genome.fa.s7932.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007932.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110342_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1116633

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21024--21053	16	1.9	15	93	6	51	83	0	16	0	0.65
21027--21089	25	2.6	23	76	14	63	80	0	12	6	0.88
21027--21078	20	2.6	21	78	9	63	82	0	11	5	0.82
21770--21798	13	2.2	13	100	0	58	79	0	13	6	0.93
21769--21831	15	4.4	14	80	13	65	79	0	12	7	0.93
24078--24120	20	2.2	20	86	0	59	32	23	13	30	1.93
34836--35002	90	1.9	90	93	2	291	46	7	10	35	1.66
37871--37933	25	2.5	25	92	5	101	25	9	15	49	1.75
44446--44692	43	5.8	43	82	1	273	34	18	17	29	1.94
48432--48673	41	5.9	41	81	5	204	36	18	17	27	1.93
48432--48673	82	2.9	81	79	5	236	36	18	17	27	1.93
48453--48705	82	3.1	82	79	4	208	37	18	15	28	1.92
54177--54231	17	3.2	17	80	14	69	70	1	1	25	1.06
58429--58478	6	7.7	6	79	16	55	30	50	18	2	1.58
58434--58471	14	2.7	14	95	0	67	31	50	18	0	1.47
59472--59577	41	2.6	41	82	5	135	32	6	7	53	1.55
60378--60444	30	2.2	30	83	5	80	52	1	7	38	1.39
71249--71283	14	2.3	16	90	9	56	68	0	8	22	1.16
71861--71961	34	2.9	36	88	8	163	27	14	13	43	1.84
76505--77230	124	5.9	124	81	8	779	26	18	24	31	1.98
76885--77611	244	3.0	241	87	4	1007	26	18	22	32	1.97
81705--81746	7	5.9	7	84	15	59	83	0	2	14	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91909--91934	3	8.7	3	100	0	52	34	0	65	0	0.93
94047--94071	12	2.1	12	100	0	50	48	0	24	28	1.52
95897--95925	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
96825--96860	18	2.0	18	94	0	63	27	33	19	19	1.96
111293--111328	19	1.9	18	88	5	54	27	11	0	61	1.30
111948--111977	15	2.0	15	100	0	60	33	0	0	66	0.92
111945--111981	18	2.0	19	94	5	67	35	0	0	64	0.94
115028--115095	35	1.9	35	87	0	100	32	0	23	44	1.54
120766--120796	7	4.4	7	95	0	53	25	25	29	19	1.99
120793--120850	5	10.8	5	78	14	62	6	22	51	18	1.70
120786--120850	22	3.0	22	100	0	130	9	23	49	18	1.76
120847--120945	9	10.3	9	77	10	81	29	27	27	16	1.97
120872--120946	29	2.5	31	89	8	120	29	26	26	17	1.97
120847--120945	19	5.2	19	76	17	80	29	27	27	16	1.97
127147--127199	5	9.8	5	76	15	52	7	22	50	18	1.72
127140--127200	17	3.3	17	79	20	77	11	22	47	18	1.80
127113--127150	7	5.4	7	96	0	67	26	26	28	18	1.98
127133--127199	22	3.0	22	93	4	107	11	23	46	17	1.82
127196--127294	9	10.3	9	77	10	81	29	27	27	16	1.97
127221--127295	29	2.5	31	89	8	120	29	26	26	17	1.97
127196--127294	19	5.2	19	76	17	80	29	27	27	16	1.97
130146--130237	14	6.6	14	73	8	55	27	0	23	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130171--130237	21	3.2	20	77	12	55	28	0	22	49	1.50
137605--137704	22	4.5	22	89	0	146	30	29	25	16	1.96
138251--138414	64	2.5	64	82	9	174	26	21	19	32	1.97
144001--144045	20	2.2	20	92	0	72	31	8	22	37	1.85
144008--144053	20	2.3	20	88	0	65	36	13	15	34	1.86
145390--145438	19	2.5	20	90	3	73	48	4	16	30	1.64
147264--147302	20	2.0	20	90	10	62	35	2	15	46	1.60
147378--147435	20	2.9	20	94	0	98	32	15	13	37	1.87
147552--147599	19	2.5	20	86	10	64	33	20	10	35	1.87
147755--147798	20	2.2	20	83	0	52	27	34	20	18	1.96
151209--151267	3	19.7	3	100	0	118	33	0	0	66	0.92
157416--157461	11	4.2	11	85	0	65	26	26	15	32	1.95
157960--158023	21	3.0	21	88	4	101	26	23	26	23	2.00
164258--164303	22	2.1	22	95	0	83	23	32	23	19	1.97
164807--164880	21	3.4	21	83	7	85	31	20	24	24	1.98
164817--164880	21	3.0	21	86	4	92	28	21	26	23	1.99
