genome.fa.s7822.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007822.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110159_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1828853

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2073--2133	20	2.9	21	87	7	79	18	26	34	21	1.96
13316--13398	15	5.5	15	94	0	148	46	0	0	53	1.00
13361--13470	37	3.0	38	80	6	136	44	0	2	51	1.21
13435--13470	14	2.5	15	95	4	65	41	0	0	58	0.98
13450--13813	32	12.4	32	78	16	380	34	0	11	53	1.37
13361--13588	64	3.3	71	79	15	223	39	0	7	52	1.32
13504--13620	14	7.5	14	66	20	63	35	0	9	55	1.32
13450--13813	86	4.1	87	73	15	318	34	0	11	53	1.37
13450--13725	150	1.8	150	96	0	516	34	0	11	53	1.37
13793--13835	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
13860--13918	31	1.9	31	82	6	75	44	10	5	40	1.60
16425--16484	30	2.0	30	96	0	111	31	15	26	26	1.95
16967--17093	17	7.9	16	68	18	61	48	2	0	48	1.14
16928--17087	47	3.4	47	97	0	293	48	3	0	47	1.19
16928--17244	47	6.7	46	84	9	232	46	1	2	49	1.25
17044--17170	58	2.2	57	78	12	141	47	0	2	50	1.14
17113--17249	43	3.1	44	91	5	213	45	0	3	50	1.19
17288--17337	17	2.9	17	77	19	50	50	0	4	46	1.20
17679--17736	30	1.9	30	89	0	89	29	25	12	32	1.92
17682--17754	30	2.4	30	83	0	83	28	26	16	28	1.97
17908--18036	64	2.0	64	93	3	224	34	6	20	37	1.80
19922--19966	18	2.5	18	92	0	72	15	13	6	64	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24478--24520	12	3.8	12	87	6	63	46	18	16	18	1.84
25251--25471	63	3.5	62	84	6	268	33	19	16	31	1.94
25251--25471	31	7.0	33	72	13	155	33	19	16	31	1.94
25596--25643	21	2.3	22	92	7	82	43	12	12	31	1.80
25760--25788	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
50287--50409	61	2.0	61	88	3	185	49	11	12	26	1.74
52265--52310	20	2.3	20	88	0	65	50	26	10	13	1.74
52273--52312	20	2.0	20	95	0	71	50	22	10	17	1.76
52307--52352	19	2.4	19	100	0	92	32	19	21	26	1.97
58848--58891	2	22.0	2	90	0	70	50	4	0	45	1.22
62475--62517	17	2.5	17	88	3	59	30	18	23	27	1.98
63271--63330	2	33.0	2	78	18	60	55	0	0	45	0.99
63262--63331	18	4.1	17	74	18	65	55	0	0	44	0.99
63545--63577	16	2.1	16	94	0	57	63	0	0	36	0.95
63719--63755	6	6.2	6	100	0	74	0	67	0	32	0.91
66665--66700	15	2.4	15	90	9	56	41	16	8	33	1.78
66908--66961	26	2.0	27	85	7	74	46	7	22	24	1.77
70229--70265	17	2.2	17	90	0	56	27	29	32	10	1.90
71540--71574	17	2.1	17	88	0	52	42	14	20	22	1.88
88490--88531	12	3.5	12	90	0	57	30	4	23	40	1.75
88676--88708	15	2.2	15	94	0	57	15	21	33	30	1.94
94163--94239	39	2.0	39	92	0	127	27	9	11	51	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100396--100513	41	2.9	41	97	0	218	33	18	16	32	1.93
102267--102291	12	2.1	12	100	0	50	20	16	24	40	1.91
113243--113298	27	2.0	28	82	3	69	44	3	3	48	1.37
113406--113461	23	2.5	22	82	2	67	48	3	1	46	1.30
113406--113476	23	3.3	22	82	5	65	46	2	1	49	1.25
113406--113486	22	3.6	22	80	6	74	46	2	1	49	1.23
114873--114901	13	2.2	13	100	0	58	17	44	24	13	1.85
116933--116981	21	2.3	21	96	0	89	24	14	34	26	1.94
122044--122083	13	3.1	13	85	0	62	15	42	22	20	1.88
124533--124565	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
126906--126944	20	2.0	20	85	5	53	61	0	10	28	1.28
133339--133387	26	2.0	25	84	8	64	42	0	8	48	1.32
134526--134723	101	2.0	100	88	3	299	36	12	21	29	1.90
134846--134886	14	2.8	15	85	10	50	58	2	0	39	1.11
147629--147700	20	3.6	20	84	3	92	41	1	2	54	1.23
