genome.fa.s7777.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007777.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110059_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1720799

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
302--341	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
6418--6483	30	2.2	30	97	2	123	40	12	6	40	1.67
6726--6904	70	2.6	70	93	0	304	17	12	15	54	1.71
12790--12831	19	2.2	19	83	8	50	57	0	4	38	1.20
13459--13483	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
14231--14279	22	2.2	22	85	0	62	65	22	2	10	1.34
25722--25791	24	2.9	24	87	4	70	25	15	21	37	1.93
25747--25806	24	2.5	24	100	0	120	25	15	20	40	1.90
27680--27740	21	2.8	20	76	13	50	42	27	11	18	1.84
30995--31024	15	2.0	15	93	0	51	20	30	33	16	1.94
32018--32060	13	3.3	13	90	0	59	30	18	13	37	1.90
32295--32329	2	17.5	2	88	11	54	48	2	0	48	1.16
37425--37564	22	6.4	22	88	0	217	15	25	30	28	1.96
37549--37583	18	1.9	18	88	11	54	20	17	34	28	1.95
44446--44566	22	5.5	22	90	2	181	17	26	28	27	1.97
50451--50477	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
50522--50547	13	2.0	13	100	0	52	38	7	0	53	1.30
50604--50635	17	1.9	17	93	6	57	46	3	6	43	1.44
53887--53945	31	1.9	31	92	0	100	28	20	15	35	1.93
55057--55089	9	3.7	9	100	0	66	66	0	21	12	1.23
55834--55879	21	2.2	21	80	3	58	56	0	0	43	0.99
60069--60122	7	7.7	7	100	0	108	44	27	27	0	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60560--60593	17	2.0	17	88	0	50	32	17	23	26	1.97
60929--60977	24	2.0	24	88	0	71	46	12	14	26	1.79
66471--66521	21	2.5	20	82	14	61	23	5	7	62	1.44
69957--70024	20	3.2	21	72	14	68	36	20	14	27	1.92
69959--70037	42	1.9	41	84	2	104	34	20	17	27	1.95
70048--70320	150	1.8	152	86	4	401	33	12	13	41	1.82
70352--70453	42	2.5	42	77	6	109	33	21	20	24	1.97
69790--70576	409	1.9	408	87	2	1150	34	15	15	35	1.89
72530--72611	22	3.6	22	80	15	87	2	17	1	79	0.91
72537--72639	33	3.2	32	79	16	106	2	17	0	78	0.93
72535--72632	11	9.8	9	73	16	61	2	17	1	79	0.88
72570--72641	20	3.3	23	74	12	64	4	18	0	77	0.92
73406--73443	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
77791--77816	7	3.7	7	100	0	52	30	0	11	57	1.34
78435--78519	29	2.9	29	77	10	84	60	10	11	17	1.59
79568--79845	40	6.6	41	69	14	163	25	18	30	24	1.98
79519--79764	130	1.9	130	89	0	384	28	17	29	25	1.97
79670--79845	83	2.1	83	91	0	280	25	17	32	25	1.96
79670--79813	43	3.4	44	69	14	124	25	16	31	26	1.96
80074--80107	16	2.1	17	94	5	61	55	17	11	14	1.68
80163--80536	73	5.3	72	81	7	469	40	14	19	25	1.89
80163--80515	102	3.3	106	81	8	391	41	14	18	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80475--80560	21	4.4	21	71	16	76	37	12	24	25	1.91
80163--80536	36	10.6	36	84	6	469	40	14	19	25	1.89
81298--81385	32	2.8	32	91	0	131	32	22	15	28	1.95
82168--82209	20	2.2	19	86	4	57	2	21	2	73	1.06
82387--82418	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
84304--84337	17	2.0	17	88	11	52	29	26	8	35	1.87
85616--85709	29	3.2	29	79	10	102	61	12	10	14	1.56
85949--86229	146	1.9	146	83	1	366	23	25	16	33	1.95
86441--86474	17	1.9	18	94	5	61	23	0	41	35	1.55
86986--87176	40	4.5	42	71	17	126	27	17	30	24	1.97
86847--87067	112	2.0	112	92	0	370	26	16	28	28	1.97
87474--88141	36	19.0	36	79	9	623	38	13	20	27	1.90
87485--88141	73	9.4	71	76	11	581	39	13	20	26	1.90
87484--87928	102	4.2	105	81	9	423	39	13	21	25	1.89
87867--87921	15	3.4	15	72	18	56	32	16	27	23	1.96
87474--88138	208	3.2	212	78	11	629	39	13	20	26	1.90
