genome.fa.s7915.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007915.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110318_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1667290

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802555--802612	14	4.2	14	75	18	59	56	20	0	22	1.42
802559--802613	28	2.0	28	88	0	83	54	23	0	21	1.45
802955--803006	9	5.7	9	78	17	54	53	5	1	38	1.36
802955--803004	17	2.8	17	90	9	73	52	6	2	40	1.38
803076--803126	21	2.4	21	84	12	61	52	23	0	23	1.47
803286--803315	15	2.0	15	100	0	60	46	6	0	46	1.29
803299--803555	20	12.9	20	67	19	76	44	5	4	45	1.46
803288--803563	22	13.4	22	66	22	79	43	5	4	46	1.46
803515--803560	2	23.5	2	95	4	85	50	0	0	50	1.00
803629--804329	210	3.3	209	92	2	1127	27	12	8	51	1.67
807986--808034	24	2.0	24	84	7	64	57	10	4	28	1.50
810431--810486	17	3.3	17	76	18	62	37	8	12	41	1.74
810416--810497	34	2.4	34	89	0	119	41	7	10	40	1.68
810416--810510	34	2.8	34	85	1	91	43	7	10	38	1.67
813961--814006	21	2.2	20	84	3	56	10	13	28	47	1.76
814883--814922	20	2.0	21	85	14	57	42	5	7	45	1.54
815153--815191	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
815090--815253	65	2.5	64	80	9	156	31	26	17	25	1.97
822666--822709	21	2.1	21	86	0	61	9	36	15	38	1.80
823482--823521	20	2.0	21	85	14	57	42	5	7	45	1.54
823752--823790	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
823738--823900	65	2.5	65	85	3	222	30	26	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
828396--828445	20	2.5	20	83	6	57	32	12	4	52	1.57
833460--833499	18	2.1	20	86	9	57	35	2	10	52	1.48
834105--834149	22	2.0	22	91	0	72	28	26	17	26	1.98
834397--834437	17	2.4	17	83	0	55	36	7	4	51	1.51
837684--837727	21	2.1	21	95	0	79	34	29	20	15	1.94
840560--840592	16	2.1	16	88	11	50	30	6	21	42	1.77
843480--843545	23	3.0	22	77	16	73	25	21	30	22	1.99
847421--847637	117	1.9	117	80	3	258	27	13	9	49	1.73
851182--851237	20	2.8	20	94	0	94	30	35	16	17	1.92
851259--851346	45	1.9	46	93	2	151	27	25	19	28	1.99
875673--875909	103	2.3	99	81	5	267	32	21	7	38	1.81
875731--875979	103	2.4	100	77	11	254	34	21	8	35	1.84
877680--877712	17	1.9	18	88	11	52	36	3	0	60	1.12
877680--877713	18	1.9	17	94	5	59	35	2	0	61	1.11
886582--886747	42	3.9	42	88	3	235	55	18	3	23	1.56
886582--886736	84	1.8	84	92	0	265	54	18	3	23	1.58
886638--886787	74	2.0	75	87	6	216	53	17	4	25	1.61
886679--886770	32	2.8	32	85	9	116	52	18	3	26	1.61
886582--886787	84	2.5	83	82	4	227	54	17	3	23	1.58
887908--887984	2	38.5	2	97	0	145	49	0	1	49	1.09
892952--893025	3	24.0	3	88	2	103	39	0	0	60	0.97
894681--894732	26	2.0	25	82	17	63	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
894703--894737	17	2.0	18	88	5	54	40	0	0	60	0.97
898565--898596	15	2.1	15	94	0	55	28	18	6	46	1.73
905926--905962	17	2.2	17	90	0	56	81	2	16	0	0.81
907327--907676	115	3.1	115	94	1	605	34	15	21	29	1.94
908367--909032	224	3.0	223	84	5	809	36	14	19	29	1.91
908365--909032	113	6.0	111	85	6	777	36	14	19	29	1.91
908403--909032	336	1.9	332	86	3	899	37	14	19	29	1.91
908952--909169	120	1.8	119	92	1	373	39	14	18	27	1.89
908392--909151	336	2.2	335	80	10	839	37	14	18	28	1.91
909382--909455	3	24.0	3	88	2	85	41	0	0	58	0.98
911095--911159	26	2.6	27	81	15	70	46	1	0	52	1.10
911130--911164	17	2.0	18	88	5	54	40	0	0	60	0.97
923815--923872	22	2.6	22	88	0	89	20	43	17	18	1.89
924263--924313	20	2.5	20	90	0	75	11	15	23	49	1.78
924277--924320	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69
