genome.fa.s7889.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007889.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110271_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1663484

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
884036--884111	35	2.2	35	79	9	84	35	3	1	59	1.24
886874--886914	21	2.0	21	95	0	73	17	9	12	60	1.57
891493--891637	45	3.2	45	61	16	107	31	12	20	35	1.90
891469--891707	93	2.6	93	100	0	478	28	12	22	36	1.91
894716--895407	112	6.0	113	85	6	924	39	15	18	27	1.90
894863--895328	237	1.9	241	89	3	719	39	15	18	26	1.90
894716--895404	113	6.0	112	85	7	812	39	15	18	27	1.90
895815--896453	75	8.5	76	96	0	1088	22	20	20	36	1.95
895815--896453	227	2.8	227	96	0	1183	22	20	20	36	1.95
896579--896645	3	22.0	3	84	3	80	38	0	1	59	1.06
896579--896654	18	4.2	17	80	6	71	40	0	1	57	1.07
898060--898163	53	2.0	54	83	7	133	27	4	3	63	1.32
901193--901238	10	4.7	10	91	5	67	0	23	19	56	1.42
901254--901329	32	2.4	32	95	0	116	19	23	28	27	1.98
901258--901313	18	3.3	18	66	19	57	14	25	32	28	1.94
917661--917751	20	4.6	20	97	0	164	38	20	17	23	1.93
917661--917779	60	2.0	60	83	11	154	36	20	16	26	1.93
917948--918009	18	3.0	22	72	18	69	25	38	16	19	1.92
918379--918446	20	3.4	20	87	0	82	17	16	23	42	1.88
918413--918456	20	2.2	20	87	0	61	13	13	20	52	1.74
920326--920385	20	3.3	19	69	26	58	15	21	23	40	1.91
920869--920972	21	5.0	21	73	3	84	23	36	17	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
920896--920976	42	1.9	42	85	5	110	23	38	17	20	1.93
922325--922360	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
922483--922556	33	2.2	33	90	2	112	44	21	22	10	1.83
922571--922666	33	2.9	34	85	3	131	12	23	21	41	1.87
922639--922726	20	4.4	20	91	2	133	17	18	26	38	1.92
925147--925200	24	2.3	23	87	12	83	38	20	16	24	1.92
925147--925213	24	2.8	24	81	2	64	37	20	16	25	1.93
925911--925956	21	2.2	21	84	7	58	39	17	26	17	1.91
926004--926054	19	2.7	19	96	0	93	21	21	27	29	1.99
937867--938541	337	2.0	336	99	0	1341	34	21	16	27	1.95
941805--941895	43	2.1	44	82	10	107	32	6	2	58	1.36
945905--946074	86	2.0	86	98	0	331	37	19	27	15	1.92
946104--946147	18	2.4	18	85	11	54	81	6	11	0	0.86
946106--946147	10	4.2	10	82	11	59	85	4	9	0	0.72
946746--946793	22	2.2	22	82	14	55	43	22	10	22	1.84
947735--947858	36	3.4	36	82	6	160	25	20	13	40	1.89
947834--947988	66	2.4	64	82	8	188	33	22	8	35	1.84
948625--949348	105	7.0	105	92	1	1113	33	26	16	22	1.96
948625--949348	207	3.5	209	90	2	1127	33	26	16	22	1.96
950484--950523	16	2.3	18	91	8	66	27	5	2	65	1.27
950484--950583	52	1.9	53	84	13	136	32	4	2	62	1.25
952879--952913	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
960915--960979	15	4.3	15	96	0	112	18	44	7	29	1.77
963225--963270	13	3.7	12	83	16	58	82	0	17	0	0.67
963228--963260	11	2.9	12	86	13	52	81	0	18	0	0.68
963225--963270	19	2.4	18	86	10	65	82	0	17	0	0.67
963234--963279	14	3.3	13	88	11	65	80	2	17	0	0.81
963228--963269	6	6.8	6	83	5	57	83	0	16	0	0.65
964633--964813	89	2.0	90	98	1	355	32	15	19	32	1.93
969274--969307	15	2.3	15	95	5	61	29	32	5	32	1.81
970214--970467	21	11.7	21	76	9	197	30	22	5	41	1.77
970214--970467	44	5.8	44	76	7	214	30	22	5	41	1.77
970214--970448	65	3.6	64	76	7	242	30	23	5	41	1.76
972026--972178	32	4.8	32	80	7	161	31	26	24	17	1.97
976353--976401	23	2.4	22	83	16	61	48	10	14	26	1.75
981147--981179	15	2.2	15	100	0	66	42	12	12	33	1.79