167460--167494	6	5.7	6	96	3	61	68	0	0	31	0.90
169074--169241	32	5.3	32	87	2	225	26	16	21	36	1.94
169921--169967	12	3.9	12	85	0	58	19	17	23	40	1.91
170246--170300	16	3.4	16	89	0	83	58	20	10	10	1.62
171371--171414	14	3.4	14	73	23	51	59	13	11	15	1.62
174580--174796	32	6.8	32	82	7	248	29	17	20	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174580--174796	64	3.4	65	89	3	329	29	17	20	33	1.95
175492--175533	22	1.9	22	95	0	75	16	16	19	47	1.83
175493--175536	12	3.8	12	79	11	56	18	18	18	45	1.86
177729--177827	47	2.1	47	86	3	137	25	19	12	43	1.85
183129--183160	12	2.7	12	100	0	64	59	0	40	0	0.97
183162--183192	12	2.6	12	100	0	62	32	6	35	25	1.82
185306--185446	69	2.0	70	91	2	230	34	17	15	33	1.91
196033--196062	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
199200--199260	31	2.0	31	83	0	77	24	21	16	37	1.93
211391--211423	15	2.3	15	89	5	50	15	3	0	81	0.80
211819--211852	17	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
211820--211895	30	2.5	32	77	18	81	30	0	2	67	1.05
211849--211882	17	1.9	18	88	5	52	32	0	0	67	0.91
211819--211891	29	2.5	31	81	14	86	31	0	2	65	1.06
211864--211898	12	2.8	13	91	8	63	28	0	0	71	0.86
214227--214328	24	4.2	24	94	0	177	43	18	15	22	1.88
218011--218057	15	3.0	16	76	17	62	42	2	8	46	1.46
218005--218056	15	3.4	15	77	15	61	46	1	5	46	1.38
219205--219254	19	2.5	20	80	9	57	10	28	0	62	1.27
221314--221399	32	2.8	30	73	13	84	38	11	19	30	1.88
231412--231652	45	5.3	45	89	2	340	26	20	5	46	1.72
231476--231592	22	5.2	22	65	19	71	24	22	5	47	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231673--232285	68	9.0	68	87	1	852	30	23	14	31	1.94
232767--232933	58	2.9	58	86	4	223	35	20	11	32	1.88
237551--237588	17	2.2	18	85	4	51	65	0	0	34	0.93
240765--240801	15	2.5	15	90	0	56	8	67	16	8	1.40
241728--241793	32	2.1	32	82	5	80	39	7	7	45	1.61
241819--241872	20	2.8	20	80	2	56	72	3	0	24	1.01
241909--241977	24	3.0	23	75	23	58	60	0	2	36	1.11
243515--243567	18	2.9	18	88	0	79	30	35	16	16	1.92
245103--245158	20	2.5	22	78	21	64	23	23	21	32	1.98
246711--246740	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
251323--251981	55	12.1	55	85	4	716	30	24	16	28	1.96
253321--253480	22	7.4	20	75	20	112	5	18	0	76	0.95
253326--253499	7	23.9	7	76	15	90	5	17	0	77	0.95
253336--253496	19	8.7	17	73	23	80	5	17	0	77	0.96
253454--253501	20	2.6	18	84	15	62	8	14	0	77	0.99
256983--257010	8	3.5	8	100	0	56	50	10	0	39	1.37
257051--257075	8	3.1	8	100	0	50	52	12	0	36	1.39
263074--263211	46	3.0	46	94	3	242	37	21	10	29	1.88
263758--263799	11	3.9	11	81	15	52	78	11	0	9	0.96
267965--268023	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
272644--272702	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
276115--276170	22	2.4	23	80	14	62	32	5	0	62	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285417--285456	17	2.4	17	91	0	62	22	12	25	40	1.89
285426--285465	17	2.4	17	100	0	80	25	12	25	37	1.91
285582--286031	230	2.0	227	94	1	783	45	8	7	39	1.62
286097--286142	20	2.3	20	96	0	83	56	8	17	17	1.65
286264--286310	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
286273--286315	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
288540--288604	21	3.1	21	80	6	69	40	15	29	15	1.88
288638--288703	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
290490--290538	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
290663--291573	197	4.6	197	98	0	1754	36	14	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6