genome.fa.s7822.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007822.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110159_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1828853

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
615163--615324	63	2.5	65	89	7	249	56	1	0	41	1.11
615421--615456	16	2.2	16	90	0	54	30	27	16	25	1.97
615427--615457	16	1.9	16	100	0	62	32	25	19	22	1.97
620802--620839	20	1.9	20	84	10	51	31	15	18	34	1.92
622197--622230	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
628544--628577	17	1.9	18	88	5	52	44	14	0	41	1.45
628968--629198	54	4.3	54	87	1	311	32	20	16	29	1.95
629230--629273	22	2.0	23	81	4	54	47	15	9	27	1.76
629536--629589	22	2.5	22	81	0	63	25	22	14	37	1.93
631859--631889	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
647619--647719	55	1.9	49	93	0	121	37	11	6	43	1.68
649154--649196	21	2.2	19	91	8	68	51	0	0	48	1.00
649364--649393	14	2.1	14	100	0	60	63	0	10	26	1.26
649821--650180	133	2.7	132	83	5	447	31	18	18	31	1.95
650810--650887	25	3.2	23	78	10	68	8	12	0	78	0.97
650808--650888	31	2.7	30	81	10	87	8	13	0	77	0.98
650827--650888	16	4.1	15	72	15	56	8	14	0	77	0.98
650847--650886	14	2.9	14	88	3	55	5	12	0	82	0.82
651498--651595	42	2.4	42	82	5	110	31	20	22	25	1.98
650907--652051	260	4.4	258	86	2	1409	33	17	16	32	1.92
650907--651993	519	2.1	517	85	2	1464	33	16	16	33	1.92
651808--652212	221	1.8	219	86	3	589	34	14	15	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
652632--652688	24	2.4	24	100	0	114	26	17	0	56	1.41
652378--652948	286	2.0	278	89	4	867	34	16	14	34	1.89
653836--653881	19	2.4	19	96	0	83	15	19	21	43	1.87
664179--664274	21	4.5	21	78	5	88	29	17	26	27	1.98
664174--664233	23	2.7	23	82	7	70	33	16	25	25	1.96
664218--664276	20	2.9	20	87	2	73	27	18	27	27	1.98
669923--669970	19	2.5	19	89	0	78	58	18	14	8	1.61
675625--675770	60	2.4	60	77	4	143	34	14	17	33	1.90
676711--676787	31	2.5	31	91	0	127	42	10	6	40	1.65
677729--677788	32	1.9	32	89	3	95	61	8	10	20	1.53
688965--689714	113	6.6	112	91	3	1114	28	19	14	38	1.90
690474--690594	22	5.5	22	90	0	197	41	12	12	33	1.80
692136--692236	41	2.6	39	83	9	118	23	23	26	25	2.00
693075--693292	114	1.9	114	85	1	303	32	20	13	33	1.92
695853--695896	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
697528--697583	27	2.1	27	86	0	76	60	8	10	19	1.55
697643--697684	7	6.0	7	78	10	50	54	14	16	14	1.71
699194--699252	30	1.9	32	82	6	77	61	1	6	30	1.32
711033--711070	2	19.5	2	89	5	60	52	0	0	47	1.00
712454--712530	30	2.6	30	85	0	109	19	33	11	35	1.88
713028--713066	9	4.3	10	81	18	50	61	0	38	0	0.96
713083--713115	16	2.1	16	94	0	57	36	12	15	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
713559--713706	60	2.5	60	84	5	192	18	23	30	27	1.97
713559--713695	61	2.3	60	87	6	188	18	24	29	28	1.98
713912--713990	34	2.4	33	83	8	90	41	0	0	58	0.98
713902--713990	34	2.7	31	79	6	88	41	0	1	57	1.06
715714--715813	42	2.4	42	81	0	110	21	36	18	25	1.95
715797--715857	21	2.9	22	87	4	90	18	31	21	29	1.96
715795--715863	21	3.3	21	82	8	86	18	27	24	28	1.98
716387--716489	34	3.0	34	82	0	143	52	4	4	37	1.44
716914--717674	127	6.0	127	94	0	1326	33	20	24	21	1.97
721617--721659	22	2.0	21	95	4	77	34	0	0	65	0.93
721618--721666	22	2.2	22	89	7	73	36	0	0	63	0.95
723800--723880	35	2.3	35	82	2	99	34	1	23	40	1.63
724270--724349	3	26.7	3	100	0	160	66	0	0	33	0.92
727297--727482	51	3.7	51	81	4	223	46	14	11	27	1.79
