genome.fa.s7853.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007853.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110213_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2309479

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1853737--1853781	23	2.0	23	90	0	72	44	0	2	53	1.13
1853738--1853806	23	3.0	23	82	6	68	46	0	2	50	1.16
1853776--1853856	19	4.3	19	72	20	64	48	1	1	49	1.17
1853919--1853983	23	3.1	20	78	13	60	44	1	0	53	1.09
1853934--1853991	19	2.8	21	75	15	59	46	0	0	53	1.00
1853989--1854037	24	2.0	25	84	4	64	48	0	4	46	1.20
1854194--1854288	43	2.2	43	88	1	138	47	14	17	20	1.83
1857051--1857082	6	5.3	6	96	0	55	3	12	50	34	1.56
1857208--1857254	21	2.2	21	92	0	76	27	25	25	21	1.99
1865919--1865971	26	2.0	26	100	0	106	49	7	7	35	1.60
1868391--1868451	19	3.2	19	100	0	122	19	31	9	39	1.84
1873673--1873708	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
1882191--1882243	27	2.0	27	100	0	106	37	11	18	32	1.87
1882991--1883037	24	1.9	24	86	4	67	44	2	2	51	1.25
1890756--1890787	16	1.9	17	93	6	57	40	12	12	34	1.81
1903411--1903557	60	2.5	60	81	6	165	31	15	20	31	1.94
1910428--1910569	60	2.4	60	80	2	160	40	7	21	31	1.80
1921448--1921478	6	5.2	6	92	0	53	38	45	16	0	1.47
1922228--1922288	30	2.0	30	90	6	97	32	32	18	16	1.93
1922258--1922582	21	15.5	21	75	14	296	35	25	20	19	1.95
1922322--1922582	42	6.2	42	96	1	436	35	24	21	19	1.96
1924733--1924758	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1926703--1926728	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1930685--1930805	60	2.0	60	100	0	242	40	18	8	33	1.80
1940338--1940449	58	1.9	58	91	7	183	39	8	8	43	1.65
1941180--1941209	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1942246--1942337	23	4.0	23	88	0	121	31	26	25	17	1.97
1947704--1947766	32	2.1	29	82	8	72	47	0	6	46	1.28
1948974--1949064	29	3.1	29	63	17	71	32	13	6	47	1.68
1952874--1952919	23	1.9	24	86	8	67	58	0	2	39	1.10
1957831--1957899	31	2.3	31	87	7	97	52	10	14	23	1.72
1959637--1959671	17	2.1	17	94	0	61	62	0	0	37	0.95
1960338--1960905	285	2.0	284	95	0	1019	33	19	15	31	1.93
1973514--1973605	30	3.1	28	74	13	76	47	8	6	36	1.60
1973514--1973582	31	2.3	29	82	5	75	46	8	7	37	1.63
1980986--1981017	17	1.9	17	93	6	57	37	21	3	37	1.70
1982107--1982141	16	2.1	17	94	5	63	42	25	0	31	1.55
1989674--1989719	2	25.0	2	83	16	64	47	0	0	52	1.00
1989677--1989720	7	6.1	7	89	5	52	50	0	0	50	1.00
1989675--1989719	9	4.8	9	81	10	54	48	0	0	51	1.00
1990605--1990653	19	2.5	20	73	3	55	65	4	0	30	1.11
1993907--1993981	38	2.0	40	84	12	104	8	8	14	69	1.36
1996022--1996054	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
1996124--1996182	14	3.9	15	86	8	93	54	23	13	8	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1996124--1996185	16	4.1	16	89	6	94	54	24	12	8	1.64
1996938--1996993	14	4.3	14	82	17	75	51	25	14	8	1.70
1996918--1996992	24	3.1	24	90	3	107	54	21	12	12	1.69
1996931--1996978	10	4.4	10	78	19	51	54	22	12	10	1.68
2006039--2006118	34	2.4	33	100	0	142	47	11	16	25	1.79
2011697--2011725	13	2.1	14	93	6	51	55	0	20	24	1.44
2020402--2020437	18	2.0	18	94	0	63	44	13	0	41	1.44
2028453--2028504	2	26.0	2	96	0	95	48	0	51	0	1.00
2032630--2032680	25	2.0	25	96	0	93	31	21	0	47	1.51
2044890--2044917	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
2056979--2057337	178	2.0	180	98	1	704	28	30	22	18	1.97
2058736--2058776	22	1.9	22	85	5	57	9	19	17	53	1.70
2088211--2088344	31	4.4	31	73	12	80	45	2	2	49	1.29
2099119--2099194	23	3.4	22	80	5	64	38	5	5	51	1.47
2099142--2099189	22	2.1	23	85	11	64	35	8	4	52	1.51
2105021--2105063	22	2.0	22	81	9	52	18	13	16	51	1.77
