genome.fa.s7853.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007853.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110213_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2309479

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
677727--677799	31	2.4	31	86	6	96	38	13	21	26	1.91
693271--693369	41	2.4	41	78	9	112	26	24	12	37	1.90
708228--708619	194	2.0	194	99	0	775	41	11	20	26	1.86
709050--709077	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
709244--709372	64	2.0	64	96	0	240	35	13	15	35	1.86
711593--711677	31	2.7	31	77	1	89	27	31	28	12	1.93
711556--711677	61	2.0	63	83	6	160	27	30	27	14	1.95
712145--712194	26	1.9	26	88	8	75	30	14	12	44	1.81
718902--718954	20	2.6	20	93	3	88	39	26	13	20	1.89
719010--719203	20	9.6	20	76	8	76	35	25	19	19	1.95
719029--719203	40	4.4	39	82	3	197	34	26	19	19	1.96
719029--719202	60	2.9	60	85	0	249	34	26	19	19	1.96
719580--719650	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
719767--719820	14	3.6	14	77	18	63	40	24	25	9	1.85
719832--719928	19	5.7	18	73	20	84	10	24	22	42	1.85
719854--719942	14	5.7	14	76	21	88	8	25	23	41	1.83
719837--719950	33	3.5	33	92	2	203	9	24	21	44	1.82
721632--722096	93	5.0	93	96	2	859	22	12	19	46	1.83
721632--722096	185	2.5	187	96	2	861	22	12	19	46	1.83
722127--722224	19	5.4	19	75	16	84	44	28	17	9	1.79
722162--722254	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
722142--722254	52	2.2	51	81	9	131	46	28	17	7	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
722142--722254	19	6.5	19	74	19	120	46	28	17	7	1.74
722250--722384	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
722272--722328	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
722255--722347	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
724153--724187	13	2.6	14	90	4	54	31	0	22	45	1.53
724294--724395	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
724424--724713	19	16.7	19	79	18	348	14	21	17	46	1.83
724424--724709	33	8.3	35	83	14	284	13	21	17	46	1.83
724421--724708	52	5.6	49	82	13	293	13	21	18	46	1.83
724650--724739	31	2.8	32	87	9	123	13	20	20	46	1.83
724442--724739	33	8.8	34	83	14	249	13	20	18	46	1.83
727185--727229	24	2.0	24	86	8	67	40	22	13	24	1.90
727905--728257	20	18.5	20	80	8	297	20	18	25	35	1.95
727905--728239	40	8.8	38	84	10	350	20	18	25	35	1.95
727905--728239	60	5.8	59	81	10	333	20	18	25	35	1.95
728122--728183	32	1.9	32	90	0	97	22	20	22	33	1.97
728208--728257	19	2.6	19	90	6	75	12	20	26	42	1.86
735993--736055	31	2.0	31	90	0	99	39	15	7	36	1.77
743560--743590	16	1.9	16	100	0	62	45	29	6	19	1.75
748757--748789	7	4.9	7	88	7	50	12	9	3	75	1.14
748757--748789	13	2.4	14	90	5	50	12	9	3	75	1.14
751819--752140	158	2.0	159	96	3	596	43	7	9	39	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
752422--752474	2	27.0	2	96	3	99	50	0	0	49	1.00
752653--752713	31	2.0	31	86	0	86	47	0	1	50	1.10
774386--774552	51	3.3	51	86	3	221	17	32	29	19	1.95
774425--774587	50	3.2	48	80	12	134	19	29	29	21	1.98
775136--775259	51	2.5	51	84	6	146	22	29	30	16	1.96
775699--775730	17	1.9	17	93	6	57	50	6	0	43	1.27
775738--775768	15	2.1	15	100	0	62	74	6	0	19	1.03
775749--775832	17	5.4	16	70	20	54	69	1	0	29	0.97
776281--776309	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
776370--776420	16	3.2	16	78	10	52	27	0	1	70	0.98
776390--776436	25	1.9	25	82	4	60	40	0	0	59	0.97
785018--785068	25	2.2	21	75	24	50	64	3	1	29	1.22
795933--795984	15	3.2	17	77	22	67	36	19	0	44	1.51
795927--795974	14	3.2	14	76	23	53	37	16	0	45	1.48
