genome.fa.s7808.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007808.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110129_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1698870

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1418808--1418870	2	31.5	2	100	0	126	49	0	0	50	1.00
1428220--1428402	36	5.1	36	87	0	267	38	19	18	24	1.93
1428406--1428777	55	6.8	55	80	3	354	31	16	21	31	1.95
1428406--1428765	165	2.2	163	83	4	436	31	16	21	31	1.95
1429000--1429039	2	20.0	2	94	0	71	52	0	0	47	1.00
1428915--1430533	580	2.8	581	94	3	2817	31	16	19	31	1.94
1432205--1432243	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
1442631--1442934	66	4.6	66	85	0	410	33	25	12	28	1.93
1442632--1442934	133	2.3	132	88	1	437	33	25	12	28	1.92
1446281--1446329	15	3.4	14	86	13	64	77	0	16	6	0.96
1446279--1446329	22	2.3	22	83	6	68	78	0	15	5	0.93
1447307--1447571	115	2.3	116	85	1	345	43	12	16	27	1.84
1447471--1447777	100	3.0	100	82	6	350	41	12	19	26	1.87
1447990--1448056	3	22.3	3	89	0	53	25	2	8	62	1.39
1449333--1449372	21	1.9	21	85	10	55	27	10	0	62	1.27
1449297--1449406	30	3.6	31	79	7	120	23	13	1	60	1.42
1449290--1449406	61	2.0	59	84	5	155	24	12	1	60	1.42
1451695--1451927	21	11.3	20	72	17	158	36	21	20	21	1.96
1451688--1451927	42	5.8	42	87	4	355	35	21	20	22	1.96
1451923--1451975	21	2.5	21	87	0	70	16	16	32	33	1.92
1452119--1452181	27	2.3	28	81	15	78	33	7	0	58	1.27
1452794--1452849	23	2.5	23	79	2	60	33	30	10	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1454476--1454702	111	2.0	112	84	6	291	33	7	28	31	1.84
1454921--1455055	60	2.2	61	86	3	184	34	9	8	46	1.68
1455083--1455186	25	3.8	25	83	13	118	46	2	4	46	1.39
1455137--1455223	33	2.6	33	94	3	149	44	5	5	43	1.51
1455360--1455417	21	2.7	21	84	10	66	51	0	1	46	1.11
1455361--1455401	15	2.8	15	88	3	57	51	0	2	46	1.14
1455373--1455486	27	4.3	27	83	4	99	50	4	3	42	1.39
1455361--1455442	7	12.0	7	71	19	50	52	2	2	42	1.27
1455451--1455499	25	1.9	26	91	4	82	40	0	6	53	1.26
1455632--1455689	24	2.4	24	86	11	75	44	3	6	44	1.47
1455657--1455758	40	2.6	39	81	17	124	46	3	5	44	1.46
1455869--1455915	24	1.9	25	83	12	62	17	6	0	76	0.98
1455874--1455922	19	2.7	18	81	12	55	16	6	0	77	0.96
1455893--1455924	14	2.4	13	90	10	55	15	0	0	84	0.63
1458504--1458546	23	1.9	22	85	4	59	16	18	2	62	1.43
1461134--1461197	24	2.7	24	77	0	65	35	28	15	20	1.93
1467129--1467185	11	5.4	11	75	23	59	54	1	1	42	1.21
1467129--1467184	19	2.7	20	78	13	60	53	1	1	42	1.21
1467177--1467214	20	1.9	19	94	5	67	39	0	13	47	1.42
1467234--1467258	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1467196--1467305	52	2.1	50	82	15	136	47	2	6	43	1.43
1467292--1467344	21	2.5	22	87	6	74	45	1	3	49	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1467369--1467402	13	2.8	12	86	4	50	11	8	0	79	0.94
1469310--1469405	20	4.8	20	72	2	68	44	3	8	43	1.50
1469344--1469418	29	2.6	28	77	8	73	42	4	9	44	1.55
1469311--1469464	82	1.9	80	85	5	211	42	3	9	44	1.54
1469371--1469438	20	3.3	19	78	15	73	38	4	11	45	1.61
1469400--1469492	33	2.9	30	76	10	87	39	4	9	46	1.56
1469332--1469458	42	3.1	41	74	15	118	41	3	9	44	1.55
1469351--1469480	42	3.1	41	67	12	104	42	4	8	44	1.55
1469513--1469555	9	4.6	9	77	11	50	37	2	11	48	1.52
1469509--1469555	20	2.3	20	85	3	58	38	2	10	48	1.50
1469514--1469688	20	8.7	20	63	18	69	38	4	9	46	1.57
1469642--1469722	32	2.6	32	84	2	92	41	4	4	48	1.46
1469762--1469938	11	17.0	11	65	17	83	46	3	3	46	1.36
1469848--1469959	2	57.5	2	68	18	58	48	2	2	46	1.30
1469762--1469962	62	3.2	61	77	11	151	45	3	3	47	1.38