2107573--2107608	19	2.0	17	89	10	54	36	5	2	55	1.38
2108178--2108286	38	2.8	40	75	6	98	41	14	14	29	1.86
2111174--2111213	18	2.2	19	86	4	55	37	0	0	62	0.95
2111140--2111205	35	1.9	34	81	9	80	37	0	3	59	1.13
2111510--2111560	24	2.1	24	88	0	75	25	31	5	37	1.80
2111854--2111931	37	2.1	37	80	4	86	48	0	5	46	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2120768--2120830	29	2.1	29	82	2	72	30	25	14	30	1.95
2120960--2121042	41	2.0	41	95	0	148	22	21	37	18	1.94
2125853--2126004	55	2.7	56	83	6	193	35	13	15	36	1.86
2129473--2129570	50	2.0	50	89	0	151	22	30	32	14	1.93
2133834--2133858	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2139852--2139909	21	2.7	22	71	15	59	39	20	18	20	1.92
2145756--2145809	15	3.4	15	71	14	54	35	3	5	55	1.41
2151562--2151608	25	1.9	24	83	12	60	38	2	4	55	1.31
2153783--2153940	21	7.8	20	71	9	88	38	25	16	19	1.92
2153843--2153959	20	5.7	20	75	12	78	38	23	17	20	1.93
2153927--2154117	20	9.6	20	84	4	226	35	25	19	19	1.96
2153907--2154136	20	11.5	20	85	2	221	37	24	18	20	1.94
2154818--2154862	24	2.0	22	86	8	63	24	15	22	37	1.93
2155953--2156009	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
2155934--2156026	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
2155899--2156031	19	7.5	19	76	16	124	46	23	19	10	1.81
2156027--2156155	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
2156027--2156118	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
2156202--2156573	184	2.0	184	96	2	687	45	19	12	22	1.84
2156202--2156573	93	4.1	93	97	1	691	45	19	12	22	1.84
2158270--2158359	14	5.7	14	70	23	63	44	23	23	8	1.81
2158262--2158376	33	3.5	33	96	0	212	46	20	22	9	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2158284--2158381	19	5.7	19	69	22	81	44	22	22	10	1.82
2158393--2158449	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
2158377--2158457	33	2.5	33	95	0	144	8	22	22	46	1.78
2158434--2158509	21	3.7	21	83	3	109	11	25	17	46	1.82
2158433--2158510	41	1.9	41	97	0	147	12	25	16	44	1.83
2158588--2158658	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
2158838--2158892	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
2159039--2159232	20	9.6	20	81	5	212	19	19	25	36	1.95
2159039--2159232	60	3.2	60	82	0	244	19	19	25	36	1.95
2159219--2159301	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
2159199--2159297	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
2159497--2159580	28	3.0	28	74	6	73	30	14	20	34	1.92
2163002--2163071	29	2.3	31	75	22	76	51	5	4	38	1.45
2181152--2181232	41	2.0	41	95	0	144	29	12	1	56	1.43
2182201--2182248	24	2.0	25	84	12	64	37	2	14	45	1.57
2182348--2182389	20	2.0	20	86	4	57	33	4	11	50	1.60
2182356--2182396	20	2.0	20	90	0	64	31	4	9	53	1.55
2183518--2183570	20	2.7	20	80	11	65	54	0	0	45	0.99
2183529--2183613	31	2.7	31	80	7	100	49	1	2	47	1.22
2183668--2183711	21	2.0	22	83	12	56	40	0	4	54	1.21
2188088--2188133	12	3.8	12	82	0	56	41	4	2	52	1.33
2188172--2188239	22	2.9	24	74	8	68	48	8	10	32	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2188179--2188342	80	2.0	82	84	4	217	43	9	11	35	1.73
2190507--2190540	17	2.1	17	88	5	52	35	14	0	50	1.44
2200261--2200356	29	3.2	28	72	18	79	41	2	18	37	1.63
2200200--2200369	60	2.8	59	81	7	184	39	4	22	34	1.73
2200895--2201039	15	9.3	15	83	10	157	46	0	2	51	1.15
2200903--2201065	45	3.4	45	78	14	175	46	0	3	49	1.19
2201019--2201313	32	9.4	31	70	21	152	34	0	11	53	1.38
2201019--2201464	54	8.1	54	76	11	451	34	0	12	53	1.39
2201019--2201447	165	2.6	162	97	1	743	34	0	12	53	1.39
2201207--2201249	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8