genome.fa.s7808.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007808.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110129_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1698870

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  3  of  7  ( 791 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
638755--639703	105	9.1	103	75	9	542	35	11	12	39	1.81
641273--641306	9	3.4	10	88	12	52	11	11	5	70	1.32
641693--641771	3	26.7	3	97	2	151	67	0	32	0	0.91
645549--645583	15	2.3	15	90	0	52	17	20	2	60	1.49
655140--655182	21	2.0	21	90	0	68	32	23	11	32	1.90
655164--655368	114	1.8	112	85	7	288	36	21	11	30	1.89
659369--659541	81	2.1	81	86	0	247	31	18	13	36	1.89
660143--660267	37	3.4	36	76	12	130	48	3	7	41	1.47
660216--660309	28	3.4	28	84	5	122	47	4	5	42	1.45
660272--660414	37	3.8	39	85	5	195	44	2	8	44	1.48
660342--660398	28	2.1	27	86	3	78	45	3	7	43	1.48
660272--660414	76	1.9	75	91	2	234	44	2	8	44	1.48
660421--660486	12	6.0	12	73	21	56	39	0	3	57	1.14
660421--660485	20	3.8	17	76	20	57	40	0	3	56	1.15
673494--673602	39	2.8	39	95	1	191	47	6	7	38	1.57
673579--673674	29	3.4	27	78	16	115	45	4	7	42	1.51
673540--673718	95	1.9	96	91	1	297	44	3	6	45	1.45
673744--673796	22	2.2	24	83	12	65	26	0	0	73	0.83
675232--675281	24	2.0	23	85	11	64	18	14	6	62	1.51
679695--679728	17	2.0	17	94	0	59	41	29	14	14	1.86
683131--683305	90	2.0	89	90	1	278	36	12	6	45	1.68
689082--689116	15	2.3	15	90	0	52	60	8	11	20	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
690023--690200	90	2.0	90	91	2	286	35	12	7	43	1.71
697588--697631	3	15.3	3	81	9	56	70	0	0	29	0.88
697729--697786	27	2.3	26	75	21	68	51	5	0	43	1.24
697729--697786	28	2.1	28	90	6	91	51	5	0	43	1.24
713935--713964	16	1.9	16	93	6	53	10	10	13	66	1.44
714122--714172	26	2.0	26	88	0	75	33	13	7	45	1.73
759231--759277	2	23.5	2	95	0	85	48	0	2	48	1.13
759290--759452	69	2.4	69	78	2	166	30	16	22	31	1.96
759444--759515	31	2.3	31	92	0	126	26	11	36	26	1.90
762892--762963	31	2.4	31	78	2	83	36	8	18	37	1.81
769660--769704	19	2.4	19	80	0	63	35	8	15	40	1.79
770104--770208	23	4.6	23	90	1	158	43	17	20	19	1.88
770104--770317	46	4.6	46	73	9	164	42	16	19	21	1.89
770271--770316	24	2.0	23	91	4	74	43	21	21	13	1.86
770279--770329	23	2.2	24	82	10	61	43	17	21	17	1.88
774417--774583	81	2.1	81	90	0	262	35	9	19	35	1.84
779684--780174	81	6.1	81	86	1	644	36	12	19	31	1.89
780220--780335	45	2.6	46	84	2	146	47	7	20	24	1.76
800157--800215	30	2.0	30	86	6	84	22	16	11	49	1.78
800502--800545	19	2.3	19	96	0	79	31	18	29	20	1.96
800534--800582	12	4.2	12	75	17	50	28	30	14	26	1.95
803193--803225	16	2.1	16	88	11	50	12	0	21	66	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809643--809727	32	2.7	32	96	0	152	23	25	25	24	2.00
810062--810130	35	2.0	35	85	0	93	34	20	14	30	1.92
813911--813975	29	2.2	29	100	0	130	36	30	10	21	1.88
821270--821313	22	2.0	22	100	0	88	50	4	22	22	1.67
830209--830259	24	2.1	24	85	7	68	13	35	9	41	1.78
836505--836563	27	2.2	27	84	0	73	50	1	0	47	1.11
836617--836654	16	2.4	17	86	8	53	76	0	2	21	0.91
836978--837079	3	35.0	3	88	9	158	67	0	0	32	0.91
839297--839440	29	5.0	29	82	3	164	35	4	7	52	1.49
839243--839452	29	7.2	29	75	10	144	37	6	6	50	1.53
839243--839456	58	3.7	58	75	8	186	37	6	6	50	1.52
839243--839456	87	2.5	87	76	4	227	37	6	6	50	1.52
839360--839470	58	1.9	58	81	3	134	40	4	4	50	1.43
846561--846695	29	4.7	29	81	8	143	34	5	16	42	1.72
