genome.fa.s7864.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007864.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110236_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1537186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
698711--698775	21	3.5	18	80	20	64	26	1	0	72	0.94
698680--698770	36	2.5	35	79	13	96	28	3	1	67	1.14
698718--698783	16	4.1	16	73	25	59	25	0	1	72	0.93
698680--698788	34	3.2	33	77	17	89	27	2	1	67	1.14
698722--698793	13	6.1	11	73	23	58	26	0	1	72	0.93
698722--698787	21	2.7	26	73	26	72	25	0	1	72	0.93
699016--699092	38	2.0	38	100	0	154	28	10	10	50	1.69
701130--701190	19	3.3	19	79	4	79	26	21	4	47	1.71
701138--701202	19	3.5	19	80	2	78	29	23	7	40	1.82
705612--705652	21	2.0	21	90	0	64	39	17	21	21	1.93
706056--706098	18	2.4	18	88	0	59	41	4	13	39	1.66
706092--706210	18	6.6	18	77	9	107	43	12	12	31	1.80
706119--706210	37	2.5	37	83	3	105	44	11	13	30	1.79
706318--706389	3	24.0	3	91	0	108	38	0	0	61	0.96
706318--706389	15	4.8	15	96	0	126	38	0	0	61	0.96
708066--708101	17	2.0	19	89	10	58	25	13	0	61	1.33
711625--711724	1	100.0	1	73	0	74	86	0	14	0	0.58
711623--711723	11	9.1	11	78	10	100	85	0	14	0	0.61
711625--711724	25	3.9	25	77	11	103	86	0	14	0	0.58
711628--711725	29	3.6	27	78	13	110	84	0	15	0	0.62
711625--711725	17	5.7	17	75	16	89	85	0	14	0	0.61
712567--712827	93	2.8	93	94	2	454	28	14	21	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
713558--714317	116	6.7	116	90	3	1113	37	14	19	28	1.91
713558--714317	228	3.3	228	90	3	1128	37	14	19	28	1.91
713558--714317	344	2.2	342	88	4	1101	37	14	19	28	1.91
714240--714525	121	2.3	125	81	7	363	41	15	20	22	1.89
714669--714707	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
717146--717185	19	2.0	19	85	9	53	57	0	0	42	0.98
728762--728813	24	2.2	23	89	3	77	21	34	21	23	1.97
736792--736899	36	3.1	36	90	2	166	38	18	24	18	1.93
739462--739488	13	2.1	13	100	0	54	29	0	25	44	1.54
744517--744562	19	2.5	19	85	3	58	32	8	0	58	1.28
744542--744579	14	2.8	13	88	7	58	34	2	0	63	1.09
744542--744594	27	2.0	26	85	10	72	37	3	0	58	1.16
745048--745140	23	4.1	23	97	1	161	35	23	12	27	1.92
745035--745135	46	2.2	46	89	0	157	36	24	12	25	1.91
745233--745309	20	3.8	20	80	0	91	55	16	10	16	1.68
754484--754509	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
754810--754850	21	2.0	21	95	0	73	17	19	2	60	1.46
758853--758922	12	5.7	12	73	17	54	10	0	34	55	1.33
758844--758899	6	9.0	6	76	21	53	14	0	35	50	1.43
759337--759377	20	1.9	21	85	14	57	41	7	26	24	1.81
759547--759683	61	2.2	61	94	0	238	33	8	8	48	1.65
759711--759792	26	2.9	27	81	16	87	46	2	6	45	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
759769--759810	18	2.3	18	91	0	66	42	4	2	50	1.36
759740--759823	33	2.6	32	87	7	109	41	4	5	47	1.49
759820--759863	18	2.3	20	84	7	56	45	4	9	40	1.56
764121--764559	43	10.2	43	80	6	369	28	23	17	31	1.97
764136--764558	129	3.3	127	80	6	410	28	23	16	31	1.96
764764--764840	27	2.9	27	88	0	109	46	5	6	41	1.52
764791--764929	47	3.0	45	72	19	122	44	5	7	42	1.55
764994--765162	33	5.4	31	74	9	135	42	5	7	44	1.56
765020--765129	20	5.3	20	71	20	66	40	2	8	48	1.47
764939--765127	93	2.0	92	90	1	297	41	4	7	46	1.52
765094--765220	22	6.2	22	70	20	60	40	6	7	46	1.56
765175--765199	13	1.9	13	100	0	50	40	0	8	52	1.31
765113--765274	81	2.0	80	82	9	197	40	6	7	45	1.59
765329--765392	22	2.9	22	92	0	110	45	4	4	45	1.45
765411--765453	22	2.0	22	90	0	68	37	11	11	39	1.78
