genome.fa.s7777.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007777.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110059_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1720799

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  4  of  10  ( 1086 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
650622--651546	225	4.1	226	88	1	1338	33	15	15	36	1.89
650622--651546	453	2.0	449	89	1	1386	33	15	15	36	1.89
653792--653827	13	2.8	13	95	0	63	19	13	19	47	1.83
656871--656905	18	1.9	18	88	11	54	37	2	2	57	1.29
666508--666556	17	2.9	17	73	11	55	73	2	2	22	1.04
667173--667234	19	3.2	19	74	4	52	54	12	0	32	1.38
667182--667353	72	2.3	72	84	7	213	56	9	2	31	1.43
669128--669167	8	4.9	8	82	17	55	85	2	0	12	0.71
669139--669181	12	3.6	12	81	9	52	81	4	2	11	0.93
669131--669181	25	2.0	25	92	7	86	82	3	1	11	0.89
669131--669181	19	2.7	20	84	6	61	82	3	1	11	0.89
675069--675094	9	2.9	9	100	0	52	88	0	0	11	0.52
675069--675102	17	1.9	17	88	5	50	85	2	0	11	0.71
675750--675962	76	2.8	75	93	2	363	57	11	2	28	1.46
675750--675989	76	3.2	75	86	4	331	57	10	2	29	1.46
684842--684881	20	2.0	20	85	9	55	22	32	7	37	1.82
686602--686633	16	2.0	16	93	0	55	34	0	25	40	1.56
688114--688177	23	2.8	22	83	4	74	28	26	26	18	1.98
688769--688926	64	2.5	62	84	8	192	27	20	17	34	1.95
695019--695071	23	2.3	23	86	0	79	26	26	28	18	1.98
695649--695776	64	2.0	67	87	7	192	27	17	19	35	1.95
695664--695821	64	2.5	62	79	9	156	27	20	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
699978--700021	13	3.5	13	81	3	54	15	18	45	20	1.85
701319--701353	17	2.0	18	94	5	63	34	22	11	31	1.90
702172--702205	16	2.1	16	94	0	59	35	11	14	38	1.83
709673--709746	24	3.1	24	82	0	85	48	18	9	22	1.77
709700--709753	24	2.2	24	86	0	81	53	16	5	24	1.64
712246--712283	18	2.1	18	100	0	76	10	21	50	18	1.76
713671--713749	37	2.1	37	95	0	140	26	13	18	40	1.89
714522--714599	29	2.8	29	77	14	83	46	1	1	51	1.17
714622--714713	27	3.3	27	71	17	73	45	1	1	52	1.15
714714--714758	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
715031--715065	14	2.5	14	95	0	61	34	20	11	34	1.88
715039--715072	14	2.4	14	90	5	50	41	14	17	26	1.88
729120--729148	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
733536--733723	27	6.7	27	86	7	241	9	31	29	29	1.88
733537--733775	57	4.0	57	81	12	252	10	31	28	29	1.90
733621--733730	3	36.7	3	70	10	64	5	33	30	30	1.80
733719--733771	27	2.0	27	88	0	79	16	28	24	30	1.97
739114--739187	31	2.4	31	86	4	105	18	12	12	56	1.66
739697--739749	19	2.7	20	82	11	65	30	32	16	20	1.95
739717--739859	65	2.2	65	86	8	195	31	21	18	28	1.97
741893--741941	21	2.4	20	96	3	89	46	10	16	26	1.78
745557--745662	44	2.4	44	100	0	212	26	26	24	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
745543--745667	23	5.7	23	74	8	125	27	26	24	22	2.00
747721--747764	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
748430--748579	72	2.1	72	82	10	182	30	22	19	27	1.98
751867--751928	13	4.6	14	70	23	53	40	4	24	30	1.76
752915--753097	31	6.0	31	94	3	318	38	22	19	19	1.94
752915--753098	61	3.0	60	95	2	323	38	23	19	19	1.94
755340--755691	177	2.0	175	98	1	686	21	31	15	31	1.94
757485--757669	31	6.0	31	97	1	336	38	22	19	19	1.93
759662--759688	13	2.1	13	100	0	54	59	7	25	7	1.51
763815--764107	79	3.7	78	85	7	371	26	17	18	37	1.92
763814--764107	155	1.9	157	86	7	420	26	17	18	37	1.93
764741--765434	116	5.8	116	74	11	444	26	19	15	38	1.92
764851--765150	118	2.6	118	79	6	308	28	19	15	37	1.92
