genome.fa.s7853.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007853.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110213_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2309479

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1692--1748	14	3.8	14	78	17	69	47	26	17	8	1.77
1676--1765	32	2.8	32	96	1	162	46	23	18	11	1.81
1637--1770	20	7.6	19	71	21	76	42	23	20	12	1.87
1766--1825	18	3.6	18	75	22	67	8	16	28	46	1.76
1777--1886	31	3.4	32	93	5	186	10	19	24	46	1.80
1813--1869	14	3.9	14	77	18	62	8	17	26	47	1.77
1795--1927	20	7.6	18	71	20	104	12	21	24	42	1.86
3763--3798	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
3905--3956	13	3.5	13	73	26	50	46	21	21	11	1.82
3886--3961	32	2.4	32	90	0	116	40	22	23	13	1.89
4377--4412	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
5636--5694	24	2.5	24	82	0	73	28	16	18	35	1.93
8169--8261	33	2.8	33	95	1	161	43	18	24	13	1.87
9830--9896	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
9830--9952	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
11950--12090	19	7.8	19	69	17	86	43	19	24	13	1.86
11975--12073	33	3.0	33	89	1	144	39	21	26	13	1.90
12045--12095	19	2.7	19	96	0	93	45	21	21	11	1.84
12091--12157	19	3.5	19	81	6	73	11	14	23	49	1.77
12724--12852	20	6.3	19	72	17	75	19	20	18	41	1.90
12678--12771	20	4.7	20	77	2	80	24	18	23	34	1.96
12699--12833	41	3.3	41	80	6	123	20	20	20	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12760--12852	21	4.6	20	79	4	105	18	22	18	40	1.91
12760--12855	41	2.3	42	96	3	178	18	21	17	41	1.90
15973--16012	19	2.1	19	85	0	53	80	10	0	10	0.92
21106--21162	21	2.6	21	75	5	51	63	3	5	28	1.33
22016--22326	134	2.3	134	80	2	356	34	18	20	26	1.96
22384--22417	16	2.1	17	88	5	52	35	0	0	64	0.94
25706--25863	82	1.9	83	87	3	230	32	17	16	33	1.93
25702--25884	84	2.2	82	84	2	233	34	18	15	31	1.92
26676--26700	12	2.1	12	100	0	50	40	0	16	44	1.47
29264--29314	16	3.2	16	73	15	61	17	19	21	41	1.91
29261--29331	31	2.3	31	97	0	133	18	18	18	45	1.86
29280--29331	15	3.4	15	70	15	52	19	15	17	48	1.82
30432--30476	20	2.2	20	84	8	54	40	15	13	31	1.86
31000--31043	23	1.9	22	86	9	61	59	2	0	38	1.10
31175--31227	26	2.0	26	85	3	70	24	20	7	47	1.76
31974--32026	16	3.3	16	74	10	54	22	20	18	37	1.94
33135--33187	16	3.3	16	74	10	54	22	20	18	37	1.94
31937--34261	581	4.0	581	99	0	4607	28	16	18	37	1.92
33716--33768	16	3.3	16	74	10	54	22	20	18	37	1.94
40496--40587	35	2.6	35	84	0	121	41	25	1	32	1.62
42422--42448	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
42513--42560	5	9.4	5	77	4	51	62	16	0	20	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59463--59501	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
60572--60641	10	7.0	10	76	0	77	47	0	14	38	1.44
60572--60641	20	3.5	20	96	0	122	47	0	14	38	1.44
60970--61010	22	1.9	21	90	5	64	39	9	29	21	1.86
63443--63533	42	2.2	42	97	0	173	35	17	27	19	1.95
63884--63913	13	2.2	14	94	5	53	16	0	0	83	0.65
67580--69062	105	14.3	104	87	5	2008	33	25	18	23	1.97
67580--69062	211	7.2	209	88	4	2064	33	25	18	23	1.97
68212--68367	43	3.4	43	67	14	125	33	26	19	20	1.97
70069--70148	40	2.0	41	95	2	144	32	20	26	21	1.97
70503--70532	13	2.2	14	94	5	53	16	0	0	83	0.65
73395--73507	58	1.9	58	85	7	158	32	15	20	30	1.94
80568--80615	25	1.9	25	82	0	60	45	2	4	47	1.33
86469--86500	14	2.3	14	94	0	55	9	28	46	15	1.77
89317--89535	109	2.0	110	99	0	431	36	24	20	18	1.95