88681--88768	32	2.8	32	87	0	122	32	21	15	29	1.95
89808--89850	18	2.3	18	84	4	50	0	18	4	76	0.95
93568--93866	145	2.1	146	84	1	395	23	25	19	31	1.98
97664--97714	21	2.4	21	96	0	93	15	25	31	27	1.96
102159--102206	23	2.1	23	84	0	60	35	12	16	35	1.87
102637--102695	23	2.6	23	88	0	82	40	16	5	37	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102273--103328	430	2.5	430	97	0	2006	38	11	8	41	1.71
103063--103125	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
103547--103633	39	2.2	39	95	0	156	17	13	20	48	1.81
103903--103939	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
104319--104368	25	2.0	25	92	0	82	46	22	8	24	1.78
104642--104693	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
104652--104714	23	2.7	23	90	0	90	38	19	4	38	1.73
105060--105125	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
107594--107936	183	1.9	183	90	2	546	33	16	14	34	1.89
108290--108352	23	2.7	23	87	0	90	36	20	6	36	1.78
107940--108986	431	2.4	430	96	1	1928	38	11	8	41	1.71
108721--108783	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
110372--110443	6	12.0	6	83	0	63	23	34	5	36	1.78
110380--110455	36	2.1	36	90	0	116	21	34	7	36	1.82
110397--110458	18	3.4	18	81	0	79	17	33	8	40	1.79
110397--110458	6	10.3	6	82	0	70	17	33	8	40	1.79
111924--112893	198	4.9	198	95	0	1751	31	17	14	36	1.90
113012--113060	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
114855--114920	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
114954--114997	21	2.1	21	91	0	70	15	31	11	40	1.83
117216--117258	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
117221--117267	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117188--117662	181	2.6	183	90	1	715	26	17	14	42	1.87
117731--118221	229	2.1	228	95	1	876	39	8	7	44	1.63
119332--119371	21	2.0	21	85	14	57	30	27	5	37	1.78
119761--119811	21	2.4	21	96	0	93	25	15	23	35	1.94
125562--125634	31	2.4	31	86	4	94	28	6	9	54	1.58
131120--131178	31	1.9	31	82	0	73	44	11	8	35	1.72
138073--138115	12	3.8	12	82	11	56	46	9	41	2	1.48
145185--145218	16	2.1	17	94	5	61	61	0	0	38	0.96
146043--146072	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
147716--147742	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
147999--148549	138	4.0	138	81	2	629	26	15	28	29	1.96
148009--148553	278	2.0	278	85	0	741	26	15	28	29	1.96
148637--148684	21	2.4	19	82	6	60	43	8	16	31	1.78
148583--148748	85	1.9	86	91	1	271	40	12	16	30	1.85
148658--149081	66	6.5	66	87	3	579	39	12	16	30	1.86
148658--149081	129	3.2	131	87	3	584	39	12	16	30	1.86
148648--149081	195	2.2	197	85	3	588	39	12	16	31	1.86
149031--149146	37	3.1	37	76	7	119	38	14	16	30	1.89
151552--151590	17	2.3	17	100	0	78	33	25	17	23	1.96
155560--155680	3	40.3	3	91	0	161	60	1	4	33	1.28
161898--162015	59	2.0	59	100	0	236	30	10	22	37	1.87
177454--177529	38	2.0	38	94	5	136	42	13	1	43	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177623--177650	13	2.2	13	100	0	56	14	21	35	28	1.92
179141--179174	18	1.9	18	88	5	52	14	26	32	26	1.95
180659--180880	84	2.6	83	86	4	302	22	17	25	34	1.96
180870--181007	61	2.2	66	87	7	196	31	10	19	37	1.86
180870--181007	32	4.3	32	83	10	183	31	10	19	37	1.86
181001--181877	84	10.6	83	79	5	823	24	19	25	30	1.98
181015--181877	165	5.2	164	82	3	955	24	20	24	30	1.99
181005--181877	249	3.5	246	83	4	1006	24	19	24	30	1.98
186731--186791	20	3.1	19	84	13	79	55	11	14	18	1.68
186533--187005	181	2.6	182	89	0	687	42	13	16	26	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10