genome.fa.s7751.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007751.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110017_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1434969

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  1  of  6  ( 636 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5025--5052	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
13132--13218	21	4.2	21	79	2	104	25	18	24	32	1.97
13199--13256	28	2.0	29	83	3	73	31	13	27	27	1.94
17034--17090	25	2.3	25	84	0	69	31	35	7	26	1.83
23145--23183	19	2.1	18	90	4	60	33	10	23	33	1.88
23422--23472	20	2.5	20	84	6	68	29	27	13	29	1.94
25346--25407	26	2.4	26	100	0	124	29	16	24	30	1.96
28884--28908	13	1.9	13	100	0	50	20	32	8	40	1.81
33269--33302	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
40221--40269	25	2.0	25	83	0	62	51	10	6	32	1.61
41871--41953	39	2.1	39	82	12	100	30	22	22	24	1.99
42602--42647	24	1.9	24	82	8	58	52	6	2	39	1.40
43610--43644	15	2.3	15	100	0	70	28	34	22	14	1.93
44256--44326	36	2.0	36	91	5	117	21	32	26	19	1.97
47534--47576	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
49631--49665	15	2.3	15	95	0	61	28	31	22	17	1.96
50277--50347	35	2.0	36	91	2	117	23	29	26	19	1.98
52645--52800	31	5.0	31	91	1	242	37	21	19	21	1.94
53668--53712	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
56847--57000	31	5.0	31	88	3	206	38	21	18	21	1.94
57861--57904	21	2.2	20	87	4	61	15	25	27	31	1.96
59156--59223	32	2.1	32	94	0	118	44	14	17	23	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62950--62985	10	3.6	10	84	0	54	11	8	19	61	1.54
67434--68447	128	7.9	128	99	0	1994	22	25	19	32	1.98
68839--68932	27	3.0	34	73	20	112	40	3	4	52	1.37
68839--68932	28	3.2	28	83	11	100	40	3	4	52	1.37
69452--69545	21	4.5	21	92	5	129	20	26	35	18	1.95
69549--69596	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
71318--71402	30	2.7	31	78	10	93	58	1	0	40	1.05
71321--71391	29	2.4	31	79	11	85	59	0	0	40	0.98
72240--72362	60	2.0	60	87	3	176	28	4	22	43	1.74
72341--72406	15	4.4	15	83	7	89	37	6	18	37	1.75
72336--72422	45	2.0	44	90	2	138	41	6	18	33	1.77
72341--72422	30	2.8	30	92	5	132	39	7	18	35	1.78
72405--72474	20	3.5	20	96	0	131	40	10	14	35	1.79
72642--72737	28	3.5	26	82	15	81	53	2	1	43	1.19
72749--72791	21	2.0	21	86	9	59	53	0	0	46	1.00
72765--72806	9	4.7	9	82	8	50	50	0	0	50	1.00
72995--73111	42	2.8	42	98	0	225	43	19	20	16	1.88
73165--73227	15	4.3	15	87	4	92	36	7	17	38	1.79
73214--73259	20	2.3	20	96	0	83	45	8	17	28	1.78
73584--73749	30	5.9	28	69	21	98	51	1	0	46	1.13
73584--73733	59	2.6	59	77	13	157	50	1	0	47	1.14
73661--73706	18	2.6	19	83	10	53	43	2	0	54	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73672--73769	31	3.1	32	75	18	96	50	0	0	50	1.00
73701--73744	22	2.0	23	86	4	63	54	0	0	45	0.99
73672--73761	21	4.2	22	73	16	64	50	0	0	50	1.00
73641--73761	54	2.3	51	79	19	142	51	0	0	47	1.06
73949--74067	41	2.9	42	93	2	213	45	19	19	15	1.86
74449--74565	42	2.8	42	93	0	207	14	19	18	47	1.83
74756--74816	21	2.9	22	85	7	74	47	0	0	52	1.00
74857--74897	20	2.0	22	85	9	59	43	0	0	56	0.99
74787--74929	30	5.0	28	71	20	109	46	0	1	51	1.14
75254--75303	20	2.5	20	93	0	91	32	16	10	42	1.81
75286--75367	30	2.8	30	90	1	121	39	15	6	39	1.73
75302--75356	15	3.7	15	95	0	101	41	14	5	38	1.69
86831--86882	15	3.5	15	76	10	52	17	17	59	5	1.56
89870--89911	12	3.6	12	84	15	61	45	7	19	28	1.76
90522--90598	32	2.4	32	88	0	109	35	12	33	18	1.89
