genome.fa.s7863.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007863.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110234_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1653362

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
664305--664668	83	4.4	83	82	3	392	37	17	14	29	1.90
665778--665973	19	9.8	20	73	13	134	36	19	14	29	1.92
665778--665966	40	4.7	40	74	11	147	35	19	15	29	1.92
667289--667327	19	2.1	19	100	0	78	41	17	25	15	1.89
672448--672490	17	2.6	18	82	10	56	65	0	20	13	1.27
673360--673553	62	3.0	62	84	10	289	41	18	9	29	1.83
673422--673561	69	2.0	69	92	0	235	43	16	9	30	1.79
673312--673553	131	1.8	131	94	0	430	42	17	9	29	1.82
674932--674973	21	2.0	21	95	0	75	9	30	33	26	1.88
678283--678326	21	2.2	20	87	4	61	72	2	18	6	1.17
689912--690031	21	5.7	21	80	10	138	21	19	36	22	1.95
689913--690031	63	1.9	62	83	10	152	21	19	36	22	1.95
690111--690168	30	2.0	29	90	10	91	44	17	5	32	1.70
690111--690170	29	2.0	30	93	6	104	43	16	6	33	1.74
690281--690320	21	1.9	21	89	0	62	47	7	12	32	1.69
690645--690682	20	1.9	20	94	0	67	39	10	7	42	1.69
693411--693484	20	3.7	20	81	3	94	31	24	25	18	1.98
693519--693561	22	1.9	23	86	13	63	23	20	30	25	1.99
693505--693603	21	4.8	20	80	13	110	21	20	36	22	1.95
693683--693741	29	2.0	29	93	3	100	44	16	6	32	1.74
705272--705313	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
706780--706822	23	1.9	22	90	4	68	72	4	0	23	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
711881--711947	30	2.2	31	78	2	73	32	10	4	52	1.56
712026--712096	31	2.3	31	85	2	90	43	5	4	46	1.46
712028--712106	31	2.6	31	83	2	88	41	6	3	48	1.47
715821--715854	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
723455--723493	20	2.0	20	89	0	60	33	23	10	33	1.88
733515--733553	20	2.0	20	84	0	51	33	23	7	35	1.83
735096--735139	22	2.0	22	82	8	54	22	11	22	43	1.85
750758--750829	34	2.2	33	97	2	135	29	23	8	38	1.84
751741--751800	18	3.2	18	88	7	75	18	45	20	16	1.86
751781--751827	15	2.8	16	81	18	51	14	31	25	27	1.95
754265--754377	47	2.4	46	84	7	131	23	17	19	39	1.92
754265--754377	24	4.8	24	84	6	135	23	17	19	39	1.92
756446--756477	7	4.4	7	92	7	55	12	31	28	28	1.93
758951--759057	24	4.7	24	73	17	93	22	16	19	41	1.90
758991--759064	24	3.1	24	84	3	96	18	17	18	44	1.87
761455--761494	21	1.9	21	94	0	71	57	0	0	42	0.98
761463--761498	19	1.9	18	88	5	54	55	0	0	44	0.99
762542--762736	34	5.8	35	84	13	222	43	5	8	43	1.57
762565--762736	65	2.6	66	82	15	184	43	5	8	42	1.59
762751--762783	17	1.9	17	93	0	57	45	3	0	51	1.16
762862--762918	20	2.8	20	82	12	71	8	0	7	84	0.79
764972--765028	14	4.0	14	78	15	55	50	1	5	42	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776716--776765	17	2.9	17	96	3	91	30	18	22	30	1.97
776965--777039	29	2.6	28	83	10	80	32	9	6	52	1.60
776993--777233	116	2.1	117	86	6	337	29	13	3	53	1.57
778920--778961	22	1.9	22	85	0	57	54	7	2	35	1.41
779995--780043	19	2.6	19	83	6	55	42	2	2	53	1.24
780302--780411	30	3.7	30	83	1	123	39	10	5	45	1.61
781410--781486	30	2.6	28	80	10	91	51	9	16	22	1.72
782992--783024	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
783269--783350	44	1.9	42	85	5	110	28	14	21	35	1.93
783190--783538	165	2.1	166	81	6	408	28	18	18	34	1.95
783347--784273	283	3.3	283	89	2	1378	27	18	18	35	1.94
784848--784921	37	2.0	37	89	0	112	51	21	6	20	1.70
786560--786663	30	3.6	30	79	5	115	49	10	14	25	1.75
788362--788486	3	41.7	3	84	3	153	32	0	1	64	1.08