727585--727714	62	2.1	63	81	8	149	52	1	3	42	1.29
728550--728596	2	24.0	2	91	4	78	48	0	0	51	1.00
733739--733780	23	1.9	22	85	9	59	33	9	30	26	1.88
744906--744940	13	2.7	13	95	0	61	34	11	8	45	1.71
750668--750726	31	1.9	31	89	3	93	32	10	23	33	1.88
753519--753560	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
754082--754127	22	2.0	23	87	4	67	32	0	21	45	1.52
757207--757244	18	2.1	18	85	9	51	44	23	10	21	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760918--760947	15	2.0	15	93	0	51	33	20	16	30	1.94
763131--763156	12	2.2	12	100	0	52	34	23	15	26	1.94
764470--764535	28	2.4	28	89	0	105	18	27	27	27	1.98
771882--771997	57	2.0	57	100	0	232	20	15	29	34	1.94
774985--775065	35	2.3	35	97	0	153	39	4	25	29	1.77
786731--786806	9	8.4	9	71	18	52	75	5	3	15	1.14
786923--786958	18	1.9	19	88	5	56	66	8	0	25	1.19
787018--787080	18	3.5	17	73	14	56	66	1	9	22	1.29
788518--788805	36	8.4	36	65	17	128	39	11	20	28	1.87
788490--788900	101	4.1	101	91	3	624	37	11	19	30	1.88
788943--789167	72	3.1	72	94	0	378	40	13	17	28	1.88
790426--790618	95	2.1	93	82	4	235	32	18	16	32	1.93
794687--794744	9	6.4	9	73	15	57	74	3	5	17	1.15
794871--794906	18	1.9	19	88	5	56	66	8	0	25	1.19
804294--804333	19	2.0	20	95	4	73	27	30	25	17	1.97
804293--804341	9	5.2	9	80	9	53	28	28	26	16	1.97
804298--804341	19	2.3	19	88	7	63	29	29	25	15	1.96
806404--806461	18	3.4	18	73	17	52	65	6	1	25	1.27
807803--807877	3	25.7	3	91	5	127	65	1	0	33	1.01
808262--808545	121	2.3	122	85	4	358	27	17	14	40	1.89
810005--810070	21	3.2	21	89	4	98	59	3	4	33	1.33
810005--810093	41	2.1	43	83	8	121	58	3	6	31	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810005--810092	21	4.2	20	84	10	97	57	3	6	31	1.41
820333--820421	42	2.0	45	91	8	148	49	10	2	38	1.49
821848--821905	18	3.4	18	73	17	52	65	6	1	25	1.27
825057--825096	2	20.5	2	85	14	57	45	0	2	52	1.14
825316--825397	42	1.9	43	87	7	123	53	4	3	37	1.40
829990--830045	29	1.9	29	96	0	103	16	37	28	17	1.91
830194--830275	11	7.2	11	76	13	85	20	21	17	40	1.91
830194--830277	23	3.7	23	91	0	141	21	21	17	39	1.93
830573--830734	68	2.4	68	97	0	306	33	3	12	50	1.57
830748--830806	27	2.1	28	84	9	77	30	1	15	52	1.52
830886--830940	18	3.4	18	65	31	52	38	0	9	52	1.33
831226--831306	22	3.3	22	71	23	72	45	1	11	41	1.47
831187--831282	30	3.2	29	78	15	97	43	2	8	45	1.45
832019--832094	20	3.7	20	80	15	82	23	18	32	25	1.97
832019--832096	21	3.7	21	80	16	81	24	17	32	25	1.97
832136--832189	20	2.7	20	94	0	99	20	20	35	24	1.96
832039--832270	95	2.4	97	92	5	400	24	20	26	28	1.99
834858--834956	23	4.5	23	80	14	111	30	18	25	26	1.98
834857--834982	21	5.8	21	77	16	116	29	17	25	27	1.97
834858--834982	44	2.8	44	83	9	141	29	17	24	28	1.97
840753--840806	20	2.6	21	82	2	74	24	18	33	24	1.97
840770--840959	75	2.5	75	93	3	310	25	20	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843795--843892	3	33.7	3	74	6	58	40	5	2	52	1.35
843734--844026	26	11.6	26	76	10	169	44	8	1	45	1.43
843784--843865	23	3.4	23	86	5	92	41	4	1	52	1.31
843751--844094	26	14.1	23	68	20	116	44	8	1	45	1.43
843813--844099	124	2.4	121	88	6	422	44	9	1	44	1.45
844048--844094	12	4.1	11	86	8	67	42	6	0	51	1.27
843842--844094	98	2.6	96	82	9	250	45	9	1	43	1.47
844269--844343	17	4.0	18	79	20	91	38	6	0	54	1.27
844286--844368	23	3.8	23	77	19	97	42	9	0	48	1.36
844267--844354	40	2.2	40	100	0	176	40	7	0	51	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10