92312--92342	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
95373--95411	12	3.2	12	88	0	51	2	41	0	56	1.13
96144--96231	7	12.9	7	97	2	162	0	55	0	44	0.99
96139--96231	47	2.0	46	97	2	177	0	54	0	45	0.99
107651--107680	14	2.1	14	100	0	60	53	6	30	10	1.60
115387--115449	31	2.0	31	100	0	126	38	12	6	42	1.68
115676--115710	17	2.1	17	94	0	61	51	11	8	28	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116903--116959	30	1.9	30	100	0	114	38	17	15	28	1.91
121139--121181	22	2.0	22	85	0	59	37	11	9	41	1.74
123721--123773	4	13.5	4	96	4	99	26	24	0	49	1.51
128026--128160	73	1.9	72	82	4	173	25	16	14	43	1.85
128579--128733	35	4.2	34	73	15	112	24	17	16	41	1.90
128582--128799	112	1.9	112	87	3	323	24	18	16	40	1.90
133154--133220	31	2.2	31	91	0	107	29	14	7	47	1.72
136611--136644	16	2.2	15	89	5	50	26	0	73	0	0.83
146938--146973	19	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
146940--146995	17	3.3	16	72	20	51	55	0	0	44	0.99
147067--147107	22	1.9	21	85	14	57	53	2	0	43	1.13
148276--148310	17	2.0	18	88	5	54	54	2	0	42	1.15
150461--150547	31	2.8	31	82	3	113	41	1	2	55	1.20
151280--151353	31	2.4	31	82	13	82	52	2	4	40	1.34
152985--153010	12	2.2	12	100	0	52	53	0	19	26	1.45
163263--163297	15	2.3	15	95	0	61	28	31	22	17	1.96
163888--163957	35	2.0	36	91	2	115	22	28	30	18	1.98
170651--170721	36	2.0	36	94	2	126	18	32	30	18	1.95
174762--174821	30	2.0	30	96	0	111	30	5	20	45	1.72
174982--175078	21	4.7	21	94	1	169	19	32	18	28	1.96
175433--175502	34	2.1	32	84	5	86	31	15	28	24	1.96
178309--178368	30	2.0	30	93	0	102	31	5	18	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178550--178604	20	2.7	21	94	2	94	20	34	18	27	1.95
183725--183752	7	4.0	7	100	0	56	14	0	0	85	0.59
189893--189992	43	2.2	46	81	13	136	34	18	23	25	1.96
189905--190127	43	5.2	42	80	3	232	32	18	21	26	1.97
189905--190127	85	2.6	85	78	4	252	32	18	21	26	1.97
190870--190943	36	2.0	37	97	2	141	59	8	24	8	1.53
191722--191780	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
196404--196462	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
197621--197652	12	2.7	12	95	0	55	43	6	40	9	1.62
197949--198044	41	2.3	41	85	3	122	38	18	14	28	1.90
197974--198074	41	2.5	41	81	1	123	32	15	16	34	1.91
198177--198264	42	2.1	42	85	6	117	35	13	15	35	1.87
198707--198762	28	2.0	28	96	0	103	39	14	19	26	1.90
217098--217142	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
222297--222341	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
224161--224205	23	2.0	23	81	0	54	20	24	26	28	1.99
232077--232102	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
235125--235208	28	3.0	28	87	0	114	16	21	28	33	1.95
237300--237340	21	1.9	22	90	5	66	53	0	0	46	1.00
237300--237340	19	2.0	21	86	13	59	53	0	0	46	1.00
238675--238780	3	34.7	3	82	7	124	60	0	1	37	1.08
239331--240536	113	10.7	113	90	1	1622	29	19	13	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239171--240536	339	4.1	338	88	3	1845	29	19	13	37	1.90
241005--241059	22	2.5	22	96	0	101	36	14	14	34	1.87
243545--243937	83	4.7	84	92	1	623	37	22	12	27	1.90
246391--246430	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
248068--248120	25	2.1	25	85	0	70	58	9	11	20	1.60
248180--248221	7	6.0	7	78	10	50	54	14	16	14	1.71
249730--249788	30	1.9	32	82	6	77	61	1	6	30	1.32
250442--250482	21	1.9	22	90	5	66	53	0	0	46	1.00
250442--250482	19	2.0	21	86	13	59	53	0	0	46	1.00
251817--251925	3	35.7	3	82	7	130	60	0	1	37	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6