925638--925686	18	2.7	18	96	0	89	28	44	12	14	1.81
926245--926312	20	3.5	20	86	6	86	39	26	17	16	1.90
926304--926374	33	2.1	34	84	2	90	46	16	19	16	1.84
926346--926383	20	1.9	20	94	0	67	47	13	21	18	1.82
926384--926422	19	2.0	20	90	5	62	12	15	20	51	1.76
926427--926495	20	3.5	20	88	7	104	17	21	26	34	1.95
926409--926496	40	2.4	37	80	14	101	17	22	23	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
927022--927133	42	2.7	42	84	2	127	22	37	18	21	1.94
927013--927118	21	5.0	21	74	4	88	20	35	18	24	1.95
927021--927133	21	5.4	21	69	10	70	22	37	18	22	1.94
928469--928580	36	3.4	36	70	21	125	26	3	16	53	1.59
928441--928603	63	2.5	64	92	6	258	28	3	16	51	1.61
928662--928807	20	7.7	20	80	9	153	26	20	20	32	1.97
928778--929056	140	2.0	140	97	0	522	42	15	13	29	1.84
931391--931444	24	2.2	24	86	0	72	40	18	16	24	1.90
932279--932353	21	3.6	21	73	10	82	21	14	25	38	1.91
932263--932374	41	2.7	41	90	0	179	22	16	26	34	1.95
932263--932373	20	5.4	20	71	12	91	22	16	27	34	1.95
932433--932461	15	1.9	15	100	0	58	41	13	20	24	1.89
934222--934272	3	17.7	3	84	15	72	66	0	0	33	0.92
934763--934885	33	3.6	34	86	5	158	30	9	17	42	1.81
934938--935016	37	2.1	37	92	0	131	35	13	20	30	1.92
935782--935979	109	1.8	106	86	5	281	27	17	22	32	1.96
949299--949351	18	2.9	18	75	10	54	26	0	1	71	0.96
949299--949348	19	2.5	19	81	15	57	26	0	2	72	0.96
949311--949352	21	2.0	21	86	9	59	23	0	2	73	0.94
949329--949361	12	2.7	12	95	4	57	24	0	0	75	0.80
949318--949362	15	3.0	14	81	12	54	22	0	0	77	0.76
950355--950399	16	2.8	17	77	12	51	17	6	2	73	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
954507--954576	32	2.2	32	89	0	104	32	15	22	28	1.95
954515--954577	32	2.0	32	93	0	108	34	12	19	33	1.89
954507--954596	32	2.8	32	82	0	99	32	16	22	28	1.96
954955--955040	34	2.5	34	88	0	136	36	20	18	24	1.95
954989--955335	124	2.9	117	84	6	455	31	24	19	24	1.98
955424--955503	21	4.0	21	73	20	91	27	18	12	41	1.87
955439--955697	36	7.3	36	73	13	234	25	20	13	40	1.88
955646--955796	67	2.2	68	85	4	198	31	19	11	37	1.87
955801--955971	84	2.0	84	86	0	234	30	28	18	22	1.97
956218--956257	18	2.2	18	90	4	62	30	0	2	67	1.04
956609--956957	20	17.5	20	87	3	434	34	26	19	19	1.95
957640--957686	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
957861--957885	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
960167--960453	19	16.4	19	78	17	329	46	18	20	13	1.83
960167--960434	33	7.8	33	84	12	184	46	18	20	13	1.83
960195--960439	52	4.7	53	84	12	289	46	17	22	14	1.84
960250--960475	33	6.6	34	81	14	243	46	17	21	14	1.84
960167--960475	52	5.9	51	74	17	253	46	18	21	14	1.84
960482--960583	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
960690--960726	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
962707--962763	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
962688--962780	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
962651--962785	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
962781--962857	19	4.3	19	76	17	83	9	15	29	45	1.77
962901--963559	93	7.1	93	99	0	1293	46	18	12	22	1.83
965247--965336	14	5.7	14	73	23	72	42	22	25	10	1.84
965239--965353	33	3.5	33	93	0	203	45	20	24	10	1.82
965261--965358	19	5.7	18	73	22	86	42	22	24	10	1.84
965512--965582	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
965764--965818	22	2.5	22	75	0	65	21	16	38	23	1.93
965964--966156	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
965964--966156	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10