981406--981583	88	2.0	88	100	0	356	32	22	14	31	1.93
981782--981845	32	2.0	32	100	0	128	43	12	31	12	1.80
986981--987301	9	35.3	9	66	21	72	46	4	3	45	1.39
986997--987101	42	2.4	42	87	4	138	45	4	2	46	1.39
986981--987182	2	103.0	2	67	19	97	46	4	2	45	1.40
987241--987300	24	2.5	23	79	15	68	43	0	3	53	1.17
987388--987466	31	2.5	31	95	0	140	43	6	7	43	1.58
987521--987557	13	2.8	13	87	0	56	48	8	5	37	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
987491--987593	55	1.9	54	88	4	154	44	8	7	38	1.64
987537--987593	22	2.7	21	79	12	64	47	8	5	38	1.57
987567--987628	24	2.6	25	82	12	76	40	6	9	43	1.63
987621--987703	14	5.9	14	69	16	64	42	6	4	46	1.49
987617--987808	56	3.2	59	72	20	166	44	5	5	44	1.51
987874--987973	18	5.2	18	81	13	119	40	10	10	40	1.72
987879--987958	42	1.9	42	92	0	133	38	10	10	41	1.72
987889--987982	42	2.2	41	81	10	102	40	9	9	40	1.70
987826--987997	60	2.9	59	78	13	190	41	8	10	39	1.70
987996--988054	18	3.6	18	69	21	56	42	6	6	44	1.57
988014--988077	13	4.8	14	75	12	55	46	7	3	42	1.48
987994--988079	31	2.8	31	91	3	131	45	6	4	43	1.51
988143--988177	15	2.4	14	95	4	61	45	5	0	48	1.26
988266--988331	24	2.9	22	76	12	71	50	9	3	37	1.50
988241--988308	34	2.0	33	85	8	91	48	7	4	39	1.51
988314--988475	2	77.0	2	65	24	50	46	4	6	42	1.50
988301--988475	18	10.3	18	70	19	119	46	5	5	41	1.51
988374--988423	9	5.6	9	73	17	50	50	6	4	40	1.46
988390--988483	44	2.1	44	84	11	120	46	5	6	41	1.52
988408--988469	28	2.3	26	78	15	63	46	6	4	41	1.51
988410--988505	43	2.2	44	82	12	110	47	6	4	41	1.48
988944--989025	6	13.7	6	94	0	92	41	48	7	2	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
988940--989073	12	11.2	12	86	0	115	37	46	11	5	1.62
988940--989132	18	10.7	18	77	0	125	39	43	9	8	1.67
988950--989113	24	6.8	24	75	2	87	40	42	9	7	1.67
997395--997456	20	3.0	20	81	9	70	20	33	25	19	1.96
997395--997456	23	2.9	21	88	7	81	20	33	25	19	1.96
997417--997465	23	2.2	23	85	3	64	22	30	30	16	1.96
1001170--1001218	20	2.5	20	83	6	64	14	10	18	57	1.65
1001953--1001990	13	2.8	13	82	17	51	60	0	2	36	1.11
1001969--1002015	19	2.5	19	86	3	60	59	0	8	31	1.27
1002886--1003102	2	115.5	2	68	23	116	46	2	3	47	1.33
1002886--1002991	47	2.3	47	80	6	128	54	2	0	41	1.21
1002932--1003068	47	2.8	48	79	9	136	45	1	4	48	1.31
1008704--1008804	46	2.2	45	98	1	193	38	3	14	42	1.65
1013091--1013145	27	2.0	27	85	3	74	47	10	12	29	1.76
1017096--1017155	27	2.3	26	82	2	75	41	10	13	35	1.78
1019101--1019238	35	3.9	35	72	9	109	27	18	19	34	1.95
1033351--1034298	105	9.0	105	81	3	971	33	24	18	23	1.97
1033351--1034242	211	4.3	210	84	3	1012	34	24	18	22	1.96
1038756--1038801	20	2.3	20	100	0	92	39	4	17	39	1.69
1045875--1045941	35	1.9	35	87	0	98	46	20	0	32	1.51
1045946--1046014	35	2.0	35	88	0	102	30	0	21	47	1.51
1055360--1055525	83	2.0	83	100	0	332	25	30	9	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1056945--1057002	16	3.6	15	76	17	55	51	1	3	43	1.28
1056994--1057040	22	2.2	22	88	3	69	40	2	10	46	1.50
1057026--1057130	14	8.1	14	69	19	59	44	6	8	40	1.61
1057004--1057221	38	5.9	37	81	12	261	42	5	9	42	1.60
1057000--1057221	74	3.0	74	80	10	249	42	5	9	42	1.60
1057071--1057116	24	1.9	24	95	0	83	50	6	8	34	1.59
1057175--1057207	16	2.1	16	100	0	66	42	6	6	45	1.53
1057151--1057231	22	3.9	22	71	22	68	41	4	7	45	1.53
1057265--1057293	15	1.9	15	100	0	58	34	0	3	62	1.12
1057292--1057340	5	9.8	5	93	0	80	24	34	0	40	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9