genome.fa.s7808.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007808.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110129_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1698870

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1344--1369	4	6.5	4	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1489--1824	131	2.6	130	80	4	370	33	11	15	39	1.83
2368--2404	17	2.2	17	90	0	56	32	13	16	37	1.87
2424--2564	17	8.5	17	66	9	76	29	14	12	44	1.81
2395--2583	82	2.3	82	92	3	308	30	12	13	43	1.81
3764--3823	28	2.1	28	84	6	77	23	23	11	41	1.87
4133--4222	45	2.0	45	100	0	180	26	17	26	28	1.98
5300--5430	42	3.1	42	81	6	165	22	7	19	51	1.72
7084--7229	71	2.1	71	96	2	267	41	11	9	36	1.74
9459--9567	48	2.3	47	82	6	121	49	14	13	22	1.78
9460--9567	24	4.5	24	68	11	78	49	14	13	22	1.79
12027--12051	13	1.9	13	100	0	50	20	24	40	16	1.91
12063--12108	18	2.6	18	85	0	65	10	21	50	17	1.77
12024--12103	31	2.6	32	82	6	110	15	20	46	18	1.84
14977--15073	42	2.3	42	96	1	176	44	15	6	34	1.71
23347--23411	24	2.8	24	77	15	64	32	21	16	29	1.96
32034--32070	9	3.9	9	86	13	56	21	2	2	72	1.09
37156--37209	23	2.3	23	96	0	99	27	24	7	40	1.81
45526--45648	50	2.5	50	85	5	176	23	13	23	39	1.91
50031--50204	46	3.7	46	86	4	242	43	7	20	28	1.79
53026--53106	12	6.3	13	76	8	60	80	1	16	2	0.89
53031--53099	20	3.3	20	87	4	93	81	0	17	1	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53045--53109	26	2.5	26	82	9	80	81	1	16	0	0.77
53050--53107	6	9.3	6	75	14	55	81	1	17	0	0.78
53045--53109	9	7.4	9	79	17	50	81	1	16	0	0.77
53050--53098	15	3.1	15	85	5	62	81	0	18	0	0.69
53040--53109	20	3.5	19	80	7	59	81	1	15	1	0.84
53143--53256	58	2.0	58	100	0	228	42	12	15	29	1.84
56966--57133	46	3.7	46	89	4	250	39	8	20	30	1.83
57058--57132	25	3.2	25	60	21	61	40	12	20	28	1.87
62439--62478	21	1.9	21	89	0	62	37	5	35	22	1.76
62728--63093	182	2.0	182	97	0	687	36	19	17	26	1.94
64411--64456	20	2.2	20	84	3	56	47	0	2	50	1.13
72007--72053	21	2.3	20	96	3	85	55	0	12	31	1.38
72616--72777	40	4.1	40	95	0	288	24	17	25	32	1.96
72882--73187	46	6.8	46	90	2	410	41	7	20	31	1.80
72992--73067	24	3.2	24	64	32	65	46	3	22	27	1.70
72882--73187	136	2.3	135	86	4	418	41	7	20	31	1.80
73008--73089	25	3.4	25	65	31	70	40	7	24	28	1.82
73616--73734	21	5.7	21	89	4	177	25	36	16	21	1.94
75194--75277	6	14.3	6	74	18	70	80	0	17	1	0.77
75194--75277	17	4.8	17	83	14	91	80	0	17	1	0.77
75193--75249	19	3.0	20	87	7	75	80	0	15	3	0.84
75194--75277	31	2.6	31	83	9	98	80	0	17	1	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79448--79482	17	2.1	17	88	0	52	34	17	17	31	1.93
80305--80345	21	2.0	21	85	0	55	31	9	34	24	1.88
82775--82802	14	2.0	14	100	0	56	50	14	0	35	1.43
84260--84311	21	2.5	20	82	17	63	32	11	28	26	1.91
91162--91200	20	2.0	20	90	9	64	43	15	20	20	1.88
91233--91272	18	2.2	18	86	8	55	35	15	25	25	1.94
91810--91895	23	3.7	24	81	4	95	27	19	23	29	1.98
96617--96737	59	2.1	59	87	3	172	28	16	21	33	1.95
100060--100117	19	3.0	19	85	12	66	72	1	18	6	1.16
104044--104087	16	2.6	18	82	10	56	68	0	0	31	0.90
104044--104095	17	3.1	17	78	15	54	63	0	1	34	1.06
106007--106086	29	2.7	30	75	17	87	32	13	6	47	1.68
108918--108971	21	2.6	21	81	0	72	35	24	9	31	1.87
111302--111343	22	1.9	22	90	9	68	14	11	4	69	1.34
111658--111706	22	2.2	23	88	3	73	77	8	8	6	1.12
116514--116541	14	2.0	14	100	0	56	35	0	0	64	0.94
