genome.fa.s7915.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007915.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110318_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1667290

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
887--936	22	2.2	22	85	3	64	30	26	14	30	1.94
5920--5971	23	2.4	22	81	12	63	30	23	15	30	1.95
11270--11321	2	26.0	2	96	0	95	50	1	0	48	1.12
16303--16335	17	1.9	17	93	0	57	45	12	6	36	1.66
18461--18502	22	1.9	22	85	9	59	38	0	33	28	1.58
22990--23023	10	3.3	10	84	8	50	44	8	8	38	1.67
51496--51571	38	2.1	37	87	5	109	50	3	0	46	1.20
52449--52624	87	2.0	87	100	0	352	28	14	12	43	1.82
57846--58107	14	18.6	14	71	15	127	42	4	5	48	1.45
57846--58090	28	8.2	28	82	11	183	42	4	5	48	1.46
57869--58111	42	6.1	41	87	7	256	42	4	5	47	1.46
57938--58063	50	2.5	50	75	14	125	42	4	5	47	1.48
61072--61151	31	2.6	31	95	0	142	33	28	22	15	1.94
62665--62746	34	2.4	35	85	2	103	40	12	9	37	1.76
62674--62751	35	2.3	34	86	2	102	38	14	8	38	1.77
63512--63565	24	2.2	24	100	0	108	40	24	14	20	1.90
65467--65528	29	2.1	30	82	8	74	38	16	3	41	1.64
71149--71178	11	2.6	11	94	5	51	90	3	6	0	0.56
71132--71171	19	2.1	19	85	0	53	82	2	15	0	0.77
71152--71190	16	2.4	16	82	0	51	82	5	12	0	0.83
71149--71187	13	3.2	13	89	7	55	84	5	10	0	0.76
72221--72284	32	2.0	32	84	6	85	26	15	26	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72355--72575	65	3.5	64	78	4	216	28	11	16	43	1.82
72544--72642	35	2.8	35	81	4	110	31	18	13	37	1.89
72714--73107	133	3.0	131	83	5	474	24	30	18	25	1.98
74531--74573	20	2.2	19	84	12	52	13	4	6	74	1.19
75277--75346	28	2.5	26	82	13	77	55	2	0	41	1.14
75277--75347	26	2.7	26	81	14	67	54	2	0	42	1.14
76536--76583	24	2.0	24	100	0	96	25	12	8	54	1.65
77459--77505	20	2.3	20	88	0	67	14	10	12	61	1.56
77479--77513	14	2.5	14	90	0	52	14	17	11	57	1.66
77984--78039	24	2.3	24	100	0	112	41	17	21	19	1.91
79424--79479	8	6.9	8	72	11	51	82	0	12	5	0.83
81763--82384	73	8.6	73	94	1	1081	32	14	13	39	1.86
81763--82384	145	4.3	146	95	1	1081	32	14	13	39	1.86
81763--82384	218	2.9	218	95	0	1113	32	14	13	39	1.86
82390--82757	39	9.7	38	86	5	478	39	13	25	22	1.90
82390--82733	150	2.3	152	90	2	530	38	13	26	21	1.90
82693--83013	123	2.6	122	86	2	437	39	14	19	27	1.90
83082--83183	39	2.6	39	90	0	159	43	7	24	24	1.81
83659--83717	29	2.0	29	86	6	82	37	38	11	11	1.79
84659--84716	27	2.2	27	87	9	84	55	1	0	43	1.10
85843--86064	30	7.3	30	76	8	162	17	12	9	60	1.57
85987--86058	29	2.4	30	80	11	76	13	9	6	69	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113368--113419	19	2.7	19	84	3	59	36	28	13	21	1.91
113387--113582	20	9.7	20	74	10	148	35	27	11	26	1.91
113411--113582	41	4.2	40	80	5	168	34	26	12	26	1.92
113369--113580	101	2.1	100	89	0	316	34	26	12	25	1.92
113563--113629	20	3.3	21	72	19	61	35	19	5	38	1.76
113653--113700	18	2.5	20	76	10	55	31	20	10	37	1.87
114129--114278	74	2.0	74	100	0	300	34	10	20	34	1.87
114659--114726	24	2.8	24	84	0	91	26	17	17	38	1.92
116995--117023	12	2.4	12	100	0	58	51	24	6	17	1.69
117276--117354	20	4.0	20	83	0	86	46	20	12	20	1.82
119441--119601	64	2.5	63	79	6	171	24	24	18	32	1.97
121429--121560	21	6.3	21	75	8	90	27	15	33	24	1.95
121521--121560	20	2.0	21	95	5	73	30	12	35	22	1.91
121835--121928	21	4.5	21	75	10	68	38	30	11	19	1.87
121849--121942	42	2.2	44	80	14	117	38	32	7	21	1.81
121996--122096	42	2.4	42	89	0	148	20	14	39	24	1.91