1469871--1469959	30	2.9	29	76	15	81	47	3	3	46	1.36
1472769--1472801	17	2.0	17	88	5	50	36	9	12	42	1.74
1480360--1480394	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
1487910--1487958	20	2.5	20	80	9	57	36	8	20	34	1.82
1494918--1494994	33	2.3	33	78	10	77	44	3	7	44	1.51
1496110--1496149	3	13.0	3	89	5	53	62	0	0	37	0.95
1505441--1507081	137	11.8	137	79	5	1472	34	23	16	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1515710--1515759	21	2.4	21	93	0	82	48	22	8	22	1.76
1517455--1517490	15	2.5	15	95	4	65	66	0	2	30	1.06
1519363--1519398	3	12.0	3	87	0	54	66	0	2	30	1.06
1519631--1520046	137	3.1	135	81	5	481	32	18	18	30	1.95
1520977--1521031	23	2.3	24	78	12	69	0	14	3	81	0.82
1520989--1521022	18	1.9	18	88	5	52	0	14	5	79	0.91
1520997--1521039	17	2.5	16	85	11	50	2	9	4	83	0.87
1520972--1521039	8	8.5	8	73	16	52	1	13	2	82	0.86
1520977--1521039	11	5.5	11	78	14	56	1	12	3	82	0.86
1522913--1523020	46	2.4	45	86	6	148	32	23	5	38	1.78
1523017--1523059	20	2.2	20	86	0	59	58	18	4	18	1.56
1523064--1523193	61	2.1	61	98	1	251	34	26	18	20	1.95
1523182--1523311	60	2.2	59	84	1	161	30	24	15	30	1.96
1526723--1526757	17	2.1	17	88	0	52	40	14	14	31	1.86
1527830--1527869	21	1.9	21	90	10	64	20	27	5	47	1.70
1529858--1529916	29	2.0	29	100	0	118	32	13	16	37	1.88
1533650--1533710	32	1.9	32	93	0	104	31	19	21	27	1.97
1537403--1537560	63	2.5	64	79	11	148	26	18	18	36	1.94
1543654--1543714	23	2.7	23	86	0	95	26	26	27	19	1.99
1553838--1553897	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
1554294--1554323	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
1557893--1557928	13	2.8	13	91	0	63	11	22	47	19	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1557882--1557916	18	1.9	18	94	0	61	11	22	45	20	1.82
1560115--1560255	38	3.6	39	86	4	176	36	15	19	29	1.92
1560091--1560562	41	11.7	41	72	10	242	33	16	18	31	1.93
1563674--1563720	17	2.6	18	80	16	53	42	6	0	51	1.27
1567275--1567325	23	2.2	23	92	0	84	37	7	21	33	1.82
1567488--1567547	23	2.6	23	86	0	75	40	8	18	33	1.80
1567646--1567704	22	2.6	23	83	2	75	40	10	16	32	1.82
1567366--1567836	158	3.0	158	95	0	854	39	12	14	32	1.84
1570466--1570609	64	2.3	64	81	10	154	25	20	20	34	1.96
1572273--1572322	15	3.1	15	83	13	64	26	6	38	30	1.80
1572616--1573134	198	2.6	198	89	2	781	34	14	12	38	1.84
1578716--1578756	18	2.3	18	91	0	64	14	21	46	17	1.84
1578747--1578792	18	2.6	18	92	0	74	10	17	52	19	1.74
1578710--1578787	31	2.5	31	91	0	120	16	19	46	17	1.85
1578734--1578770	13	2.8	13	87	0	56	13	18	48	18	1.80
1582797--1582835	20	2.0	19	85	5	51	35	10	28	25	1.89
1589454--1589479	13	2.0	13	100	0	52	53	7	7	30	1.57
1590268--1590301	16	2.2	15	89	5	50	47	0	2	50	1.16
1590628--1590652	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
1593725--1593765	20	2.0	21	85	4	57	48	14	2	34	1.57
1594537--1594762	95	2.4	95	84	3	267	34	14	22	28	1.94
1595062--1595273	59	3.6	59	94	0	370	34	10	17	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1595619--1595874	68	3.8	68	90	0	404	30	14	25	29	1.95
1595832--1596281	81	5.5	81	86	2	564	36	10	21	30	1.88
1599303--1599340	16	2.4	16	100	0	76	47	0	18	34	1.49
1600548--1600711	59	2.8	59	89	2	253	32	9	21	35	1.86
1601065--1601405	68	5.0	68	91	0	531	31	14	24	29	1.95
1605398--1605687	45	6.5	45	91	0	465	38	7	21	32	1.82
1607628--1607655	13	2.2	13	100	0	56	28	7	28	35	1.84
1608392--1608430	21	1.9	20	85	15	53	28	10	20	41	1.85
1608467--1608532	19	3.6	19	82	11	77	80	4	15	0	0.87
1608470--1608547	30	2.5	30	80	17	79	79	3	16	0	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7