765477--765745	2	134.5	2	70	18	143	46	2	3	46	1.35
765558--765620	33	2.0	31	87	6	90	39	4	4	50	1.44
765556--765745	53	3.5	53	78	11	138	45	3	3	47	1.34
765570--765696	33	4.0	33	73	12	88	46	3	3	46	1.37
766774--766870	26	3.7	26	95	0	176	16	34	7	42	1.76
772096--772123	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
785227--785371	6	24.2	6	94	0	254	17	14	33	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
799828--799877	23	2.2	23	100	0	100	16	50	16	18	1.79
810891--810974	37	2.3	37	100	0	168	34	19	22	23	1.96
818106--818141	18	2.0	18	94	0	63	19	5	25	50	1.69
821214--821300	43	2.0	43	95	0	156	39	10	11	39	1.76
825943--826031	11	7.4	11	69	18	61	44	1	7	46	1.39
825930--826186	36	7.4	35	75	13	194	44	2	5	46	1.41
825954--826015	27	2.4	26	89	5	90	46	0	8	45	1.32
825930--826046	63	1.9	61	85	3	162	44	0	6	47	1.35
825979--826160	75	2.5	74	80	8	192	42	2	6	48	1.43
825980--826179	110	1.8	109	86	5	287	43	3	6	47	1.45
826138--826243	54	1.9	55	86	5	153	49	2	2	45	1.31
826188--826317	39	3.4	38	79	13	124	46	2	4	46	1.36
826194--826334	36	3.9	36	77	12	121	44	2	5	47	1.38
826063--826317	129	2.0	126	82	8	313	45	3	4	46	1.39
826194--826335	37	3.9	36	75	16	123	44	2	5	47	1.38
826336--826385	3	16.7	3	91	8	84	32	0	0	68	0.90
827908--828185	31	9.0	31	97	0	504	38	22	19	19	1.93
830825--830865	20	2.0	22	90	9	68	58	0	0	41	0.98
830908--830950	15	2.8	16	86	10	54	37	4	0	58	1.19
836181--836257	33	2.4	32	82	4	100	32	10	10	46	1.72
839122--839166	18	2.5	18	88	0	72	26	26	20	26	1.99
841201--841367	85	2.0	85	90	2	264	33	16	17	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
847800--847831	10	3.3	10	91	8	57	75	0	0	25	0.81
855679--855751	31	2.4	31	88	0	101	21	9	15	53	1.70
855722--855787	17	3.8	17	75	16	64	24	22	13	39	1.90
855692--855787	31	2.9	33	82	10	92	23	17	14	43	1.86
855706--855795	34	2.7	34	81	11	91	21	21	13	44	1.85
855933--856017	12	7.0	12	67	16	50	51	1	1	45	1.16
855919--856025	35	2.9	36	79	9	119	51	0	3	43	1.26
856570--856653	16	5.2	16	71	5	71	47	23	11	16	1.80
856570--856653	32	2.6	32	81	7	107	47	23	11	16	1.80
858865--858917	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
858892--859123	41	5.7	41	72	7	132	33	19	18	28	1.96
858904--858958	20	2.7	21	85	5	76	38	16	21	23	1.93
858978--859034	20	2.8	21	75	5	62	22	21	14	42	1.88
858865--859040	21	8.5	21	66	12	69	27	21	18	33	1.96
859030--859141	20	5.6	20	84	4	136	37	20	20	21	1.94
859667--859738	19	3.7	19	96	1	126	43	25	18	13	1.86
859664--859749	19	4.5	18	87	8	100	45	25	16	12	1.83
859664--859749	38	2.2	38	84	8	120	45	25	16	12	1.83
859752--859861	52	2.1	52	93	0	184	10	23	21	43	1.84
859821--859874	14	3.5	14	73	22	54	11	24	24	40	1.87
859811--859898	33	2.6	33	96	1	158	11	26	21	40	1.87
862068--862134	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
862016--862134	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
863483--863518	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
863625--863709	19	4.7	19	80	16	101	45	22	21	10	1.82
863657--863719	19	3.3	19	93	4	101	44	25	17	12	1.84
863713--863877	33	5.0	32	92	5	269	16	22	20	40	1.92
863847--863900	19	2.8	19	82	2	63	16	20	24	38	1.92
866169--866193	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
866368--866421	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
867213--867291	20	3.9	20	77	9	70	35	22	18	22	1.96
867251--867300	20	2.5	20	80	0	73	38	22	18	22	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8