genome.fa.s7863.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007863.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110234_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1653362

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4205--4245	3	13.7	3	85	10	57	63	2	0	34	1.08
4529--4556	4	7.0	4	100	0	56	25	0	25	50	1.50
12835--12879	22	2.0	22	95	0	81	51	11	0	37	1.38
14734--14806	29	2.5	30	82	10	96	35	17	5	41	1.73
17753--17813	28	2.2	28	94	2	106	36	9	8	45	1.67
17760--17824	28	2.3	28	89	2	94	29	7	10	52	1.64
24282--24321	18	2.4	16	80	15	53	50	27	0	22	1.50
24290--24330	18	2.3	18	100	0	82	51	19	0	29	1.47
26636--26706	31	2.2	32	82	2	90	22	25	2	49	1.63
30842--30879	19	2.0	19	85	10	51	15	28	0	55	1.41
30850--30889	21	2.1	18	86	13	53	10	32	0	57	1.32
31438--31478	21	2.0	20	85	4	55	29	14	29	26	1.95
32990--33077	45	2.0	45	95	4	162	23	21	18	36	1.95
36682--36743	26	2.4	26	86	5	81	41	14	0	43	1.45
37998--38308	156	2.0	155	96	1	570	40	12	7	39	1.71
38521--38612	7	13.3	7	70	14	66	43	28	0	28	1.55
38533--38606	28	2.6	28	84	0	85	43	28	0	28	1.55
38521--38622	21	4.9	22	77	12	83	42	28	0	29	1.56
38763--38825	2	31.5	2	93	6	110	47	1	0	50	1.10
39371--39404	18	1.9	18	88	5	52	52	0	2	44	1.16
47333--47420	43	2.0	43	100	0	176	28	21	18	31	1.97
47821--47875	3	18.7	3	86	3	76	36	1	1	60	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62385--62418	18	1.9	18	88	5	52	29	11	32	26	1.92
62592--62629	19	2.0	20	89	5	60	23	15	36	23	1.94
63448--63488	20	2.0	21	85	9	57	36	12	4	46	1.63
65526--65633	30	3.5	30	67	18	85	20	9	37	32	1.84
65529--65652	64	1.9	64	91	0	203	20	10	34	34	1.87
67516--67550	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
70228--70405	64	2.8	64	82	3	205	26	16	26	30	1.97
70246--70405	65	2.5	65	85	3	207	27	15	26	31	1.95
76853--76892	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
78819--78996	64	2.8	64	81	3	205	26	16	26	30	1.97
78837--78996	65	2.5	65	84	3	207	27	15	26	31	1.95
78838--79045	65	3.2	64	79	11	194	27	16	25	30	1.96
83728--83763	10	3.5	10	85	7	54	47	0	0	52	1.00
91938--91962	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
92473--92528	20	2.9	19	73	21	55	30	3	7	58	1.42
96774--96826	22	2.4	22	90	0	88	18	15	28	37	1.91
96917--96972	6	10.0	6	86	11	75	33	46	17	1	1.59
96922--96980	10	5.5	10	87	4	64	33	44	20	1	1.62
97488--97556	20	3.5	20	97	0	129	44	21	24	8	1.80
97464--97581	40	2.9	41	82	2	166	38	22	20	17	1.93
97854--97888	11	3.2	11	95	0	61	8	5	0	85	0.73
101616--101763	71	2.1	71	98	0	287	39	10	22	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104179--104230	23	2.2	24	86	10	72	61	3	5	28	1.37
104829--104862	15	2.3	15	85	5	52	17	0	5	76	0.98
111612--111854	131	1.9	128	91	5	400	41	16	2	39	1.63
112641--112682	17	2.3	19	88	8	61	50	2	4	42	1.36
112741--112782	20	2.0	22	86	9	61	45	2	7	45	1.44
114150--114196	21	2.2	21	96	0	85	21	8	31	38	1.83
114466--114496	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
122773--122822	23	2.3	21	83	10	57	44	2	0	54	1.11
122764--122806	3	15.0	3	85	9	54	34	0	0	65	0.93
124195--124231	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
124281--124335	20	2.9	19	73	23	53	25	5	1	67	1.22
124408--124457	21	2.3	23	80	13	61	34	0	0	66	0.92
126540--126590	20	2.5	20	80	6	57	17	11	11	58	1.62
130996--131333	114	3.0	114	94	0	577	34	14	19	31	1.92
131871--131925	26	2.1	26	93	0	92	23	25	25	25	2.00