846560--846725	57	2.9	57	80	5	183	34	5	16	43	1.71
846561--846724	29	5.8	28	80	7	134	34	5	17	43	1.72
846562--846754	29	6.7	29	81	4	117	33	4	17	45	1.69
854050--854091	5	7.8	5	85	15	57	19	54	21	4	1.62
854094--854233	29	4.8	29	76	9	124	32	5	17	44	1.71
854093--854260	58	2.9	58	80	8	173	32	4	17	45	1.67
854683--854746	30	2.1	30	91	0	101	26	21	31	20	1.98
860336--860407	13	5.5	13	77	0	81	34	15	20	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860337--860403	26	2.6	26	97	0	125	34	13	22	29	1.92
860724--860804	39	2.1	39	90	0	126	30	17	18	33	1.94
860998--861115	27	4.5	26	84	4	139	11	28	15	44	1.82
860995--861115	52	2.3	55	87	5	169	11	28	14	44	1.81
862894--863129	53	4.5	53	83	5	282	31	16	17	34	1.92
862900--863100	104	1.9	104	86	2	287	33	14	16	35	1.90
869974--870142	53	3.2	53	90	0	266	34	16	16	31	1.92
872320--872395	18	4.1	18	79	3	71	34	14	2	48	1.58
872363--872408	19	2.4	19	88	0	65	32	21	2	43	1.65
879471--879507	16	2.3	16	100	0	74	8	29	27	35	1.85
879471--879513	16	2.7	16	92	0	59	9	27	23	39	1.85
883069--883099	14	2.2	14	94	0	53	41	9	22	25	1.84
888115--888167	24	2.2	24	80	6	63	41	16	7	33	1.77
889170--889194	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
891240--891315	35	2.2	35	83	9	93	57	3	1	36	1.25
891393--891455	33	1.9	35	87	12	98	49	0	3	47	1.17
891389--891465	34	2.3	33	79	16	88	48	0	2	49	1.15
891443--891523	42	1.9	42	85	5	110	49	1	3	45	1.27
893022--893187	48	3.6	45	75	14	151	42	1	6	48	1.39
893090--893140	21	2.4	22	80	9	61	47	0	5	47	1.26
893030--893186	46	3.4	45	77	16	142	44	1	5	47	1.37
893379--893448	29	2.4	29	85	0	86	31	2	22	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
894907--894947	20	2.0	20	85	4	55	19	7	2	70	1.22
896526--896637	51	2.2	51	86	0	152	52	9	3	33	1.52
904297--904670	54	7.0	54	83	5	409	26	16	20	36	1.93
904277--904670	159	2.5	159	84	3	470	26	15	21	37	1.93
909969--910477	54	9.4	54	84	3	639	27	17	20	34	1.95
921371--921397	5	5.4	5	100	0	54	0	40	0	59	0.98
923620--923657	18	2.2	18	86	13	53	26	2	2	68	1.16
927818--927857	15	2.7	15	88	7	55	75	0	20	5	0.99
929522--929559	18	2.2	18	86	13	53	26	5	0	68	1.11
935000--935200	45	4.5	44	90	2	285	21	22	12	42	1.87
945345--945543	44	4.5	45	83	5	244	22	20	13	43	1.86
945345--945543	89	2.2	89	85	5	260	22	20	13	43	1.86
945990--946067	20	3.8	20	67	14	52	21	20	11	46	1.82
950958--950997	18	2.2	18	90	0	62	40	15	7	37	1.75
951099--951155	18	3.0	18	78	14	69	31	10	10	47	1.72
951364--951413	20	2.5	20	90	3	75	38	4	18	40	1.69
953972--954017	21	2.3	20	85	10	67	28	8	8	54	1.61
954229--954280	20	2.7	20	87	3	70	36	11	15	36	1.84
954340--954381	21	2.1	20	86	8	59	26	19	21	33	1.97
956680--956735	21	2.9	19	82	12	78	28	10	10	50	1.71
957049--957090	19	2.1	19	86	8	57	28	21	19	30	1.97
958835--959208	185	2.0	188	97	2	718	33	18	17	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
965127--965157	13	2.4	13	100	0	62	74	0	12	12	1.08
965225--965266	21	2.0	21	100	0	84	28	4	14	52	1.62
970921--970945	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
971655--971679	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
972573--972602	13	2.3	13	100	0	60	10	16	6	66	1.41
981500--981588	18	4.7	18	80	13	81	30	31	20	17	1.96
981458--981570	40	2.8	40	93	0	190	28	30	23	17	1.97
981499--981651	58	2.6	57	83	7	182	30	29	20	20	1.97
982201--982356	63	2.5	64	82	9	185	25	21	20	32	1.97
982328--982365	19	2.0	20	94	5	69	21	28	21	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7