93783--93820	17	2.2	17	95	0	67	13	23	44	18	1.85
104002--104088	43	2.0	43	95	4	158	49	6	16	27	1.71
104995--105214	118	1.9	118	90	7	358	37	20	13	28	1.91
106139--106220	10	8.1	10	71	12	60	37	0	0	62	0.96
106139--106238	31	3.3	29	76	17	96	38	0	3	59	1.13
106139--106257	61	2.0	61	80	6	134	41	0	2	55	1.19
118707--118748	22	1.9	22	90	9	68	23	11	2	61	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121906--121985	32	2.5	32	84	6	92	43	5	3	47	1.43
124793--124823	7	4.4	7	100	0	62	41	0	16	41	1.48
125303--125383	30	2.7	30	81	7	101	40	18	7	33	1.78
132875--132902	9	3.1	9	100	0	56	0	10	32	57	1.33
148582--148630	19	2.6	19	76	0	53	69	0	2	28	1.00
148618--148656	19	2.1	18	85	4	51	58	2	2	35	1.25
148639--148940	36	8.5	36	73	17	190	47	7	3	41	1.51
148763--149006	74	3.3	72	82	11	221	45	7	3	43	1.50
150309--150444	65	2.1	65	98	0	263	28	22	24	25	1.99
160963--160995	18	1.9	18	88	11	52	63	18	12	6	1.48
165044--165077	17	1.9	18	88	5	52	64	5	0	29	1.17
165726--165799	24	3.1	24	69	18	64	27	12	13	47	1.78
165730--165798	23	3.0	23	70	8	59	24	13	14	47	1.79
169453--169491	17	2.2	19	86	9	55	58	2	7	30	1.39
169913--169944	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
172452--172547	35	2.7	34	80	6	102	39	23	3	33	1.71
185838--185936	50	2.0	50	87	0	144	47	19	7	26	1.74
188420--188450	15	2.1	15	100	0	62	70	0	6	22	1.09
190864--190910	24	2.0	24	100	0	94	21	27	12	38	1.90
193268--193301	17	2.1	17	88	5	52	38	0	0	61	0.96
194933--194959	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
197843--197888	24	1.9	25	86	8	69	15	19	19	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202330--202368	20	2.0	20	94	0	69	23	33	30	12	1.92
205434--205458	13	1.9	13	100	0	50	32	16	0	52	1.44
205544--205620	21	3.4	21	68	22	66	35	10	3	50	1.55
205533--205626	47	2.0	47	100	0	188	36	12	4	46	1.62
205674--205703	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
214392--214444	25	2.1	25	96	0	97	41	0	0	58	0.98
214399--214471	25	3.0	25	86	9	91	45	0	0	54	0.99
214511--214543	16	2.1	16	100	0	66	24	0	18	57	1.40
215344--215532	92	2.0	93	95	1	344	29	13	19	37	1.90
216199--216256	29	2.0	29	89	0	89	39	10	25	24	1.87
217095--217286	95	2.0	95	94	5	343	36	11	14	36	1.83
218174--218240	15	4.5	15	79	3	73	41	5	17	34	1.74
218170--218240	30	2.4	30	92	2	117	45	5	16	32	1.71
218223--218292	20	3.5	20	100	0	140	40	10	15	34	1.81
218634--218702	29	2.3	30	80	12	79	50	2	0	46	1.16
218618--218708	29	3.3	27	78	18	73	53	2	0	43	1.12
218665--218752	25	3.7	23	73	21	74	50	2	1	46	1.21
218664--218775	49	2.3	48	81	14	133	50	1	0	46	1.17
218607--218792	78	2.4	77	74	16	172	50	1	1	47	1.18
218966--219043	41	1.9	41	89	0	120	58	17	6	16	1.58
229042--229097	27	2.0	28	89	3	87	25	5	19	50	1.69
229761--229803	20	2.2	20	95	0	77	53	0	16	30	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233051--233228	88	2.0	89	92	3	297	14	15	25	44	1.84
246091--246131	21	1.9	21	85	5	55	19	4	2	73	1.13
248448--248514	31	2.1	32	88	2	100	32	11	14	40	1.83
257942--257971	14	2.1	15	93	6	53	50	0	3	46	1.18
257989--258013	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
258451--258492	20	2.1	20	95	0	75	30	9	26	33	1.88
271993--272028	17	2.1	17	89	0	54	44	0	0	55	0.99
276091--276120	4	7.2	4	92	7	51	23	0	0	76	0.78
293779--293843	26	2.7	23	75	13	58	60	1	0	38	1.07
293780--293844	24	2.7	23	78	9	67	58	1	0	40	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8