116823--116855	15	2.1	17	88	11	52	9	24	12	54	1.66
119974--120089	58	2.0	58	100	0	232	44	17	17	20	1.86
128298--128413	53	2.2	53	87	0	169	36	19	17	26	1.94
128449--128574	48	2.6	48	94	0	234	45	19	10	25	1.81
137190--137222	12	2.7	12	95	4	57	72	0	3	24	0.98
137253--137296	23	1.9	23	85	0	61	70	0	4	25	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137253--137299	12	4.0	12	75	5	51	70	0	4	25	1.05
139086--139132	24	2.0	24	82	0	58	27	12	14	44	1.82
148746--148823	36	2.2	36	100	0	156	28	15	26	29	1.96
160205--160305	44	2.3	44	85	10	127	41	11	9	36	1.75
160492--160524	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
160590--160664	10	7.7	10	69	21	61	57	21	12	9	1.62
160594--160658	16	4.1	16	95	0	121	56	23	12	7	1.61
171141--171196	19	2.9	19	86	2	67	14	25	41	19	1.89
173148--173202	26	2.1	26	100	0	110	52	18	10	18	1.73
174318--174362	18	2.5	18	81	0	54	60	15	6	17	1.56
174318--174368	18	2.8	18	73	5	50	60	13	7	17	1.56
174487--174513	11	2.5	11	100	0	54	40	0	7	51	1.30
176809--176870	26	2.3	27	83	2	72	30	16	14	38	1.88
183094--183188	34	2.8	34	80	1	120	27	22	15	34	1.94
183160--183537	133	2.8	133	92	0	630	28	21	20	29	1.98
183309--183714	177	2.3	177	88	0	580	28	20	20	30	1.98
183486--184092	133	4.6	133	88	3	792	29	20	21	28	1.98
183209--183847	310	2.1	310	91	0	1028	29	21	20	29	1.98
183352--183815	177	2.6	177	85	2	513	29	20	20	29	1.98
183519--184092	265	2.2	266	91	0	909	29	20	21	28	1.98
188513--188543	16	1.9	16	93	0	53	19	22	0	58	1.40
198690--198982	146	2.0	146	100	0	586	27	18	17	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200535--200559	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
218846--218885	20	2.0	20	100	0	80	45	15	20	20	1.86
229001--229093	40	2.3	40	100	0	186	27	23	23	24	2.00
235194--235218	13	1.9	13	100	0	50	56	16	0	28	1.41
245858--245886	14	2.1	14	100	0	58	20	6	24	48	1.74
256739--256795	25	2.3	25	96	0	105	38	8	12	40	1.74
258132--258221	39	2.3	39	98	1	173	25	17	17	38	1.92
260531--260565	18	1.9	18	88	0	52	62	5	0	31	1.18
269331--269470	65	2.2	65	84	2	183	36	15	20	27	1.93
270345--270421	37	2.1	38	87	7	113	61	7	11	19	1.54
273143--273201	17	3.4	17	83	2	73	38	13	6	40	1.71
280654--280711	29	2.0	29	93	0	98	34	20	10	34	1.87
282544--282585	21	2.0	21	85	0	57	28	16	19	35	1.93
302186--302224	19	2.1	19	85	0	51	66	2	30	0	1.05
308352--308384	17	1.9	17	93	0	57	45	6	9	39	1.61
312361--312406	17	2.7	17	79	0	56	36	10	6	45	1.65
313212--313337	62	2.0	62	96	3	236	26	39	14	19	1.90
318141--318175	18	2.0	18	94	5	63	48	11	11	28	1.74
322889--323204	158	2.0	158	100	0	632	26	15	26	31	1.96
323448--323500	3	18.3	3	80	7	56	67	5	0	26	1.12
324172--324506	164	2.0	165	89	0	510	26	18	18	37	1.93
324172--324506	55	6.1	55	89	1	494	26	18	18	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
328720--328775	29	1.9	29	85	0	76	30	19	5	44	1.73
328971--329331	55	6.6	55	83	1	393	26	17	17	38	1.92
330134--330631	267	1.9	268	85	2	689	24	16	30	28	1.96
329969--330634	134	5.0	134	79	3	671	24	15	30	28	1.96
330637--331024	67	5.8	67	87	3	525	40	13	16	29	1.86
330770--330889	37	3.4	37	67	19	112	39	11	17	31	1.86
330637--331031	133	3.0	133	89	2	553	40	13	16	29	1.86
330903--331031	37	3.7	36	68	21	112	41	15	14	28	1.87
331217--331302	37	2.2	39	83	8	113	39	10	19	30	1.85
333852--333939	38	2.3	39	77	13	94	28	4	0	67	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7