genome.fa.s7801.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007801.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110118_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  951604

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207522--207870	120	2.9	122	77	14	322	28	18	14	38	1.90
207666--209584	113	17.0	113	94	1	3305	27	19	16	36	1.93
210727--210774	16	2.8	17	81	9	62	50	4	8	37	1.52
211128--211202	22	3.4	21	78	10	80	2	13	0	84	0.74
211128--211199	34	2.1	34	87	10	103	2	12	0	84	0.72
211127--211192	14	4.8	13	80	12	71	1	15	0	83	0.72
218516--218547	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
222471--222513	20	2.2	20	86	0	59	65	2	0	32	1.06
223587--223628	13	3.2	13	89	0	57	4	26	2	66	1.23
224036--224089	3	17.0	3	82	17	65	68	0	0	31	0.90
224036--224093	13	4.7	12	87	10	73	70	0	0	29	0.87
224045--224082	16	2.4	16	100	0	76	68	0	0	31	0.90
225812--225912	3	32.0	3	84	7	105	34	1	0	63	1.06
225812--225912	22	4.4	23	81	9	109	34	1	0	63	1.06
225857--225919	12	5.2	12	83	9	56	41	0	0	58	0.98
225860--225929	34	2.1	34	83	5	88	44	1	0	54	1.09
227378--227466	28	3.5	27	77	22	79	25	1	4	68	1.15
227407--227447	11	3.4	12	78	21	50	24	0	4	70	1.06
227412--227466	22	2.4	22	82	17	67	27	0	5	67	1.12
227395--227454	29	2.1	29	81	12	70	28	0	5	66	1.12
230636--230683	6	7.7	6	79	9	51	18	12	12	56	1.67
230635--230670	12	3.0	12	95	0	63	19	8	13	58	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236498--237920	713	2.0	713	94	0	2479	33	15	18	31	1.93
238332--238472	54	2.6	54	81	2	167	38	15	21	24	1.92
238835--238891	22	2.6	22	94	0	96	35	14	14	36	1.86
239546--239938	45	8.7	45	94	0	678	23	23	18	33	1.97
240066--240141	3	25.0	3	84	7	100	36	1	0	61	1.04
240066--240141	16	5.0	15	79	7	82	36	1	0	61	1.04
240068--240141	19	4.2	18	84	10	100	37	1	0	60	1.05
240066--240141	22	3.4	22	85	8	100	36	1	0	61	1.04
240087--240158	34	2.0	37	81	7	87	44	1	0	54	1.08
241628--241679	17	3.1	16	77	20	61	26	0	1	71	0.97
241629--241704	27	2.8	26	82	9	91	28	0	1	69	0.96
241650--241700	13	3.8	13	76	21	52	31	0	0	68	0.90
241623--241707	34	2.5	31	81	11	89	29	0	2	68	1.02
241647--241694	21	2.3	21	86	13	73	33	0	0	66	0.92
242086--242121	2	19.0	2	88	11	58	50	0	0	50	1.00
242772--242830	31	1.9	31	85	0	82	35	10	15	38	1.81
243547--243617	31	2.3	31	82	0	79	30	19	15	33	1.93
244734--244775	3	13.7	3	95	5	75	30	2	0	66	1.04
244784--244819	14	2.4	16	82	17	51	36	0	5	58	1.22
247221--247259	17	2.4	17	91	4	62	48	5	2	43	1.38
252178--252223	24	1.9	24	86	0	65	43	0	0	56	0.99
255366--255403	20	1.9	20	88	0	58	28	31	2	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257965--257992	14	2.0	14	100	0	56	35	35	7	21	1.81
260817--260908	30	3.1	30	85	4	114	19	4	39	36	1.72
261157--261186	14	2.1	14	100	0	60	13	23	50	13	1.77
269435--269521	19	5.0	18	71	18	60	37	0	2	59	1.10
269412--269520	34	3.2	34	79	10	91	33	0	3	62	1.13
271291--271383	21	4.5	21	89	5	127	18	35	25	20	1.95
271297--271380	41	2.0	41	86	4	116	19	35	25	20	1.95
271906--272002	33	2.9	34	85	3	133	55	4	3	37	1.35
271904--272009	34	3.2	33	82	8	133	54	4	2	37	1.36
272400--272877	128	3.8	128	93	2	842	31	20	25	22	1.98
274857--275271	207	2.0	207	99	0	821	33	21	17	27	1.96
277373--277405	17	1.9	17	93	0	57	39	9	6	45	1.61
277508--277548	22	1.9	21	85	5	55	24	24	19	31	1.98
281370--281440	35	2.0	35	100	0	142	30	16	14	38	1.89
281780--281804	6	4.2	6	100	0	50	16	16	0	68	1.22