133919--133973	22	2.5	22	87	0	92	36	10	12	40	1.79
134380--134933	113	4.9	114	90	2	800	37	14	19	28	1.92
136702--136730	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
136902--136951	21	2.3	23	80	13	61	34	0	0	66	0.92
136809--137026	120	1.8	119	84	4	296	36	9	7	45	1.66
146733--147220	243	2.0	243	100	0	976	30	11	17	39	1.86
148401--148426	13	2.0	13	100	0	52	53	7	7	30	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164227--164265	21	2.0	21	85	10	55	56	10	10	23	1.63
164404--164442	18	2.2	18	86	13	55	53	20	15	10	1.70
167495--167540	21	2.2	21	84	0	56	26	17	23	32	1.97
167504--167555	21	2.5	21	87	0	68	21	25	17	36	1.94
172822--172857	13	2.8	13	91	0	54	38	19	25	16	1.92
174553--174598	2	24.0	2	91	8	78	52	0	0	47	1.00
174553--174598	17	2.7	17	100	0	92	52	0	0	47	1.00
174553--174597	15	3.0	15	90	9	74	53	0	0	46	1.00
175046--175107	20	3.0	21	76	6	65	40	12	35	11	1.80
183140--183168	5	5.8	5	100	0	58	82	17	0	0	0.66
185280--185345	22	3.0	21	74	14	53	59	1	10	28	1.40
185344--185399	29	2.0	26	83	10	67	69	8	3	17	1.29
186631--186670	20	2.1	19	95	4	71	67	10	0	22	1.20
187876--187920	19	2.3	21	85	14	69	44	0	0	55	0.99
189032--189089	30	1.9	31	85	3	82	43	18	8	29	1.80
189097--189174	33	2.4	33	89	4	113	41	37	8	12	1.75
189121--189190	33	2.2	33	86	2	97	47	31	8	12	1.72
189165--189233	30	2.3	30	78	9	88	47	27	10	14	1.76
199946--199975	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
199958--200215	38	6.9	37	77	14	212	43	3	6	46	1.46
199958--200175	73	2.9	73	83	9	237	44	2	6	45	1.43
200137--200228	40	2.4	37	85	12	123	41	4	7	46	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200214--200292	31	2.6	30	82	6	95	46	2	5	45	1.38
200321--200367	22	2.1	22	84	11	60	42	0	0	57	0.98
200356--200389	12	2.8	12	90	4	50	29	0	0	70	0.87
208955--208994	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
214330--215572	585	2.1	583	84	2	1591	30	23	19	26	1.98
214331--215573	84	14.9	84	81	3	1335	30	23	19	26	1.98
216134--216184	2	26.0	2	96	4	95	49	0	0	50	1.00
216196--216257	27	2.3	27	83	2	72	45	4	6	43	1.51
216175--216299	63	2.0	63	88	4	189	45	4	6	44	1.48
216243--216416	37	4.6	37	85	7	228	44	3	6	45	1.46
216422--216495	32	2.4	31	88	2	103	50	4	4	41	1.40
216511--216535	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
216458--216543	44	2.0	43	83	2	109	54	1	3	40	1.25
216559--216612	16	3.6	15	82	12	67	25	5	0	68	1.11
216560--216612	13	4.2	13	81	11	65	26	5	0	67	1.12
216563--216618	28	2.1	27	81	15	71	23	7	0	69	1.12
217685--217721	12	3.2	11	88	11	56	13	8	0	78	0.96
218002--218064	21	3.0	20	77	13	65	17	7	1	73	1.16
218027--218076	26	1.9	26	88	8	75	20	4	2	74	1.08
218461--219048	111	5.3	110	83	7	751	35	17	7	39	1.79
218647--218885	119	2.0	119	90	0	379	35	16	8	40	1.79
218461--219048	230	2.7	218	85	7	796	35	17	7	39	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222106--222745	55	11.9	54	86	6	765	28	24	16	30	1.97
222144--222745	266	2.2	269	88	5	853	28	25	16	30	1.97
222470--222745	100	2.6	102	88	6	394	28	24	15	30	1.96
223740--223807	8	8.4	8	80	15	52	14	8	0	76	1.01
223742--223807	19	3.5	19	78	17	75	15	7	0	77	0.98
223740--223794	28	2.0	26	89	6	83	14	9	0	76	1.02
223743--223794	9	5.7	9	86	13	63	13	7	0	78	0.94
223771--223815	21	2.1	21	87	4	63	13	6	0	80	0.91
247233--247289	12	4.7	12	93	2	96	33	0	40	26	1.56
248596--249122	185	2.8	184	84	4	657	34	16	10	38	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8