798424--798502	29	2.7	29	90	0	131	30	32	25	11	1.91
798567--798658	46	2.0	46	95	2	168	25	23	34	16	1.95
803274--803313	14	2.9	14	84	0	53	55	0	0	45	0.99
807740--807783	21	2.1	21	91	0	70	50	15	0	34	1.45
811578--811622	21	2.1	21	87	4	63	51	4	2	42	1.34
812124--812156	14	2.4	14	90	5	50	57	0	0	42	0.98
823876--823936	27	2.3	27	100	0	122	37	14	26	21	1.92
832185--832247	28	2.3	26	76	15	63	7	22	3	66	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
833953--834057	53	2.0	53	100	0	210	34	13	15	37	1.86
837131--837788	329	2.0	329	99	0	1291	27	22	26	23	1.99
842128--842182	27	1.9	30	85	10	80	49	0	5	45	1.25
842533--842587	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
842839--842871	16	1.9	18	88	11	52	18	3	0	78	0.87
843398--843440	21	2.0	23	86	9	63	60	4	0	34	1.17
845636--845907	55	4.9	55	83	8	320	28	25	15	30	1.96
845858--846504	54	12.2	53	85	5	787	21	26	19	33	1.97
845858--846504	158	4.1	161	87	5	849	21	26	19	33	1.97
846827--846947	36	3.3	36	73	3	91	26	17	20	35	1.95
850319--850423	51	2.1	50	96	1	192	53	11	16	19	1.72
852720--852842	47	2.6	47	88	3	178	32	21	15	30	1.94
858350--858421	30	2.4	31	83	6	94	22	2	11	63	1.39
860706--860763	23	2.5	22	83	8	71	44	3	5	46	1.42
869444--869492	21	2.4	21	90	6	75	67	0	0	32	0.91
871447--871562	57	2.0	57	100	0	232	18	5	29	47	1.70
877167--877211	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
877179--877489	144	2.1	148	91	4	497	35	22	16	25	1.95
879681--879941	129	2.0	128	96	3	481	29	19	17	33	1.95
884059--884103	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
884071--884386	150	2.1	149	93	1	544	34	21	17	26	1.95
884974--885014	20	2.0	20	85	9	55	29	24	9	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
893850--893918	26	2.6	27	75	15	79	68	1	13	17	1.29
893982--894022	13	3.3	12	90	6	57	73	0	2	24	0.96
894017--894089	35	2.1	35	89	5	112	65	4	0	30	1.11
894071--894097	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
894148--894172	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
895409--895503	39	2.6	39	86	8	128	26	8	23	42	1.82
895490--895723	37	6.6	36	77	16	159	40	13	20	26	1.89
895523--895710	102	1.8	103	86	3	272	39	12	20	28	1.88
895790--895860	37	1.9	37	97	0	133	43	14	16	25	1.86
895784--895874	37	2.5	37	82	7	123	45	12	15	27	1.81
895890--895975	36	2.4	36	84	3	102	40	15	19	24	1.90
895761--895999	101	2.4	102	89	2	356	38	12	17	31	1.87
895909--896086	87	2.1	86	92	1	293	37	12	17	32	1.88
896073--896154	37	2.2	37	86	4	112	40	12	19	28	1.87
898231--898264	14	2.4	14	90	5	50	58	0	38	2	1.13
912714--912753	3	13.3	3	100	0	80	67	0	32	0	0.91
917997--918036	21	1.9	21	89	0	62	65	0	0	35	0.93
919305--919334	15	1.9	16	93	6	53	33	0	0	66	0.92
924389--924425	15	2.5	15	95	0	65	24	5	18	51	1.67
926063--926197	60	2.3	59	80	13	143	57	1	0	40	1.13
928284--928382	50	2.0	49	94	2	171	43	9	16	31	1.79
931365--931393	15	1.9	15	100	0	58	58	13	13	13	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
931641--931673	4	8.2	4	100	0	66	72	0	0	27	0.85
935239--935288	19	2.6	19	100	0	100	30	18	30	22	1.97
935239--935313	19	3.6	21	87	12	79	29	18	29	22	1.98
936850--936916	23	2.9	23	88	0	89	22	23	23	29	1.99
954718--954780	29	2.0	30	88	11	92	41	3	3	52	1.33
966001--966035	2	17.5	2	93	0	61	0	48	0	51	1.00
966056--966435	190	2.0	190	92	0	625	33	12	15	38	1.85
970241--970285	13	3.5	13	81	0	54	68	13	2	15	1.30
975923--975947	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
979933--979971	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8