genome.fa.s7834.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007834.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110183_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  925658

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6954--7053	41	2.5	40	77	3	101	37	21	22	20	1.95
9589--9629	14	2.9	15	78	7	50	60	2	0	36	1.10
11836--11873	14	2.8	13	85	14	51	44	7	2	44	1.47
14581--14626	24	1.9	24	90	0	74	32	10	28	28	1.91
20290--20333	23	1.9	23	85	0	61	43	2	20	34	1.64
25251--25282	15	2.1	15	100	0	64	25	0	75	0	0.81
29048--29080	16	2.0	17	88	5	50	39	9	18	33	1.82
53469--53578	27	4.2	26	75	16	102	51	0	2	45	1.15
53823--53928	39	2.7	39	77	13	119	45	3	16	34	1.65
61116--61398	150	1.9	149	87	0	413	46	17	12	23	1.81
64220--64264	3	14.3	3	81	9	54	62	0	0	37	0.96
64220--64264	19	2.4	19	84	0	63	62	0	0	37	0.96
64213--64276	13	5.2	12	72	23	53	62	1	0	35	1.05
64273--64314	17	2.5	17	92	0	66	45	4	4	45	1.45
65639--65697	23	2.6	23	86	5	75	10	22	18	49	1.77
66168--66218	23	2.2	23	80	16	61	50	0	1	47	1.12
66415--66465	23	2.2	23	82	6	59	56	1	1	39	1.22
80578--80624	2	24.0	2	86	4	69	46	2	2	48	1.25
81885--81941	28	2.0	29	83	10	73	38	7	0	54	1.28
83160--83192	10	3.4	10	91	4	50	18	3	0	78	0.87
93467--94241	105	7.4	105	97	0	1424	34	24	17	23	1.96
94524--94566	2	22.0	2	85	4	61	46	2	2	48	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95725--95795	21	3.1	23	71	19	58	30	2	1	64	1.16
95826--95882	28	2.0	29	83	10	73	38	7	0	54	1.28
97495--97556	24	2.6	24	86	0	79	9	25	12	51	1.70
115008--115045	20	2.1	19	85	14	53	34	23	15	26	1.95
119395--119448	18	2.7	20	75	16	58	24	9	0	66	1.20
119546--119582	4	8.8	4	93	3	56	21	2	0	75	0.92
130862--130978	60	2.0	60	84	0	153	26	23	22	27	2.00
133316--133354	19	2.1	19	85	0	51	61	2	2	33	1.23
133783--133834	21	2.5	20	84	6	59	19	26	30	23	1.98
133862--133907	21	2.2	21	88	7	67	17	19	34	28	1.94
146190--146265	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
146404--146448	20	2.4	19	78	10	56	24	22	8	44	1.81
146411--146448	20	1.9	20	88	0	58	23	21	10	44	1.83
146577--146605	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
148938--148971	12	2.8	13	82	17	54	70	0	0	29	0.87
148942--148971	11	2.6	11	94	5	51	73	0	0	26	0.84
148927--148987	24	2.6	25	72	27	69	67	0	3	29	1.07
148974--149019	14	3.3	14	84	6	58	67	2	4	26	1.21
149036--149099	33	1.9	33	93	6	112	67	3	7	21	1.31
149682--149730	12	4.1	12	79	10	55	71	6	6	16	1.27
150776--150860	42	2.0	42	83	0	107	30	18	23	27	1.98
150755--150992	132	1.8	132	92	0	404	31	19	19	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150908--151937	86	12.0	86	88	2	1376	29	20	22	27	1.98
152586--152682	22	4.5	22	87	5	135	35	12	15	37	1.85
152597--152684	20	4.2	20	87	11	131	36	12	17	34	1.87
152586--152684	44	2.3	42	91	3	153	35	12	16	36	1.85
153461--153547	40	2.2	40	83	4	104	29	17	14	37	1.90
155223--155273	16	3.1	16	88	2	75	0	13	0	86	0.58
155222--155273	17	3.1	17	83	5	70	0	13	0	86	0.57
159532--159600	28	2.4	29	80	7	70	65	7	7	20	1.42
159547--159600	28	1.9	28	84	0	72	64	5	7	22	1.40
160221--160277	26	2.2	26	81	12	64	68	1	8	21	1.26
161172--161250	22	3.6	21	68	13	52	69	3	6	20	1.26
161236--161293	14	4.1	14	78	12	66	68	1	3	25	1.14
161201--161294	23	3.9	24	72	13	77	68	2	4	25	1.19
161306--161373	33	2.1	32	89	8	102	66	2	5	25	1.28
161953--162001	24	2.1	23	84	3	62	71	6	8	14	1.29