768207--768247	19	2.2	19	90	0	64	53	4	19	21	1.63
770581--770621	17	2.4	17	95	0	73	26	29	14	29	1.95
770589--770630	17	2.6	16	88	7	59	33	28	9	28	1.88
774739--774821	44	1.9	44	82	2	105	34	18	15	31	1.92
775045--775099	21	2.6	21	94	0	92	49	23	7	20	1.74
776784--776826	3	14.3	3	90	9	70	32	0	0	67	0.91
777597--777680	43	1.9	44	97	2	161	35	9	25	29	1.87
778565--778609	17	2.6	17	96	0	81	28	6	6	57	1.50
780618--780654	12	2.7	14	80	19	51	13	21	13	51	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
781951--781982	15	2.1	15	100	0	64	75	6	18	0	1.01
781955--782000	22	2.1	21	84	11	58	73	4	19	2	1.10
781981--782040	26	2.4	24	84	10	84	71	6	13	8	1.29
781983--782040	12	4.6	13	79	14	68	70	6	13	8	1.32
783229--783339	37	3.0	37	82	8	138	32	18	12	36	1.88
783254--783351	37	2.7	36	84	7	117	32	19	13	34	1.90
783498--783691	67	2.9	67	92	1	318	26	22	12	38	1.90
785630--785730	42	2.4	42	93	0	157	15	20	28	34	1.94
785630--785718	21	4.2	21	98	0	169	14	21	30	33	1.93
786412--786445	16	2.1	17	88	5	52	38	2	17	41	1.65
786630--786999	173	2.1	176	95	4	683	26	30	18	25	1.98
787168--787199	3	10.3	3	93	6	55	34	0	0	65	0.93
791215--791484	41	6.5	41	78	3	272	39	17	15	27	1.90
792366--792395	13	2.3	13	100	0	60	26	23	6	43	1.78
793072--793115	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
793073--793120	8	6.4	7	95	4	53	52	0	0	47	1.00
793119--793148	5	5.8	5	92	7	51	60	0	0	40	0.97
796224--796363	41	3.4	42	78	7	151	33	16	22	27	1.95
811796--811886	43	2.1	43	85	4	121	18	23	21	36	1.95
814957--814989	16	2.1	16	100	0	66	57	12	12	18	1.64
818526--818630	29	3.6	29	90	2	156	37	20	5	36	1.77
818632--818704	23	3.2	22	92	1	119	12	21	47	17	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
818643--818716	22	3.3	21	83	9	85	16	24	43	16	1.87
818703--818753	19	2.7	19	84	0	66	25	33	21	19	1.97
822512--822542	16	1.9	16	93	0	53	58	9	9	22	1.59
825013--825064	22	2.4	22	81	9	63	23	0	9	67	1.20
841512--841547	15	2.4	15	100	0	72	27	11	25	36	1.90
846899--846933	6	5.8	6	100	0	70	17	48	17	17	1.81
847331--847375	21	2.2	20	84	4	54	35	11	0	53	1.37
851360--851405	17	2.6	17	83	16	58	50	4	0	45	1.21
851438--851735	39	8.2	36	81	11	292	43	4	4	47	1.43
851517--851568	26	1.9	28	84	7	72	46	1	3	48	1.31
851722--851803	2	41.5	2	97	2	157	48	0	0	51	1.00
851468--851768	141	2.1	141	82	8	389	45	4	3	46	1.39
851826--851907	36	2.2	36	82	6	94	45	7	3	43	1.49
852624--853286	85	7.8	85	85	1	844	26	17	20	35	1.95
858684--858724	4	9.8	4	89	5	55	78	0	2	19	0.87
858780--858804	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
859857--859900	17	2.5	18	81	3	54	68	0	2	29	1.02
859941--860079	42	3.6	36	78	16	122	45	6	5	42	1.53
859981--860087	42	2.5	42	86	1	142	47	5	5	41	1.50
860067--860105	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
860089--860159	35	2.0	36	89	8	110	45	2	4	47	1.36
860170--860223	2	27.5	2	92	3	92	46	1	0	51	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860246--860298	27	2.0	27	82	14	65	50	7	1	39	1.41
860206--860356	37	4.2	36	81	11	170	45	7	2	44	1.45
860321--860385	29	2.2	29	86	0	85	41	10	4	43	1.60
860350--860428	34	2.3	35	81	14	94	45	8	2	43	1.48
860413--860451	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
863509--863561	27	2.0	27	81	7	63	60	5	9	24	1.49
863889--865479	2	809.5	2	62	24	203	43	5	3	47	1.43
863945--864052	13	8.4	12	73	13	74	47	2	2	47	1.31
863957--864098	61	2.3	63	83	10	181	43	2	3	50	1.34
864025--864105	7	11.9	7	72	15	53	43	6	2	48	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10