123626--123657	14	2.3	14	94	0	55	43	25	18	12	1.85
124059--124105	22	2.1	22	88	0	67	25	19	38	17	1.92
124322--124371	20	2.5	20	90	0	73	30	12	28	30	1.92
128054--128210	55	2.9	55	86	0	224	45	11	19	23	1.83
131701--131731	15	2.1	15	93	0	53	41	16	19	22	1.89
132889--133043	18	8.5	18	75	13	106	77	0	20	2	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132902--133045	53	2.7	52	82	12	141	78	0	18	2	0.87
132892--133021	61	2.1	61	83	11	167	76	0	20	3	0.91
132890--133044	28	5.7	27	72	15	122	77	0	20	2	0.89
132930--133053	25	4.8	25	75	15	94	78	0	18	3	0.89
134198--135013	55	14.8	55	82	4	833	30	17	22	29	1.97
134198--135013	111	7.4	110	82	3	870	30	17	22	29	1.97
134198--135013	166	4.9	164	81	6	871	30	17	22	29	1.97
135218--135269	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
144081--144110	16	1.9	16	93	6	53	46	0	0	53	1.00
145093--145149	13	4.2	13	80	6	60	77	1	0	21	0.86
145095--145155	24	2.4	25	78	13	72	75	1	0	22	0.89
145029--145157	46	3.0	41	73	17	109	71	3	3	21	1.16
146366--146402	4	9.8	4	88	11	60	78	0	0	21	0.75
146348--146402	18	3.1	18	81	7	67	76	0	5	18	0.97
146365--146398	10	3.1	11	84	16	52	79	0	0	20	0.73
146428--146748	38	8.8	36	81	9	359	44	6	2	46	1.42
147382--148204	84	9.8	83	82	1	881	24	18	24	33	1.97
156310--156370	23	2.7	23	87	2	97	24	31	26	18	1.97
163259--163308	4	12.8	4	80	19	61	76	2	0	22	0.89
163258--163327	32	2.2	31	85	12	97	74	2	0	22	0.95
163241--163327	25	3.4	25	77	13	77	73	2	3	20	1.09
163322--163740	38	11.2	37	80	10	360	43	7	2	46	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165185--165242	31	1.9	30	86	10	82	37	20	15	25	1.92
168204--168280	37	2.1	37	82	4	93	46	1	3	48	1.28
169487--169535	20	2.4	20	83	10	55	10	6	6	77	1.11
169716--169782	11	6.3	11	74	11	50	40	1	1	56	1.17
171455--171766	21	15.0	21	78	12	138	22	19	21	36	1.95
171514--171766	42	6.1	41	87	4	350	22	19	20	37	1.95
171461--171763	84	3.6	81	85	8	371	21	18	22	37	1.94
172514--172608	21	4.6	21	77	7	97	33	25	20	21	1.97
172493--172562	19	3.5	19	71	11	59	38	22	18	20	1.93
172489--172578	40	2.2	42	94	4	157	35	24	18	21	1.96
188364--188679	157	2.0	157	100	0	632	43	17	22	16	1.87
190125--190213	27	3.2	27	64	14	72	34	31	19	14	1.92
190136--190228	30	3.2	30	64	14	86	39	27	20	11	1.88
190070--190295	57	4.0	57	93	1	350	35	30	19	14	1.91
190152--190243	30	3.2	30	64	14	84	39	29	17	14	1.89
196378--196440	2	31.5	2	100	0	126	50	0	0	49	1.00
196488--196668	85	2.2	83	86	4	247	29	16	22	32	1.96
196618--196695	13	6.0	13	84	0	93	34	16	20	28	1.94
196625--196695	26	2.7	26	93	0	124	33	16	19	29	1.94
196618--196695	39	2.0	39	89	0	120	34	16	20	28	1.94
200358--200429	19	3.8	19	83	3	83	31	19	25	23	1.98
200682--200732	25	2.0	25	100	0	102	25	19	11	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201025--201059	18	1.9	18	100	0	70	17	22	34	25	1.96
207087--207249	64	2.5	64	81	3	177	33	21	19	25	1.97
207808--207842	18	1.9	18	94	0	61	20	22	31	25	1.98
209234--209280	3	16.0	3	91	4	78	65	2	0	31	1.04
212469--212759	148	2.0	145	94	4	516	38	7	15	38	1.75
214283--214312	15	1.9	16	93	6	53	56	3	6	33	1.42
216925--216997	24	3.0	25	92	6	123	30	16	20	32	1.95
217354--217509	41	3.6	45	71	13	130	23	19	30	26	1.98
217308--217519	88	2.4	90	88	6	306	24	18	30	26	1.98
220145--220315	87	2.0	84	96	3	315	29	21	12	35	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10