148265--148322	24	2.5	24	82	2	64	44	0	1	53	1.10
148280--148321	21	2.0	21	86	9	59	45	0	2	52	1.13
148442--148501	20	3.2	17	75	15	57	51	5	1	41	1.33
148475--148524	14	3.8	14	70	24	54	62	0	0	38	0.96
148475--148532	8	7.5	8	70	14	50	62	0	0	37	0.96
148475--148531	20	2.9	20	80	16	66	63	0	0	36	0.95
149088--149889	71	11.6	71	83	7	889	38	26	5	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149244--149361	57	2.1	58	90	1	184	41	24	1	32	1.65
150096--150519	43	10.1	43	76	12	269	35	21	20	21	1.96
150135--150405	85	3.2	85	81	7	264	36	20	21	21	1.95
150168--150519	128	2.8	128	83	4	328	36	21	21	21	1.96
150299--150519	120	1.8	119	92	0	370	36	23	21	18	1.95
150347--150494	77	1.9	77	88	2	226	39	22	20	16	1.92
154300--154638	162	2.1	166	87	4	483	32	18	20	28	1.96
154300--154698	41	9.7	41	78	7	339	32	18	20	28	1.96
159167--159216	21	2.4	21	83	12	59	52	6	0	42	1.26
159349--159401	22	2.5	20	77	17	52	54	3	0	41	1.18
159536--159578	22	1.9	23	85	4	61	48	2	2	46	1.27
162472--162510	2	19.5	2	89	0	60	48	0	5	46	1.24
162477--162515	18	2.2	18	100	0	78	43	0	10	46	1.37
167551--167643	36	2.6	36	98	0	177	34	10	21	33	1.88
171258--171304	21	2.2	21	92	0	76	34	17	6	42	1.74
173206--173243	20	1.9	20	88	0	58	36	21	18	23	1.95
176336--205724	668	44.0	673	96	2	52785	37	7	21	33	1.82
210674--210707	16	2.1	17	94	5	61	0	11	5	82	0.83
211852--211910	27	2.2	28	82	11	70	76	1	10	11	1.10
217774--217820	10	5.5	8	82	14	51	25	25	34	14	1.94
217784--217817	15	2.1	16	89	10	52	26	26	35	11	1.91
217815--217888	18	4.4	18	77	16	77	14	20	47	17	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217833--217869	13	2.8	13	91	0	65	13	21	48	16	1.80
217807--217886	31	2.6	31	91	0	124	16	20	46	17	1.84
217846--217891	18	2.6	18	100	0	92	13	17	52	17	1.75
222967--223013	10	5.5	8	82	14	51	25	25	34	14	1.94
222977--223010	15	2.1	16	89	10	52	26	26	35	11	1.91
222994--223071	18	4.2	18	90	5	111	15	20	47	16	1.83
223000--223031	13	2.5	13	89	0	55	15	25	43	15	1.86
226364--226473	21	5.4	20	65	16	57	20	20	25	33	1.97
226355--226689	40	8.2	41	89	2	480	22	17	22	37	1.94
226355--226668	122	2.6	122	91	2	486	22	17	22	36	1.94
226768--226812	21	2.1	21	95	0	81	33	35	15	15	1.89
227322--227346	6	4.2	6	100	0	50	0	16	48	36	1.46
227439--227662	42	5.3	42	95	0	394	35	24	19	20	1.96
227439--227688	84	3.0	80	89	6	340	35	24	19	21	1.96
227443--227701	126	2.1	124	87	4	369	35	23	19	20	1.95
231405--231497	21	4.2	22	72	20	77	26	23	21	27	1.99
231405--231493	23	3.9	23	72	22	80	28	24	21	25	1.99
231487--231541	21	2.6	21	91	0	83	32	23	10	32	1.90
232335--232443	54	2.0	54	96	0	200	26	19	13	40	1.89
237058--237141	23	3.7	23	76	16	95	29	27	19	23	1.98
238046--238104	21	2.7	23	80	15	72	27	28	10	33	1.89
241856--241922	34	1.9	34	82	14	84	46	19	13	20	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245675--245741	34	1.9	34	82	14	84	46	19	13	20	1.83
248160--248271	60	1.9	59	88	5	172	39	16	12	31	1.86
248297--248337	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
254068--254114	20	2.3	20	79	17	53	36	2	61	0	1.08
254077--254101	8	3.1	8	100	0	50	36	0	64	0	0.94
264032--264086	16	3.5	16	95	2	94	18	23	32	25	1.97
265704--265947	42	5.8	42	78	4	240	32	19	20	27	1.97
269037--269390	41	8.6	41	79	5	313	38	18	16	26	1.91
269037--269390	83	4.3	82	78	6	324	38	18	16	26	1.91
269037--269346	163	1.9	165	86	4	448	39	18	15	26	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10