	34	83	5	148	23	20	21	35	1.96
818911--819193	20	15.4	20	71	17	211	24	18	21	34	1.96
818957--819128	94	1.8	94	87	2	256	23	19	22	34	1.97
819028--819185	54	2.9	54	90	0	253	23	17	24	34	1.96
818911--819186	128	2.2	128	82	4	326	23	18	22	34	1.96
819349--819391	12	3.6	12	87	0	59	16	4	25	53	1.62
819356--819389	6	5.7	6	85	0	50	17	2	20	58	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
821400--821436	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
821620--821673	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
822481--822568	20	4.4	20	91	0	122	27	18	26	28	1.98
822535--822608	20	3.7	20	89	3	96	28	20	16	35	1.94
822495--822609	40	2.9	39	80	8	108	27	18	20	33	1.96
822698--822734	19	1.9	19	88	0	56	21	18	24	35	1.96
829428--829461	16	2.1	17	88	5	52	55	5	0	38	1.24
829803--829842	19	2.2	19	90	4	64	32	10	7	50	1.64
831483--831531	22	2.3	22	86	10	66	36	22	16	24	1.94
831723--831777	14	4.1	13	82	13	67	58	7	1	32	1.36
831720--831778	28	2.1	28	87	9	86	59	6	1	32	1.34
832691--832739	22	2.3	22	89	10	75	34	24	16	24	1.95
832934--832991	14	4.2	14	86	6	75	56	6	3	32	1.42
838050--838106	22	2.5	23	80	11	73	29	21	7	42	1.79
844586--844630	23	2.0	23	86	0	63	26	26	24	22	2.00
845454--845487	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
846401--846451	19	2.7	19	100	0	102	23	29	17	29	1.97
846356--846516	83	1.9	82	86	5	225	25	21	18	35	1.95
847925--847997	18	3.9	18	84	7	101	28	31	20	19	1.97
852145--852181	19	1.9	19	94	0	65	21	37	16	24	1.93
852099--852289	65	3.0	64	83	9	228	30	25	15	28	1.96
852129--852291	65	2.5	65	86	4	233	30	26	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
853016--853131	22	5.2	22	76	10	94	31	23	17	27	1.97
857051--857138	17	4.9	18	73	9	65	68	3	4	23	1.24
857051--857098	10	5.2	9	85	14	55	72	0	2	25	0.95
864371--864468	4	23.2	4	69	22	51	72	2	5	20	1.14
864612--864659	18	2.6	19	87	9	64	70	6	8	14	1.31
865753--865789	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
865799--866224	36	11.2	36	72	22	231	45	6	5	42	1.51
865896--866218	162	2.0	161	99	0	637	47	5	5	42	1.49
866007--866123	52	2.3	55	84	10	149	48	5	5	41	1.47
866093--866202	34	3.2	34	82	12	111	45	5	5	43	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8