283817--283890	18	4.0	18	84	6	94	29	29	20	20	1.97
284452--284595	63	2.3	64	79	7	150	26	19	21	32	1.97
286060--286109	13	3.7	14	86	7	68	6	18	0	76	0.99
286062--286119	19	3.1	19	83	14	75	5	20	0	74	1.01
286060--286117	13	4.0	15	79	18	61	5	18	0	75	0.98
286065--286119	22	2.5	22	88	11	87	3	21	0	74	0.97
286065--286119	3	20.3	3	77	17	50	3	21	0	74	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286657--286711	21	2.5	22	82	5	67	23	20	25	30	1.98
289309--289374	23	2.9	23	79	0	69	19	22	24	33	1.97
293773--293828	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
294336--294403	23	3.0	23	82	0	82	19	25	25	30	1.98
296609--296633	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
296835--296906	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
297253--297401	80	1.9	79	83	4	192	42	16	14	27	1.86
298998--299045	21	2.3	21	96	0	87	27	18	12	41	1.86
303649--303695	21	2.2	21	92	0	76	34	17	6	42	1.74
304693--304849	82	1.9	81	85	1	215	33	19	14	32	1.92
304693--304872	82	2.2	83	82	3	204	34	18	15	32	1.92
308405--308614	42	5.0	43	78	2	221	25	25	17	31	1.97
308402--308614	85	2.5	84	83	3	259	25	25	17	30	1.97
308599--308631	17	2.0	17	88	5	50	21	18	18	42	1.89
313273--313366	31	3.1	31	81	7	120	28	25	9	36	1.87
314376--314446	31	2.3	30	90	2	106	28	21	12	38	1.90
314620--314645	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
315107--315139	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
322213--322417	65	3.2	63	77	12	193	26	18	22	32	1.97
322206--322368	65	2.5	64	83	6	197	28	17	23	30	1.97
322379--322416	20	1.9	20	94	0	67	18	15	31	34	1.92
325055--325115	23	2.8	22	75	7	70	27	24	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
330982--331033	19	2.7	19	93	0	95	21	15	30	32	1.94
331020--331125	46	2.3	46	100	0	212	31	17	16	33	1.93
340446--340513	18	3.8	18	70	16	61	29	27	14	27	1.95
345797--345898	23	4.3	23	93	5	159	39	16	12	31	1.86
349107--349262	64	2.5	63	87	10	221	28	21	17	31	1.97
349107--349281	64	2.7	61	83	12	210	28	22	18	30	1.97
353808--355608	598	3.0	599	91	1	2858	35	15	16	31	1.90
355677--355728	2	25.0	2	84	7	68	46	1	5	46	1.38
361087--361172	45	1.9	45	90	0	136	25	32	11	30	1.91
361284--361390	35	3.0	36	87	5	164	46	16	6	29	1.72
367356--367461	44	2.4	44	90	0	158	30	17	22	29	1.97
370918--371073	59	2.6	60	78	6	172	41	7	23	28	1.80
371148--371191	22	2.0	22	82	4	54	52	15	0	31	1.44
372841--372884	14	2.9	14	83	12	52	13	4	2	79	0.98
373294--373367	35	2.1	35	92	2	123	40	0	10	48	1.38
375978--376026	16	3.1	16	75	0	53	12	12	28	46	1.77
375980--376050	32	2.2	32	82	0	79	11	9	26	52	1.68
384280--384305	7	3.7	7	100	0	52	61	0	11	26	1.30
393699--393749	18	2.7	20	87	6	79	29	29	21	19	1.98
394305--394361	24	2.4	24	100	0	114	19	28	28	24	1.98
394388--394508	64	1.9	64	86	3	172	28	18	18	35	1.94
400328--400352	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
400614--400675	18	3.4	17	72	16	52	33	29	14	22	1.94
400602--400678	38	2.0	38	87	0	109	31	27	18	23	1.97
401247--401386	64	2.2	64	84	5	176	26	17	22	34	1.95
401288--401409	64	1.9	64	86	3	174	26	18	20	35	1.95
405645--405732	16	5.5	15	71	20	54	63	2	2	31	1.19
405645--405759	17	7.1	16	73	17	78	62	1	3	32	1.22
406177--406208	17	1.9	16	93	6	55	12	0	12	75	1.06
406684--406746	24	2.6	24	82	12	67	38	0	6	55	1.25
409310--409336	6	4.5	6	100	0	54	55	0	0	44	0.99
411855--411894	18	2.2	18	90	0	62	35	0	40	25	1.56

Tables:   1   2   3   4   5