789758--789795	12	3.2	12	81	3	51	28	2	2	65	1.19
790625--790676	20	2.6	21	76	11	56	26	7	0	65	1.20
795326--795362	11	3.4	11	92	0	65	89	0	10	0	0.49
795315--795368	6	9.3	6	75	20	53	83	0	16	0	0.65
795328--795368	18	2.2	18	91	4	64	85	0	14	0	0.60
795323--795362	10	3.8	10	87	12	62	87	0	12	0	0.54
797508--797710	81	2.5	83	94	1	347	27	12	22	37	1.90
799917--800065	54	2.8	54	87	0	208	36	14	24	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
800414--800468	22	2.5	22	87	0	83	34	10	14	40	1.81
801146--802028	76	11.6	76	97	0	1640	22	20	21	36	1.95
802214--802280	3	22.0	3	84	3	80	29	0	2	67	1.06
802691--802719	14	2.0	15	93	6	51	75	6	17	0	1.01
803857--803890	17	2.0	17	88	0	50	50	5	8	35	1.58
804341--804379	3	13.0	3	89	10	62	30	2	0	66	1.05
805326--805505	43	4.2	43	86	0	234	21	30	20	28	1.98
808513--808571	24	2.5	23	83	2	82	32	23	25	18	1.97
808554--808651	23	4.2	23	81	3	117	32	25	24	17	1.97
808554--808664	23	4.8	23	77	9	93	34	24	24	17	1.96
814150--814313	30	5.5	30	89	2	249	62	4	11	21	1.47
816096--816228	43	3.3	40	76	11	128	21	15	34	27	1.94
816046--816228	83	2.2	82	87	2	251	24	16	32	26	1.96
816062--816204	43	3.4	43	74	11	152	23	15	34	25	1.94
816258--816414	66	2.4	66	81	7	176	39	14	21	24	1.91
816543--816627	36	2.3	37	84	6	102	38	10	17	32	1.84
816576--816645	36	1.9	36	85	5	97	41	10	17	31	1.82
822492--822684	59	3.2	59	81	7	169	59	7	12	20	1.57
822531--822684	59	2.6	60	86	4	204	62	7	11	19	1.51
822531--822684	30	5.2	30	86	4	186	62	7	11	19	1.51
824063--824111	3	16.7	3	83	12	66	65	2	2	30	1.15
825033--825070	18	2.1	19	85	5	51	65	7	5	21	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826274--826328	12	4.7	12	88	2	85	25	40	1	32	1.66
827947--828033	3	29.0	3	95	0	156	34	1	0	64	1.01
830223--830260	15	2.8	13	88	11	51	23	5	2	68	1.23
833500--833532	15	2.1	16	94	5	59	33	18	6	42	1.75
840862--840935	11	6.9	11	78	17	84	82	0	17	0	0.67
840859--840936	16	4.9	16	80	11	74	82	0	17	0	0.68
840858--840938	23	3.7	22	82	12	87	81	0	18	0	0.69
840861--840938	33	2.4	33	85	6	104	82	0	17	0	0.68
842955--843620	114	5.8	114	94	1	944	38	12	19	29	1.89
843937--844016	3	26.7	3	92	0	124	35	3	0	61	1.14
844012--844052	11	3.8	10	87	9	55	56	2	0	41	1.13
847697--847738	18	2.4	18	81	14	52	64	2	2	30	1.19
847810--847858	25	2.0	23	84	7	62	30	10	6	53	1.59
850301--850470	59	2.8	59	76	10	175	40	4	21	32	1.74
851385--851432	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
852211--852280	31	2.3	31	95	2	124	58	11	2	27	1.47
855178--855226	22	2.4	19	78	18	62	24	22	16	36	1.94
855183--855227	22	2.0	22	95	0	81	24	22	15	37	1.93
861937--861987	22	2.2	22	82	6	57	54	3	3	37	1.37
861953--862030	22	3.7	21	78	13	88	52	1	2	43	1.23
861989--862046	16	3.4	16	81	11	53	46	1	3	48	1.29
870479--870524	3	15.3	3	81	0	56	30	0	6	63	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
870485--870524	12	3.3	12	89	0	62	32	0	7	60	1.25
872361--872399	20	1.9	19	85	10	51	56	0	2	41	1.13
873978--874040	2	31.5	2	100	0	126	49	0	0	50	1.00
874905--875006	30	3.5	30	74	8	120	30	4	7	56	1.49
874894--875008	57	2.0	57	100	0	230	33	5	6	53	1.50
875178--875206	13	2.2	13	100	0	58	37	27	6	27	1.82
877271--877939	200	3.4	199	84	2	824	30	23	21	24	1.99
878402--878456	27	2.0	27	86	6	76	45	0	9	45	1.35
881349--881410	33	1.9	32	81	15	74	40	1	3	54	1.26
881759--881957	108	1.8	108	80	4	240	39	15	16	29	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8