168653--168698	16	2.9	16	96	0	83	19	19	19	41	1.91
171181--171250	30	2.3	30	73	4	70	37	4	17	41	1.69
174498--174548	11	4.7	10	79	15	57	25	0	70	3	1.04
175916--175960	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
176463--176491	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
176987--177064	31	2.5	31	85	4	95	21	20	23	34	1.97
177037--177136	30	3.3	30	91	2	148	21	22	26	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180442--180486	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
181507--181585	31	2.5	31	80	10	97	21	20	21	36	1.95
181530--181656	31	4.2	30	84	2	112	20	20	25	33	1.97
181557--181656	30	3.3	30	87	2	130	21	21	25	33	1.97
190569--190597	12	2.4	12	100	0	58	13	37	0	48	1.43
191329--191368	20	2.0	20	85	0	53	42	12	10	35	1.76
192189--192260	29	2.5	29	97	0	135	15	29	9	45	1.78
196820--196879	2	30.0	2	96	0	111	51	0	0	48	1.00
197067--197116	26	2.0	24	84	7	64	76	2	2	20	0.99
197258--197349	47	2.0	47	82	6	116	60	1	5	32	1.26
197376--197411	18	2.1	18	89	5	56	66	2	5	25	1.27
197303--197416	60	2.0	56	82	16	137	62	0	3	33	1.18
197303--197431	60	2.2	58	79	15	135	62	2	3	32	1.24
197774--197877	37	2.8	37	86	0	136	29	14	13	42	1.84
198415--199044	105	6.0	105	90	2	896	21	18	26	33	1.96
199241--199316	36	2.1	36	90	0	116	40	15	21	22	1.90
199152--199310	86	1.8	85	81	7	196	38	12	20	28	1.89
199437--199511	39	1.9	39	83	5	98	37	13	22	26	1.91
199216--199534	105	3.1	104	92	2	518	36	12	20	30	1.90
199666--199780	36	3.2	36	70	4	99	45	9	17	27	1.79
199620--199780	72	2.2	74	84	8	204	40	11	19	28	1.85
200923--201456	183	2.9	183	96	1	977	30	21	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204959--205013	19	2.8	19	97	2	101	74	0	20	5	1.01
205988--206027	19	2.1	19	100	0	80	50	0	15	35	1.44
206157--206229	38	1.9	38	83	5	94	61	0	6	31	1.22
206206--206279	6	11.8	6	83	11	51	58	1	1	39	1.15
206215--206261	2	24.0	2	91	4	78	53	0	0	46	1.00
206691--206789	52	1.9	51	80	13	114	62	2	3	32	1.22
206759--206806	18	2.9	17	84	9	64	66	2	4	27	1.21
206677--206809	58	2.3	57	80	13	141	63	1	3	31	1.21
206761--206811	15	3.7	13	82	15	50	68	1	3	25	1.17
228207--228335	60	2.1	61	84	7	165	32	20	3	43	1.68
231129--231163	16	2.1	18	89	10	56	65	0	8	25	1.21
231174--231211	20	1.9	20	88	0	58	63	2	7	26	1.35
231741--231842	34	2.9	36	89	7	172	27	14	13	44	1.83
232388--233321	105	9.0	105	92	2	1463	22	17	26	34	1.96
233964--234121	68	2.4	66	84	6	194	35	8	23	32	1.86
234097--234219	36	3.4	36	82	7	142	39	14	21	24	1.91
234110--234219	37	3.1	36	82	8	125	41	15	20	22	1.89
234749--234784	18	2.0	18	88	0	54	41	30	8	19	1.81
235903--235948	16	2.8	17	80	6	51	0	17	8	73	1.07
235936--235988	16	3.5	15	80	7	54	0	11	7	81	0.88
235942--235988	15	3.1	16	82	14	55	0	10	8	80	0.89
239149--239197	22	2.1	22	85	7	62	65	2	6	26	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239124--239225	40	2.6	39	80	10	109	69	1	6	21	1.22
239728--239829	34	2.9	36	89	7	172	27	14	13	44	1.83
240962--240997	18	2.0	18	88	0	54	50	0	13	36	1.43
240984--241020	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
244515--244541	14	1.9	14	100	0	54	59	0	3	37	1.15
244577--244608	15	2.1	15	100	0	64	43	0	6	50	1.27
252477--252543	29	2.3	29	100	0	134	28	17	22	31	1.97
252534--252600	19	3.5	19	95	0	116	22	20	14	41	1.89
252591--252666	22	3.5	22	94	0	134	15	18	27	38	1.91
252778--252810	6	5.5	6	100	0	66	33	51	15	0	1.43

Tables:   1   2   3   4   5